• 한국버섯학회지
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• 제12권3호
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• pp.226-231
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• 2014

본 연구는 큰느타리버섯의 고온적응성 형질에 관련된 SCAR marker를 개발하기 위해 수행되었다. operon 사의 OPA(20개), OPB(20개), OPL(20개), OPP(20개), OPR(20개), OPS(20개) 등 총 120개 primer를 random primer(10 mer)로 사용하여 대립 계통 7종과 고온성 계통 7 종을 대상으로 RAPD를 이용한 bulked segregant analysis를 실시하여 OP-A06 primer로부터 대립 계통에는 나타나지 않고 고온성 계통에만 나타나는 특이적인 RAPD 밴드를 얻었다. OP-A06 primer를 이용한 RAPD 결과, 약 385 bp 부근에서 고온성 계통에 특이적인 DNA 밴드가 관찰되었으며 이 DNA 밴드의 염기서열 말단을 근거로 SCAR 마커로 사용할 specific primer인 OP-A06-1-F와 OP-A06-1-R를 디자인하였다. SCAR 마커 OP-A06-1-F/-1-R primer를 이용하여 PCR을 수행한 결과에서도 385 bp 부근에서 대립 계통과 구별되는 DNA 밴드가 고온성 계통에서 확인되었으며 random primer인 OP-A06 primer를 이용하여 PCR을 수행했을 때보다 재현성이 높고 진한 DNA 밴드임을 확인할 수 있었다.

• Fisheries and Aquatic Sciences
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• 제6권1호
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• pp.13-19
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• 2003

Genomic DNA from the muscle of marsh clam (Corbicula leana) from Gochang, Muan and a Chinese site was extracted to identify genetic differences and similarity by randomly amplified polymorphic DNAs-polymerase chain reaction (RAPD- PCR). Out of 20 primers, seven primers produced amplified fragments which were consistently polymorphic. A total of 1,246 amplified products were produced of which 530 were polymorphic $(42.5\%)$. The number of polymorphic bands produced per primer varied from 40 to 122 with an average of 75.7 in marsh clam from Gochang. 3.28 of the 23.0 polymorphic bands per lane were found to be polymorphic. Also, about $4.34\%$ of total polymorphic bands were specific to marsh clam from Gochang. The major common bands of 0.28 kb generated by primer OPB-15 (GGAGGGTGTT) were present in every individuals, which were polymorphic. This common bands in every individuals should be diagnostic of specific strains, species and/or their relatedness. Primer OPB-19 (ACCCCCGAAG) produced the highest number of 12 specific bands. The intra-population variation was revealed in the band patterns identified by this primer. The random primer OPB-12 (CCTTGACGCA) yielded the amplified fragments which were consistently polymorphic between the marsh clams from Gochang and from Muan. This primer produced a total of 77 polymorphic bands: 31 bands from Gochang, 14 from Muan and 32 from the Chinese populations. An average of polymorphic bands were 1.8 from Gochang and 2.5 from the Chinese populations. This value obtained from the Chinese population was higher than those from the two domestic populations. Generally, the RAPD polymorphism generated by these primers may be useful as a genetic marker for strain or population identification of marsh clam.

• 한국약용작물학회지
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• 제11권2호
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• pp.102-108
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• 2003

본 연구는 금산농업기술센터 인삼연구실에서 순계선발법으로 육성 중인 인삼 계통과 인삼연초연구원에서 육성한 품종을 RAPD 방법으로 계통 내의 변이와 육성계통의 순도를 검정하여 인삼의 순계선발법으로 활용하기 위한 기초자료를 얻기 위해 실시하여 얻은 결과를 요약하면 다음과 같다. 1. 10개 계통으로부터 각각 $4{\sim}5$개 개체를 임의로 수확한 49개체의 DNA를 48개의 primer를 사용하여 PCR한 결과 최소한 1개의 계통 내에서 RAPD다형성을 나타내는 4개의 primer OPA 19, OPM 11, URP 3 및 UBC 98을 선발하였다. 그중 Primer OPA 19, OPM 11 및 UBC 98은 각각 6계통, 7계통 및 1계통 내에서 개체간의 차이를 보이는 band가 증폭되었다. 2. 육성품종 천풍의 DNA를 OPA 19를 사용하여 증폭한 결과 약 1,800bp 크기의 band에서 개체간의 차이를 보였고, OPM 11을 사용하여 증폭한 경우에는 약 730bp 및 850bp 크기의 두 band에서 개체간의 차이를 나타냈으며, 육성품종 연풍은 OPM 11을 사용하여 증폭한 결과 약 730bp 크기의 band에서 개체간의 차이를 보였다. 3. 이와 같이 인삼육성계통내의 개체 간에 RAPD 다형성이 나타나는 이유는 영년작물인 인삼이 타가수정 되면 유전적으로 고정이 되는데 필요한 기간이 길어지기 때문이라고 설명할 수 있다.

• 한국가축번식학회지
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• 제25권4호
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• pp.359-369
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• 2001

황해와 남해산이 각각 50마리씩 총100마리의 조피볼락 (Sebastes schlegeli)의 DNA를 혈액으로부터 추출하여 30개의 무작위 primer를 사용한 RAPD(random amplified polymorphic DNAs)-PCR (polymerase chain reaction) 방법으로 분석하였다 genomic DNA의 독특한 특징들이 그 어종군의 특징을 알아내기 위해서 사용되었다. 30개의 primer 중에서 7개의 primer로 부터 증폭된 전체 산물 (307) 중에서 약 67.4%인 207개의 다형성의 산물 (polymorphic products)이 나타났고, 1개의 primer당 약 2.7개의 다양성의 산물 (polymorphic bands)이 확인되었다. 황해산의 경우 bandsharing analysis를 통해서 볼 때 0.22로부터 0.63까지의 bandsharing value가 확인되었고, 이러한 수치는 0.39$\pm$0.02의 평균값을 나타내었다. 황해산과 남해산 2개체군의 RAPD-PCR산물의 전기영동적 분석을 통해서 볼 때 황해산 조피볼락의 개체들 사이에서 변이가 약간 높게 나타났지만 매우 유사한 특징을 나타내었다. 그러나 일부 개체에서 적은 수이지만 polymorphic bands가 확인되었다. 더 많은 개체군과 다른 연구방법을 통한 연구가 있어야 되겠지만, 이러한 결과는 RAPD 방법을 통하여 2 지역산 조피볼락의 유전적 차이를 어느 정도 확인할 수 있는 가능성을 제시해 주고 있다.

• 한국응용곤충학회지
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• 제35권1호
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• pp.58-65
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• 1996

RAPD-PCR(Random Amplified Polymorphic DNAs-Polymerase Chain Reation) 기법에 누에의 유전적 변이 분석을 위한 첫 단계로 다양한 GC함량을 갖는 random primer에 의해서 증폭되는 DNA 단편의 양상 및 증폭도를 비교하였다. RAPD-PCR을 위한 random primer의 증폭도는 GC함량에 의해서 상당히 영향을 받음이 분석되었다. 특히, 50% GC 함량을 갖는 primer는 그 증폭도에 따라서 4가지의 그룹으로 DNA단편이 증폭되었으며 〔bad amplification (75.5%), poor amplification (11.1%), good and excellent amplification(11.1%)〕, primer의 GC 함량이 증가할수록, 휠씬 더 좋은 증폭도를 보여주었다. 그러나, 40% GC 함량을 갖는 primer에 의해서는 어떤 증폭산물도 관찰되지 않았다. PCR을 수행하기 전에 6가지의 제한효소(BamHI, HindIII, Xbal, HaeIII, MspI, Rsal)를 사용하여 누에 genomic DNA를 처리하여 이를 주형 DNA로 하여 RAPD-PCR을 수행한 결과, 유전적 마커의 생산에 대한 효율이 증가함을 알 수 있었다. 이상의 결과를 종합해 볼 때 60%이상의 GC함량을 갖는 random primer와 전처리한 주형 DNA의 사용은 여러 가지 다른 누에 계통의 동정 및 연관군 지도작성에 따른 경비 및 시간을 줄이는데 효율적이라고 사료된다.

• 농업과학연구
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• 제26권2호
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• pp.33-38
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• 1999

재래산양의 유전자원 보존과 유전적 개량을 위하여 재래산양과 수입산양의 genomic DNA의 유전적 다형을 분석하기 위하여 수행되었으며 재래산양과 수입산양의 유전적 판별 분석은 RAPD 기법을 이용하였으며 공시품종은 재래산양 30두, 재래산양 교잡종 10두, 수입산양 10두를 이용하였다. 재래 산양육과 수입 산양육의 판별을 위한 시료는 재래 산양육 10두와 수입 산양육 10두를 이용하였다. 이들로부터 얻어진 결과를 요약하면 다음과 같다. 1. 재래산양, 수입산양 및 재래산양 교잡종으로부터 추출된 genomic DNA는 전기영동에 의해 약 23kb 크기의 DNA을 얻을 수 있었으며 UV spectrophotometer를 이용하여 흡광도 A 260과 A 280의 비율로 측정한 결과, 그 비율이 1.75~2.10의 범위로 순도는 비교적 양호한 결과를 얻었다. 2. 순수 재래산양의 유전자원의 보존을 위한 재래산양의 유전자 감식여부를 탐색하기 위하여 약 110 여종의 random primer를 이용한 RAPD 기법에 의하여 재래산양, 수입산양 및 교잡종의 다형성을 분석한 결과 random primer OPO-19(5'-CAA ACG TCG G-3')를 이용하였을 때 재래산양에서만 396bp에서 band가 나타났으며 수입산양과 교잡종에서는 band가 나타나지 않았다. 3. 또한, 재래 산양육과 수입 산양육의 유전적인 차이를 구명하기 위하니 RAPD 기법에 의한 genomic DNA의 다형성 분석에 있어서도 random primer OPO-19(5'-CAA ACG TCG G-3')를 사용하였을 때 396bp에서 재래 산양육에서는 band가 나타났지만, 수입 산양육에서는 band가 나타나지 않았다.

• 원예과학기술지
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• 제16권1호
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• pp.21-24
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• 1998

참외와 멜론의 다양성 분석을 위하여 RAPD 분석 최적조건과 군집분석하였다. 참외와 멜론계통의 DNA 추출은 0.5% SDS 방법이 가장 순수하고 많은 DNA를 얻을 수 있었으며 DNA 증폭시 최적 반응조건은 총 volum $15{\mu}L$ 중 DNA 10ng, Primer 270nM, dNTP $200{\mu}M$, dynazyme 0.3unit. 10x buffer $1.5{\mu}l$이였으며 나머지는 3차 증류수로 보충된다. PCR기기의 최적 setting은 DNA denaturation $94^{\circ}C$ 30초, primer annealing $39^{\circ}C$ 30초, DNA extension $72^{\circ}C$ 30초이며 최적 증폭 횟수는 40 cycle 이었다. 사용된 12개의 primer 만들어진 총 123개의 band 중 신뢰도가 높은 25개(20%)의 polymorphic band를 선발하여 이용하였으며 평균 polymorphic band 수는 2.1개로 나타났고, 그룹내 polymorphic band 수가 그룹간보다 적어 그룹내의 유전적변이가 적음을 보여주었다. 군집분석 결과 크게 참외와 멜론그룹으로 나뉘었고 멜론그룹은 다시 net melon 과 no-net melon으로 나뉘었으며 이러한 결과는 기존의 표현형질에 의한 분류와 일치하였다. 재래종 참외와 멜론 그룹은 8개의 marker에 의해 구분되었고 net melon 그룹과 no-net melon 그룹은 4개의 marker에 의해 구분되었다.

• 자연과학논문집
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• 제8권2호
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• pp.147-152
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• 1996

딸기의 3품종을 엽과 엽병으로 배양한 결과 2,4-D + BA 처리에서는 치밀한 캘러스가 유기되었고 이 캘러스로부터 다수의 신초가 분화되었으며 NAA + BA 처리에서는 부숴지기 쉬운 캘러스가 유기되었다. '수홍' 엽조직을 NAA나 2,4-D가 첨가된 배지에서 8개월간 배양하면 212번 primer에서 생산된 RAPD band가 모본 band와는 상이하게 나타났다. '보교'와 '여봉'의 엽에서 유기된 캘러스를 2,4-D가 첨가된 액체배지에 계대배양회수를 달리하여 배양하였을 때 12회 계대배양에서 모본과 상이한 RAPD band가 출현되었다.

• 한국버섯학회지
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• 제12권3호
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• pp.181-186
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• 2014

본 연구는 느티만가닥버섯 20품종 버섯, 잿빛만가닥 3품종 버섯, 땅지만가닥 1품종 및 돌연변이 느티만가닥버섯 20종류의 유전적 변이를 RAPD 방법에 의해 분석하고자 수행하였다. 이들은 한국, 중국, 일본, 대만 등에서 유래한 것들이다. 느티만가닥버섯에 감마선을 조사하여 돌연변이체를 만들었다. 본 연구에 이용한 primer들은 40종류였고 이 중 31종류의 primer등이 반응을 나타내었다. RAPD 결과들을 분석한 결과 이 들 품종으로는 7개의 cluster로 나뉘어 졌다. 돌연변이체들은 유전적으로 유의적 차이가 있는 subgroup으로 나눌 수 있었다. 이상의 결과들은 본 실험에 사용한 primer들과 포자의 감마선 조사 등을 버섯의 신품종 개발에 유용한 도구가 될 것으로 생각된다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제16권3호
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• pp.423-430
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• 2006

A total of 367 isolates of Phytophthora infestans was collected from the leaf samples of late blight disease from five provinces in Korea over the three growing seasons of 2002-2004. Of the 367 isolates, 337 isolates were of the A1 mating type, and 30 isolates were of A2 mating type, showing that the majority was A1 mating type. Profiles of Gpi and Pep defined four allozyme genotypes among the total of 367 isolates. All four allozyme genotypes could be distinguished on the basis of Gpi profiles alone, whereas all isolates were homozygous at the Pep locus (100/100). The mitochondrial DNA haplotype of all isolates were the IIa haplotype. Amplification of the genomic DNAs extracted from eight isolates of each mating type by polymerase chain reaction with the selected primer (OPC-5 primer) produced a total of 20 DNA bands, of which 11 bands were polymorphic. According to the RAPD analysis using the OPC-5 primer, 106 isolates including two standard isolates were separated into 8 groups at the similarity level of 92.5%. The RAPD groups were not correlated with the allozyme genotypes and the isolated locations. All of the eight RAPD groups were identified in Gangwon-do, suggesting that Gangwon-do is the center of origin of the P. infestans in Korea. A 600-bp DNA band generated with the OPC-5 primer was specific to A1 mating type isolates, but not detected with A2 mating type, showing that the specific PCR primer can distinguish different mating types in P. infestans.