• 대한의생명과학회지
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• 제19권3호
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• pp.213-223
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• 2013

The objectives of this study are to develop a molecular diagnosis to differentiate serotypes and mating-types of C. neoformans/C. gattii complex isolates from pigeon droppings in Korea and to elucidate molecular epidemiology of the isolates. Phenotypes and genotypes of C. neoformans/C. gattii complex isolates were identified by biochemical properties and PCR using specific CNLAC1 gene, respectively. To classify serotypes and mating-types of C. neoformans/C. gattii complex isolates, the five reference strains and thirty-three isolates in Korea were investigated by restriction fragment length polymorphism (RFLP) analysis using CNLAC1 gene for varieties, by random amplified polymorphic DNA (RAPD) for serotyping, and by PCR using specific primer sets for mating typing. All isolates in Korea were belonged to C. neoformans var. grubii (serotype A) by RFLP and RAPD patterns which showed high sensitivity and specificity. Therefore, RFLP and RFLP were available to differentiate varieties and serotypes of C. neoformans. Amplification patterns of the five reference strains by specific PCR for mating typing were differentiable, and all isolates were classified into $MAT{\alpha}$. All C. neoformans environmental isolates in Korea were Cr. neoformans serotype A and $MAT{\alpha}$ which is a more virulent pathogen. This study suggests that RFLP and RAPD are rapid and correct molecular diagnosis tools for epidemiology of C. neoformans/C. gattii complex isolates.

• 생명과학회지
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• 제8권4호
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• pp.426-430
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• 1998

본 연구는 RAPD마커를 이용, 멧누에와 집누에의 분자적 유연관계를 분석하였다. 공시한 35개의 primer에서 166개의 RAPD마커를 얻었으며, 이들 마커를 UPGMA에 의해 분석한 결과, 멧누에와 분자적 유사계수가 가장 낮은 품종은 잠305였고, 가장 높은 품종은 Bibaekjam이었다. 또한, 분자적 유사계수 0.55에서 멧누에와 집누에 계통군으로 분류되고, 0.60에서 3개의 아군 그룹과 2개의 독립개체로 분류되었다. 제1아군에는 J111(일본종계),$pnd^{ps}$(일본종계), Bibaekjam(일본종계)이, 제2아군에는 Galwon(중국종계), C18(중국종계), od yujam JAM306(중국종계), C108(중국종계)이, 제3아군에는 R-hwang(중국종계)이 포함되어 있었고, zebra(유럽종계)와 JAM305(일본종게)는 독립개체로 분류되었다.

• 원예과학기술지
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• 제17권2호
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• pp.144-147
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• 1999

백합과 화훼작물의 품종구분을 위하여 RAPD 방법이 사용되어졌다. Operon사에서 구입한 10개의 10-mer random primer를 이용한 RAPD 실험결과 모두 107개의 밴드가 관찰되었고, 관찰된 밴드는 300bp 에서 2kb의 범위에 속했으며, 같은 계통 내에서는 동일한 밴드양상을 나타내었다. 그러나 Casa Blanca와 Adelina는 동일계통 내 다른 품종들과 다른 밴드 양상을 보였다. L. longiflorum내의 품종들은 서로 다른 밴드 양상을 나타내었다. Random primers, OPA-02, 03, 04, 14, 16 그리고 17로 형성된 DNA 밴드들은 Lilium의 서로 다른 cultivar와 hybrid를 구분하는 marker로도 이용이 가능하리라 생각된다.

• 한국어류학회지
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• 제21권2호
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• pp.129-133
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• 2009

본 연구는 RAPD PCR 분석을 통하여 한국의 서한아 수계(한강, 금강)와 남한아 수계(섬진강, 낙동강)에 서식하는 쉬리 집단들 간의 유전변이를 비교하였다. 4집단들 간의 유전적 변이를 분석한 결과, 사용한 12개의 random primer들 모두에서 서한아 수계 집단과 남한아 수계의 집단들을 구분하여 주는 특이적 PCR 단편들을 확인할 수 있었다. 유전적 유사도 분석에서 한강, 금강의 서한아 수계 집단들과 섬진강, 낙동강의 남한아 수계 집단들의 유전적 유사도는 0.49~0.53로 낮게 나타났고 유전적 거리는 0.63~0.71로 높게 나타났다. 유전적 거리에 기초한 UPGMA dendrogram 분석에서도 서한아 수계와 남한아 수계의 집단들이 명확하게 구분되었다. 따라서 서한아와 남한아 수계의 쉬리 집단은 유전적 구조에 있어 큰 차이가 있으며, 남한아 수계의 쉬리는 서한아 수계 쉬리와 진화적으로 뚜렷하게 구분되는 집단으로 판단된다.

• 한국잠사곤충학회지
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• 제44권2호
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• pp.59-63
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• 2002

본 연구에서는 형태적인 특성에 의해 분류가 이루어져, 객관성이 부족한 뽕나무를 대상으로 분자생물학적인 기법을 활용하여 유연관계를 분석하여 뽕나무 품종분류의 기초자료를 얻기 위하여 본 실험을 수행하였다. 30개의 primer를 이용하여 41개의 뽕나무품종에 대하여 RAPD를 수행한 결과 201개의 band를 얻었으며, 이중 151개의 polymorphic band를 집괴분석하여 dendrogrom을 작성하였다. 이 계통수에서 유사도 0.747을 기준으로 41개의 공시 계통을 19개 품종과 16품종이 각각 속해있는 2개의 대분류군과 2품종이 속하는 1개의 군 그리고 1품종씩 속하는 4개의 군으로 모두 7개의 분류군으로 나눌 수 있었다. 분류군별 관계를 보면 I군, II군, III군에 속하는 품종들은 유전적 상동성이 비교적 높았으나, IV-Ⅶ군에 속하는 품종들은 다른 품종군들과 유연관계가 비교적 낮았으며, 특히 단독으로 하나의 군을 형성(Ⅶ군)하는 모후상은 다른 품종군들과의 유연관계가 매우 낮았다.

• 한국어업기술학회:학술대회논문집
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• 한국어업기술학회 2001년도 춘계 수산관련학회 공동학술대회발표요지집
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• pp.530-531
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• 2001

Out of 20 primers, 6 generated 1349 highly reproducible RAPD markers, producing approximately 5.2 polymorphic bands per primer in catfish(Sizurus asotus) population from Kunsan. The electrophoretic analysis of polymerase chain reaction-random amplified polymorphic DNAs (PCR-RAPD) products showed the middle levels of similarity between different individuals in population from Kunsan. That is to say, the degree of similarity varied from 0.40 to 0.54, with the average of 0.46, as calculated by bandsharing analysis. (omitted)

• 농업생명과학연구
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• 제45권5호
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• pp.1-8
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• 2011

In this study, 160 tea tree (Camellia sinensis L.) lines were classified by caffeine content using colorimetric methods. Among them, caffeine-rich lines (HR-78, HR-137, HR-82 and HR-123) and poor lines (HP-85, HP-88, HP-19, and HP-131) were selected. To know the difference in morphological and genetic characters between caffeine-rich and poor lines, we used leaf/shoot growth and RAPD methods. Cluster pattern of morphological characters (leaf width, leaf length, leaf area and shoot length) showed that shoot length was longer in caffein-rich lines than in -poor lines. In genetic analysis, amplified DNA bands having various sizes were detected in RAPD analysis where 30 random primers were used. However, the discriminated primer set that distinguish caffein-rich tree line from -poor lines was not found. These results can be used as the basic data to determine the morphological and genetic differences among caffein-rich and -poor lines.

• 원예과학기술지
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• 제17권4호
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• pp.489-493
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• 1999

한국에 자생하고 있는 Sedum속 12종 15계통에 대하여 형태적 특성을 조사하여 화훼자원으로의 이용가능성을 탐색하고, 수집종들 간의 유연관계를 RAPD방법으로 조사한 결과는 다음과 같다. 기린초와 섬기린초는 황색의 꽃이 화총(花叢)을 이루면서 화려하게 피므로 화단용(花壇用)으로, 큰꿩의비름은 분홍색의 화색이 둥글게 모여 피며 화총이 아름다우면서 잎 모양이 독특하여 분화(盆花) 또는 화단용(花壇用)으로, 돌나물, 바위채송화 및 땅채송화 등은 포복형이면서 초장이 낮아 지피식물(地被植物) 및 화단용(花壇用)으로 이용 가능성이 있을 것으로 생각된다. 18개의 임의 primer를 이용하여 15계통을 RAPD분석한 결과 총 125개 밴드 중 95개의 다형성 밴드를 얻을 수 있었으며, 증폭된 DNA단편들의 크기는 224~3,675bp 사이였다. RAPD 결과 유연계수 0.418에서는 수집한 Sedum속 식물이 3개 군으로 분류되었으며, 유연계수 0.328에서는 총 12개의 종으로 분류되었다. 제I군에는 기린초, 가는기린초 및 섬기린초, 제II군은 꿩의비름, 큰꿩의비름, 새끼꿩의비름 및 둥근잎꿩의비름, 제III군은 돌나물, 바위채송화, 땅채송화로 분류되었다. 본 연구 결과 RAPD 분석에 의한 종간 유연관계가 형태적 특성에 의한 것과 대체로 유사하게 나타났다.

• 한국양식학회지
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• 제13권2호
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• pp.129-135
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• 2000

보라성게와 말똥성게는 제주 전역에 널리 분포하며 중요한 수산 자원으로 간주된다. 말똥성게와 보라성게는 제주 연안에 있어 지역에 따라 크기, 성장률, 번식 시기 등이 다른 것으로 보고되고 있으나 그 원인은 아직 구명되지 않고 있다. 이 연구는 제주 연안에 서식하는 말똥성게와 보라성게의 지역에 따른 번식 특성과 RAPD 방법을 이용하여 이들의 유전적 변이를 조사하였다. 말똥성게의 경우 산란기인 3월에 함덕, 위미1리, 위미2리, 및 대포리 등지에서 채집하였으며, 보라성게는 주 산란기인 6월 중 함덕을 비롯한 6개 지역에서 채집하였다. 각 지역에서 채집된 성게는 각경, 육중량, 생식소 중량 등을 측정한 후, 생식소 일부를 Bouin's solution에 고정하여 생식소의 성숙정도를 분석하였다 또한 이들 생식소로부터 DNA를 추출한 후, RAPD방법을 이용하여 각 지역간의 유전적 변이를 비교하였다. 4개 지역에서 1997년 3월중에 채집된 말똥성게의 크기는 대포리에서 채집된 개체가 다른 세 지역에서 채집된 개체보다 현저하게 작았으며 (p<0.001) GSI의 경우 위미2지역에서 채집된 개체의 GSI가 다른 세 지역보다 현저하게 높게 나타났다 (p<0.0001). 보라성게의 경우 주 산란기인 6월에 제주 연안의 6개 지역에서 채집된 개체의 크기를 비교한 결과, 법환리 지역에서 채집된 개체가 다른 5개 지역에서 채집된 보라성게 보다 그 크기가 현저하게 작았다 (p<0.0001). 보라성게 생식소 중량지수의 경우 위미와 한림에서 채집된 개체의 생식소 중량지수가 다른 지역보다 높게 나타났다 (p<0.001). PCR 테크닉과 RAPD를 위하여 제작된 4 set의 double primer와 13개의 single primer를 분석한 결과, K13 primer를 사용했을 경우 RAPD분석 결과 종간 및 종 내의 지역적 유전적 변이를 확인 할 수 있었다. 그러나 K16/17과 K20/21 primer를 이용한 경우 종 내의 지역별 유전적 변이는 확인할 수 없었다. K13 primer의 경우 유사도 (similarity)는 보라성게 종 내의 지역적 차이가 0.67-0.92, 말똥성게의 경우 종 내의 지역적 변이 폭이 0.60-0.73으로 나타났으며 보라성게와 말똥성게의 종간 유사도는 17-44%로 낮게 나타났다. 제주 연안에 있어 지역에 따른 보라성게와 말똥성게의 크기, GSI등의 변이는 유전적 차이보다는 수온과 먹이 등 과 같은 생태학적 요인에 기인한 것으로 판단되었다.

• 생명과학회지
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• 제31권1호
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• pp.52-58
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• 2021

키위에 세균성 궤양병을 일으키는 Pseudomonas syringae pv. actinidiae는 유전적 특성과 생산하는 독소에 따라 5개의 biovar (1, 2, 3, 5, 6)로 나누어진다. 그중 최근 전 세계적으로 유행하고 있는 biovar 3는 2011년부터 국내에서 분리되고 있다. RAPD 분석을 바탕으로 국내에서 분리된 biovar 3 균주는 6개의 subgroup (I, IV, V, VI, VII, VIII)으로 나누어진 바 있다. 본 연구에서는 차등되는 RAPD 밴드의 염기서열로부터 6개 subgroup 각각에 특이적인 SCAR primers를 개발하였다. 각 subgroup에 특이적인 이들 primers를 사용하여 2011-2017에 국내에서 분리한 biovar 3 균주들의 subgroup 분포를 조사하였다. 조사된 54개 균주 중 35개(64.8%)가 subgroup V에, 9개(16.7%) 균주가 subgroup IV, 4개(7.4%)가 subgroup VI, 3개(5.6%) 균주가 subgroup VII, 2개(3.7%)가 subgroup VIII, 그리고 1개(1.9%) 균주가 subgroup I에 속하였다. Subgroups IV, V 및 VI에 속하는 균주들은 각각 중국, 뉴질랜드, 칠레 균주와 연관이 있었다. 이 연구에 따르면 우리나라의 biovar 3 균주들은 유전적으로 다양하며 꽃가루를 통해 외국으로부터 유입된 것으로 추정된다.