Park, Hyo-Seon;Yook, Sim-Yong;Jeon, Dong-Min;Lee, Jin-Ju;Shin, Chang-Ho
Korean Journal of Veterinary Service
/
v.39
no.4
/
pp.259-266
/
2016
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV) causes an acute and lethal watery diarrhea in piglets that is great economic losses to the swine country worldwide. The spike (S) glycoprotein is an important determinant for PEDV biological properties. In the present study, we determined the full-length S gene sequences of five Chung-nam PEDV field isolates collected in 2016. The S gene was amplified by RT-PCR, purificated, sequenced, analyzed and then compared with published sequences of other PEDV strains. 5 field strains share 98.5%~99.9% homologies with each other at the nucleotide sequence level and 96.7%~99.9% homologies with each other at the amino acids sequence level. Most field strains have nucleotide insertions, deletions and mutation regions, and show lower homologies (93.1~93.8%) with classical and vaccine strains, however higher homologies (99.1%~99.5%) with US PEDV isolates in 2013. By phylogenetic tree analysis based on nucleotide sequence, five PEDV field isolates were clustered into Genogroup 2b but differ genetically from the vaccine strains (SM-98 and DR-13).
Kim, Kiju;Park, Yookyung;Park, Bokyung;Truong, Quang Lam;Park, Soyeon;Kim, Jaehun;Hahn, Tae-Wook
Korean Journal of Veterinary Research
/
v.56
no.1
/
pp.23-28
/
2016
Porcine epidemic diarrhea virus (PEDV), a porcine enteropathogenic coronavirus, causes lethal watery diarrhea in piglets, resulting in large economic losses because of high mortality. In November 2013, PEDV reemerged in Korea, and these outbreaks have since continuously occurred. In the present study, we determined the full-length nucleocapsid (N) gene sequences of three Korean PEDV field isolates collected in 2014-2015. Sequence and phylogenetic analysis of N genes revealed that recent prevalent Korean PEDV isolates were very closely related to the US PEDV isolates in 2013. Interestingly, the phylogenetic tree based on the nucleotide sequencing of the PEDV N gene was similar to the tree topology of the PEDV complete genomes. Therefore, our data provide a better understanding of the genetic diversity and contribute to the accurate diagnosis and development of vaccines against PEDV.
Tomato spotted wilt virus (TSWV; Genus Orthotospovirus: Family Tospoviridae) is one of the most destructive viruses affecting a wide range of horticultural crops on a worldwide basis. In 2015 and 2016, 171 leaf and fruit samples from tomato (Solanum lycopersicum) plants with viral symptoms were collected from the fields in various regions of Iran. ELISA test revealed that the samples were infected by TSWV. The results of RT-PCR showed that the expected DNA fragments of about 819 bp in length were amplified using a pair of universal primer corresponding to the RNA polymerase gene and DNA fragments of ca 777 bp and 724 bp in length were amplified using specific primers that have been designed based on the nucleocapsid (N) and non-structural (NSs) genes, respectively. The amplified fragments were cloned into pTG19-T and sequenced. Sequence comparisons with those available in the GenBank showed that the sequences belong to TSWV. The high nucleotide identity and similarities of new sequences based on the L, N, and NSs genes showed that minor evolutionary differences exist amongst the isolates. The phylogenetic tree grouped all isolates six clades based on N and NSs genes. Phylogenetic analysis showed that the Iranian isolates were composed a new distinct clade based on a part of polymerase, N and NSs genes. To our knowledge, this is the first detailed study on molecular characterization and genetic diversity of TSWV isolates from tomato in Iran that could be known as new clade of TSWV isolates.
Background: Lumpy skin disease (LSD), a disease transmitted by direct and indirect contact with infected cattle, is caused by the Lumpy skin disease virus (LSDV). The disease affects cattle herds in Africa, Europe, and Asia. The clinical signs of LSD range from mild to the appearance of nodules and lesions in the skin leading to severe symptoms that are sometimes fatal with significant livestock economic losses. Objectives: This study aimed to characterize LSDV strains in the blood of infected cattle in Thailand based on the GPCR gene and determine the phylogenetic relationship of LSDV Thailand isolates with published sequences available in the database. Methods: In total, the blood samples of 120 cattle were collected from different farms in four provinces in the northeastern part of Thailand, and the occurrence of LSDV was examined by PCR based on the P32 antigen gene. The genetic diversity of LSDV based on the GPCR gene was analyzed. Results: Polymerase chain reaction assays based on the P32 antigen gene showed that 4.17% (5/120) were positive for LSDV. All positive blood samples were amplified successfully for the GPCR gene. Phylogenetic analysis showed that LSDV Thailand isolates clustered together with LSDVs from China and Russia. Conclusions: The LSD outbreak in Thailand was confirmed, and a phylogenetic tree was constructed to infer the branching pattern of the GPCR gene from the presence of LSDV in Thailand. This is the first report on the molecular characterization of LSDV in cattle in Thailand.
Ho Bang Kim;Chang Jae Oh;Nam-Hoon Kim;Cheol Woo Choi;Minju Kim;Sukman Park;Seong Beom Jin;Su-Hyun Yun;Kwan Jeong Song
Journal of Plant Biotechnology
/
v.49
no.4
/
pp.271-291
/
2022
Pectin methylesterase (PME) plays an important role in vegetative and reproductive development and biotic/abiotic stress responses by regulating the degree of methyl-esterification of pectic polysaccharides in the plant cell wall. PMEs are encoded by a large multigene family in higher land plant genomes. In general, the expression of plant PME genes shows tissue- or cell-specific patterns and is induced by endogenous and exogenous stimuli. In this study, we identified PME multigene family members (CsPMEs) from the sweet orange genome and report detailed molecular characterization and expression profiling in different citrus tissues and two fruit developmental stages. We also discussed the possible functional roles of some CsPME genes by comparing them with the known functions of PMEs from other plant species. We identified 48 CsPME genes from the citrus genome. A phylogenetic tree analysis revealed that the identified CsPMEs were divided into two groups/types. Some CsPMEs showed very close phylogenetic relationships with the PMEs whose functions were formerly addressed in Arabidopsis, tomato, and maize. Expression profiling showed that some CsPME genes are highly or specifically expressed in the leaf, root, flower, or fruit. Based on the phylogenetic relationships and gene expression profiling results, we suggest that some CsPMEs could play functional roles in pollen development, pollen tube growth, cross incompatibility, root development, embryo/seed development, stomata movement, and biotic/abiotic stress responses. Our results shed light on the biological roles of individual CsPME isoforms and contribute to the search for genetic variations in citrus genetic resources.
Background: Escherichia coli, which causes subclinical or clinical mastitis in cattle, is responsible for transmitting antimicrobial resistance via human consumption of raw milk or raw milk products. Objectives: The objective of this study was to investigate the molecular characteristics of 183 E. coli from bulk tank milk of five different dairy factories in Korea. Methods: The molecular characteristics of E. coli such as serogroup, virulence, antimicrobial resistance, and integron genes were detected using polymerase chain reaction and antimicrobial susceptibility were tested using the disk diffusion test. Results: In the distribution of phylogenetic groups, group D was the most prevalent (59.6%) and followed by group B1 (25.1%). The most predominant serogroup was O173 (15.3%), and a total of 46 different serotypes were detected. The virulence gene found most often was fimH (73.2%), and stx1, fimH, incC, fyuA, and iutA genes were significantly higher in isolates of phylogenetic group B1 compared to phylogenetic groups A, B2, and D (p < 0.05). Among 64 E. coli isolates that showed resistance to at least one antimicrobial, the highest resistance rate was observed for tetracyclines (37.5%). All 18 integron-positive E. coli carried the integron class I (int1) gene, and three different gene cassette arrangements, dfrA12+aadA2 (2 isolates), aac(6')-Ib3+aac(6')-Ib-cr+aadA4 (2 isolates), and dfrA17+aadA5 (1 isolate) were detected. Conclusions: These data suggest that the E. coli from bulk tank milk can be an indicator for dissemination of antimicrobial resistance and virulence factors via cross-contamination.
Proceedings of the Korean Society of Crop Science Conference
/
2022.10a
/
pp.210-210
/
2022
Silybum marianum is an annual or biennial plant from the Asteraceae family. It can grow in low-nutrient soil and drought conditions, making it easy to cultivate. From the seed, a specialized plant metabolite called silymarin (flavonolignan complex) is produced and is known to alleviate the liver from hepatitis and toxins damages. To infer the phylogenetic placement of a Korean milk thistle, we conducted a chloroplast assembly and annotation following by a comparison with existing Chinese reference genome (NC_028027). The chloroplast genome structure was highly similar with an assembly size of 152,642 bp, an 153,202 bp for Korean and Chinese milk thistle respectively. Moreover, there were similarities at the gene level, coding sequence (n = 82), transfer RNA (n = 31) and ribosomal RNA (n = 4). From all coding sequences gene set, the phylogenetic tree inference placed the Korean cultivar into the milk thistle clade; corroborating the expected tree. Moreover, an investigation the tree based only on the ycf1 gene confirmed the same tree; suggesting that ycf1 gene is a potential marker for DNA barcoding and population diversity study in milk thistle genus. Overall, the provided data represents a valuable resource for population genomics and species-centered determination since several species have been reported in the Silybum genus.
Multiple changes of the photosynthesis pathway are independent evolutionary events occurring in the phylogeny of flowering plants, and such changes have occurred more than five times in Cyperaceae. In the tribe Cypereae, the C4 photosynthetic pathway appeared only once and is regarded as a synapomorphy of the C4 plants within this tribe. The morphological delimitation of genera within Cypereae does not correspond to their molecular phylogenetic relationships. In this study, the molecular phylogeny was compared with the photosynthetic pathways of Korean Cypereae (18 species of Cyperus, 1 species of Kyllinga, and 1 species of Lipocarpha). The photosynthetic pathways were determined by observing the leaf anatomy. The phylogenetic analysis was performed using three DNA regions (nrITS, rbcL, and trnL-F). According to the position of the photosynthetic tissue, 4 species (C. difformis, C. flaccidus, C. haspan, and C. tenuispica) and 16 species (14 Cyperus species, K. brevifolia var. leiolepis, and L. microcephala) were confirmed as C3 and C4 plants, respectively. Tribe Cypereae was divided into the CYPERUS and FICINIA clades, and all species of Korean Cypereae plants belonged to the CYPERUS clade in the phylogenetic analysis. Within the CYPERUS clade, C4 plants were monophyletic but their phylogenetic relationships were unclear. The genera Kyllinga and Lipocarpha were not supported as an independent genus in either case because they were nested by the Cyperus species in the molecular phylogenetic trees in the present and in previous studies. To determine the classification within the CYPERUS clade, a detailed morphological study and a molecular phylogenetic analysis at a high resolution will be necessary.
Lee, Ji Eun;Lee, Youn Hee;Nam, Chan Hee;Kwak, Ga Young;Lee, Soo Young;Kim, Jong Hyun;Hur, Jae Kyun;Kang, Jin Han
Pediatric Infection and Vaccine
/
v.17
no.1
/
pp.16-22
/
2010
Purpose : We aimed to investigate the clinical and phylogenetic characteristics of Escherichia coli Urinary Tract Infections (E. coli UTI). Methods : We enrolled patients with culture-proven E. coli UTI, who were admitted at the study hospital from September 2008 to August 2009. We investigated clinical data of patients with E. coli UTI and characteristics of isolated E. coli strains. The phylogenetic groups were classified using triplex polymerase chain reaction (PCR), and the distribution of nine virulent genes was determined by multiplex PCR. Results : A total of 47 patients have participated in this study. Thirty (63.8%) were under 6 months; eight (17.0%) were between 6-12 months; and nine (19.1%) were over 12 months. We compared two age groups between under 6-month and over 6-month. In the age group under 6-month, higher proportion of male (P =0.002) and group B2 strains (P =0.020) were observed. In contrast, higher proportion of female and group non-B2 strains were observed in age group over 6-month. Frequencies of papC, papGII, papGIII, sfa/foc, hlyC, cnf1, fyuA, iroN and iucC were estimated as 68.1%, 57.4%, 42.6%, 46.8%, 46.8%, 31.9%, 87.2%, 48.9% and 63.8%, respectively. In the comparison of phylogenetic groups, group B2 showed higher distribution of virulent genes, while group D included more strains resistant to trimethoprim/sulfamethoxazole (TMP/SMZ) than other groups. Conclusion : We showed the age group-specific difference in the distribution of sex ratios and phylogenetic groups; more male and group B2 strains in age group under 6-month, while more female and group non-B2 in age group over 6-month. However, further evaluation including larger number of patients will be necessary to confirm above thesis in future molecular epidemiological studies.
This study was carried to identify a correct species and asses genetic diversity within the same species of Grifola spp. preserved in Division of applied Microbiology. Contaminated isolates showed different growth rates, morphology and color of hyphae. We have reconstructed the phylogenetic tree of a select group of Grifola spp. using nucleotide sequences of the internal transcribed spacer region(ITS) region. The phylogenetic tree was constructed by using the neighbor-joining method. PELF primers of 20-mer were used to assess genetic diversity of preserved isolates. Sequence analysis showed that four strains were identified completely different nomenclature. According to the analysis of ITS sequences, the genus Grifola clustered into one group, most of which correlated with species-groups identified by RAPD method. Eight isolates included strain GM01 showed high similarity with Grifola frondosa. All isolates were collected in the Japan(GM01, GM02, GM03) was identified as Grifola frondosa and isolates of the China(GM05, GM06, GM08) was identified as Bjerkandera fumosa, Grifola frondosa and Dichomitus squalens, respectively. RAPD analysis of genetic polymorphisms of genus Grifola showed a very different band patterns on the isolat. As the result of RAPD and ITS region sequences analysis for preserved isolates, it seems likely that 4 isolates of Grifola spp. may be need to reclassify or eliminate from preserved catalogue.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.