Background: The H5 avian influenza viruses (AIVs) of clade 2.3.4.4 circulate in wild and domestic birds worldwide. In 2017, nine strains of H5N6 AIVs were isolated from aquatic poultry in Xinjiang, Northwest China. Objectives: This study aimed to analyze the origin, reassortment, and mutations of the AIV isolates. Methods: AIVs were isolated from oropharyngeal and cloacal swabs of poultry. Identification was accomplished by inoculating isolates into embryonated chicken eggs and performing hemagglutination tests and reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR). The viral genomes were amplified with RT-PCR and then sequenced. The sequence alignment, phylogenetic, and molecular characteristic analyses were performed by using bioinformatic software. Results: Nine isolates originated from the same ancestor. The viral HA gene belonged to clade 2.3.4.4B, while the NA gene had a close phylogenetic relationship with the 2.3.4.4C H5N6 highly pathogenic avian influenza viruses (HPAIVs) isolated from shoveler ducks in Ningxia in 2015. The NP gene was grouped into an independent subcluster within the 2.3.4.4B H5N8 AIVs, and the remaining six genes all had close phylogenetic relationships with the 2.3.4.4B H5N8 HPAIVs isolated from the wild birds in China, Egypt, Uganda, Cameroon, and India in 2016-2017, Multiple basic amino acid residues associated with HPAIVs were located adjacent to the cleavage site of the HA protein. The nine isolates comprised reassortant 2.3.4.4B HPAIVs originating from 2.3.4.4B H5N8 and 2.3.4.4C H5N6 viruses in wild birds. Conclusions: These results suggest that the Northern Tianshan Mountain wetlands in Xinjiang may have a key role in AIVs disseminating from Central China to the Eurasian continent and East African.
Although many swine farms continuously vaccinated to sow to prevent Porcine epidemic diarrhea(PED), PED has occurred annually in swine herds in Jeonbuk province, Korea. In the present study, the small intestine and feces samples from 17 farms where severe watery diarrhea and death of newborn piglets occurred in 2019 were collected, amplified by RT-PCR and determined the complete nucleotide sequences of the spike (S) glycoprotein genes of nine Jeonbuk PEDV isolates. The spike (S) glycoprotein is an important determinant for molecular characterization and genetic relationship of PEDV. These nine complete S gene isolates were compared with other PEDV reference strains to identify the molecular diversity, phylogenetic relationships and antigenicity analysis. 9 field strains share 98.5~100% homologies with each other at the nucleotide sequence level and 97.3~100% homologies with each other at the amino acid level. The nine Jeonbuk PEDV isolates were classified into G2b group including a genetic specific signal, S-indels (insertion and deletion of S gene). In addition, comparisons the neutralizing epitopes of S gene between 9 field strains and domestic vaccine strains of Korea mutated 12-15 amino acids with SM-98-1 (G1a group) and mutated 0-3 amino acids with QIAP1401 (G2b group). Therefore, the development of G2b-based live vaccines will have to be expedited to ensure effective prevention of endemic PED in Korea. In addition, we will need to be prepared with periodic updates of preventive vaccines based on the PEDV variants for the re-emergence of a virulent strain.
느타리 버섯속 6종 23균주에 대한 rDNA의 ITS II 부위의 DNA 염기서 열을 비교 분석함으로서 종간 및 종내의 근연관계를 조사하였다. rDNA의 ITS II 부위를 증폭하고자 5.8S rDNA의 3'말단 부위와 285 rDNA의 5'말단 부위에 두개 프라이머를 이용하여 PCR증폭을 행하였다. 느타리버섯 6종의 게놈 DNA로 부터 ITS II 부위를 증폭한 결과 종에 따라 밴드 길이에 차이가 있었으며 ITS II 부위의 길이 차이로 느타리 버섯 6종을 구분할 수 있었다. 같은 종내 개체간 구분을 위하여 느타리 버섯 6종 23균주의 PCR 증폭 결과는 느타리버섯(P. ostreatus) ASI 2096, ASI 2025와 노랑 느타리 버섯(P. cornucopiae) ASI 2038 균주외에 동일 종내 균주의 ITS II 길이는 동일한 양상을 보였다. 느타리 버섯 6종 및 ASI 2095, ASI 2025 그리고 ASI 2038에 대한 ITS II 부위의 염기서열을 비교해 보면 염기서열의 변이가 ITS II 부위가 시작되는 부분과 말단 부분에서 주로 존재하였다. ASI 2095와 ASI 2025 균주들은 동일 종내 느타리 버섯(P. ostreatus, ASI 2001) 균주와 ASI 2038와 ITS II 부위의 DNA 염기서열에 차이를 보였다. 이들 염기서열을 기초로 하여 Neighbor program을 이용한 균주간 유연관계는 느타리 버섯(P. ostreatus), 사철 느타리 버섯(P. florida), 여름 느타리 버섯(P. cornucopiae) 그리고 맛 느타리 버섯(P. eryngii)들이, 노랑 느타리 버섯(P. cornucopiae)과 호고 느타리 버섯(P. cystidious)이 각각 서로 가까운 유연관계를 나타내었으나 ASI 2025와 ASI 2038 균주 들은 특이한 계통분지를 나타내었다.
상사화속 15분류군을 대상으로 종간 유연관계를 조사하기 위하여 RAPD 분석이 수행되었고, PCR 과정을 통해 증폭된 RAPD 절편들은 300bp에서 1,700bp 사이의 구간에서 관찰되었다. 5개의 oligoprimer를 이용한 효소중합반응에서 57개의 유효한 RAPD marker를 확인하였고, 비유사도 지수 행렬을 도출하여 UPGMA phenogram을 작성하였다. 분석결과 분류군들은 전체적으로 3개의 유집군을 형성하였는데 첫 번째 유집군에는 L. chinensis var. sinuolata, L. sanguinea var. koreana, L. uydoensis, L. flavescens, L. radiata var. pumila, L. radiata, L. squamigera, L. chejuensis, L. aurea와 L. guangxiensis의 10분류군이, 두 번째 유집군에는 L. haywardii, L. sprengeri, L. rosea, L. straminea 및 L. houdyshii의 5분류군이, 세 번쨰 유집군에는 비교군인 수선화와 문주란이 각각 포함되었다. RAPD 분석결과는 배수성과 핵형 등의 세포분류학적 형질들과 비교하여 볼 때 Lycoris속내 종간의 유연관계를 파악하는데 매우 유용한 실험적 방법임을 보여주었다.
Lee, Mu-Yeong;Hyun, Jee-Yun;Lee, Seo-Jin;An, Jung-Hwa;Lee, Eun-Ok;Min, Mi-Sook;Kimura, Junpei;Kawada, Shin-Ichiro;Kurihara, Nozomi;Luo, Shu-Jin;O'Brien, Stephen J.;Johnson, Warren E.;Lee, Hang
Animal Systematics, Evolution and Diversity
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제28권1호
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pp.48-53
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2012
The tiger population that once inhabited the Korean peninsula was initially considered a unique subspecies (Panthera tigris coreensis), distinct from the Amur tiger of the Russian Far East (P. t. altaica). However, in the following decades, the population of P. t. coreensis was classified as P. t. altaica and hence forth the two populations have been considered the same subspecies. From an ecological point of view, the classification of the Korean tiger population as P. t. altaica is a plausible conclusion. Historically, there were no major dispersal barriers between the Korean peninsula and the habitat of Amur tigers in Far Eastern Russia and northeastern China that might prevent gene flow, especially for a large carnivore with long-distance dispersal abilities. However, there has yet to be a genetic study to confirm the subspecific status of the Korean tiger. Bone samples from four tigers originally caught in the Korean peninsula were collected from two museums in Japan and the United States. Eight mitochondrial gene fragments were sequenced and compared to previously published tiger subspecies' mtDNA sequences to assess the phylogenetic relationship of the Korean tiger. Three individuals shared an identical haplotype with the Amur tigers. One specimen grouped with Malayan tigers, perhaps due to misidentification or mislabeling of the sample. Our results support the conclusion that the Korean tiger should be classified as P. t. altaica, which has important implications for the conservation and reintroduction of Korean tigers.
망그로브 식물은 중금속의 sink로 작용하며, 페놀성 화합물의 함량이 높은 것으로 알려져 있다. 따라서 최근에 망그로브 식물을 이용한 phytoremediation과 천연항산화제 개발을 위한 연구가 활발히 수행되고 있다. 이 연구에서는 미크로네시아 웨노섬에 서식하고 있는 4속 6종의 망그로브 식물에 대하여 분류 및 각 종의 잎에서의 항산화 활성을 분석 비교하였다. 6종의 계통관계를 조사하기 위한 분자마커로 엽록체 유전자인 rbcL (large subunit of ribulose-bisphosphate carboxylase)이 사용되었다. 그 결과 Xylocarpus, Sonneratia, Rhizophora 속 순으로 계통적 유사도가 높았으며 Excoecaria 속이 가장 유사도가 낮았다. 한편 6종의 망그로브 줄기 껍질의 페놀성 화합물 함량은 R. apiculata와 X. granatum에서 가장 높게 나타났으며 (1.10 mM/mg), R. stylosa (0.73 mM/mg)와 S. alba (0.72 mM/mg)에서 가장 낮았다(p<0.05). 또한 DPPH 와 ABTS 방법을 이용한 분석 결과, R. apiculate, X. granatum, X. moluccensis 및 E. agallocha는 높은 항산화 활성을 보인 반면, S. alba는 가장 낮은 활성을 보였다. 이러한 결과는 R. apiculata의 줄기껍질이 천연 항산화제 개발을 위한 좋은 원료가 될 수 있음을 의미한다.
자가사리 지역개체군의 분자계통 진화적 유연관계를 알아보기 위하여 미토콘드리아 cytochrome b 유전자 서열을 이용하여 분석하였다. 그 결과, 우리나라 자가사리 개체군은 크게 3개의 집단으로 구분되었다. 즉 조상형 자가사리 개체군에서 먼저 낙동강 집단(금호강, 덕천강, 경호강 개체군)이 분화되었으며 그 후 섬진강 집단(동진강, 섬진강, 영산강, 거금도 개체군)과 금강 집단으로 분화되었을 것으로 추정할 수 있었다. 그리고 자가사리 개체군 집단 사이의 염기서열 차이는 금강집단과 섬진강집단 사이의 50~53 bp (4.4~4.7%)에 비해서 금강 집단과 낙동강 집단 사이의 차이는 63~65 bp (5.5~5.7%), 그리고 낙동강 집단과 섬진강 집단 사이에서 58~63 bp (5.1~5.5%)를 나타내어서 금강 집단과 낙동강 집단 사이에서 가장 유전적인 차이가 높은 것으로 나타났다. 이러한 개체군 집단의 분화양상과 유전적인 다형은 수계 형성과 같은 지리적 변화 때문에 생기는 오랫동안의 유전적 격리에 의한 것으로 분화시기 추정결과 이들 개체군 집단들의 격리 시기는 적어도 빙하기 이전으로 거슬러 올라가는 것으로 생각된다.
다양한 환경에서 수집한 국내 민들레속 유전자원 수집종의 엽록체 DNA 영역(trnL-trnF와 rps16-trnK) 염기서열을 이용하여 종내 간 변이 및 배수성을 구명하여 유전자원 육성의 기초자료를 제공하고자 수행하였다. 민들레속 유전자원의 배수성은 털민들레, 서양민들레, 붉은씨서양민들레가 3배체이고, 흰민들레와 흰노랑민들레는 4배체였다. 염기서열의 길이는 trnLtrnF 영역에서 자생종류인 털민들레, 흰민들레, 흰노랑민들레가 931 bp에서 935 bp, 서양민들레는 910 bp, 붉은씨서양민들레는 975 bp로 종간 차이를 나타내었고, 종 특이적 염기서열 88개, 자생종 및 귀화종 특이적 염기서열 41개가 검출되었다. rps16-trnK 영역은 털민들레 882~883 bp, 흰민들레 875~881 bp, 흰노랑민들레는 878~883 bp 서양민들레 874~876 bp, 붉은씨서양민들레는 847~848 bp로 37개 종특이적 염기서열이 검출되었다. 염기서열의 유사도는 trnL-trnF 영역에서 0.860~1.000 사이로 평균 0.949이며, rps16-trnK 영역의 유사도는 0.919~1.000 사이로 평균 0.967이었다. 염기서열을 바탕으로 유연관계를 분석한 결과, trnL-trnF 영역은 크게 자생종류와 귀화종류로 구분되었으며, 서양민들레와 붉은씨서양민들레는 같은 종간에 유집되었고, 자생종류는 분리되지 않았으며, rps16-trnK 4개 그룹과 유집되지 않은 5개체로 나뉘었다. 흰노랑민들레는 두 영역 모두 흰민들레와 동일 계통군을 형성하였고, 염기서열상 두 종간 뚜렷한 차이가 없었다. 유연관계에서 모두독립적으로 존재한 흰민들레 No. 10 (조계산)과 털민들레 1번(광양)은 민들레 유전자원 육성소재로 활용이 기대된다.
International Journal of Industrial Entomology and Biomaterials
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제5권2호
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pp.205-211
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2002
Previously, genetic relationships among 321 silkworm races preserved in the Department of Sericulture and Entomology, NIAST, RDA were studied using six isozymes comprising 20 loci. As a part of additional studies, three additional isozymes with 7 loci [phos-phoglucomutase (PGM), glucose phosphate isomerase (GPI), malete dehydrogenase (MDH)] from hemolymphs, midgets, and eggs were employed to reevaluate the previous dendrogram (UPGMA method). Although the current study supported the recognition of the previously identified major groups, some minor changes were apparent among the selected 47 forms. The current study showed that the polymorphic loci of GPI from eggs and MDH from hemolymph appear to be responsible characters for generating a new major group in the genetic relationship. Interpreting the data with current additive isozymes may represent more robust genetic relatioships among 321 silkworm races preserved in Korea, until further evidence is available.
Kim, Bong-Joon;Min, Bong-Hee;Kim, Jeongho;Han, Hong-Ui
Journal of Microbiology
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제39권1호
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pp.11-16
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2001
Tentative identification of Leuconostoc lactis IH23 isolated from kimchi (a fermented vegetable product) has been described previously with 16S rDNA sequencing (Choi, 1., M. Sc. Thesis Inha Univ.1999). This strain produced the slime identified as dextran based on IR, $\^$13/C- and $^1$H-NMR spectroscopic results. Further study proved that the isolate IH23 belongs to a homogeneous genetic group with L. lactis DSM 20202$\^$T/ and L. argentinum DSM 8581$\^$T/. The results showed DNA-DNA homology of 99-100%, 16S rDNA gene sequence similarity (97.7% ), and a phylogenetic relationship although L. argentinum DSM 8581$\^$T/ had lower homology (80-91%). These data indicate that L. argentinum DSM 8581$\^$T/ and the isolate IH23 belong to an identical species with L. lactis DSM 20202$\^$T/at the genetic level, although in carbohydrate fermentation, the isolate IH23 was mast closely related to L. argentinum DSM 8581$\^$T/ and quite different from L. lactis DSM 20202$\^$T/. Here we first report the isolation of consistent phenotypic variation in Leuconostoc lactis. We also emphasize that the nomenclature of subspecies needs to be differentiated into the three strains mentioned above in Leuconostoc lactis.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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