BACKGROUND: The conazoles, difenoconazole, diniconazole, hexaconazole, penconazole and tetraconazole are a large class of synthetic fungicides used extensively for foliage and seed treatments in agricultural crops. The extensive use of conazoles has brought concerns on the potentiality of environmental contamination and toxicity. Thus studies on the development of methods for monitoring the conazoles are required. METHODS AND RESULTS: A modified quick, easy, effective, rugged and safe (QuEChERS) method was involved in sample preparation. Quadrapole time of flight mass spectrometer (Q-TOF MS) in electron spray ionization (ESI) mode was employed to determine conazoles in garlic samples. The limit of detection (LOD) and limit of quantification (LOQ) of conazoles by Q-TOF-MS ranged from 0.001 to 0.002 mg/L and 0.002 to 0.005 mg/L, respectively. Q-TOF-MS analysis exhibited less than 2.6 ppm error of accurate mass measurements for the detection of conazoles spiked at 0.05 mg/L in garlic matrix. Recovery values of conazoles fortified in garlic samples at 0.02, 0.05 and 0.1 mg/L were between 79.2 and 106.2% with a maximum 11.8% of standard deviation. No detectable conazoles were found in the domestic market samples by using the Q-TOF-MS method. CONCLUSION(s): High degree of confirmation for conazoles by accurate mass measurements demonstrated that Q-TOF-MS analysis combined with a QuEChERS method may be applicable to simultaneous determination of conazoles in garlic samples.
포유동물에서 중요한 구조단백질인 콜라겐은 다양한 조직내 단백질 조성과 사슬간 복잡한 가교결합의 존재로 인해 그 구조가 복잡하고 다양하여, 직접적으로 분석할 적당한 방법이 없었다. 본 연구에서는 간단한 전처리만으로 다수의 생체분자 시료에 대해 정확한 분자량 측정이 가능한 매트릭스 보조 레이저 탈착/이온화 비행시간 질량분석법(MALDI-TOF MS)을 이용하여 콜라겐과 조각화된 콜라겐을 분석하고 이의 아미노산 서열을 사중극자-비행시간 직렬 질량분석법(Q-TOF MS/MS)으로 확인하여, 시료 중의 콜라겐의 종류에 대한 정보를 확인하여, MALDI-TOF 질량분석을 이용한 콜라겐 분석에서 콜라겐의 종류를 쉽게 예측할 수 있는 방법을 제시하고자 하였다. 쥐의 꼬리에서 분리한 콜라겐을 SDS-PAGE로 분리한 결과 10개의 band를 얻을 수 있었는데, 같은 시료를 MALDI-TOF MS로 확인하여 각 band의 정확한 분자량을 결정할 수 있었다. SDS-PACE상의 10개의 분리된 band에 대해 각각 tryptic digestion후 MALDI-TOF 질량분석을 수행한 결과 4개의 band에서 type I 콜라겐의 $\alpha_1$-chain내의 fragment인 Gly1056-Arg1073을 확인할 수 있었고, 5개의 band에서 type I 콜라겐의 $\alpha_2$-chain내의 fragment인 Gly985-Arg1002을 확인하였다. 잔재한 콜라겐의 가교결합으로 인해 예상되는 fragment중 둘만이 확인되었지만, 확인된 fragment를 통해 적어도 7개의 band에서는 type I콜라겐이 존재함을 확인할 수 있었다. 확인된 두 콜라겐 flagment의 아미노산 서열을 Q-TOF MS/MS로 분석한 결과 MALDI-TOF MS에서의 예측과 일치함을 확인할 수 있었으며, 이를 통해 확인된 두 fragment에 의한 peak을 지문으로 하여 MALDI-TOF MS측정시에 시료내의 type I 콜라겐의 존재를 쉽게 확인할 수 있음을 볼 수 있었다.
Kang, Kyo Bin;Jang, Dae Sik;Kim, Jinwoong;Sung, Sang Hyun
Mass Spectrometry Letters
/
제7권2호
/
pp.45-49
/
2016
An UHPLC-ESI-qTOF-MS analytical method was developed for cyclopeptide alkaloids in the seeds of Ziziphus jujuba var. spinosa (Semen Ziziphi Spinosae), which is a commonly used herb in Chinese and Korean traditional medicines. Considering the basicity of cyclopeptide alkaloids, a specific separation method was developed for an UHPLC system. The compounds were detected by DAD and ESI-qTOF-MS, and their fragmentation patterns were also acquired by MSE technologies. Peak-picking of major compounds was performed with nine previously isolated compounds and two reference standard compounds. Tandem MS fragmentation behaviors of type-Ia and -Ib cyclopeptide alkaloids were investigated with the acquired data to develop a strategy for dereplication of other cyclopeptide alkaloid compounds in Z. jujuba var. spinosa. Two more cyclopeptide alkaloids were tentatively identified with UHPLC-ESI-qTOF-MS using this method.
DMIDR (General Electric Healthcare, USA)은 GE 사(社)의 최신 장비로써 PSF (Point Spread Function reconstruction), TOF(Time of Flight)와 Q.Clear의 적용이 가능하다. 특히, Q.Clear는 보정 알고리즘으로써 복셀(voxel)단위 신호 잡음 제거로 기존 OSEM (Ordered Subset Expectation Maximization)의 한계를 넘어설 수 있다. 따라서 이러한 재구성 및 보정 알고리즘의 성능 평가를 통해 정확한 SUV를 구현하며, 병변 검출 능력에 도움이 되는 알고리즘의 조합을 확인하고자 하였다. H/B(Hot & Background) Ratio 2:1, 4:1, 8:1의 비율로 NEMA/IEC 2008 PET phantom을 제작하였다. DMIDR의 NEMA test protocol을 이용하여 영상 획득을 하였다. 재구성 조합은 (1) VPFX(VUE point FX(TOF)), (2) VPHD-S(VUE point HD+PSF), (3) VPFX-S(TOF+PSF), (4) QCHD-S-400(VUE point HD+Q.Clear(${\beta}-strength$ 400)+PSF), (5) QCFX-S-400(TOF+Q.Clear(${\beta}-strength$ 400)+PSF), (6) QCHD-S-50(VUE point HD+Q.Clear(${\beta}-strength$ 50)+PSF), (7) QCFX-S-50(TOF+Q.Clear(${\beta}-strength$ 50) + PSF)의 7 가지로 구성하였다. H/B Ratio 및 재구성 알고리즘 별로 측정된 결과를 이용하여 CR (Contrast Recovery)와 BV (Background Variability)을 구하였다. 또한, 각 조합의 count를 측정하여 SNR (Signal to Noise Ratio)과 RC(Recovery Coefficient)를 구하고 SUV (Standardized Uptake Value)를 측정하였다. 구의 크기가 가장 작은 10 mm와 13 mm에서는 VPFX-S, 17 mm 이상에서는 QCFX-S-50에서 가장 높은 CR 결과를 보였다. BV와 SNR의 비교에서는 QCFX-S-400과 QCHD-S-400에서 좋은 값을 보였다. SUV 측정 결과는 H/B ratio와 비례하여 증감하는 양상을 보였다. SUV에 대한 RC의 경우 H/B ratio와 반비례하는 양상을 보였으며, 재구성 알고리즘 중에서는 QCFX-S-50이 가장 높은 값을 보였다. 또한, Q.Clear에 ${\beta}-strength$ 400이 적용된 재구성 알고리즘들이 낮은 값 분포를 보였다. Q.Clear가 적용된 재구성 조합은 ${\beta}-strength$를 높이면 신호잡음이 억제되어 영상 품질면에서 우수한 결과를 보였고 ${\beta}-strength$를 낮추면 선예도가 증가하며, partial volume effect가 감소하여 기존의 재구성 조건에 비하여 높은 RC에 근거한 SUV 측정이 가능하였다. 이러한 진보된 알고리즘의 사용으로 보다 정확한 정량화와 미세병변 검출능력을 향상 시킬 수 있으나 상관 관계를 고려하여 목적에 맞는 최적화 과정이 필요할 것으로 사료된다.
In this study, some of the recently reported data processing strategies were evaluated and modified based on their capabilities and a brief workflow for data mining was redefined for Q-TOF LC-MS based untargeted metabolomics. Commercial pooled human plasma samples were used for this purpose. An ultrafiltration procedure was applied on sample preparation. Sample set was analyzed through Q-TOF LC/MS. A C18 column (Agilent Zorbax 1.8 µM, 50 × 2.1 mm) was used for chromatographic separation. Raw chromatograms were processed using XCMS - R programming language edition and Isotopologue Parameter Optimization (IPO) was used to optimize XCMS parameters. The raw XCMS table was processed using MS Excel to find reliable and reproducible peaks. Totally 1650 reliable and reproducible potential metabolite peaks were found based on the data processing procedures given in this paper. The redefined dataset was upload into MetaboAnalyst platform and the identified metabolites were matched with 86 metabolic pathways. Thus, two list were obtained and presented in this study as supplement files. The first list is to present the retention times and m/z values of detected metabolite peaks. The second list is the metabolic pathways related with the identified metabolites. The briefly described data processing strategies and dataset presented in this study could be beneficial for the researchers working on untargeted metabolomics for processing their data and validating their results.
The metabolic profiles of Panax quinquefolius and its associated therapeutic values are critically affected by the repetitious steaming times. The times-dependent steaming effect of P. quinquefolius is not well-characterized and there is also no official guideline on its times of steaming. In this paper, a UPLC-Q-TOF-MS/MS method was developed for the qualitative profiling of multi-parametric metabolic changes of raw P. quinquefolius during the repetitious steaming process. Our method was successful in discriminating the differentially multi-steamed herbs. Meantime, the repetitious steaming-inducing chemical transformations in the preparation of black American ginseng (American ginseng that was subjected to 9 cycles of steaming treatment) were evaluated by this UPLC-Q-TOF-MS/MS based chemical profiling method. Under the optimized UPLC-Q-TOF-MS/MS conditions, 29 major ginsenosides were unambiguously identified and/or tentatively assigned in both raw and multi-steamed P. quinquefolius within 19 min, among them 18 ginsenosides were detected to be newly generated during the preparatory process of black American ginseng. The mechanisms involved were further deduced to be hydrolysis, dehydration, decarboxylation and addition reactions of the original ginsenosides in raw P. quinquefolius through analyzing mimic 9 cycles of steaming extracts of 14 pure reference ginsenosides. Our novel steaming times-dependent metabolic profiling approach represents the paradigm shift in the global quality control of multi-steamed P. quinquefolius products.
In this study, we set up an analytical method that can be used for rapid and accurate determination of representative isoquinoline alkaloids in medicinal plants using UPLC-ESI-Q-TOF MS (ultra pressure liquid chromatography-electrospray ionization-quadrupole-time-of-flight mass spectrometry). The compounds were eluted on a C18 column with 0.1 % formic acid and acetonitrile, and separated with good resolution within 13 min. Each of the separated components was characterized by precursor ions (generated by ESI-Q-TOF) and fragment ions (produced by collision-induced dissociation, CID), which were used as a reliable database. We also performed method validation: analytes showed excellent linearity ($R^2$, 0.9971-0.9996), LOD (5-25 ng/mL), LOQ (17-82 ng/mL), accuracy (91.6-97.4 %) as well as intra- and inter-day precisions (RSD, 1.8-3.2 %). In the analysis of Chelidonium majus L., magnoflorine, coptisine, sanguinarine, berberine and palmatine were detected by matching retention times and characteristic fragment ion patterns of reference standards. We also confirmed that, among the quantified components, coptisine was present in the highest quantity. Furthermore, alkaloid profiling was carried out by analyzing the fragment ion patterns corresponding to peaks of unknown components. In this manner, protopine, chelidonine, stylopine, dihydroberberine, canadine, and nitidine were tentatively identified. We also proposed the molecular structure of the fragment ions that appear in the mass spectrum. Therefore, we concluded that our suggested method for the determination of major isoquinoline alkaloids by UPLC-Q-TOF can be useful not only for quality control, but also for rapid and accurate investigation of phytochemical constituents of medicinal plants.
Selection of specific medicinal sources as well as bioactive compounds is important for the preparation of medicine and related products with good quality. It is necessary to pay close attention for choosing correct medicinal sources, particularly in case of medicinal plants, because of their diversity, which can affect the quality and efficacy of medicine. Discrimination of plants based on morphological or genetic characteristics has been used as a conventional classification method of pharmaceutical sources so far; however, more need demands more general methods for accurate quality assessment of medicinal plants. In this study, ultra performance liquid chromatography/quadrupole time-of-flight mass spectrometry (UPLC/Q-TOF MS) technique applied to this metabolic profiling is a powerful tool due to its higher sensitivity, resolution, and speed compared to conventional HPLC technique. The metabolite profiling of several medicinal plants including Panax ginseng was carried out using UPLC/Q-TOF MS and total metabolites were then subsequently applied to various statistical tools to compare the patterns. The developed metabolomics tool with UPLC/Q-TOF MS successfully identified and classified the samples tested according to their origins.
Kaplan, Ozan;Oncul, Selin;Ercan, Ayse;Celebier, Mustafa
Mass Spectrometry Letters
/
제11권2호
/
pp.36-40
/
2020
Untargeted metabolomics is a useful tool for drug development focusing on novel chemotherapeutic and chemopreventative agents against cancer cells. In recent years, quadrupole time of flight liquid chromatography-mass spectrometry (Q-TOF LC/MS)-based untargeted metabolomic approaches have gained importance to evaluate the effect of these agents at the molecular level. The researchers working on cell culture studies still do not apply standardized methodologies on sample preparation for untargeted metabolomics approaches. In this study, the rough and wet lysis techniques performed on MCF-7 breast cancer cells were compared with each other via the Q-TOF LC/MS-based metabolomic approach. The C18 and hydrophilic interaction liquid chromatography (HILIC) columns were used for the separation of the metabolites in MCF-7 cell lysates. 505 peaks were detected through the HILIC column and 551 peaks were found through the C18 column for the wet lysis technique. This situation supported by the base peak chromatograms showed that the wet lysis technique allowed us to extract higher number of non-polar metabolites. Almost equal number of metabolites was found for the C18 and HILIC columns (697 peaks for the HILIC column and 695 peaks for the C18 column) when the rough lysis technique was used. However, the intensities of polar metabolites were higher for the rough lysis technique on base peak chromatograms for both the HILIC and C18 columns. Although cell lysis technique, which is the first step in the sample preparation for cell culture studies, does not cause dramatic differences in the number of the detected metabolite peaks, it affects the polar and non-polar metabolite ratio significantly. Therefore, it must be considered carefully especially for in vitro drug development studies.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.