• 제목/요약/키워드: Peptide bond

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자외선B 조사에 의한 모발 외부와 내부의 광산화에 관한 분광학적 비교 (Spectroscopic Comparison of Photo-oxidation of Outside and Inside of Hair by UVB Irradiation)

  • 하병조
    • 공업화학
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    • 제31권2호
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    • pp.220-225
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    • 2020
  • 모발은 여러 가지 아미노산들을 포함하는 단백질로 이루어져 있다. 자외선(UV)은 태양광선중에서 모발손상에 가장 큰 영향을 미치며 모발 노화에 주된 역할을 한다. 본 연구의 목적은 전자현미경(SEM), 공초점현미경(CLSM) 및 적외선 현미경분광법(IR micro spectroscopy)을 이용하여 정상모발에 UVB를 조사한 후 특징적인 형태학적 및 화학적 구조변화를 알아보는 것이다. 에너지 분산형 X선 분광기가 부착된 전자현미경은 자외선 조사모발의 표면이 정상모발과 비교했을 때 거칠고 높은 산소원소의 함량을 보였다. 형광 및 3차원 위상 이미지를 CLSM으로 분석한 결과 정상모발의 초록색 형광방출이 UVB 조사모발에 비해 매우 높았다. 또한 fluorescamine 형광 염색법을 통해 UVB 조사모발은 정상모발에 비해 펩타이드 결합의 파괴로 생성된 자유 아미노기가 많음을 확인할 수 있었다. UVB 조사모발의 강한 푸른색 형광은 아미노기의 함량이 높다는 것을 의미하며, 이는 CLSM에서도 관찰되었다. 따라서 fluorescamine은 UVB 조사모발에서 펩타이드 결합의 파괴를 관찰하는데 유용한 도구가 될 수 있다. 정상모발과 UVB 조사모발의 단면을 IR micro-spectroscopy를 통해 이미지 맵핑(mapping)한 결과, UVB 조사모발은 정상 모발에 비해 모발의 표면은 물론 내부에 걸쳐 디설파이드 결합(disulfide bond)의 산화가 일어나고 있음을 확인할 수 있었다. 이러한 분광학적 방법은 단독 또는 다른 분석법과 함께 모발화장품의 개발에 응용될 수 있을 것이다.

The Interaction of HIV-1 Inhibitor 3,3',3",3‴-Ethylenetetrakis-4-Hydroxycoumarin with Bovine Serum Albumin at Different pH

  • Dong, Sheying;Yu, Zhuqing;Li, Zhiqin;Huang, Tinglin
    • Bulletin of the Korean Chemical Society
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    • 제32권6호
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    • pp.2063-2069
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    • 2011
  • We studied the interaction of 3,3',3'',3'''-ethylenetetrakis-4-hydroxycoumarin (EHC) with bovine serum albumin (BSA) in acetate buffer and phosphate buffer with different pH values by UV-vis absorption spectrometry and fluorescence spectrometry respectively. It was found that the pH values of the buffer solutions had an effect on the interaction process. In acetate buffer of pH 4.70, the carbonyl groups in EHC bound to the amino groups in BSA by means of hydrogen bond and van der Waals force, which made the extent of peptide chain in BSA changed. By contrast, in phosphate buffer of pH 7.40, hydrophobic force played a major role in the interaction between EHC and BSA, while the hydrogen bond and van der Waals force were also involved in the interaction. The results of spectrometry indicated that BSA could enhance the fluorescence intensity of EHC by forming a 1:1 EHC-BSA fluorescent complex through static mechanism at pH 4.70 and 7.40 respectively. Furthermore, EHC bound on site 1 in BSA.

질량분석기를 활용한 효과적 이황화결합 분석법 개발 (Mass Spectrometry-Based Strategy for Effective Disulfide Bond Identification)

  • 진종화;민호필;권오승;오현정;김종원;박철환
    • Korean Chemical Engineering Research
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    • 제55권1호
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    • pp.27-33
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    • 2017
  • 이황화결합(Disulfide Bond)은 다양한 생리학적 혹은 병리학적 과정 중 단백질번역 후 변형(Post-Translational Modifications) 과정 중에 형성된다. 그러므로 이황화결합에 대한 정보는 단백질의 화학적 구조를 보다 종합적으로 이해하는데 매우 중요한 일이다. 질량분석기를 이용한 이황화결합 분석은 매우 효과적이며, 현재까지 질량 분석기를 활용한 다양한 이황화결합 분석법들이 개발되었다. 그러나, 대부분의 이황화결합 분석법의 경우, 이황화결합 분석 시 자유-시스테인잔기(Free Thiol Residues) 분석을 고려하지 않았다. 본 연구에서는 이황화결합에 관여하는 시스테인/자유-시스테인에 초점을 두고 총 4단계(1단계: 아미노산 서열을 통한 이황화결합 가능 부위를 예측, 2단계: 자유시스테인의 존재 유무의 확인, 3단계: 질량 분석기를 활용한 이황화결합 분석, 4단계: 이황화결합 분석법의 종합적인 검증)의 분석법을 개발하였다. 나아가, 본 연구에서 개발된 분석 기법을 실제 휴먼 유래 재조합 단백질(HRPE1)에 적용함으로써 개발된 이황화결합 분석법의 효용성을 확인하였다. HRPE1의 경우, 총 6개의 이황화결합(Inter-chain 형태: 1, Intra-chain 형태: 5)으로 구성된 것을 최종 확인하였다.

Efficient Synthesis of Novel 3-Substituted Coumarin-3-carboxamide

  • Sheikhhosseini, Enayatollah;Balalaie, Saeed;Bigdeli, Mohammad Ali;Habibi, Azizollah;Moghaddam, Hamed Piri
    • 대한화학회지
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    • 제58권2호
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    • pp.186-192
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    • 2014
  • A series of novel pseudopeptides contained coumarin skeleton were synthesized through the Ugi-four-component reaction. The 3-substituted coumarin-3-carboxamides were formed through reaction of benzaldehyde derivatives, anilines, coumarin-3-carboxylic acid and isocyanides with high yields and high bond-forming efficiency at room temperature. These novel amidated coumarins exhibit brilliant fluorescence in range of 535-547 nm in chloroform.

Streptomyces albulus 배양액으로부터 ε-poly-L-lysine의 분리 (Separation of ε-poly-L-lysine from the fermentation broth of Streptomyces albulus)

  • 선흥석;박찬영
    • 한국산업융합학회 논문집
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    • 제2권1호
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    • pp.77-83
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    • 1999
  • Grown in the secondary broth of production media, the strain Streptomyces albulus has increased more the production of its metabolite ${\varepsilon}$-poly-L-lysine, one of poly(amino acid)s used as disinfecting food additives, than the strain in the primary culture of growth nutrients. Having the strain removed, the large concentrate obtained by ultrafiltrating the secondary culture broth. The concentrated production broth exchanged into followed by detecting in UV flowcell at 220nm the peptide bond of the components eluting the adsorbed proteins and polylysine with NaCl salt of gradient concentration, and has separated into five components. Among them the component in the fourth peak fraction has proved to be the pure ${\varepsilon}$-poly-L-lysine after the portion being hydrolyzed the fraction with HCl into amino acid followed by being the composing amino acid analysis.

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Cystocin, a Novel Antibiotic, Produced by Streptomyces sp. GCA0001: Production and Characterization of Cystocin

  • Sohng, Jae-Kyung;Lee, Hei-Chan;Liou, Kwang-Kyoung;Lee, Eui-Bok;Kang, Sun-Yub;Woo, Jin-Suk
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • 제13권4호
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    • pp.483-486
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    • 2003
  • 3'-[S-Methyl-cysteinyl]-3'-amino-3'-deoxy-N,N- dimethyl adenosine, cystocin, is a biosynthesized antibiotic material newly identified from Streptomyces sp. GCA0001. Its structure was found to be similar to puromycin, where the terminal tyrosine is replaced by a methyl cysteine. NMR data prove that the 3-ammo ribose is connected to dimethylaminopurine through the anomeric carbon at 1'-carbon. The methyl cysteinyl unit is connected to the amino unit of ribose by peptide bond. The verification of the structure was performed by comparing the puromycin nucleosides resulted from the hydrolysis of cystocin and puromycin, respectively. Antibiotic activity of cystocin against Streptococcus was found to be two times more potent than that of puromycin.

QM/MM-MD Simulation을 통한 수용액 상에서의 Formamide Hydrolysis Mechanism 연구

  • 백용수;최철호
    • EDISON SW 활용 경진대회 논문집
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    • 제3회(2014년)
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    • pp.141-155
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    • 2014
  • Peptide bond hydrolysis는 세포 내외의 생화학반응에 있어서 핵심이다. 하지만 amide Hydrolysis Mechanism은 아직 명확하게 규명되지 않았다. pH가 중성인 물에서의 비 촉매 가수분해가 발생하는 몇몇 실험적 증거가 있지만, 해당 반응 매커니즘은 4 가지(non-assisted concerted, non-assisted step-wise, assisted concerted, assisted step-wise)로 여전히 논란이 있다. 이번 연구에서는, Formamide의 가능한 Hydrolysis Mechanism을 자세히 연구해보고자 한다. 먼저, Ab-initio 계산을 통해 4가지 반응 메커니즘의 다시 한번 확인하고, quantum chemical calculations과 quantum mechanical molecular dynamic이 결합된 (QMMD) simulation을 통하여 water solvent에서의 반응 메커니즘의 에너지관계를 규명하였다. 결론적으로 아직 계산이 끝나지 않은 supported concerted mechanism을 제외한 모든 계산에서 non-supported, supported 두 system 모두에서 step-wise가 일어나기 쉬웠고, non-supported 보다 supported mechanism이 선호됨을 보였다. Intermediate인 amino-gem-diol의 수용액 상에서 안정화 또한 나타났다. 이는 Ab-initio 계산만 통해서는 정확하게 산출할 수 없는 엔트로피의 영향을 잘 보여준다.

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Molecular Cloning of Red Seabream, Pagrus major Somatolactin cDNA and Its Expression in Escherichia coli

  • Munasinghe, Helani;Koh, Soon-Mi;Lee, Jehee
    • 한국양식학회지
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    • 제16권3호
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    • pp.165-170
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    • 2003
  • Isolation, cloning and sequencing of red seabream (Pagrus major) somatolactin (rsbSL) cDNA from pituitary gland revealed an open reading frame of 693 bp coding for a pre-growth hormone of 231 amino acids with a 22 amino acid putative signal peptide. Deduced amino acid sequence showed that there was one possible N-glycosylation site at Asn$^{145}$ and seven Cys residues (Cys$_{29}$ , Cys$^{39}$ , Cys$^{66}$ , Cys$^{89}$ , Cys$^{205}$ , Cys$^{222}$ , Cys$^{230}$ ). Except Cys$^{66}$ , others may be involved in disulfide bond formation. The rsbSL presented a 93% amino acid sequence identity with the SL of gilthead seabream (Sparus aurata) and contained the conserved hormone domain region. Expression of rsbSL in E. coli (BL2l) cells and gel analysis revealed a higher molecular weight for rsbSL than expected theoretically, implying posttranslational modifications.

Structure Analysis of the Full Length PDI Genomic DNA Isolated from Bombyx mori

  • Kim, Sung-Wan;Goo, Tae-Won;Yun, Eun-Young;Park, Kwang-Ho;Hwang, Jae-Sam;Kang, Seok-Woo;Kwon, O-Yu
    • 한국잠사학회:학술대회논문집
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    • 한국잠사학회 2003년도 제46회 춘계 학술연구 발표회
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    • pp.44-44
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    • 2003
  • Protein disulfide isomerase (PDI) is not only an isomerase catalyzing the formation of native disulfide bond(s) of nascent peptide, but also a molecular chaperone assisting chain folding. We have already reported the structure of a cDNA (bPDl) encoding PDI from Bombyx mori and the function of PDI as foldase in assisting protein folding. (omitted)

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