한국생물정보시스템생물학회 2006년도 Principles and Practice of Microarray for Biomedical Researchers
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pp.83-89
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2006
Cellular functions are carried out by a concerted action of biochemical pathways whose components have genetic interactions. Abnormalities in the activity of the genes that constitute or modulate these pathways frequently have oncogenic implications. Therefore, identifying the upstream regulatory genes for major biochemical pathways and defining their roles in carcinogenesis can have important consequences in establishing an effective target-oriented antitumor strategy We have analyzed the gene expression profiles of human liver cancer samples using cDNA microarray chips enriched in liver and/or stomach-expressed cDNA elements, and identified groups of genes that can tell tumors from non-tumors or normal liver, or classify tumors according to clinical parameters such as tumor grade, age, and inflammation grade. We also set up a high-throughput cell-based assay system (cell chip) that can monitor the activity of major biochemical pathways through a reporter assay. Then, we applied the cell chip platform for the analysis of the HCC-associated genes discovered from transcriptome profiling, and found a number of cancer marker genes having a potential of modulating the activity of cancer-related biochemical pathways such as E2F, TCF, p53, Stat, Smad, AP-1, c-Myc, HIF and NF-kB. Some of these marker genes were previously blown to modulate these pathways, while most of the others not. Upon a fast-track phenotype analysis, a subset of the genes showed increased colony forming abilities in soft agar and altered cell morphology or adherence characteristics in the presence of purified matrix proteins. We are currently analyzing these selected marker genes in more detail for their effects on various biological Processes and for Possible clinical roles in liver cancer development.
자전거는 균형을 유지하며 빠른 속도로 주행하는 과정에서 여러 형태의 상당한 운동 에너지가 내재되어 있어, 에너지 수확기술을 적용하는데 있어 큰 장점을 갖는 이동형 플랫폼이다. 자전거에 에너지 수확 기술을 적용해 높은 출력을 얻기 위해서는 주행 중인 자전거의 운동 특성을 면밀히 관찰하고 이해하는 것이 필요하지만 실제 도로를 주행하는 자전거의 움직임을 정밀하게 측정한 연구나 이를 위한 전용의 측정 장치는 거의 없는 실정이다. 본 연구는 MEMS 기반의 가속도 센서를 이용하여 주행 중인 자전거의 동적 상태를 측정하고 이를 토대로 자전거 주행에 동반되는 에너지의 특성을 분석함으로써 이에 적합한 에너지 수확 증진 기술을 개발하는 것을 목적으로 하였다. 일반 자전거를 이용한 도로 주행 실험에서 주행 속도와 무관한 주파수 특성을 갖는 평균 1g 전후의 잉여 진동 에너지가 수반됨을 확인하였으며, 임의진동 에너지의 효과적인 수확을 위해 비선형 특성을 갖는 자기부상형 전자기 유도 방식의 에너지 수확기 프로토타입을 개발하였다. 개발된 에너지 수확기를 자전거에 장착하여, 휴대용 센서 및 근거리 무선 통신 모듈의 구동이 가능한 평균 1.5 mW 의 전력 생산을 검증하였다. 현재 자전거 차체의 진동분리 및 변환 효율 향상을 위한 연구가 진행 중이며, 향후 증진된 출력을 바탕으로 각종 스마트 정보 기기의 지속적인 전력공급을 위한 기반 기술이 될 것으로 기대한다.
무선인터넷의 보급이 확대되면서 GIS 분야에서도 모바일기기를 이용한 애플리케이션과 서비스에 대한 관심이 커져가고 있으며, 한국 무선인터넷 표준화 포럼에서는 무선인터넷을 위한 모바일 플랫폼의 표준과 함께 휴대단말기를 이용한 지도서비스의 기술규격을 제정해오고 있다. 이 연구는 무선인터넷 환경에서 지도서비스를 중개하는 매핑 미들웨어의 선도적 모델을 제시하는 것을 목적으로 하며, 특히 일반 지도서버와의 상호운용에 초점을 둔다. 이 연구에서는 기존의 유선인터넷 환경에서 사용되던 일반 지도서버들을 무선인터넷 환경에 적용하는 방법을 개발하며, 이를 위해 각기 상이한 운용환경을 가진 지도서버들의 요청/응답 구조와 전송 매개변수를 분석함으로써 매핑 미들웨어가 지도서버의 기능을 십분 활용하도록 한다. 이 연구에서 개발한 매핑미들웨어는 .NET 기반의 XML 웹서비스로 구성되며, 이미지 압축을 통한 데이터 경량화 처리모듈과, 단계구분도, 심볼지도, 차트지도, 조건검색지도 등을 위한 지도표현 처리모듈을 포함한다. 이 연구에서 개발한 매핑 미들웨어는 휴대폰이나 PDA와 같은 모바일 클라이언트와 일반 지도서버 사이의 중개역할을 담당하며, .NET클라이언트와 Java 클라이언트 모두를 지원할 수 있다. 또한, 컴포넌트 방식의 상호운용에 의해 기존의 일반 지도서버뿐만 아니라 향후의 무선인터넷 전용 지도서버와도 연동될 수 있는 확장성을 가진다.
The production of abalone seed has grown and been specialized since the 2000s with the growth of the abalone farming industry. Despite the increase in the production of abalone seeds, the sales volume of abalone seeds remained flat and competition among producers increased. This paper will analyze the management efficiency of abalone seed production fishery to diagnose the management status and improve the abalone seed production efficiency. In addition, this study is the result of the basic research on the abalone seed industry and it is meaningful to prepare a platform for further research since the management status survey and the management efficiency survey of abalone seed production fishery have not been conducted until now. The data on the farmed fish prices of abalone seeds were collected from surveys of sample fish as part of the fish seed observation project conducted by the Fisheries Outlook Center (FOC) of Korea Maritime and Fisheries Development Institute (KMI). Management efficiency analysis utilizes DEA (Data Envelopment Analysis) model. The DEA model was analyzed by classifying into CCR (Super-CCR), BCC, and SBM (Super-SBM) models according to the assumptions taking into account the characteristics of the industry. The slack considered in the SBM model was judged as possible decreases in input variables and increase in output variables. The average efficiency from the CCR model was analyzed to be 69%. The BCC model was classified into input and output orientations, and the average efficiency was 79% and 75%, respectively. There were seven production fisheries with an SE value of 1 or more, which remained unchanged in terms of size and could be benchmarked. The average efficiency of the SBM model was 59% for CRS and 66% for VRS. Under the VRS assumptions, the variable increase/decrease efficiency analysis shows that labor costs can be reduced by 37.3%, facility capacity by 18.8%, and operating costs by 8.5%. In order to improve management efficiency, Wando needs to reduce labor and management costs. In Jindo region, sales increase as well as labor cost reduction is urgent. In other regions, reduced facilities and increased sales are recommended.
본 연구는 헬리콥터 비행 시뮬레이터 개발의 첫 번째 단계의 일환으로 비행 운동 모델의 비행조종성을 해석적으로 평가한다. 비행 운동 모델은 시뮬레이터의 목표 항공기인 AS365 N2의 공개 정보를 사용하여 생성하였다. 해당 비행 시뮬레이터는 소방 임무에 대한 조종사 교육 및 연구 도구로 개발 중이다. 모델의 평가는 비행 시험 데이터를 통한 검증이 이루어지기 전에 모델의 비행 특성과 다음 개발 단계로의 적합성을 평가하기 위하여 수행된다. 평가는 항공기분류, 임무 및 환경을 고려하여 ADS-33E-PRF(Aeroautical Design Standard Performance Specification Handling Qualities Requirement)의 기준에 의거하여 수행한다. 항공기의 해석적 비행은 규정에 대한 적합성 평가를 위해 요구되는 혹은 권장되는 비행시험절차를 따른다. 평가 결과는 ADS-33E-PRF에 명시된 조종성 등급에 따라 평가되는데 RotorLibFDM을 기반으로 생성된 비행 운동 모델이 헬기 비행에 대한 기본 교육과 연구로 사용될 수 있는 일반적인 헬리콥터 시뮬레이터에 대한 만족스러운 플랫폼을 제공함이 확인되었다.
MPEG-21은 디지털 객체를 디지털 아이템으로 정의하고 이를 네트워크 깡에서 생성, 변형, 전달, 소비를 위한 통합적 멀티미디어 프레임워크 제공을 위한 국제 표준화 작업을 진행하고 있다. 이러한 통합적 멀티미디어 프레임워크는 네트워크 상에서의 사용자로 하여금 사용자가 원하는 디지털 아이템에 범용적 접근을 가능하게 하고 사용자가 원하는 형태로 소비 할 수 있는 환경을 제공할 것으로 기대된다. 이러한 통합 멀티미디어 프레임워크를 위한 요소 기술 표준으로서 MPEG-21에서는 디지털 아이템의 선언, 식별, 권리 표현 언어, 권리 서술 사전 및 적응 방법 등에 대한 표준화 작업을 진행하였으며, 안전하고 투명한 디지털 아이템의 전달 및 거래를 가능하게 하기 위한 표준으로서 디지털 아이템 처리, 리소스에 대한 영속 관계 기술 및 지적 자산 관리 및 보호 등에 대한 표준화 작업을 진행하고 있다. 본 논문에서는 MPEG-21의 디지털 아이템 선언, 적응 및 처리에 기반한 MPEG-21 터미널(단말) 아키텍쳐를 설계하고 MPEG-21 터미널을 구현한다. 또한 구현된 MPEG-21 터미널을 검증하기 위해 비디오 요약 서비스에 대한 응용 시나리오를 구성하였다. PC 및 PDA 플랫폼을 기반으로 하는 각각의 MPEG-21 터미널 특성에 맞게 디지털 아이템을 가공한 후 특정 형태로 디지털 아이템을 처리하고 이를 상호 호환적 형태로 터미널에서 처리하여 소비되는 일련의 실험 결과를 제시한다. 본 논문은 MPEG-21 디지털 아이템의 적응 및 처리를 위해 디지털 아이템이 표준화 된 형태로 제안된 MPEG-21 터미널에 상호 호환적 형태로 소비될 수 있는 터미널 구조 및 구현, 그리고 실험 결과를 처음으로 제시 하였다는데 의미가 있다고 할 수 있겠다.
본 연구는 고전적 정리 번역서의 향후 출판 방향 모색과 관련하여 출판 방식의 변화와 현황 및 고전적 정리 번역서의 출판 형태에 대한 전문가와 일반이용자의 인식 차이를 알아보기 위한 목적으로 수행되었다. 이를 위해 일반적인 종이책과 전자책의 이용에 관한 국내외 관련 연구를 분석하고 국내 주요 기관의 고전적 정리 번역서 출판 현황을 조사하였으며, 한국고전번역원의 메일링리스트를 활용해 전문가와 일반이용자를 대상으로 설문조사를 실시하였다. 연구 결과 전자책은 종이책을 완벽하게 대체하는 매체로 간주되기는 어려우며, 이용자의 다양한 요구를 충족시킬 수 있도록 당분간 종이책과 전자책의 병행이 타당한 것으로 분석되었다. 특히 설문조사 결과에서는 종이책과 전자책의 개인적 사용가치, 소장가치, 가독성에 대한 인식에 있어서 일반이용자와 전문가 집단 간에 유의한 차이가 있는 것으로 확인되었다. 도서관이나 관련 기관에서의 보존가치에 대한 평가에서는 종이책에 대한 집단 간 유의한 차이는 확인되었으나 전자책의 경우에는 집단 간 의미있는 차이가 없었다. 또한 학술 연구나 번역 목적으로 이용되는 경우 종이책 형태의 고전적 정리 번역서가 전자책에 비해 더 선호되며, 온라인을 통한 이용에 있어서는 전자책보다 데이터베이스를 더 많이 선호하는 것으로 나타났다. 고전적 정리 번역서의 전자책 구현을 위해서는 고전적의 특수성과 상징성을 고려할 필요가 있으며, 또한 기술적으로 모든 환경에서 이용이 가능한 표준화된 플랫폼을 고려할 필요가 있는 것으로 분석되었다.
본 연구는 국내에서 시판되고 있는 분유 및 영 유아식품에서 분리한 Cronobacter spp.(Enterobacter sakazakii) 14개 균주의 biofilm 생성 능력, 산성 환경에서의 생장, 용혈성을 관찰하였다. 연구 결과, 14개의 분리균주는 polyethylene에서 biofilm을 생성하였으며 영양성분이 풍부할수록 biofilm을 강하게 생성하였다. 영양성분의 종류에 따른 biofilm 생성 능력 차이는 뚜렷한 경향을 나타내지 않았으며, Cronobacter spp.의 biofilm 생성 능력은 균주별 특성에 의한 것으로 판단된다. 다양한 pH 환경에서 생장 특성을 관찰한 결과, 14개 중 7개의 균주(50%)가 pH 4.1에서도 생장할 수 있어 국외 균주에 비해 내산성이 비교적 낮게 나타났다. 한편 분리된 모든 균주에서 용혈성은 관찰되지 않았다. 본 연구는 국내 영 유아용 식품에서 분리된 Cronobacter spp.의 생리 생화학적 특성을 제시하였으며 이는 향후 Cronobacter spp. 연구 및 관련 식품산업의 저감화 기술 개발에 기초 자료로 활용될 수 있을 것으로 판단된다.
초 미세 분광 분해능 센서, 고 공간 분해능 센서로 대표되는 최근의 위성 센서의 실용화 로, 향후 획득되는 위성 영상은 최소 수백 MB/scene 정도의 막대한 양이 될 것으로 예상된다. 또 한, 인터넷 및 초고속 정보망을 이용한 각종 정보의 활발한 교환은 보다 능동적인 형태의 위성영 상의 가공, 분석, 부가가치 정보 생산이 가능한 서비스 시스템의 개발을 요구한다. 본 연구에서는 향후 예상되는 위성 센서의 개발 방향과 이를 처리하기 위하여 고려되어야 할 미래지향적인 개념 인, 객체 파이프를 통한 자료의 입출력, 다중 쓰레드를 활용한 자료 처리 구조에 대하여 분석하 고, 인터넷 언어인 자바를 이용하여 개발 중에 있는, 위성 영상 처리 및 분석 시스템(GeoPixel 1.0)에 대하여 설명한다. 이 시스템은 인터넷 상에서 사용이 가능하며, 사용자 플랫폼에 독립적으 로, 상당 부분이 위성자료 분석 모듈들이 구현되어 있다. 대용량 위성 영상 처리를 위하여 본 연 구에서 개발된 다중쓰레딩, 객체 파이프와 같은 새로운 자료 처리 개념을 이용한 시스템의 개발 로 보다 효율적인 컴퓨터 자원(CPU 시간과 메모리)의 활용과 처리 속도면에서의 향상이 기대된 다.
본 연구는 전국 임의의 산양삼 재배지를 선정하여 재배지 내의 토양 특성 및 토양세균군집을 분석하고, 토양 특성, 세균군집 및 산양삼 생육특성 간의 상관관계를 구명하기 위하여 수행되었다. 토양 이화학성 분석은 농촌진흥청의 종합분석실 매뉴얼에 따라 분석하였고, 토양세균군집 분석은 pyrosequencing analysis (Illumina platform)를 이용하였다. 토양세균군집과 생육특성 간의 상관관계는 Spearman's rank correlation을 이용하여 분석하였다. 전국 8개 산양삼 재배지로부터 분리한 토양세균군집은 2개의 cluster로 군집화를 이루는 것을 확인하였다. 모든 토양 샘플에서 Proteobacteria와 Alphaproteobacteria가 각각 평균 상대적 빈도수가 35.4%, 24.4%로 우점종으로 나타났다. 나타났다. 두 개의 cluster 간 토양세균군집의 상대적 빈도수를 비교 분석한 결과, 먼저 Proteobacteria (p = 0.03), Actinobacteria (p = 0.02), Ahlpaproteobacteria (p = 0.029), Betaproteobacteria (p = 0.021)는 cluster 1에서 cluster 2에 비해 상대적 빈도수가 유의적으로 높았고, Fimicutes (p = 0.004), Cyanobacteria (p = 0.004), Acidobacteriia (p = 0.041), Ktedonobacteria (p = 0.019), Gammaproteobacteria (p = 0.034), Bacilli (p = 0.009)은 cluster 2에서 유의적으로 상대적 빈도수가 높은 것으로 나타났다. 토양세균군집 cluster 간 산양삼의 생육특성을 비교 분석한 결과, cluster 2 재배지에서 수집한 산양삼 시료의 지하부 생중량은 cluster 1 재배지에서 수집한 산양삼 시료에 비해 cluster 2에서 유의적 (p = 0.04)으로 높았다. 산양삼 생육특성과 토양세균군집 간의 상관관계를 분석한 결과, 산양삼의 생육은 토양 pH가 낮고 Acidobacteria의 상대적 빈도수가 높은 토양에서 증가하였으며, Acidobacteriia와 Koribacteraceae의 상대적 빈도수는 산양삼의 생육과 유의적인 정의 상관관계를 보이는 것으로 나타났다. 본 연구 결과는 토양미생물군집과 산양삼 생육 간의 상관관계를 구명하는 중요한 자료가 될 것으로 생각되고, 나아가 산양삼 재배적지를 선정하는데 있어 보다 명확한 정보를 제공할 수 있을 것으로 사료된다.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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