• 제목/요약/키워드: Profiling analysis

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Critical Adjuvant Influences on Preventive Anti-Metastasis Vaccine Using a Structural Epitope Derived from Membrane Type Protease PRSS14

  • Ki Yeon Kim;Eun Hye Cho;Minsang Yoon;Moon Gyo Kim
    • IMMUNE NETWORK
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    • 제20권4호
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    • pp.33.1-33.19
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    • 2020
  • We tested how adjuvants effect in a cancer vaccine model using an epitope derived from an autoactivation loop of membrane-type protease serine protease 14 (PRSS14; loop metavaccine) in mouse mammary tumor virus (MMTV)-polyoma middle tumor-antigen (PyMT) system and in 2 other orthotopic mouse systems. Earlier, we reported that loop metavaccine effectively prevented progression and metastasis regardless of adjuvant types and TH types of hosts in tail-vein injection systems. However, the loop metavaccine with Freund's complete adjuvant (CFA) reduced cancer progression and metastasis while that with alum, to our surprise, were adversely affected in 3 tumor bearing mouse models. The amounts of loop peptide specific antibodies inversely correlated with tumor burden and metastasis, meanwhile both TH1 and TH2 isotypes were present regardless of host type and adjuvant. Tumor infiltrating myeloid cells such as eosinophil, monocyte, and neutrophil were asymmetrically distributed among 2 adjuvant groups with loop metavaccine. Systemic expression profiling using the lymph nodes of the differentially immunized MMTV-PyMT mouse revealed that adjuvant types, as well as loop metavaccine can change the immune signatures. Specifically, loop metavaccine itself induces TH2 and TH17 responses but reduces TH1 and Treg responses regardless of adjuvant type, whereas CFA but not alum increased follicular TH response. Among the myeloid signatures, eosinophil was most distinct between CFA and alum. Survival analysis of breast cancer patients showed that eosinophil chemokines can be useful prognostic factors in PRSS14 positive patients. Based on these observations, we concluded that multiple immune parameters are to be considered when applying a vaccine strategy to cancer patients.

Comparative Phytochemical Profiling of Methanolic Extracts of Different Parts of White Dandelion (Taraxacum coreanum) using Hybrid Ion-mobility Q-TOF MS

  • Hyemi Jang;Mira Choi;Eunmi Lee;Kyoung-Soon Jang
    • Mass Spectrometry Letters
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    • 제15권2호
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    • pp.95-106
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    • 2024
  • Taraxacum coreanum, known as the native Korean white dandelion, has been historically used in traditional medicine due to its various therapeutic properties. However, the specific benefits and mechanisms of white dandelion in alleviating particular symptoms or diseases remain uncertain due to the complexity of its phytochemical profile. In this study, we aimed to elucidate the phytochemical profiles of methanolic extracts of different parts of the white dandelion (flower, leaf, stem, and root) using hybrid ion-mobility Q-TOF MS. Using the trapped ion mobility-based PASEF technique, 3715 and 2114 molecular features with MS2 fragments were obtained in positive and negative ion modes, respectively, and then a total of 360 and 156 phytochemical compounds were annotated by matching with a reference spectral library in positive and negative ion modes, respectively. Subsequent feature-based molecular networking analysis revealed the phytochemical differences across the four different parts of the white dandelion. Our findings indicated that the methanolic extracts contained various bioactive compounds, including lipids, flavonoids, phenolic acids, and sesquiterpenes. In particular, lipids such as linoleic acids, lysophosphatidylcholines, and sesquiterpenoids were predominantly present in the leaf, while flavonoid glycosides and lysophosphoethanolamines were notably enriched in the flower. An assessment of the total phenolic content (TPC) and total flavonoid content (TFC) of the methanolic extracts revealed that the majority of phytochemicals were concentrated in the flower. Interestingly, despite the root extract displaying the lowest TPC and TFC values, it exhibited the highest radical scavenging rate when normalized to TPC and TFC, suggesting a potent antioxidant effect. These findings and further investigations into the biological activities and medicinal potential of the identified compounds, particularly those exclusive to specific plant parts, may contribute to the development of novel therapeutic agents derived from white dandelion.

멜론 유전자원의 형태적 특성 및 유전적 구성 평가 (Evaluation of Morphological Traits and Genetic Composition in Melon Germplasm)

  • 이승범;장익;현도윤;이정로;김성훈;유은애;이수경;조규택;이경준
    • 한국작물학회지
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    • 제65권4호
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    • pp.485-495
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    • 2020
  • 농업유전자원센터에 보존 중인 멜론(Cucumis melo L.) 206자원에 대한 형태적 특성을 분석하였다. 형태적 특성은 과장, 과폭, 과형지수, 과육두께, 당도, 개화일수, 성숙일수 등 7가지 양적형질과 과피색, 과육색 등 2가지 질적형질을 조사하고 다변량분석을 하였다. 또한 20개 SSR 마커를 이용하여 그들의 유전적 구성을 분석하였다. 1. 멜론 유전자원 중 아시아 국가에서 수집한 자원이 77.2%로 가장 많았으며 국가별로는 우즈베키스탄에서 수집한 자원이 가장 많았다. 2. 7가지 양적형질중에서 개화일수가 자원간 가장 적은 변이(CV=9.2%)를 보였으며 당도(CV=29.1%)가 가장 높은 변이를 보였다. 3. 질적 형질 중 과피색은 녹색(102자원, 49%), 과육색은 흰색(115자원, 56%)이 가장 많았다. 4. 주성분 분석 결과 제1주성분(36.7%), 제2주성분(22.1%), 제3주성분(21.7%)이 전체 변량의 80.5%를 나타내었다. 5. 군집분석 결과 멜론 206자원은 3개의 그룹으로 나뉘었으며 각각 107자원, 43자원, 56자원으로 구성이 되었다. 이 중 그룹 I에 속한 자원들이 다른 그룹의 자원들 보다 과장, 과폭이 길고 당도가 높은 특징을 보였다. 6. SSR 마커를 이용한 유전적 상태 구분 결과 K189118, K100486, K190292은 모두 동형접합형 대립유전자(Homozygote allele)를 보였으며 이를 토대로 근교계(Inbred) 자원으로 예측 할 수 있었다. 본 연구 결과는 멜론 과일 품질 향상을 위한 육종 프로그램에 기초자료로 활용될 수 있을 것이다.

유영철 연쇄살인사건 분석 (Analysis of the Case with Serial Killer Young Cheol Yoo)

  • 이진동;이상한
    • 대한수사과학회지
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    • 제2권1호
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    • pp.32-51
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    • 2007
  • 연쇄강력범죄가 빈발하면서 관련분야에 대한 논의와 관심이 증대되고 있는 가운데 본 연구는 유영철 연쇄살인사건에 대해 분석해 보았다. 이를 위해 본 연구는 첫째, 유영철의 범행과정을 계획적 침입살인인 부유층 노인 살인사건, 무계획적 우발살인인 황학동 노점상 살인사건, 계획적 유인살인인 직업여성 살인사건으로 나누어 살펴보고 둘째, 범행동기 범행대상 범행시간과 장소 범행수단과 방법을 분석해보고 셋째, 유영철 사건의 프로파일링기법에 대한 평가와 경찰수사의 문제점에 대해 살펴보았다. 유영철 연쇄살인사건은 첫째, 범행동기는 부자와 노인, 여성에 대한 증오, 질병과 사망에 대한 공포 등이 복합적으로 작용한 것으로 보인다. 둘째, 범행대상은 부유층 주택 노인, 노점상, 출장마사지와 전화방 도우미로 일하는 직업여성이었고, 피해자 수는 부유층 주택 노인 살인의 경우 4건의 범행에 남성 3명, 여성 5명이고, 노점상 살인은 1건의 범행에 남성 1명이며, 직업여성 살인은 11건의 범행에 여성 11명으로 총 16건에 20명이 살해되었다. 셋째, 범행시간은 부유층 주택 노인 살인의 경우 오전 10시에서 12시 사이에 일어났고, 직업여성의 경우 늦은 밤이나 새벽에 일어났으며, 범행 장소는 부유층 노인 살인의 경우는 강남구 신사동 삼성동, 종로구 구기동 혜화동의 밖에서 안이 잘 보이지 않는 100평 이상의 주택이었고, 직업여성 살인의 경우는 마포구 노고산동에 위치한 자신의 오피스텔이었다. 마지막으로 범행수단과 방법은 잭나이프는 위협수단으로 사용하고 자신이 직접 만든 해머로 두부 및 안면부를 가격하여 살해하였으며, 부유층 주택 노인 살인의 경우는 증거를 인멸하기 위해 강도로 위장하거나 방화를 하였고, 직업여성의 경우 사체를 토막 내어 암매장하였다. 일반적으로 연쇄살인사건에 있어서 각각의 연쇄살인 속에 나타나는 특징이나 동기, 목적, 과정이 모두 다르며 동일한 수법으로 연쇄살인을 저지른 경우도 있지만 그렇지 않은 경우도 많다. 다른 범죄와는 달리 연쇄살인은 살인범의 특성이나 취향이 많이 다르기 때문에 하나의 특정화된 모델만을 가지고 연쇄살인을 설명하는 데 무리가 따르게 된다. 각각의 연쇄살인 사건마다 나타난 특징을 정확하게 잡아서 자기 것으로 만들어야 하며, 연쇄살인범이 어떠한 생각을 가지고 살인을 저지르게 되었는지에 관한 심리적으로나 사고적으로 따라 가보는 추적상상의 과정이 반드시 같이 진행되어야만 한다. 연쇄살인과 같이 어려운 대상을 연구하고 이를 수사하기 위해서는 다양한 기법과 기술, 그리고 관련된 지식을 갖추고 있어야 한다. 이는 제도적인 노력과 함께 개별적인 노력도 함께 병행되어야 할 것이다.

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Modified Gas-jet Boosted Radio-frequency Glow Discharge 셀의 개발 및 최적화에 관한 연구 (Study for Conductive and Non-conductive Multi-layers Depth Profiling Analysis of Radio Frequency Gas-jet Boosted Glow Discharge Spectrometry)

  • 조원보;스튜어드 보든;정종필;강원규;김규환;김효진
    • 분석과학
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    • 제15권2호
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    • pp.108-114
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    • 2002
  • 고체 시료를 직접 분석하기 위하여 글로우 방전 원자 방출법을 이용한 새로운 장치를 개발하였다. 이 시스템은 기존의 gas-jet boosted nozzle을 개선한 새로운 방전 셀과 Radio-frequency 전원장치를 사용하였다. 기존의 gas-jet boosted nozzle의 경우 재침전이 적고, 시료 손실량이 많아서 낮은 방전 전력에서 저 합금강의 미량 분석에 적합하였다. 하지만 높은 방전 전력을 사용할 경우 시료 손실량이 많아지고, 재석출(redeposition)이 증가함으로 해서 플라스마가 불안정해지는 단점을 지니고 있었다. 기존의 글로우 방전 셀의 경우 방전 전력을 높일 수록 플라스마의 들뜸 온도가 증가하는 경향을 가진다. 이 때문에 높은 방전 전력에서는 플라스마의 온도가 높아져서 극미량 분석이 가능할 수 있지만, 기존의 노즐 부분에 문제점으로 인해 높은 방전 전력으로 분석하기에는 부적합하였다. 이러한 문제점을 modified gas-jet boosted nozzle은 시료 손실량이 같은 방전 전력에서 기존의 가스 제트 흐름노즐에 비하여 감소하지만 높은 방전 전력에서는 플라스마 안정도가 증가하여 극미량 분석이 가능하도록 개선하였다. 본 시스템은 여러 가지 방전에 미치는 실험 변수인 압력과 가스 흐름량 그리고 방전 전력의 변화에 따른 시료 손실 속도와 방출 세기 등의 변화를 측정하여 최적화 하였으며, 표준 시료 Fe합금을 이용하여서 미량 분석을 하였다.

Profiling of remote skeletal muscle gene changes resulting from stimulation of atopic dermatitis disease in NC/Nga mouse model

  • Lee, Donghee;Seo, Yelim;Kim, Young-Won;Kim, Seongtae;Choi, Jeongyoon;Moon, Sung-Hee;Bae, Hyemi;Kim, Hui-sok;Kim, Hangyeol;Kim, Jae-Hyun;Kim, Tae-Young;Kim, Eunho;Yim, Suemin;Lim, Inja;Bang, Hyoweon;Kim, Jung-Ha;Ko, Jae-Hong
    • The Korean Journal of Physiology and Pharmacology
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    • 제23권5호
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    • pp.367-379
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    • 2019
  • Although atopic dermatitis (AD) is known to be a representative skin disorder, it also affects the systemic immune response. In a recent study, myoblasts were shown to be involved in the immune regulation, but the roles of muscle cells in AD are poorly understood. We aimed to identify the relationship between mitochondria and atopy by genome-wide analysis of skeletal muscles in mice. We induced AD-like symptoms using house dust mite (HDM) extract in NC/Nga mice. The transcriptional profiles of the untreated group and HDM-induced AD-like group were analyzed and compared using microarray, differentially expressed gene and functional pathway analyses, and protein interaction network construction. Our microarray analysis demonstrated that immune response-, calcium handling-, and mitochondrial metabolism-related genes were differentially expressed. In the Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) and Gene Ontology pathway analyses, immune response pathways involved in cytokine interaction, nuclear factor-kappa B, and T-cell receptor signaling, calcium handling pathways, and mitochondria metabolism pathways involved in the citrate cycle were significantly upregulated. In protein interaction network analysis, chemokine family-, muscle contraction process-, and immune response-related genes were identified as hub genes with many interactions. In addition, mitochondrial pathways involved in calcium signaling, cardiac muscle contraction, tricarboxylic acid cycle, oxidation-reduction process, and calcium-mediated signaling were significantly stimulated in KEGG and Gene Ontology analyses. Our results provide a comprehensive understanding of the genome-wide transcriptional changes of HDM-induced AD-like symptoms and the indicated genes that could be used as AD clinical biomarkers.

퇴적물 공극수내 O2, Fe2+, Mn2+ 및 HS- 센싱을 위한 금아말감 미세전극 개발 (Development of Gold Amalgam Voltametric Microelectrode for the Quantification of O2, Fe2+, Mn2+, and HS-)

  • 권순길;박동근;최근영;성재빈;김현수;이재우;홍용석
    • 한국물환경학회지
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    • 제38권2호
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    • pp.103-112
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    • 2022
  • A gold amalgam voltammetric microelectrode (GAVM) system was developed for the quantification of dissolved biogeochemical species, such as O2, Fe2+, Mn2+, and HS- in sediment porewater. Commercially available Ag/AgCl and platinum electrodes were used as the reference and counter electrode, respectively, and a gold amalgam microelectrode was fabricated in the laboratory using 150-um diameter gold wire and a borosilicate capillary tube with a 1.6-mm diameter. A portable potentiostat (Metrohm, DropSens) was used for the application of voltage sweeping and to acquire the electric current. For sediment profiling, a commercially available actuator was customized and modified. The analysis method used in the system used the most widely used analysis method among the electrochemical analysis currently used The GAVM system was successively calibrated with the species and applied to estuarine sediments. The porewater analysis showed that the oxygen concentration was decreased to zero at a depth of 0.6 mm, and maximum Mn2+ and Fe2+ concentrations of 50 uM and 20 uM were detected at 2 and 3-cm depths, respectively. Maximum HS- concentrations of 10 uM were detected at 4 cm in the deeper sediments. The GAVM system was successfully developed and applied to the sediment and can be used to better understand biogeochemical reactions.

Gut microbiota profiling in aged dogs after feeding pet food contained Hericium erinaceus

  • Hyun-Woo, Cho;Soyoung, Choi;Kangmin, Seo;Ki Hyun, Kim;Jung-Hwan, Jeon;Chan Ho, Kim;Sejin, Lim;Sohee, Jeong;Ju Lan, Chun
    • Journal of Animal Science and Technology
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    • 제64권5호
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    • pp.937-949
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    • 2022
  • Health concern of dogs is the most important issue for pet owners. People who have companied the dogs long-term provide the utmost cares for their well-being and healthy life. Recently, it was revealed that the population and types of gut microbiota affect the metabolism and immunity of the host. However, there is little information on the gut microbiome of dogs. Hericium erinaceus (H. erinaceus; HE) is one of the well-known medicinal mushrooms and has multiple bioactive components including polyphenol, β-glucan, polysaccharides, ergothioneine, hericerin, erinacines, etc. Here we tested a pet food that contained H. erinaceus for improvement in the gut microbiota environment of aged dogs. A total of 18 dogs, each 11 years old, were utilized. For sixteen weeks, the dogs were fed with 0.4 g of H. erinaceus (HE-L), or 0.8 g (HE-H), or without H. erinaceus (CON) per body weight (kg) with daily diets (n = 6 per group). Taxonomic analysis was performed using metagenomics to investigate the difference in the gut microbiome. Resulting from principal coordinates analysis (PCoA) to confirm the distance difference between the groups, there was a significant difference between HE-H and CON due to weighted Unique fraction metric (Unifrac) distance (p = 0.047), but HE-L did not have a statistical difference compared to that of CON. Additionally, the result of Linear discriminate analysis of effect size (LEfSe) showed that phylum Bacteroidetes in HE-H and its order Bacteroidales increased, compared to that of CON, Additionally, phylum Firmicutes in HE-H, and its genera (Streptococcus, Tyzzerella) were reduced. Furthermore, at the family level, Campylobacteraceae and its genus Campylobacter in HE-H was decreased compared to that of CON. Summarily, our data demonstrated that the intake of H. erinaceus can regulate the gut microbial community in aged dogs, and an adequate supply of HE on pet diets would possibly improve immunity and anti-obesity on gut-microbiota in dogs.

신라시대 교량 월정교 교각기초의 복원안정성 연구 (A Study on the Stability of Foundation for Piers of WoljungGyo Bridge Built in Ancient Silla)

  • 이광우;홍기권;유승경
    • 한국지반신소재학회논문집
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    • 제18권4호
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    • pp.273-286
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    • 2019
  • 신라의 수도인 경주에 서기 760년에 건설된 것으로 알려진 월정교에 대한 복원공사가 최근 완료되었다. 고문헌에 따르면, 월정교는 축조 이후 고려시대인 서기 1280년까지 약 520년 동안 사용된 것으로 보인다. 월정교지에서는 양측 교대와 4개의 교각기초 및 한두단의 교각석이 발견되었다. 발견된 교각기초 중 하나는 상당한 부등침하가 일어난 상태였다. 따라서 월정교의 안전한 복원을 위해서는 부등침하의 원인을 밝히는 것이 매우 중요하다. 이에 본 연구에서는 월정교 복원공사에 앞서, 지층상태 파악을 위한 시추조사, 2차원 지반강성 평가를 위한 표면파시험, 지지력 평가를 위한 대형평판재하시험 등 광범위한 현장조사를 수행하였다. 지반조사 결과를 바탕으로 기초안정성 평가를 위한 3차원 유한요소해석을 실시하였다. 연구결과, 월정교 교각기초의 하부지반은 월정교 복원에 따른 하중에 대해 지지력 및 침하에 충분한 안전율을 가진 것으로 평가되었다. 따라서 교각기초 하부지반에 대한 추가적인 보강은 필요하지 않은 것으로 판단되며, 복원에 앞서 부등침하가 발생한 교각기초 하부에 자갈을 이용한 평탄화 작업은 실시할 필요가 있다.

반복적인 저혈당으로 엑솜 시퀀싱을 통해 31개월에 진단된 Citrin 결핍증 1례 (A Case of Citrin Deficiency Presenting with Recurrent Hypoglycemia: Diagnosed by Targeted Exome Sequencing)

  • 김치우;황정윤;양아람;김진섭;이태헌;장자현;조성윤;진동규
    • 대한유전성대사질환학회지
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    • 제17권2호
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    • pp.69-76
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    • 2017
  • Citrin 결핍증은 요소회로 이상 질환 중 하나로, 7q21.3에 위치한 SLC25A13 유전자에 돌연변이로 발생하는 상염색체 열성 유전질환이다. 세 가지 표현형 중에 신생아 간내 담즙 정체형, 제 2형 시트룰린혈증은 잘 알려졌지만, 성장부진과 이상지질혈증형은 최근에 밝혀지고 있는 표현형으로 아직 우리나라에 보고된 적이 없다. 성장부진과 이상지질혈증형에서는 경미할 수는 있으나 식욕감소, 피곤함, 성장부진, 저혈당, 시트룰린 상승, 이상지질혈증, 젖산염/피루브산염 상승과 같은 이상이 관찰될 수 있다. 또한 저혈당으로 내원하였을 때 일반적인 검사로는 원인 규명이 어려울 수 있다. 저자들은 생후 30개월에 반복적인 저혈당으로 내원하여 소변 유기산 분석, 호르몬 검사와 같은 대사 이상 검사에서 명확한 특정 진단명이 의심되지 않아, 생후 31개월에 targeted exome sequencing을 통해 복합이형접합 SLC25A13 유전자 돌연변이[c.852_855del (p.Met285Profs*2), c.1177+1G>A]를 발견하여 성장부진과 이상지질혈증으로 발현한 citrin 결핍증을 우리나라에서 최초로 진단하여 보고하는 바이다.

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