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ChIP-seq 라이브러리 제작 및 Galaxy 플랫폼을 이용한 NGS 데이터 분석 (ChIP-seq Library Preparation and NGS Data Analysis Using the Galaxy Platform)

  • 강유진;강진;김예운;김애리
    • 생명과학회지
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    • 제31권4호
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    • pp.410-417
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    • 2021
  • NGS (Next-generation sequencing), 즉 차세대염기서열분석은 유전체 수준의 방대한 DNA를 작은 절편으로 만들어서 그 절편들의 염기서열들을 동시에 읽어내는 기법이다. 현재 다양한 생명체의 유전체 염기서열 분석부터 cDNA (complementary DNA)나 ChIPed DNA (chromatin immunoprecipitated DNA)를 분석하는데 이 NGS 기법을 사용하고 있으며, 이 때 얻어진 데이터를 적절히 처리하고 분석하는 일은 생물학적으로 유의미한 결과를 얻기 위하여 중요하다. 하지만 대용량 데이터의 저장 및 활용, 그리고 컴퓨터 프로그래밍 바탕의 데이터 분석은 실험을 수행하는 일반 생물학자들에게 어려운 일이다. Galaxy 플랫폼은 다양한 NGS 데이터 분석 tool을 무료로 제공하는 웹 서비스이며, 생물정보학이나 프로그래밍에 대한 전문지식이 없는 연구자들에게 웹 브라우저만을 이용하여 데이터를 분석할 수 있는 환경을 제공한다. 본 논문에서는 ChIP-seq (chromatin immunoprecipitation-sequencing) 수행을 위한 라이브러리 제작 과정 및 Galaxy 플랫폼을 이용한 ChIP-seq 데이터 분석 과정을 설명하고, K562 세포주에서 수행한 히스톤 H3K4me1 ChIP-seq 결과가 public 데이터와 일치함을 보여준다. 따라서 Galaxy 플랫폼을 활용한 NGS 데이터 분석은 생물정보학에 대한 손쉬운 접근 방법을 제공할 것으로 기대된다.

<수학과제 탐구> 과목의 인물 중심 수업 자료 개발 관련 연구 (A Study on the Development of Person-Based Class Materials in Subject )

  • 이동근
    • 한국수학교육학회지시리즈E:수학교육논문집
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    • 제35권4호
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    • pp.475-504
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    • 2021
  • 본 연구는 '<수학과제 탐구> 과목 관련 자료 개발 연구가 현장 지원 연구로서의 가치가 있다는 점'과 '자료 개발에 있어 수학 개념과 관련된 인물들의 지식 구성과 탐구 활동을 중심으로 자료를 구성하는 것이 수업자료 개발에 도움을 줄 수 있다는 점' 및 '그동안의 <수학과제 탐구> 과목 자료 개발이 미비하다는 점' 등을 고려하여, 현장 교사들이 수업에 바로 적용하는 것이 가능한 수업자료를 개발한 연구이다. 이를 위하여 본 연구는 '자료 개발 계획 수립, 자료 개발, 개발 자료에 대한 현장 교사 검증, 개발 자료에 대한 교과 전문가 검증, 검증 의견을 반영한 최종 자료 개발'의 절차를 거쳤다. 이에 과제 탐구 모형을 반영한 1차시 50분을 기준으로 하였을 때 3차시 분량의 수업 자료를 개발할 수 있었다. 본 연구에서는 17주를 기준으로 한 교육과정 계획표와 교사-학생 상호 작용이 제시된 수업 지도안 및 학생들이 수업 때 작성하여 제출하는 과제 개발서 양식을 하나의 세트로 하여 개발 자료를 제시하였다. 본 연구는 개발된 자료를 실제 수업에 적용하는 것을 염두에 두고 개발하였다. 따라서 개발된 자료를 실제 수업에 적용해보고 그 결과를 분석하는 연구를 필요로 한다.

A Computed Tomography Analysis of the Success of Spinal Fusion Using Ultra-Low Dose (0.7 mg per Facet) of Recombinant Human Bone Morphogenetic Protein 2 in Multilevel Adult Degenerative Spinal Deformity Surgery

  • Liu, Gabriel;Tan, Jun Hao;Yang, Changwei;Ruiz, John;Wong, Hee-Kit
    • Asian Spine Journal
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    • 제12권6호
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    • pp.1010-1016
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    • 2018
  • Study Design: Retrospective cohort study. Purpose: To report on spinal fusion assessment using computed tomography (CT) after adult spinal deformity (ASD) surgery using ultra-low dose recombinant human bone morphogenetic protein 2 (RhBMP-2). Overview of Literature: The reported dose of RhBMP-2 needed for successful spinal posterolateral fusion in ASD ranges from 10 to 20 mg per spinal level. This study reports the use of ultra-low dose of RhBMP-2 (0.07 mg per facet) to achieve spinal fusion in multilevel ASD surgery. Methods: Consecutive patients who underwent ASD surgery using ultra-low dose RhBMP-2 were recruited. Routine postoperative CT analysis for spinal fusion was performed by two spine surgeons. Inter-observer agreement was calculated for facet fusion (FF) and interbody fusion (IBF) at 6 and 12 months after the procedure. Results: Six consecutive ASD patients with a mean age of 62 years (28-72 years) were examined. Each patient received a total dose of 12 mg with an average dose of $0.69{\pm}0.2mg$ (0.42-1 mg) per single FF and $1.38{\pm}0.44mg$ (0.85-2 mg) for IBF. Total 131 FF and 15 IBF were examined in the study, with 88 FFs and nine IBFs being analyzed specifically at 6 months after the surgery. FF and IBF reported by surgeons A and B at 6 months were 97.7% vs. 91.9% FF, respectively (${\kappa}=0.95$) and 100% vs. 100% IBF, respectively (${\kappa}=1$). Two patients underwent longitudinal follow-up CT at 12 months, and the FF rates reported by surgeons A and B were 100% vs. 95.8%, respectively (${\kappa}=0.96$). Five out of nine facet (56%) non-unions were identified at the cross-links. The remaining four facet pseudarthrosis were noted at 1-2 spinal levels caudal to the cross-links. At the final clinical follow-up, there was no rod breakage, deformity progression, neurological deficit, or symptom recurrence. The Oswestry Disability Index improved by an average of $32.8{\pm}6.3$, while the mental component summary of the 36-item Short-Form Health Survey improved by an average of $4.7{\pm}2.1$, and physical component summary improved by an average of $10.5{\pm}2.1$. Conclusions: To our knowledge, this is the first study to report a CT that defined 92%-98% FF and 100% IBF using the lowest reported dose of RhBMP-2 in multilevel ASD surgery. The use of ultra-low dose RhBMP-2 reduces the RhBMP-2 related complications and healthcare costs.

공공기록물의 수집·이관과 아키비스트의 역할 (The Collection and Transfer of Public Records and the Role of the Archivist)

  • 이원규
    • 기록학연구
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    • 제2호
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    • pp.3-48
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    • 2000
  • The collection and transfer of records is a very basic stage in the whole process of records and archives management. However they are regarded as an non-professional art of work in records management that are performed easily by everyone. Therefore they have been treated not properly in the scholarly discussion of archival sciences in Korea. The collection and transfer of records play an active role in the making of effective administrative system, in accumulating and sharing the knowledge and informations of political, economical, social and cultural values. On the basis of proper collection and transfer of records our democracy can operate regularly and our daily experiences can be preserved as historical resources. For the optimal-functioned collection and transfer of public records the archivists for this task must have a comprehensive understanding of whole process of records management and possess suitable professional skills. Moreover there are many sorts of preliminary works needed for this task, as follows: an accurate defining of administrative organizations and their tasks, thorough understanding of records management institutions on their own competence and ability, and the establishment of technical standards for their tasks. Additionally the archivists are able not only to consider the present informational and evidential values of the records, but also the historical values. It can be said that the collection and transfer of records is a "synthesis of records management skills" exerted by an archivist. According to the newly established law of public records management, the collection and transfer of public records must be registered at first electronically. Through this procedure the whole contents of produced and transmitted records, which are to be transferred, can be reported in detail. By means of this report the archival institutions and the archivists can trace back the each items of records(archives) and the result of their arrangement to identify a certain object. There are also new storage strategies employed to increase the whole sum of stored informations, i. e. records and archives, in spite of reducing the storage costs. It will be achieved by differentiations of the preservation methods for each sorts of records by the criteria of storage-period, -place, and -method. Many supplementary methods are also prepared to help the collection of important records(archives) in a complete structure and form. To let this new concept and system of collection and transfer of records operate properly, a number of professional archivists should be posted in the needed places throughout the whole administrative body. Their training must be also updated for the newly defined task of collection and transfer of records.

토픽맵 기반의 기록정보 검색시스템 구축에 관한 연구 (Construction of Record Retrieval System based on Topic Map)

  • 권창호
    • 기록학연구
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    • 제19호
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    • pp.57-102
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    • 2009
  • 최근, 웹을 이용한 기록정보의 유통과 이용이 증가하고, 정보적 활용 가치가 제고되어 웹사이트를 이용한 기록정보서비스가 기록관의 중요업무로 부각되고 있다. 웹을 이용한 기록정보서 비스의 핵심은 이용자가 원하는 기록정보의 검색을 용이하게 하는데 있다. 검색을 용이하게 하기 위해서는 검색시스템의 기본 메커니즘인 이용자질의와 기록정보표현의 매칭의 정확성이 요구된다. 이를 위해 기록정보 관리자들은 다양한 정보표현 도구를 이용하고 있지만, 이용자들은 여전히 정보검색 과정에서 어려움을 겪고 있다. 이를 개선하기 위해 본 연구에는 기록물의 기술정보 메타데이타를 중심으로 정보자원을 구조화하여 이용자 질의의 접근점을 확장하고, 의미있는 매칭을 통해 지식자원화된 검색결과값을 제공하기 위해 토픽맵 기반의 기록정보 검색시스템을 구축하고자 한다. 구축대상은 웹사이트를 이용하는 불특정 이용자이며, 구축범위는 국가기록포탈의 기록자원 중 대통령 기록물로 선정하였다. 구축단계는 다음과 같다. 1)기록물의 기술정보 메타데이타를 중심으로 토픽맵 기반의 기록정보서비스를 위한 온톨로지 모델을 설계한다. 2)설계한 온톨로지 모델을 바탕으로 국가기록포탈에서 추출한 정보자원목록을 에디터를 이용해 토픽맵으로 반입하여 검색시스템으로 구현한다. 3)구축된 검색시스템의 사용자 인터페이스에서 테스트질의를 통해 토픽맵기반 검색시스템의 특징을 확인하고 그 의미를 평가한다. 최종적으로, 의미적 추론에 의한 연관 네비게이션검색을 확인하고, 분산된 기록정보자원 간의 연계된 결과값을 통해 지식자원화의 가능성도 제시한다.

잎화석의 CLAMP 탐구를 통한 고등학교 기후변화 교육 프로그램 개발 (Development of Climate Change Education Program in High School Based on CLAMP Inquiry of Fossil Leaves)

  • 윤마병
    • 대한지구과학교육학회지
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    • 제12권1호
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    • pp.27-39
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    • 2019
  • 본 연구는 고등학교 '통합과학' 교과와 연계하여 CLAMP(Climate-Leaf Analysis Multivariate Program) 고기후 탐구를 통해 기후변화 교육을 할 수 있는 STEAM 프로그램을 개발했다. PDIE 교수 설계 모형에 따라 2015 개정교육과정과 과학 교과서를 분석했고, 전문가 패널과 pilot test를 통해 10차시의 수업자료를 개발했다. STEAM 수업 과정에 따라 상황제시 단계에서는 학교 부근의 광엽수종에서 잎을 수집하여 LMA(Leaf Margin Analysis) 기후 탐구활동으로 학습목표를 제시했다. 창의적 설계 단계에서는 연구 지역의 지질과 화석에 대해 학습했고, CLAMP 입력자료(잎화석의 인상학적 31가지 특성)를 분류하는 실습을 했다. 감성적 체험과 새로운 도전 단계에서는 야외학습으로 화석을 채집하고, CLAMP 방법으로 고기후를 탐구하며 신생대의 기후 변화 경향과 원인에 대해 토의하는 과정에서 기후소양을 함양하게 하였다. 개발 프로그램의 타당도 검증은 전문가 패널 간의 신뢰도 구축 과정을 통해 모든 항목에서 개발 목적에 적합하다는 평가(CVI .84)를 받았다. 이 프로그램을 고등학교 현장에 적용하기 위해서 불일치 사항을 보완하고, 적합성을 검토하기 위해 예비수업을 실시했다. 참여한 학생들의 수업만족도는 4.48이었고, 이들의 의견을 반영하여 프로그램을 완성했다. 이 연구는 고등학생들에게 기후변화에 대한 실천적 지식과 대응 행동 의지를 갖게 하고, 기후소양 함양에 기여할 수 있을 것이다.

사고분석을 통한 선장 비상대응 역량강화 연구 (A Study on the Emergency Response Empowerment for Captain Based on the Analysis of Maritime Accidents)

  • 채종주;박용선;조소현;강석용;이호;김홍범
    • 해양환경안전학회지
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    • 제25권4호
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    • pp.413-422
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    • 2019
  • 해양사고는 항상 인적/물적 피해를 동반한다. 이러한 해양사고가 발생하였을 때 선박의 관리급 해기사가 정확한 지식을 바탕으로 비상 상황에 적절히 대응 한다면 이러한 인적/물적 피해는 최소화 할 수 있을 것이다. 본 연구에서는 해양사고 사례분석을 바탕으로 해양사고 발생 시 부족했던 해기능력 식별, 국제협약에서 요구하는 비상대응 능력을 비교, 선사가 보유하고 있는 다양한 비상대응 매뉴얼 분석 및 설문을 통해 해기사의 비상대응능력 향상을 위한 개선 사항을 제안하였다. 주요 해양사고사례를 통해서 많은 관리급 항해사가 손상복원력, 비손상복원력에 대한 지식의 부재를 식별하였고, 국제협약에서 요구하는 비상대응 해기능력의 경우 일부 축소해서 제공되고 있다는 것을 확인할 수 있었다. 더불어 선사의 비상대응 매뉴얼은 대체로 잘 갖추어져 있으나 실제 비상시 활용 측면에서는 한계가 있다는 것을 식별하였다. 이러한 분석을 바탕으로 선원 및 선사 관계자를 대상으로 설문을 시행하여 국제협약에서 요구하는 비상대응 해기교육의 확대, 시뮬레이터를 활용한 비상상황에 대한 간접경험 기회제공 확대 및 비상 시 효과적이고 효율적인 대응을 위한 지침 또는 매뉴얼의 개발 등을 제안하였다.

의료기사 등에 관한 법률에서 '의사 또는 치과의사의 지도' 문구에 대한 법률 개정 요구도 (Requirement for Amendment of the Law on the Phrase 'Instruction of Physicians or Dentists' in Medical Service Technologist, etc Act)

  • 임우택;임청환;주영철;홍동희;정홍량;김은혜;윤용수;정영진;최지원
    • 대한방사선기술학회지:방사선기술과학
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    • 제44권5호
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    • pp.503-512
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    • 2021
  • The purpose of this study is to check the extent to which "instruction of physician or dentist" defined in the Medical Service Technologists, etc. Act is applied in relation to radiography examination procedures for radiological technologists. In addition, it is intended to present basic data on the requirement to revise the Medical Service Technologists, etc. Act in the radiological technologist's duty area and scope of work, The subjects of this study were radiological technologists with license, and the response data were collected after sending the questionnaire link written on the online questionnaire form. The final number of respondents were 1,018, and the response rate was 6.8%. Most of the negative responses were "I have never received 'instruction' for radiologic examination by a physician or dentist, including a radiologist in a medical environment." There were a high perception that "the professionalism in radiation examination on radiological technologists are higher than that of a physician or dentist." They answered that the current continuing education has a great impact on maintaining and continuing professionalism and learning new knowledge in the radiology field. In addition, the radiological technologists provide a very high level of education in areas related to radiography procedure ethics such as patient care, patient safety, and patient privacy protection, as well as specialized fields such as radiation-related examination methods, radiography examination dose, and patient exposure dose. Radiological technologists replied that they were receiving it consistently. In conclusion, in the current medical environment, the 'instruction' of a physician or dentist cannot be seen as being realistically performed. The phrase 'instruction' of a physician or dentist as defined in the Medical Service Technologists, etc. Act is considered inappropriate in respect of the fact that the state recognizes the qualifications of the medical service technologist through a license. It is thought that revision to a new term suitable for the current medical environment is necessary.

A Prospective, Multi-Center, Double-Blind, Randomized Study to Evaluate the Efficacy and Safety of the Synthetic Bone Graft Material DBM Gel with rhBMP-2 versus DBM Gel Used during the TLIF Procedure in Patients with Lumbar Disc Disease

  • Hyun, Seung-Jae;Yoon, Seung Hwan;Kim, Joo Han;Oh, Jae Keun;Lee, Chang-Hyun;Shin, Jun Jae;Kang, Jiin;Ha, Yoon
    • Journal of Korean Neurosurgical Society
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    • 제64권4호
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    • pp.562-574
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    • 2021
  • Objective : This study is to evaluate the efficacy and safety of demineralized bone matrix (DBM) gel versus DBM gel with recombinant human bone morphogenetic protein-2 (rhBMP-2) used in transforaminal lumbar interbody fusion (TLIF). Methods : This study was designed as a prospective, multi-center, double-blind method, randomized study. All randomized subjects underwent TLIF with DBM gel with rhBMP-2 group (40 patients) as an experimental group or DBM gel group (36 patients) as a control group. Post-operative observations were performed at 12, 24, and 48 weeks. The spinal fusion rate on computed tomography scans and X-rays films, Visual analog scale pain scores, Oswestry disability index and SF-36 quality of life (QOL) scores were used for the efficacy evaluation. The incidence rate of adverse device effects (ADEs) and serious adverse device effects (SADEs) were used for safety evaluation. Results : The spinal fusion rate at 12 weeks for the DBM gel with rhBMP-2 group was higher with 73.68% compared to 58.82% for the DBM gel group. The 24 and 48 weeks were 72.22% and 82.86% for the DBM gel with rhBMP-2 group and 78.79% and 78.13%, respectively, for the DBM gel group. However, there were no significant differences between two groups in the spinal fusion rate at 12, 24, and 48 weeks post-treatment (p=0.1817, p=0.5272, p=0.6247). There was no significant difference between the two groups in the incidence rate of ADEs (p=0.3836). For ADEs in the experimental group, 'Pyrexia' (5.00%) was the most common ADE, followed by 'Hypesthesia', 'Paresthesia', 'Transient peripheral paralysis', 'Spondylitis' and 'Insomnia' (2.50%, respectively). ADEs reported in control group included 'Pyrexia', 'Chest discomfort', 'Pain', 'Osteoarthritis', 'Nephropathy toxic', 'Neurogenic bladder', 'Liver function analyses' and 'Urticaria' (2.86%, respectively). There was no significant difference between the two groups in the incidence rate of SADEs (p=0.6594). For SADE in the experimental group, ''Pyrexia' and 'Spondylitis' were 2.50%. SADE reported in the control group included 'Chest discomfort', 'Osteoarthritis' and 'Neurogenic bladder'. All SADEs described above were resolved after medical treatment. Conclusion : This study demonstrated that the spinal fusion rates of DBM gel group and DBM gel with rhBMP-2 group were not significantly different. But, this study provides knowledge regarding the earlier postoperative effect of rhBMP-2 containing DBM gel and also supports the idea that the longer term follow-up results are essential to confirm the safety and effectiveness.

지진대응 교육 및 훈련을 위한 Serious Game 시나리오 설계방법론 개발 -경상북도를 사례로- (Serious Game Scenario Design for Earthquake Response Education and Training in the Gyeongsangbuk-do Province)

  • 김성재;최지향;남광현
    • 한국재난정보학회 논문집
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    • 제17권4호
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    • pp.769-777
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    • 2021
  • 연구목적: 지진재난은 다양한 변수와 돌발상황들로 예측할 수 없는 상황이 빈번하게 발생하게 때문에 업무과정 자체가 일률적이지 못해 재난안전부서 공무원들은 지진 대응 행동 매뉴얼 숙지에 어려움을 겪고 있다. 이에 본 연구는 경상북도청 재난안전대책본부에 한하여 이루어지고 있는 현재의 업무 상황을 구체적이고 정확하게 파악하여 업무 진행 과정에 필요한 매뉴얼 학습의 시리어스 게임 시나리오 설계방안을 제시하고자 한다. 연구방법: 본 연구에서는 GBS(Goal Based Scenarios)모형을 기반으로 시나리오를 설계하고, 경상북도 재난 현장조치 행동 매뉴얼을 기반으로 미션과 역할을 부여하는 과정에서 경상북도청 지진관련 공무원들이 실제적인 과제를 해결하는 지식과 기능을 습득할 수 있도록 하였다. 연구결과: 제안된 기법의 시나리오 데이터는 지진관련 다양한 정보를 논리적 데이터로 가공하여 지진상황훈련을 위한 게임상 표현을 위하여 단순화, 추상화하여 체계적인 절차로 구현하였다. 결론: 시리어스 게임을 통한 학습으로 지진 상황 발생 시, 경상북도청 재난안전대책본부의 관련 공무원들은 다양한 지진재난에 신속한 대응이 가능할 것으로 기대된다.