• 한국식품과학회지
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• 제34권6호
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• pp.1134-1139
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• 2002

Campylobacter, Arcobacter, Helicobacter는 분류학적으로 동일한 rRNA superfamily Ⅵ로 식중독 이외에도 위궤양, 위암, 유산 및 신경 장애를 유발한다. Campylobacter, Arcobacter, Helicobacter를 오염된 식품 등에서 선택적으로 검출하기 위해 PCR, multiplex-PCR, RFLP(restriction fragment length polymorphism)의 기법을 이용하였다. Campylobacter, Arcobacter, Helicobacter의 16S rRNA를 target으로 하는 CHA primer를 사용하여 동일한 PCR product의 검출할 수 있었다. C. jejuni와 C.coli를 A. butzleri와 H. pylori로부터 선택적으로 검출하기 위해 fla A gene을 target으로 하는 pg3, p50을 사용하였으며, A. butzleri는 23S rRNA를 target으로 하는 Arco2, Butz를 이용했다. 또한 H. pyloyi는 isocitrate dehydrogenase gene을 target으로 하는 icd1, icd2를 사용하였고, C. jejuni는 ceuE gene을 target으로 하는 JEJ1, JEJ2를 이용하여 효과적으로 분리검출이 이루어졌다. 또한 제한효소 Dde I 을 사용하여 PCR-RFLP를 통해 C. jejuni, C. coli를 A. butzleri, H. pylori로부터 분리할 수가 있었다. 따라서 이러한 primer를 이용하여 C. jejuni, C. coli, A. butzleri, H. pylori가 함께 오염되었을 때 각각 균주의 선택적인 검출이 가능할 것이다.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제47권3호
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• pp.293-297
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• 2009

Improved methods for detection of Cryptosporidium oocysts in environmental and clinical samples are urgently needed to improve detection of cryptosporidiosis. We compared the sensitivity of 7 PCR primer sets for detection of Cryptosporidium parvum. Each target gene was amplified by PCR or nested PCR with serially diluted DNA extracted from purified C. parvum oocysts. The target genes included Cryptosporidium oocyst wall protein (COWP), small subunit ribosomal RNA (SSU rRNA), and random amplified polymorphic DNA. The detection limit of the PCR method ranged from $10^3$ to $10^4$ oocysts, and the nested PCR method was able to detect $10^0$ to $10^2$ oocysts. A second-round amplification of target genes showed that the nested primer set specific for the COWP gene proved to be the most sensitive one compared to the other primer sets tested in this study and would therefore be useful for the detection of C. parvum.

• 대한수의학회지
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• 제57권1호
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• pp.37-42
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• 2017

Getah virus (GETV) infection causes sporadic outbreaks of mild febrile illness in horses and reproductive failure in pigs. In this study, we established a reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) method to detect GETV from suspected virus-infected samples. The reaction conditions were optimized and validated by using RNA extracted from GETV propagated in cell culture. A GETV-specific GED4 primer set was designed and used to amplify a 177 bp DNA fragment from a highly conserved region of the E1 glycoprotein gene in the GETV genome. RT-PCR performed with this primer set revealed high sensitivity and specificity. In the sensitivity test, the GED4 primer set detected GETV RNA at the level of $10^{2.0}\;TCID_{50}/mL$. In the specificity test, the GED4 primer set amplified only a single band of PCR product on the GETV RNA template, without non-specific amplification, and exhibited no cross-reactivity with other viral RNAs. These results suggest that this newly established RT-PCR method is useful for accurate identification of GETV infection in animals.

• 한국어병학회지
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• 제17권3호
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• pp.159-169
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• 2004

2003년 5월과 2003년 10월동안에 제주도내 5개소의 넙치 종묘배양장에서 초기 먹이로 공급 되어지는 동물성 플랑크톤인 rotifer와 20-30일령 넙치 자어에서 장관백탁증 원인균으로 알려진 V. ichthyoenteri를 분리하기 위해 실험한 결과 총 71개의 Vibrio sp. 분리가 되었고, 생화학적 동정결과 2개의 그룹에서 24개의 V ichthyoenteri가 동정 되었다. V. ichthyoenteri의 신속한 검출을 위한 종특이적 primer를 V. ichthyoenteri(KCCM 40870)ISR의 특이적인 서열을 이용하여 제작하였다. V. ichthyoenteri를 포함한 20종의 Vibrio속 균주의 genomic DNA와 18group 분리균주 genomic DNA를 PCR한 결과 V. ichthyoenteri 만의 특이적인 band가 생성됨을 알 수가 있다. 따라서 V. ichthyoenteri(KCCM 40870) ISR의 서열로 제작한 primer가 넙치 자치어에 발병하는 장관백탁증 원인균인 Vibrio ichthyoenteri의 신속한 검출과 정확한 동정을 할 수 있는 molecular marker로 이용할 수 있음을 확인하였다.

• 생명과학회지
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• 제17권1호
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• pp.162-165
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• 2007

Brown Ring Disease (BRD) is a bacterial disease caused by Vibrio tapetis which affects cultured clam Ruditapes philippinarum and causes heavy economic losses on Atlantic coasts of france, Spain and England. In this study, to evaluate the effective detection of the pathogen, specific primer set based on 16S ribosomal RNA (rRNA) sequences designed for rapid detection of V. tapetis. Polymerase chain reaction (PCR) with this primer set produced the specific band for each V. tapetis. The length of PCR product using designed primer set of Vbts-F and Vbts-R was about 400 bp. Therefore, these primers will be provided with a basic tool for rapid detection of V. tapetis in the various cases such as examination of imported aquatic products, diagnosis of aquatic organisms, and etc.

• 한국어병학회지
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• 제22권1호
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• pp.85-90
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• 2009

본 연구에 사용한 Nseri-F와 Nseri-R primer는 N. seriolae의 16S-23S rRNA 부위에 위치한 영역으로 여러 종의 Nocardia spp.와 비교할 때 PCR 검출 특이성이 매우 높을 것으로 예상되었다. 실제로 이 primer를 이용하여 동물 (N. asteroides 와 N. farcinica), 어류 (N. asteroides, N. salmoniciada 및 N. seriolae) 뿐만 아니라 무척추동물 (N. crassostreae) 등에 감염되는 원인체들에 대하여 실험한 결과 N. seriolae의 특이적 검출이 가능 하였다.

• 식물병연구
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• 제17권3호
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• pp.369-375
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• 2011

Fusarium verticillioides(완전세대: Gibberella moniliformis)는 Gibberellea fujikuroi 종 복합체에 속하는 식물병원균으로서 옥수수의 줄기와 이삭에 썩음병을 일으킬 뿐 아니라 인축에 중독증을 일으키는 fumonisin 곰팡이 독소를 생산한다. 본 연구의 목적은 옥수수에 주로 발생하는 fumonisin 생성가능 G. fujikuori 종 복합체 소속 Fusarium 곰팡이 중 F. verticillioides와 그 외 F. proliferatum, F. fujikuori 등을 서로 구별할 수 있는 종 특이적 PCR primer 조합을 개발하는 것이다. RNA polymerase II beta subunit 유전자(RPB2)의 염기서열로부터 제작된 특이 primer 조합(RVERT1와 RVERT2)은 우리나라 옥수수에서 분리한 잠재적인 fumonisin 생성 G. fujikuori 종 복합체 균주 중 오직 F. verticillioides로부터 208 bp 크기의 단일 DNA 절편을 증폭하였다. 한편 F. verticillioides를 포함한 모든 조사균주는 fumonisin 생합성에 필수적인 FUM1 유전자를 포함하고 있었다. 개발된 특이 primer 조합의 검출한계는 분석 곰팡이 DNA 0.125 pg/${\mu}l$ 수준이었다. 한편, 같은 primer 조합으로 Fusarium spp.에 오염된 옥수수 시료의 게놈 DNA로부터 F. verticillioides 특이 DNA 절편이 증폭되었다. 이와 같은 결과를 종합할 때, 본 연구에서 개발된 primer 조합은 여러 곡물 시료에 오염되어 있는 F. verticillioides 균주의 검출과 종 동정에 유용하게 사용될 것이다.

• The Plant Pathology Journal
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• 제16권5호
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• pp.252-256
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• 2000

The 16S-23S rRNA intergenic spacer regions (ISRs) were sequenced and analyzed to design specific primer for identification of Pectobacterium chrysanthemi. Two types ISRs, large and small ISRs, were identified from three strains (ATCC 11663, KACC 10163 and KACC 10165) of P. chrysanthemi and Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum ATCC 15713.Large ISRs contained transfer RNA-Ile(tRNA$^{Ile}$)and tRNA$^{Ala}$, and small ISRs contained tRNA$^{Glu}$. Size of the small ISRs of P. chrysanthemi ranged on 354-356 bp, while it was 451 bp in small ISR of P. carotovorum subsp. carotovorum ATCC 15713. From hypervariable region of small ISRs, species-specific primer for P. chrysanthemi with 20 bp length (CHPG) was designed from hypervariable region of small ISRs, which was used as forward promer to detect P. chrysanthemi strains with R23-1R produced PCR product of about 260bp size (CHSF) only from P. chrysanthemi strains, not from other Pectobacterium spp. and Erwinia spp. Direct PCR from bacterial cell without extracting DNA successfully amplified a specific fragment, CHSF, from P. chrysanthemi ATCC 11663. The limit of PCR detection was 1${\pm}10^2$ cfu/ml.

• 한국식품영양과학회지
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• 제41권9호
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• pp.1326-1330
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• 2012

본 연구는 loop-mediated isothermal amplification(LAMP)을 이용하여 Clostridium difficile을 검출하고자 하였다. LAMP 수행을 위하여 선택적인 타깃 유전자로 C. difficile의 16S ribosomal RNA를 타깃으로 하여 primer set를 구성하였다. 5개의 primer set(BIP, FIP, B3, F3, LF, PF)를 이용하여 TcdA와 TcdB toxin이 모두 양성인 균주, TcdA와 TcdB toxin이 모두 음성인 균주와 식품 분리균주를 효과적으로 검출할 수 있었다. LAMP는 80분 이내의 시간이 필요하며 thermocycler와 같은 장비를 필요로 하지 않고 또한 결과를 직접 눈으로 확인할 수 있기 때문에 식품 생산 현장에서 활용될 수 있을 것이라고 생각되었다.

• 환경생물
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• 제21권1호
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• pp.77-85
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• 2003

본 연구는 위장관염을 일으키는 Vibrio fluvialis의 16S-23S rRNA intergenic spacer region을 분석하였다. ISR을 PCR 증폭 후 plasmid vector에 클로닝하여 염기서열을 분석하였다. 그 결과, ISR의 염기서열은 tRNA gene 조성과 크기에 따라 총 6개의 type으로 분류되었다. 각 type은 tRNA gene 조성과 수에 따라 ISR-A, ISR-E, ISR-El, ISR-lA, ISR-EKV, ISR-EKAV로 명명하였으며, ISR-A는 tRN $A^{Ala}$; ISR-lA, tRN $A^{Ile}$-tRN $A^{Ala}$; ISR-EKV, tRN $A^{Glu}$-tRN $A^{Lys}$-tRN $A^{Val}$; ISR-EKAV, tRN $A^{Glu}$-tRN $A^{Lys}$-tRN $A^{Ala}$-tRN $A^{Val}$; ISR-E와 El은 tRN $A^{Glu}$를 갖고 있었다. 이 중 ISR-EKV type은 minor type으로 존재하고 있으며, 여러 Vibrio종의 ISR-EKV type과 비교시 변이성이 높은 부위를 확인하였다. 따라서, 이 ISR-EKV의 염기서열을 여러 Vibrio종에서 V. fluuialis를 검출하기 위한 species-specific primer 제작에 이용하였다. 제작된 primer의 특이성은 여러 Vibrio 의 genomic DNA를 분리하여 PCR 반응으로 확인하였다. 그 결과, 제작된 primer는 V. fluvialis에 종 특이성이 있으며 여러 Vibrio종으로부터 빠른 검출이 가능함을 확인하였다.로부터 빠른 검출이 가능함을 확인하였다.