• BMB Reports
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• 제36권2호
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• pp.201-206
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• 2003

Two lymphoid-specific proteins, RAG1 and RAG2, are required for the initiation of the V(D)J recombination in vitro. The V(D)J cleavage that is mediated by RAG proteins at the border between the coding and signal sequences results in the production of a hairpin at the coding end and a double-stranded break at the signal end. Two hairpin coding ends are re-opened, modified, and sealed; whereas, the signal ends are directly ligated. Here I report that only RAG1 can carry out a distinct endonucleolytic activity in vitro using an oligonucleotide substrate that is tethered by a short single-stranded DNA. The purified RAG1 protein alone formed a nick at the near position to the recombination signal sequence. This endonucleolytic activity was eliminated by immunoprecipitation using the RAG1-specific antibody, and required the 3'-hydroxy group. All of the RAG1 mutants that were incapable of the nick and hairpin formation in the V(D)J cleavage analysis also showed this new endonucleolytic activity. This suggests that the nicking activity that was observed might be functionally different from the nick formation in the V(D)J cleavage.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제18권12호
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• pp.1890-1894
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• 2008

Apoemulsan is a biopolymer with potent emulsification activity, produced by Acinetobacter venetian us RAG-1 (RAG-1). The wee gene cluster is responsible for apoemulsan biosynthesis. The analysis of (i) a putative polysaccharide copolymerase mutant (${\Delta}wzc$), (ii) a putative polymerase mutant (${\Delta}wzy$), and (iii) an apoemulsan-deficient variant (${\Delta}2$) indicated that the wee gene cluster controls the synthesis of two polysaccharides: high molecular weight (HMW) and low molecular weight (LMW). LMW polysaccharide of wee origin was present in LPS isolated from RAG-1 cells, suggesting a link to the Lipid A-core of LPS molecules. SDS-PAGE analysis indicated that apoemulsan is copurified with LPS polysaccharide, with implications in the emulsification activity of RAG-1 polymer.

• KSBB Journal
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• 제6권4호
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• pp.389-394
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• 1991

Emulsan is an extracellular emulsifying agent produced by the hydrocarbon-degrading Acinetobacter species RAG-1. In this study emulsan production of Acinetobacter calcpaceticus RAG-1 was investigated under various culture modes such as batch, fed-batch, membrane cell recycle, and continuous culture. The productions of emulsan under both ethanol-sufficient fed-batch and membrane cell recycle cultures were all 15.0U/ml, which was 53% increase in emulsan activity compared to that of pH controlled batch culture. Emulsan production was found to be strongly dependent on the residual ethanol concentration. In continuous culture the emulsan productivity increased with dilution rate.

• 한국어류학회지
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• 제22권4호
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• pp.273-278
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• 2010

왜매치 Abbottina springeri Banarescu and Nalbant의 분자계통학적 위치를 밝히기 위해 한국에 서식하는 버들매치속 2종과 모래주사속 5종의 핵 유전자인 recombination activating gene 1 (RAG1)의 염기서열을 분석하였다. RAG1 유전자 염기서열 정보에 기초한 계통수에서 배들매치 A. rivularis는 단계통군을 형성하는 왜매치, Biwia zezera 및 모래주사속 종들과 분리되었다. 이 계통 내에서 B. zezera는 왜매치와 모래주사속 5종을 구성된 단계통 그룹과 자매계통 관계를 보였다. 분자계통수 상에서 버들매치속 2종은 다계통군으로 나타났고, 이러한 결과는 골격 특징들에 근거한 이들의 계통적 관계를 밝힌 선행연구와 잘 일치하였다. 따라서 입의 피질돌기 유무와 부레의 골낭 유무와 크기 등과 같은 형태적 특징들에 근거한 버들배치속과 모래주사속의 현분류체계는 진화 역사를 잘 반영하지 못하는 것으로 여겨진다.

• BMB Reports
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• 제40권3호
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• pp.432-438
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• 2007

V(D)J recombination, a site-specific gene rearrangement process occurring during the lymphocyte development, begins with DNA double strand breaks by two recombination activating gene products (RAG1/2) and finishes with the repair process by several proteins including DNA-dependent protein kinase (DNA-PK). In this report, we found that RAG2 was specifically phosphorylated by DNA-PK at the $365^{th}$ serine residue, and this phosphorylated RAG2 affected the V(D)J recombination activity in cells in the GFP expression-based assay. While the V(D)J recombination activity between wild-type RAG2 and mutant S365A RAG2 in the assay using a signal joint substrate was undistinguishable in DNA-PK deficient cells (M059J), the activity with wild-type RAG2 was largely increased in DNA-PK proficient cells (M059K) in comparison with mutant RAG2, suggesting that RAG2 phosphorylation by DNA-PK plays a crucial role in the signal joint formation during V(D)J recombination.

• 한국어류학회지
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• 제21권4호
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• pp.287-290
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• 2009

줄종개(Cobitis tetralineata)와 왕종개(Iksookimia longicorpa)간 자연잡종으로 추정되는 개체를 유전적으로 동정하기 위하여 핵 recombination activating gene 1 (RAG1)과 미토콘드리아 cytochrome c oxidase I (COI) 유전자들의 염기서열을 분석하였다. RAG1 염기서열을 분석한 결과 850 bp 중에서 두 친어종들 간에 총 23개의 치환이 관찰되었고, 자연잡종 개체의 electropherogram에서는 이들 치환이 관찰된 모든 위치들에서 double peak들이 관찰되어, 멘델의 유전법칙을 따랐다. 그리고 모계를 통해 자손에게 유전되는 특징을 가지는 미토콘드리아 유전자들 중에서 COI 염기서열을 비교한 결과 잡종 개체는 줄종개와 염기서열이 100% 일치하여 그 모계는 줄종개임이 명확히 밝혀졌다.

• 대한원격탐사학회지
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• 제22권6호
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• pp.601-612
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• 2006

본 연구는 방대한 크기 원격 탐사 영상 자료의 효율적인 분석을 위한 RAG (Region Adjancency Graph) 기반 영상 분할 기법을 제안하고 있다. 제안된 알고리즘은 계산의 효율성을 위하여 CN-chain 연결과 저장 기억의 효율성을 위하여 sliding 다중 창을 사용한다. RAG에 의한 지역 합병은 최선의 결합을 위한 edge을 발견과 합병에 따른 graph의 갱신의 과정이다. CN-chain 연결법은 가장 유사한 인접 지역의 연결을 형성하면서 최선의 edge를 발견하여 합병을 해 나가는 과정으로 영상 자료 크기의 증가에 따라 단지 증가 배수만큼만 분석 시간을 증가시킨다. 합병에 의해 변하는 RAG의 효율적인 갱신을 위하여 RNV(Regional Neighbor Vector)를 사용하였다. 방대한 크기 자료 분석은 막대한 기억 용량의 시스템을 필요로 한다. 제안된 수평적인 구조의 sliding 다중 창 작업은 필요한 기억 용량을 현저히 감소시켜 가능한 분석 자료의 크기를 증대시켰을 뿐 아니라 계산 시간의 감소를 초래하였다. 본 연구는 simulation 자료를 사용하여 광범위하게 제안된 알고리즘의 성능을 실험하였으며 실험 결과는 알고리즘의 효율성을 입증하였다.

• 한국정보과학회 언어공학연구회:학술대회논문집(한글 및 한국어 정보처리)
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• 한국정보과학회언어공학연구회 2023년도 제35회 한글 및 한국어 정보처리 학술대회
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• pp.683-689
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• 2023

자연어 처리 분야는 최근에 큰 발전을 보였으며, 특히 초대규모 언어 모델의 등장은 이 분야에 큰 영향을 미쳤다. GPT와 같은 모델은 다양한 NLP 작업에서 높은 성능을 보이고 있으며, 특히 챗봇 분야에서 중요하게 다루어지고 있다. 하지만, 이러한 모델에도 여러 한계와 문제점이 있으며, 그 중 하나는 모델이 기대하지 않은 결과를 생성하는 것이다. 이를 해결하기 위한 다양한 방법 중, Retrieval-Augmented Generation(RAG) 방법이 주목받았다. 이 논문에서는 지식베이스와의 통합을 통한 도메인 특화형 질의응답 시스템의 효율성 개선 방안과 벡터 데이터 베이스의 수정을 통한 챗봇 답변 수정 및 업데이트 방안을 제안한다. 본 논문의 주요 기여는 다음과 같다: 1) QA Pair Passage RAG을 활용한 새로운 RAG 시스템 제안 및 성능 향상 분석 2) 기존의 LLM 및 RAG 시스템의 성능 측정 및 한계점 제시 3) RDBMS 기반의 벡터 검색 및 업데이트를 활용한 챗봇 제어 방법론 제안

• 한국항공운항학회지
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• 제29권1호
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• pp.38-46
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• 2021

The Organization's ability to respond to social disasters has begun to be treated as important through social shock situations that have never been experienced, such as COVID-19. Among them, the ability to respond to unexpected risks and resilience is emerging. Since social disasters such as infectious diseases are periodically repeated, compounded, and enlarged, they develop into a global crisis situation, so this crisis response capability is treated as national competitiveness. Therefore, this study aims to improve the organization's response capability in terms of risk response and resilience under rapid social disasters such as COVID-19. The aviation safety field was taken as an example. From the Safety-II perspective, safety management focuses on the ability to resilience in response to system vulnerabilities in various situations. In this study, I intend to apply RAG(Resilience Assessment Grid) of Respond, Monitor, Learn and Anticipate, the four major potential of resilience engineering. Based on Hollnagel's research, potential elements were classified into four, and items were organized through an expert panel using Delphi techniques. The final configured RAG items are 15 Respond, 15 Monitor, 15 Learn and 11 Anticipate. The RAG was evaluated by 42 experts in the field of aviation safety.

• 한국양식학회지
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• 제22권1호
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• pp.79-82
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• 2009

한국 고유종인 각시붕어 R. uyekii와 떡납줄갱이 R. notatus로부터 유도된 정교배 및 상반교배 잡종어류의 분자생물학적 동정을 위하여 핵에서 encoding되는 RAG-1 유전자의 염기서열 분석을 실시하였다. 분석된 863 bp의 염기서열 중 각시붕어와 떡납줄갱이 사이에는 총 13개의 위치에서 염기서열 변이가 탐색되었다. 잡종어류의 RAG-1 유전자 염기서열을 분석한 결과 모계와 부계의 염기서열 차이를 보인 13개의 변이 부분에서 부모의 염기서열을 다같이 반영하는 double peaks 패턴을 보였으나 정교매체(UN 유전형)와 상반교배체(NU 유전형) 간의 염기서열 차이는 관찰되지 않았다.