• 제목/요약/키워드: Pattern identification

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충청지역의 임상검체로부터 분리된 Acinetobacter calcoaceticus-baumannii Complex를 대상으로 항균제 내성 유전자 비교분석 (Distribution of Antimicrobial Resistant Genes in Acinetobacter calcoaceticus-baumannii Complex Isolated from Clinical Specimens in Chungcheong, Korea)

  • 성지연
    • 대한임상검사과학회지
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    • 제49권4호
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    • pp.427-434
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    • 2017
  • Acinetobacter calcoaceticus-baumannii (Acb) complex에 속한 종들은 빈번하게 병원감염 및 기회감염을 일으킨다. 또한 다제내성인 경우가 많아 이 균들의 감염증 치료를 위한 항균제 선택이 매우 제한적이다. 본 연구에서는 ciprofloxacin 내성 Acinetobacter species 53균주를 대상으로 fluoroquinolone 내성기전을 조사했다. 항균제 감수성 양상을 조사하기 위해 디스크확산법이 시행되었다. Fluoroquinolone 내성과 관련된 유전자 및 돌연변이 검출을 위해 PCR과 염기서열분석이 이루어졌다. 본 연구에서 수집된 53균주의 ciprofloxacin 내성 Acinetobacter 중 47균주가 gyrA 유전자의 83번째 serine 아미노산 잔기와 parC 유전자의 80번째 serine 아미노산 잔기가 leucine 잔기로 치환된 sense mutations 가지고 있는 것으로 나타났다. gyrA와 parC 유전자에 sense mutations을 가지고 있는 47균주 중 44균주가 A. baumannii 였고 3균주는 A. pittii였다. 본 연구에서 조사대상이 되었던 Acb complex 균주들 중 plasmid-mediated quinolone resistance (PMQR) determinants를 가지고 있는 균주는 한나도 없었다. 46 균주의 ciprofloxacin 내성 A. baumannii 는 A, B, 또는 F형의 banding pattern을 보였는데 이는 충청지역에 위치한 일개의 병원에 ciprofloxacin 내성 A. baumannii가 수평확산 되어 있음을 의미한다. Fluoroquinolone 내성 Acb complex 균주의 집락화 및 확산을 막기 위해서 다제내성 균주들을 대상으로 항균제 내성인자들을 지속적으로 조사하고 모니터링할 필요가 있을 것으로 사료된다.

경기.강원 지역의 전통발효 청국장으로부터 Bacillus균주의 분리 동정 및 특성 분석 (Isolation, Identification, and Characterization of Bacillus spp. from the Traditionally fermented Cheonggukjangs in the Gyeonggi and the Gangwon Provinces)

  • 이남근;전은희;이효진;조일재;함영태
    • Applied Biological Chemistry
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    • 제49권4호
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    • pp.276-280
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    • 2006
  • 본 연구에서는 경기(용인, 안성, 광주) 및 강원지역(오대산)에서 재래식 방법으로 제조된 청국장을 수집하여 지역별 발효 균주들의 동정과 특성분석 및 당 발효능을 조사하였다. 수집된 청국장에서 22종류의 균주를 분리하였고, 16S rDNA의 서열을 분석한 결과 이들은 대부분 Bacillus subtilis, B. licheniformis로 동정되었다. 경기지역의 주요 발효 균주는 B. subtilis와 B. licheniformis, 강원 지역은 B. licheniformis로 동정되었으며, 일반적인 생장 특성은 $5{\sim}7$시간의 유도기를 지나 $23{\sim}40$시간 이후에 휴지기로 접어들었다. 휴지기에 접어든 분리 균주들의 최대 생장 총 균수는 $1{\times}10^6\;CFU/ml$$5{\times}10^7\;CFU/ml$ 사이에 있었다. 균주들 간 당 발효능의 차이에 있어서 용인 지역은 D-xylose, xylitol, D-tagatose, Methyl-$\alpha$-D-mannopyranoside가, 안성은 D-lactose, D-tagatose, D-xylose, Methyl-$\alpha$-D-mannopyranoside, amygdalin, arbutin, esculin, 2-keto-gluconate가, 광주는 L-rhamnose, inositol, D-mannitol, D-sorbitol, celibiose, gluconate가, 그리고 오대산은 D-lactose에서 좋은 당 발효능을 보였다.

한국재래계의 염색체 분염 표지 분석 (Identification of Chromosomal Band Markers of the Korean Native Chicken)

  • 백규흠;이철영;상병돈;최철환;김학규;손시환
    • Journal of Animal Science and Technology
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    • 제45권1호
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    • pp.1-12
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    • 2003
  • 본 연구에서는 국내 고유 재래 가축들의 유전정보와 유전학적 개량의 기초자료 제공을 목적으로 고분염 분석(high-resolution banding) 방법에 의한 한국재래계의 염색체 분염 표지를 제시하였다. 본 연구에 공시된 한국재래계로서는 축산기술연구소에서 계통화 시킨 황갈색 및 적갈색 계통으로 이들이 생산한 수정란의 초기 배자를 이용하여 염색체 분석을 수행하였으며 닭의 초기배자에 EtBr 및 colchicine을 처리함으로써 보다 양호한 고정도 염색체를 획득하였다. 한국재래계의 GTG-banding 결과 모든 상동염색체간에 뚜렷하고 특징적인 band 양상을 얻을 수 있었으며, Leghorn 및 국제표준핵형(ISSAK)과 비교시 염색체의 형태적 양상에서는 거의 차이가 없는 것으로 분석되었고 대표적 landmark간에도 거의 일치되는 양상을 보였다 그러나 대부분의 한국재래계의 대형염색체에서 더 많은 G-band의 분리 양상을 보이고 특히 1번 및 Z 염색체에서 특징적 분리 양상의 차이를 보였다. 한국재래계의 C-banding 분석에서는 세포별 heterochromatin의 다형성을 보이기는 하나 대부분의 염색체의 동원체와 말단부위에서 C- band가 나타났으며, Z 염색체 장완 말단부와 W 염색체 전체에서는 거의 모든 세포에서 C-band가 출현하였다. 또한 3번 염색체 동원체와 Z 염색체 장완 말단부에서 특징적 다형성을 나타내어 이들 염색체들에서는 상동염색체간 heterochromatin의 이형적 양상(heteromorphic)이 존재함을 밝혔다.

벼의 잎 조직에서 발현되는 저온 스트레스 관련 단백질의 분리 동정 (Identification of Cold Stress-related Proteins in Rice Leaf Tissue)

  • 이동기;이상훈;이병현
    • 한국초지조사료학회지
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    • 제25권4호
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    • pp.287-296
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    • 2005
  • 프로테오믹스 기법을 이용하여 벼 저온 스트레스 관련 단백질을 분리 동정하기 위하여 저온 처리한 벼로부터 단백질을 분리하였다. 분리한 단백질로부터 Rubisco 단백질을 제거하기 위해 $15\%$ PEG fractionation을 실시한 후 $15\%$ PEG 상등액과 pellet 분획을 각각 이차원전기 영동으로 단백질을 분석하였고, MALDI-TOF MS를 이용하여 단백질을 동정하였다. $15\%$ PEG 상등액에서 8개의 단백질 spot이 증가하였고 10개의 spot 이 감소하였다. 증가한 8개 단백질 spot 중에서 epimerase/dehydratase, fructokinase, ribose-5-phosphate isomerase (Rpi), chaperonin 21 precursor, photosystem II oxygen-envolving complex (PS II OEC) protien 2 precursor, thioredoxin h-type (Trx-h) 등 6개의 단백질이 확인되어졌다. $15\%$ PEG pellet 분획에서 13개의 단백질 spot이 증가하였고 14 spot이 감소하였으며, 증가한 13개 단백질 spot중에서 OSJNB b059K02.15, hypothetical protein, mitogen-activated protein kinase kinase (MAPKK), 20S proteasome beta 7 subunit, Rubisco small subunit 등 5개의 단백질이 확인되어졌다. 확인되어진 단백질들은 기능별로 분류해 본 결과, 세포대사관련 단백질, energy 생성에 관련된 단백질, 산화환원 조절관련 단백질, 식물 병 방어관련, 단백질 합성 및 신호전달 관련 단백질 등으로 분류되었다. 이들 중 RPi와 MAPKK가 저온 스트레스에 의해 발현되는 것이 본 실험의 프로테옴 분석을 통하여 최초로 동정되었다.

AgNOR 염색법에 의한 한우 염색체의 Nucleolus Organizer Regions 양상 분석 (Identification of Nucleolus Organizer Regions of Korean Cattle Chromosomes by AgNOR Staining)

  • 정원;손시환
    • Journal of Animal Science and Technology
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    • 제45권5호
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    • pp.695-702
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    • 2003
  • Nucleolus Organizer Regions(NORs)는 핵인을 형성하는 염색체의 특정 부위로서 rRNA 합성에 관여하는 리보좀 유전자를 함유하고 있으며 이의 활성화가 일어나는 곳이다. 본 연구에서는 한우의 NORs의 양상을 제시하기 위하여 AgNOR 염색법을 이용하여 한우의 NORs 수와 NORs 염색체 및 이의 분포 위치 등을 구명하고 한편으로 소의 품종별, 성별 및 근원이 다른 세포간의 NORs 양상을 비교 분석하였다. 본 분석에 이용된 공시축은 한우 및 홀스타인 암수 44두로서 이들의 혈액배양으로부터 염색체를 분리하였다. 조직간 세포의 NORs 비교를 위하여 귀 조직으로부터 배양된 섬유아세포의 염색체와 백혈구 배양으로부터 분리된 염색체를 분석하였다. 분리된 중기상에 AgNOR 염색 후 G-banding을 한 결과 한우의 NORs는 2번, 3번, 4번, 11번 및 28번 염색체에 존재하고, 이들의 분포 위치는 각 염색체의 말단부에 위치한다. 한우 NORs 수는 세포에 따라 최소 2개에서부터 최대 10개까지 나타나며 평균 5.6개였다. 이러한 다형적 양상은 개체 간뿐만 아니라 동일 개체 내 세포 간에서도 달리 나타나며 발현의 크기 또한 차이가 있다. 품종 간 NORs의 비교 분석에서 한우의 NORs 수가 Holstein (5.4개)에 비해 유의적으로 높게 나타났으며, 근원이 다른 세포간 비교에서는 fibroblasts (5.9개)에서의 NORs 수가 lymphocytes (5.5개)에 비해 높은 빈도를 보였고, 성 간에는 수컷 (5.7개)이 암컷 (5.4개)에 비하여 많은 NORs 수를 나타내었다. 그러나 이들의 염색체상 분포 양상에서는 공히 동일한 염색체에 출현되었으며 염색체 상 출현 빈도에서도 세포들 간에 거의 차이가 없었다.

이차원전기영동법을 이용한 white muscle과 red muscle간의 단백질 발현양상의 비교분석 (Comparative Analysis of Muscle Proteome from Porcine White and Red Muscles by Two-dimensional Electrophoresis)

  • 김남국;조중호;추교선;박혜란;박범영;김언현;이창수
    • Journal of Animal Science and Technology
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    • 제45권5호
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    • pp.731-738
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    • 2003
  • 근육의 생화학적 특성을 단백질 수준에서 분석하기 위하여 3원교잡종 돼지 3개체를 선발하고, white muscle은 longissimus dorsi muscle을 red muscle은 soleus muslce을 분리하여 분석에 이용하였다. 각 근육조직은 수용성, 불수용성 단백질 및 총단백질로 분리하여 추출하였고, 이차원전기영동 분석을 위하여 17cm 길이의 immobilized pH gradient strip (Bio-Rad, 3-10NL)과 12% acrylamide gel을 이용하여 전개하였다. 각각의 gel은 coomassie stain과 silver stain을 통하여 가시화 하였고, PDQuest software을 통하여 단백질 발현양상을 분석하였다. 하나의 gel에서 평균 600개 이상의 단백질 spot을 관찰하였으며, 반복실험을 통하여 white muscle과 red muscle간에 발현의 차이를 보이는 5개의 단백질 spot을 확인할 수 있었다. 5개의 spot 중 4개의 단백질은 측정된 분자량과 pI값이 troponin I, T 및 myoglobin의 수치값과 유사한 것으로 확인되었다. 그러나, 1개의 spot은 오차범위 내에서 유사한 단백질을 확인할 수 없었다. 5개의 단백질 spot중 1개(spot 1)는 white muscle에서, 4개의 spot(spot 2~5)은 red muscle에서 높게 발현됨을 확인하였으며, 특히 spot 4의 경우 white muscle 보다 red muscle에서 평균 14.6배 높게 발현됨을 확인하였다. 본 연구는 근육의 생화학적 특성을 이해하는데 중요한 기초 자료로 활용될 수 있으며, 앞으로 white muscle과 red muscle의 단백질 발현 분석을 통하여 단백질 수준에서의 생화학적 특성에 관한 연구가 충분히 진행되어야 할 것이다.

PAH를 분해할 수 있는 Pseudomonas rhodesiae KK1의 SOD 유전자의 동정 및 분자학적 특성 분석 (Identification and Molecular Characterization of Superoxide Dismutase Genes in Pseudomonas rhodesiae KK1 Capable of Polycyclic Aromatic Hydrocarbon Degradation)

  • 이동헌;오계헌;김승일;강형일
    • 생명과학회지
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    • 제26권1호
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    • pp.75-82
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    • 2016
  • Pseudomonas rhodesiae KK1은 이미 주요한 환경오염물질인 anthracene, naphthalene, phenanthrene과 같은 다환성 방향족 화합물(PAHs)을 분해할 수 있음을 보고한 바 있다. 흥미롭게도, superoxide dismutase를 비롯한 항산화 유전자는 환경오염물질에 반응하여 다른 수준으로 발현됨이 알려져 있다. 본 연구는 균주 KK1에서 PAHs 분해에 간접적으로 관계될 것으로 여겨지는 superoxide dismutase 유전자의 존재를 동정하고 세 가지 PAHs를 기질로 하여 생장한 세포에서 superoxide dismutase 유전자의 발현 양상을 조사하고자 수행하였다. P. rhodesiae KK1에서 항산화 기작에 관여하는 두 가지지 형의 superoxide dismutase인 Mn-superoxide dismutase (sodA)와 Fe-superoxide dismutase (sodB) 유전자를 동정하고 그 특성을 규명하였다. 균주 KK1에서 발견된 sodA 유전자는 141개의 아미노산 유전자를 기준으로 P. fluorescens Pf-5의 Mn-sod와 95%, sodB 유전자는 135개 아미노산을 기준으로 P. fluorescens Pf-5의 Fe-sod와 99%의 가장 높은 상동성을 나타내었다. sod 유전자 단편을 탐침자로 사용한 Southern 혼성화 반응 결과 적어도 두 개 이상의 superoxide dismutase 유전자가 균주 KK1에 존재함을 규명하였다. RT-PCR 분석을 통해 sodA 및 sodB 유전자들은 anthracene보다 naphthalene과 phenanthrene에 반응하여 더 강하게 발현함을 보여주었다. 포도당과 PAHs를 기질로 사용하여 생장한 세포에서 sodA와 sodB 유전자는 활성 상태로 존재함이 밝혀졌다.

염도의 변화에 따른 미생물 군집의 변화: 경북 형산강 하류 미생물 군집 변화의 DGGE pattern 분석 (Bacterial Community Structure Shift Driven by Salinity: Analysis of DGGE Band Patterns from Freshwater to Seawater of Hyeongsan River, Korea)

  • 백보람;;황철원;도형기
    • 생명과학회지
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    • 제23권3호
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    • pp.406-414
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    • 2013
  • 강의 하류지역에서 미생물의 군집이 점진적인 염도의 증가에 따라 변한다는 것을 실험적으로 보기 위하여, 경북 형산강의 하류에서부터 연안해역으로 유입되는 곳까지 약 2.91 km 간격으로 0.02%, 1.48%, 2.63%, 3.62%의 염분을 포함하는 물 시료를 얻어 denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE)를 수행하였다. 계통분석, 계통수 및 각 시료간의 연관성을 조사한 결과, 미생물 군집의 변화가 염분의 증가에 따라 점진적으로 변화하는 것을 확인하였으며, 이는 염분의 농도가 미생물 군집에 큰 영향을 미치는 요소임을 제시한다. 덧붙여 연안 지역이나 다른 수계환경에 비해 하류지역은 염분의 점진적인 변화로 인해 좁은 면적에 비하여 미생물 다양성이 크고, 이는 곧 특이하고 새로운 종을 찾기에 좋은 장소임을 시사하였다.

어버이살이 (Parenthood)

  • 조두영
    • 정신신체의학
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    • 제5권1호
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    • pp.3-11
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    • 1997
  • In becoming parents, the marital partners enter into a new developmental phase. The conception of the child is an act of mutual creativity during which the boundaries between the self and another were temporarily obliterated more completely than at any time since infancy. The infant is a physical fusion of the parents, and their personalities unite within the child. for many women, creativity as a mother becomes a central matter that provides meaning and balance to their lives. The husband usually has strong desires for an offspring and can be transformed by it. The child can profoundly affect one or both parents, and the influences are reciprocal-a child's needs or specific difficulties uncover a parent's inadequacy. following the child's development, each transition into a new developmental phase requires an adaptation by the parents, and one or another of these required adaptations may disturb a parent's equilibirium. And the personality changes, emotional difficulties, and regressions of a spouse that occur in response to some phase of parenthood can upset the marriage. Not only do children identify with parents, but parents also identify with their children. The parents take pleasure in child's joy and suffer with the child's pain more than in almost any other relationship. certain respects e parents lives again in the child. Through the process of identification the child can also provide one of the two parents with the opportunity to experience intimately the way in which a person of the opposite gender grows up. Parenthood also provides the opportunity to be loved, admired, and needed simply because one is a parent and, as such, a central and necessary object in the young child's life. The many potentialities for emotional satisfactions from parenthood manage to outweigh the tribulations and sacrifices that are required. The child also exerts an indirect effect through changing the parent's position in the society, for new sets of relationships are established as the parents are drawn to other couples with children of the same age, and for a new impetus toward economic and social mobility often possesses the parents. frequently the couple's relatedness to their own parents improves and grows firmer once again. Parenthood, the satisfactions it provides and the demands it makes, varies as life progresses : and changes with the parent's interests, needs, and age as well as with the children's maturation. There are phases in the child's life that the parents are reluctant to have pass, whereas they tolerate others largely through knowing that they will soon be over. The changing lives of the children provide many satisfactions that offset the tribulations, uncertainties, and regrets. The parents change. The young father, who was just starting on his carrier whom the first child was born, settles into a life pattern. He becomes secure with increasing achievement and interacts differently with the youngest child and provides a different model for him than for the oldest. The mother may have less time for a second or third child than for her first, but she may also be more assured in her handling of them. The birth of a baby when the parents art in their late thirties will find them Less capable of physical exertion with the child and less tolerant of annoyances, but they are less apt to be annoyed. Eventually the children min and leave home, but the couple do not cease to be parents.

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형광분석을 이용한 지문방식의 해수중 유기인의 분석 방법 (Development of Analytical Method of Organophosphates in Sea water by Finger Printing Fluorescence Spectroscopy)

  • 박미옥
    • 한국수산과학회지
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    • 제30권3호
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    • pp.377-387
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    • 1997
  • 해수로 유출되고 있는 유기인제 살충, 살균제의 형광 분석법에 의한 finger print식 분석 방법을 개발하기 위해, 벼 농사에 가장 많이 사용되어지는 Hinosan과 Kitazin을 포함하는 10가지의 표준 용액을 조제하여, 형광 특성을 측정하였다. $220nm\~520nm$ 구간의 흡수 파장을 이용하여, 여기 (excitation)시켜 얻은 형광스펙트럼들을 이차원 평면 위의 형광세기 표시를 등고선 모양으로 표시하였다. 이 contour들은 각 조사된 유기인제에 대해 특징적인 형태로 관찰되었다. 조사된 10가지의 유기인제 농약의 형광 contour들은, 봉우리가 한 개로 된 DDVP를 포함한 8가지의 유기인제와 두 개의 봉우리로 나타난 Ateric을 포함한 두 가지의 유기인제 농약으로 나뉘어진다. 또한 최대 흡수파장의 영역별로 보면, 단일한 봉우리를 보이는 많은 유기인제는 약 280nm에, Ateric을 포함한 두 종류의 유기인제는 260nm에서, 그리고 장파장에서 최대 형광파장을 보여준 Monopho, Thaconyl의 최대 흡수파장은 비교적 장파장쪽으로 치우친 300nm와 340nm인, 다른 유기인제의 최대 형광파장과 서로 겹치지 않는 영역에서 나타났다. 그러나, 280nm에서 최대 흡수파장을 나타내는 유기인제 중에 Kitazin, Locsion, Meta는 약 2nm이하의 근소한 차이를 두고 최대 형광세기를 308nm주변에서 나타내었다. 이러한 그룹의 분별을 위해, HPLC-형광 자료를 이용하면 용리시간 차이에 의한 분리와 identification이 가능했다. 형광 contour가 매우 유사한 Kitazin, Locsion과 Meta를 비교하면, Kitazin은 $16\~20$분 대에 나타나는 peak들이 매우 미약할 뿐 아니라, 용리시간 9.6분에 나타난 현저한 단일 peak가 다른 형광 특성이 비슷한 유기인제인 Locsion이나 Meta와의 구분이 용이하게 해 준다. 그러나, Locsion과 Meta는 chromatogram의 용리시간이나, 세부적인 작은 peak 특징은 다르나, 그 pattern이 유사하여, 분석상 불확실성이 내재될 가능성이 있다.

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