• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제33권11호
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• pp.1732-1740
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• 2020

Objective: The objectives of this study were to investigate the genetic diversity, population structure and relatedness among the five chicken populations of Bangladesh using microsatellite markers. Methods: A total of 161 individuals representing 5 chicken populations (non-descript Deshi [ND], naked neck [NN], hilly [HI], Aseel [AS], and red jungle fowl [JF]) were included in this study to investigate genetic diversity measures, population structure, genetic distance and phylogenetic relationships. Genotyping was performed using 16 selected polymorphic microsatellite markers distributed across 10 chromosomes. Results: The average observed and expected heterozygosity, mean number of alleles and polymorphic information content were found to be 0.67±0.01, 0.70±0.01, 10.7 and 0.748, respectively in the studied populations. The estimated overall fixation index across the loci (F), heterozygote deficiency within (F_IS) and among (F_IT) chicken populations were 0.04±0.02, 0.05 and 0.16, respectively. Analysis of molecular variance analysis revealed 88.07% of the total genetic diversity was accounted for within population variation and the rest 11.93% was incurred with population differentiation (F_ST). The highest pairwise genetic distance (0.154) was found between ND and AS while the lowest distance was between JF and AS (0.084). Structure analysis depicted that the studied samples can be categorized into four distinct types or varieties (ΔK = 3.74) such as ND, NN, and HI where AS and JF clustered together as an admixed population. The Neighbor-Joining phylogenetic tree and discriminant analysis of principal component also showed close relatedness among three chicken varieties namely AS, HI, and JF. Conclusion: The results reflected that indigenous chicken of Bangladesh still possess rich genetic diversity but weak differentiation among the studied populations. This finding provides some important insight on genetic diversity measures that could support the designing and implementing of future breeding plans for indigenous chickens of Bangladesh.

• 생명과학회지
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• 제25권3호
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• pp.257-262
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• 2015

한국에서 채집한 잔디속(genus Zoysia) 식물 종의 유전적 변이를 단순 서열 반복(Inter-Simple Sequence Repeat Markers, ISSR) 마커 시스템으로 조사하였다. 8개의 ISSR 시발체를 이용한 중합효소 사슬 증폭반응에서 86개의 분절의 증폭물을 얻었으며 이 중 76(87.1%)개 분절이 다형성을 나타내었다. ISSR 마커 시스템에서 다형성 정보 지수(PIC)는 0.848이었다. 다형성 대립유전자좌위의 퍼센트(P_p)는 41.2%에서 44.7%까지 나타내었다. 네이(Nei)의 유전자 다양성(H)은 0.149에서 0.186까지 이며 평균은 0.170이었다. 샤논(Shannon)의 정보 지수(I)의 평균값은 0.250이었다. 대립유전자좌위에 근거하여 전체 변이에서 종 간 차이를 나타내는 변이의 몫(G_ST)은 0.601였다. 이는 전체변이의 약 60.1%는 종 간에 있음을 의미한다. 따라서 변이의 약 39.9%는 종 내에 있었다. G_ST에 근거한 유전자 흐름(이동)은 잔디속 간에는 대단히 낮았다(N_m = 0.332). 계통도는 3개의 뚜렷한 분지군으로 분리되었다. 왕잔디(Zoysia macrostachya)와 금잔디(Z. tenuifolia) 분지군, 갯잔디(Z. sinica) 단독 분지군, 잔디(Z .japonica) 단독 분지군이었다. 결론적으로 잔디속 식물에 대한 ISSR 분석은 유전적 변이를 탐지하는데 유용하며, 종을 구분하는 유전자형의 대한 식별력을 주었다.

• 한국육종학회지
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• 제41권4호
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• pp.444-450
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• 2009

본 연구는 배 유전자원의 유전적 변이를 DNA 수준에서 비교함으로써 육종의 기초 자료로 활용하기 위하여 유전자원 60점을 대상으로 AFLP 분석을 수행하였다. 총 20종의 AFLP 프라이머 조합을 이용하여 522개의 다형성 밴드를 얻었다. 획득된 다형성 밴드를 이용하여 UPGMA 방식으로 유사도 및 집괴분석을 수행한 결과 유전적 유사도 0.691를 기준으로 4개의 그룹으로 분류되었다. 첫 번째 그룹에는 Pyrus communis에 속하는 품종 및 P. nivalis, P. cordata 등이 포함되었다. P. betulaefolia와 P. fauriei에 속하는 콩배 계통들이 두 번째 그룹에 속하였고, P. calleryana와 P. koehnei를 포함한 콩배 계통들이 세 번째 그룹으로 분류되었다. 네 번째 그룹에는 P. pyrifolia와 P. ussuriensis에 속하는 재배품종, 교잡종 및 그 외의 종들이 대부분 속하여 동아시아에서 유래한 유전자원들은 P. pyrifolia나 P. ussuriensis와 서로 밀접히 연관되어 있음을 확인할 수 있었다. 유전자원 간 유전적 유사도는 0.584에서 0.879범위로 평균 유전적 유사도는 0.686이었다.

• 한국자원식물학회지
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• 제26권5호
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• pp.613-618
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• 2013

우리나라에서 안면도에만 분포하는 먹넌출 집단의 생명자원보존을 위하여 엽의 형태적 특성과 I-SSR 표지자를 이용한 유전변이를 조사하였다. 10가지 엽특성에 대한 ANOVA 분석결과 모든 특성에서 개체 간에 통계적인 유의성이 인정되었다. 조사된 39개체의 평균특성은 엽신장 11.8 cm, 최대엽폭 7.1 cm, 엽지수 1.67, 상1/3폭 5.4 cm, 하1/3폭 6.2 cm, 엽병길이 3.6 cm, 엽두께 0.19 mm, 엽맥수(좌) 11.5개, 엽맥수(우) 11.4개, 엽면적 61.7 $cm^2$로 나타났다. 변이계수 값은 엽두께, 엽병길이, 엽면적이 각각 18.8%, 21.7%, 22.0%로 높게 나타났으며, 나머지 특성들에서는 15% 이내의 비교적 낮은 변이를 나타냈다. 선발된 8개 I-SSR Primer에서 총 50개의 증폭산물을 얻었으며, 유효대립 유전자의 수 1.719개, 다형적 유전자좌의 비율 26.0%, 이형접합도의 기대치 0.410 및 Shannon의 다양성지수 0.598로 각각 나타났다. 안면도 먹넌출 집단은 제한된 지역에 분포하며 개체수가 적음에도 불구하고 높은 유전다양성을 유지하는 것으로 나타났다.

• 한국자원식물학회지
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• 제25권4호
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• pp.407-415
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• 2012

눈잣나무는 동북아시아가 주 분포지로 남한에서는 설악산 고산지역에만 제한적으로 분포한다. 본 연구는 설악산 눈잣나무 집단의 분포형태와 특성, 유전다양성 및 공간분포에 따른 유전구조를 파악하였다. 선발된 9개 I-SSR primer에서 총 78개 I-SSR 증폭산물을 얻었으며, 30개의 단형성 증폭산물을 제외한 48개의 증폭산물을 분석에 이용하였다. 조사구(40 m ${\times}$ 70 m)에는 눈잣나무 65개체가 자생하고 있었으며, 채집한 눈잣나무의 위치자료를 바탕으로 군집지수를 계산한 결과 약하게 집중분포(Aggregation Index = 0.871)하고 있음을 확인하였다. 모든 개체에 대하여 I-SSR 유전자형을 비교한 결과, 65개체 중 유전자형이 서로 다른 40개의 genet이 식별되었다. 유전자형 비율(G/N)은 61.5%, 유전자형 다양성(D)은 0.977, 유전자형 균등도(E)는 0.909로 각각 나타났다. Shannon의 다양성지수(I = 0.567)는 적은 개체수와 제한적 분포에도 불구하고 다른 수종들에 비해 비교적 높은 유전다양성을 나타났다. 공간적 자기상관 분석을 실시한 결과 조사지역 내의 눈잣나무 집단은 12 m 이내에서 유전적으로 유사한 군락구조를 갖고 있는 것으로 나타났다. Mantel 검정 결과 유전적 거리와 지리적 거리간에 낮은 상관관계를 나타내 눈잣나무 집단이 초기에 여러 개의 모수에서 형성된 것으로 추정되었다. 본 연구결과 설악산 눈잣나무 집단의 현지외 유전자 보존을 위한 표본추출 전략은 최소 12 m 이상의 거리를 두는 것이 효율적인 것으로 나타났다.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제60권12호
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• pp.32.1-32.10
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• 2018

Background: Necdin (NDN), a member of the melanoma antigen family showing imprinted pattern of expression, has been implicated as causing Prader-Willi symptoms, and known to participate in cellular growth, cellular migration and differentiation. The region where NDN is located has been associated to QTLs affecting reproduction and early growth in cattle, but location and functional analysis of the molecular mechanisms have not been established. Methods: Here we report the sequence variation of the entire coding sequence from 72 samples of cattle, yak, buffalo, goat and sheep, and discuss its variation in Bovidae. Median-joining network analysis was used to analyze the variation found in the species. Synonymous and non-synonymous substitution rates were determined for the analysis of all the polymorphic sites. Phylogenetic analysis were carried out among the species of Bovidae to reconstruct their relationships. Results: From the phylogenetic analysis with the consensus sequences of the studied Bovidae species, we found that only 11 of the 26 nucleotide changes that differentiate them produced amino acid changes. All the SNPs found in the cattle breeds were novel and showed similar percentages of nucleotides with non-synonymous substitutions at the N-terminal, MHD and C-terminal (12.3, 12.8 and 12.5%, respectively), and were much higher than the percentage of synonymous substitutions (2.5, 2.6 and 4.9%, respectively). Three mutations in cattle and one in sheep, detected in heterozygous individuals were predicted to be deleterious. Additionally, the analysis of the biochemical characteristics in the most common form of the proteins in each species show very little difference in molecular weight, pI, net charge, instability index, aliphatic index and GRAVY (Table 4) in the Bovidae species, except for sheep, which had a higher molecular weight, instability index and GRAVY. Conclusions: There is sufficient variation in this gene within and among the studied species, and because NDN carry key functions in the organism, it can have effects in economically important traits in the production of these species. NDN sequence is phylogenetically informative in this group, thus we propose this gene as a phylogenetic marker to study the evolution and conservation in Bovidae.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제16권7호
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• pp.939-945
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• 2003

Seventeen Chinese indigenous pig breeds and three introduced pig breeds had been carried out by means of vertical polyacrylamide gel electrophoresis (PAGE). According to the results, eight serum protein loci were highly polymorphic except Pi-2 and Cp. The polymorphism information content (PIC) of Hpx was the highest (0.5268), while that of Cp was the lowest (0.0257). The population genetic variation index showed that about 84% genetic variation existed in the population, and the rest of 16% distributed between the populations. The genetic variation of Yimeng black pig and Duroc were the highest and the lowest, respectively. The genetic variation of Chinese indigenous pig breeds was much more than that of exotic groups. Genetic distance results showed that Chinese indigenous pig breeds were classified into four groups with the three introduced pig breeds clustered into another group. The results also supported the geographic distribution of Chinese indigenous pig breeds in certain extent.

• 대한임상검사과학회지
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• 제42권2호
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• pp.71-80
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• 2010

Pseudomonas aeruginosa are important nosocomial pathogens. Their resistance to carbapenem is increasing and causing concerns in Korea. An increasing prevalence of carbapenem resistance mediated by acquired carbapenemase is being reported. Over a 10 month-period from July 2007 to April 2008, 32 strains of imipenem-nonsusceptible P. auruginosa were isolated from Kangwon National University Hospital. To determine the prevalence and genotypes of the carbapenemase-producing clinical isolates, the antibiotic susceptibility was determined by Microscan Walkaway 96 SI System and the carbapenem activity was detected by the modified Hodge test and the imipenem-EDTA-SMA double-disk synergy test. The metallo-${\beta}$-lactamase gene and OXA-type ${\beta}$-lactamase gene reported in Korea were detected by PCR. As for the result of PCR, 30 isolates of P. aeruginosa were found to have $bla_{IMP-1}$-like and 1 isolate was found to have $bla_{IMP-1}$-like and $bla_{IMP-2}$. No clinical isolates were found to have $bla_{SIM-1}$, $bla_{OXA-23}$-like and $bla_{OXA-24}$-like. Random amplified polymorphic DNA (RAPD)-PCR and dendrogram for genetical similarity to band patterns of each clinical isolates were examined. P. aeruginosa were grouped into 7 clusters of up to 50% of similarity index. In the P. aeruginosa group, PS3 was resistant to the most antibiotics, PS1 was susceptible to the most antibiotics. PS7 was resistant to aztreonam unlike other groups. This is the first report of prevalence of carbapenemase in Chuncheon.

• 한국자원식물학회지
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• 제9권3호
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• pp.305-310
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• 1996

유용 취나물 5종류의 종간 유사도 및 종내 변이를 파악하기 위하여 38개체를 대상으로 PCR 방법을 이용하여 비교분석하였다. 사용된 62가지 primer 중에서 38개체 전체에서 band를 보여준 것은 10가지였고, 이를 통해 얻어진 총 band의 수는 176개로 나타났다. 종내변이는 청옥취가 31.1%에 해당하는 15개의 polymorphic band를 가져 변이가 가장 낮았으며 곰취는 61.1%로 가장 높게 나타났다. 군집분석 결과 조사된 38개체는 유사도 0.93에서 5종의 구분이 가능하였으며 38개체 각각은 유사도 0.62-0.99의 유사성을 갖는 것으로 나타났고 종내변이는 0.93이상으로 높게 나타나 변이가 적은 것으로 나타났다. 이상의 결과에서 PCR방법을 이용한 결과가 취나물 5종류를 구분하는데 유용하게 사용되었으며 군집분석 결과 종내 변이가 매우 낮은 것으로 나타났다.

• Molecules and Cells
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• 제19권3호
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• pp.428-435
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• 2005

This study was carried out to assess the potential of SSR markers for variety identification by comparing SSR markers and morphological traits in tests of distinctiveness, uniformity, and stability (DUS) of pepper (Capsicum annuum L.) varieties. Twenty-seven SSR markers were polymorphic in 66 pepper varieties, revealing a total of 89 alleles. Average polymorphism information content (PIC) value was 0.529, ranging from 0.03 to 0.877. Cluster analysis of the band patterns separated the varieties into three groups corresponding to varietal types. Morphological trait-based clustering showed some degree of similarity to dendrogram topologies based on the SSR index. However, no significance correlation was found between the SSR and morphological data. SSR markers could be used to complement a DUS test of a candidate variety and to select complimentary varieties by pre-screening existing varieties in the context of protecting new varieties of pepper.