• 한국어병학회지
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• 제16권1호
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• pp.51-59
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• 2003

Streptococcal infection is one of the most serious disease of cultured olive flounder, Paralychthys olivaceus in Korea and caused by more than one species. However, there has been considerable confusions about the taxonomic position of the fish pathogenic streptococci. In this study, We performed the randomly amplified polymorphic DNA(RAPD) pattern analysis to evaluate the possible classification in 8 streptococci isolated from diseased olive flounder and reference strains based on their DNA structure. RAPD PCR with DNA solution prepared by simple boiling and 10-mer random primer was appeared to be a good tool for discrimination of different streptococcal strains. Phenotypical characters by simple biological test and API 20 Strep corresponded well to the specific profiles of RAPD in streptococcal isolates of this study. Therefore, the RAPD profile was considered as one of differential characters to discriminate the streptococcal isolates from diseased olive flounder.

• 생명과학회지
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• 제16권2호
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• pp.345-351
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• 2006

2004년부터 2005년까지 제주도에서 전형적인 연쇄구균증상을 나타내는 양식넙치로부터 Streptococcus sp.를 분리하였다. 생화학적 성상 조사와 multiplex PCR assay법을 통해 S. iniae 94 균주를 동정하였다. RAPD fingerprint profile을 조사해 본 결과 A, B, C-type 총 3가지의 genotype을 확인하였으며, 동일종에 대해 외국에서 보고된 선행 연구결과와 비교하였을 경우, 지리적으로 다른 유전적 다형현상을 나타내는 것으로 추정되었다. 근래에 제주도에 우점하는 genotype은 A-type이었고, RAPD fingerprint profile은 약 2,000 bp, 1,300 bp, 1,000 bp, 850 bp, 550 bp의 밴드 양상을 나타내었다. S. iniae의 serotype 동정에 유효한 것으로 보고되어진 P14 random primer는 유전적 다형현상에 의해 제주도에서 분리된 S. iniae의 serotype 동정에 적합하지 않은 것으로 판단되었다.

• 한국어병학회지
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• 제34권1호
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• pp.31-38
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• 2021

본 연구는 1996년부터 2010년 사이에 우리나라 양식넙치와 뱀장어에서 분리하여 Edwardsiella tarda로 동정하였던 18 균주에 대하여 생화학적 특성과 RAPD profile을 비교해봄으로써 이전 양식생물의 질병에 관여되었던 Edwardsiella속 세균의 다양성을 알아보고자 하였다. 생화학적 특성으로 볼 때 이들은 citrate 분해, H₂S 그리고 indole 생산 결과에 차이를 보여 4가지 패턴으로 구분되었으나 모두 E. tarda로 동정되었고 숙주에 따른 분리균의 특성으로 구분되지는 않았다. E. tarda 특이 primer인 EDtT로 PCR을 실시한 결과 18 분리균에서는 모두 약 270 bp의 동일한 band가 검출되었으나 비교 균주로 사용된 E. tarda와 E. ictaluri의 type strain에서는 특이 밴드가 검출되지 않았다. 또한 Ready-To-Go-RAPD kit의 primer 5번과 6번으로 실시한 RAPD PCR 결과, 넙치 분리균, 뱀장어 분리균, 그리고 E. tarda와 E. ictaluri type strain에서 band profile이 뚜렷한 차이를 보여 origin에 따른 특징으로 정리될 수 있었으며 병원체 모니터링을 위한 tool의 하나로 개발될 가능성을 보였다.

• 한국산림과학회지
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• 제95권4호
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• pp.388-392
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• 2006

국내에 분포하는 리지나뿌리썩음병균(Rhizina undulata)의 생리적 특성 및 유전적 다양성을 밝히기 위하여, 소나무(Pinus densiflora) 및 곰솔(P. thunbergii) 림으로부터 분리한 13종의 리지나뿌리썩음병균 분리주를 공시하여 각 분리주들의 배양 특성 및 RAPD에 의한 유전적 다양성을 분석하였다. P. densiflora 및 P. thunbergii로부터 제조한 수용성 추출물 첨가배지에서의 각 분리주들의 균사생장 특성을 조사한 결과, 각 분리주들의 기주와 분리주들의 기주로 부터 추출한 수용성 추출물 배지에서의 균사생장량 간에는 상관관계를 발견할 수 없었다. 한편, 12종의 random primer를 사용하여 R. undulata 분리주들의 genomic DNA의 random amplified polymorphic DNA(RAPD)에 의한 유전적 다양성을 분석한 결과, 국내 분리주들의 RAPD profile은 모두 동일하였다. 그러나, 국내 분리주들의 RAPD profile과 일본 분리주와는 다소 차이를 나타내었는데 즉, RAPD profile의 phylogenetic tree 분석 결과, 국내 분리주들과 일본분리주와는 88%의 상동성을 나타내었다.

• 한국패류학회지
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• 제17권1호
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• pp.1-6
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• 2001

PCR-RAPD 표지인자를 이용하여 비단가리비와 큰가리비 그리고 해만가리비의 유전적 유연관계를 조사하였다. 60개의 random primer중 6개의 primer를 선택하여 시료들의 RAPD 양상을 비교하였다. 모든 primer들은 서로 다른 속의 가리비 종류에 대하여 특이적 RAPD band 형태를 나타내었다. 비단가리비에서는 패각 크기와 색깔의 특성이 두 집단간의 현저한 차이를 나타내었다. 그러나 RAPD 양상은 두 지리적 집단간에 유전적 차이를 보이지 않았다. 다형성 RAPD 대립인자들이 각 가리비종의 동일 집단에서 관찰되었다. 그러므로 RAPD 표지인자는 가리비를 동정하고 가리비 집단 구조를 연구하는데 유용하다고 사료된다.

• Journal of Forest and Environmental Science
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• 제25권1호
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• pp.57-65
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• 2009

Ficus deltoidea Jack is an important and popular medicinal plant species found in the Malaysia. Plants are being collected and used based on morphology and authentication to prevent adulteration is not in practice. In this study, twenty-six accessions of F. deltoidea Jack were collected from Kelantan and Terengganu states of Peninsular Malaysia to examine their genetic similarities and differences using randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) technique. Out of 20 arbitrary primers, two primers (D-10 and D-11) were selected which produced reliable DNA polymorphism. D-10 and D-11 primers generated 138 RAPD bands ranging from 250 bp to 3000 bp. Ninety-nine of them were polymorphic loci (72%) and thirty-nine were nonpolymorphic loci (28%). A total of 56 bands with polymorphic loci were amplified with primer D-10 and analyzed by cluster analysis and UPGMA to present a dendrogram depicting the degree of genetic relationship among 26 accessions. Eight RAPD markers were sequenced to determine their identity. RAPD analysis showed the genetic diversity among 26 accessions of F. deltoidea Jack. The RAPD profile and RAPD marker sequences reported in this paper could be used in plant and/or plant material authentication. This study also suggested that RAPD can be a useful technique to study DNA polymorphism in F. deltoidea Jack.

• 한국수산과학회지
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• 제36권6호
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• pp.654-660
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• 2003

To evaluate the biological diversity of fish pathogenic streptococci, 35 strains isolated from diseased olive flounder (Paralichtys olivaceus), were analyzed using a random amplified polymorphic DNA (RAPD) technique with the oligonucleotide commercial primer 6 (Amersham Biosciences). Api 20 Strep test, drug resistance and artificial infection were carried out for further characterization of the isolates. RAPD fingerprints showed similar pattern in 25 strains (about $71.4\%$ of 35 isolates) and these strains were designed as RA group 1. Similarities greater than $44\%$ were obtained when the Dice coefficient was applied among the isolates of RA 1. On the other hand, the reference Streptococcus iniae showed a similar RAPD profile to the isolates with similarity levels of $40-93.3\%.$ Rh I was suggested to be the dominant group isolated from olive flounder suffering from streptococcosis. However, the isolates of Rh 1 group were not classified into the same species by the Api 20 Strep identification system. There was no peculiarity in drug resistance patterns of Rh I group isolates against 7 antibacterial agents. However, only 3 of 25 isolates $(0.12\%)$ showed oxytetracycline (OTC) resistance and OTC might be a useful chemotherapeutic agent in controlling the streptococcosis by strains of RA I group in olive flounder. Fish injected intraperitoneally with $10^5$ CFU of an isolate of Rh I and RA III group showed $60\%\;and\;50\%$ accumulative mortality for 20 days, respectively ($20\%$ in control or Rh II). However luther comparative studies about differences in virulence between isolates are needed.

• 대한약학회:학술대회논문집
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• 대한약학회 2003년도 Proceedings of the Convention of the Pharmaceutical Society of Korea Vol.2-2
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• pp.85.1-85.1
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• 2003

Previously, we found the operon random primer (OP-5A) that is characteristic the genus Panax by randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) analysis. However, OP-5A primer is limited to apply on the differentiation of only crude herbal plants. To construct more sensitive and unique primers on the genus Panax, ginseng-specific DNA profile (350 bp) that was amplified by OP-5A primer were inserted in a plasmid vector in the TA cloning method and sequenced. We designed the PCR primers (Forward: 5＂-AGGGGTCTTGCTAT AGCGGAAC-3＂, Reverse: 5＂-AGTCTTAATTTCATATTTTCGTATG-3＂) and identified the unique ginseng band (350 bp) in commercial granule products including ginseng extracts as well as crude ginseng plants by nascent PCR.(omitted)

• 미생물학회지
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• 제41권1호
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• pp.60-66
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• 2005

국내산 한우, 흑염소, 돼지, 개, 닭 및 마우스 둥을 포함한 각종 동물과 사람환자에서 분리된 MRSA 균주를 포함하여 총 116주의 S. aureus 균주를 확보하여 이들 균주들의 유전학적 다양성을 분석하고자 시도하였다. 이를 위하여 쉽고, 편리하며 많이 활용되고 있는 PCR을 이용하여, 개별 분석기법에 따른 유전학적 특성을 파악하는 것은 물론 활용한 기법들 중에서 유전자수준에서 가장 효율적이며 뛰어난 감별능력을 지닌 기법을 선발하고자 하는데 궁극적인 목적을 두었다. 이를 위해서 통계학적 인 수치에 따라 객관적인 분석방법으로서 Simpson's index of diversity (SID)를 산출하여 성적상호간을 비교 및 평가하였다. 공시한 총 99 주에 대한 4M primer를 이용한 RAPD 성적에 근거하여 산출한 SID 값은 0.915의 양호한 간이 산출되었다. 같은 방법으로 충 98 주에 대한 RA primer를 이용한 RAPD성적을 토대로 산출한 SID 값은 0.874로 확인되었다. 한편 총 107주에 대한 ERIC-PCR을 수행한 종합분석 성적에서 공시균주들은 모두 10종의 유전형(genotype)으로 구분되었고, EM-type 는 14주가 포함되어 가장 대표적 인 유전형으로 분류되었으며, 이 그룹에는 사람유래의 6주가 포함되어 가장 지배적인 유전형으로 확인되었다. 또한 DNA profile에 근거한 덴드로그람을 작성하고 SID간을 산출하였던 바, SDI 0.929의 신뢰도 높은 성적을 산출하였다. 반면에 공시한 총 108주의 S. aureus균주에 대한 종합적인 REP-PCR 성적에서 모두20종의 유전형으로 세분되었고 RB-type은 17주로 가장 많은 균주가 포함되었다. 작성된 덴드로그람 성적에서 산출한 SID 값은 우리의 연구에서 수행한 PCR에 기초한 유전자 분석기법들 중에서는 가장 높은 0.930으로 확인되었다. 결론적으로 RAPD 기법 중에서는 4M primer를 활용한RAPD가 보다 효율적임을 확인할 수 있었고, REP-PCR과 ERIC-PCR의 양자의 성적은 거의 비슷하여 적용했던 PCR분석기법 중에서는 이들 분석기법이 가장 우수한 감별능력을 확보한 분석법으로 최종 선발할 수 있었다.

• The Plant Pathology Journal
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• 제31권3호
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• pp.203-211
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• 2015

Maize is the dominant cereal crop produced in the US. One of the main fungal pathogens of maize is Fusarium verticillioides, the causative agent of ear and stalk rots. Significantly, the fungus produces a group of mycotoxins - fumonisins - on infested kernels, which have been linked to various illnesses in humans and animals. Nonetheless, durable resistance against F. verticillioides in maize is not currently available. In Texas, over 2.1 million acres of maize are vulnerable to fumonisin contamination, but understanding of the distribution of toxigenic F. verticillioides in maize-producing areas is currently lacking. Our goal was to investigate the genetic variability of F. verticillioides in Texas with an emphasis on fumonisin trait and geographical distribution. A total of 164 F. verticillioides cultures were isolated from 65 maize-producing counties. DNA from each isolate was extracted and analyzed by PCR for the presence of FUM1- a key fumonisin biosynthesis gene - and mating type genes. Results showed that all isolates are in fact F. verticillioides capable of producing fumonisins with a 1:1 mating-type gene ratio in the population. To further study the genetic diversity of the population, isolates were analyzed using RAPD fingerprinting. Polymorphic markers were identified and the analysis showed no clear correlation between the RAPD profile of the isolates and their corresponding geographical origin. Our data suggest the toxigenic F. verticillioides population in Texas is widely distributed wherever maize is grown. We also hypothesize that the population is fluid, with active movement and genetic recombination occurring in the field.