PCR-chip-based ultra-rapid multiplex PCRs for detection of six major infectious pathogens in honeybee were developed. The 6 kinds of major infectious pathogens in honeybee included Paenibacillus larvae causing American Foulbrood, Melissococcus plutonius causing European Foulbrood as bacteria, Ascosphaera apis (Chalkbrood), Aspergillus flavus (Stonebrood), Nosema apis and Nosema ceranae (Nosemosis) as fungi. The developed PCR-chip-based ultra-rapid multiplex PCR showed successful amplification for all six major pathogens in the presence of more than $10^3$ molecules. The time for confirming amplification (Threshold cycles; Ct-time) was about 7 minutes for two species, and about 9 minutes for four species. Total 40 cycles of PCR took 11 minutes 42 seconds and time for melting point analysis was 1 minute 15 seconds. Total time for whole PCR detection was estimated 12 minutes 57 seconds (40 cycles of PCR and melting point analysis). PCR-chip based ultra-rapid multiplex PCR using standard DNA substrates showed close to 100% accuracy and no false-amplification was found with honeybee genomic DNA. Ultra-rapid multiplex PCR is expected to be a fast and efficient pathogen detection method not only in the laboratory but also in the apiary field.
Kim, Won-Il;Cho, Won-Kyong;Kim, Su-Nam;Chu, Hyo-Sub;Ryu, Kyoung-Yul;Yun, Jong-Chul;Park, Chang-Seuk
Journal of Microbiology and Biotechnology
/
v.21
no.8
/
pp.777-790
/
2011
To elucidate the biodiversity of plant growth-promoting rhizobacteria (PGPR) in Korea, 7,638 bacteria isolated from the rhizosphere of plant species growing in many different regions were screened. A large number of PGPR were identified by testing the ability of each isolate to promote the growth of cucumber seedlings. After redundant rhizobacteria were removed via amplified rDNA restriction analysis, 90 strains were finally selected as PGPR. On the basis of 16S ribosomal RNA sequences, 68 Gram-positive (76%) and 22 Gram-negative (24%) isolates were assigned to 21 genera and 47 species. Of these genera, Bacillus (32 species) made up the largest complement, followed by Paenibacillus (19) and Pseudomonas (11). Phylogenetic analysis showed that most of the Grampositive PGPR fell into two categories: low- and high- G+C (Actinobacteria) strains. The Gram-negative PGPR were distributed in three categories: ${\alpha}$-proteobacteria, ${\beta}$- proteobacteria, and ${\gamma}$-proteobacteria. To our knowledge, this is the largest screening study designed to isolate diverse PGPR. The enlarged understanding of PGPR genetic diversity provided herein will expand the knowledge base regarding beneficial plant-microbe interactions. The outcome of this research may have a practical effect on crop production methodologies.
The bacterial communities in the intestinal tracts of earthworm were investigated by culture-dependent and -independent approaches. In total, 72 and 55 pure cultures were isolated from the intestinal tracts of earthworms under aerobic and anaerobic conditions, respectively. Aerobic bacteria were classified as Aeromonas (40%), Bacillus (37%), Photobacterium (10%), Pseudomonas (7%), and Shewanella (6%). Anaerobic bacteria were classified as Aeromonas (52%), Bacillus (27%), Shewanella (12%), Paenibacillus (5%), Clostridium (2%), and Cellulosimicrobium (2%). The dominant microorganisms were Aeromonas and Bacillus species under both aerobic and anaerobic conditions. In all, 39 DNA fragments were identified by polymerase chain reaction-denaturing gradient gel electrophoresis (PCR-DGGE) analysis. Aeromonas sp. was the dominant microorganism in feeds, intestinal tracts, and casts of earthworms. The DGGE band intensity of Aeromonas from feeds, intestinal tracts, and casts of earthworms was 12.8%, 14.7%, and 15.1%, respectively. The other strains identified were Bacillus, Clostridium, Enterobacter, Photobacterium, Pseudomonas, Shewanella, Streptomyces, uncultured Chloroflexi bacterium, and uncultured bacterium. These results suggest that PCR-DGGE analysis was more efficient than the culturedependent approach for the investigation of bacterial diversity and the identification of unculturable microorganisms.
Over the past 20 years, global warming has transformed the marine ecosystem of the Jeju Island into a subtropical zone making it conducive to the production of tropical fishes. Recently, the balloon fish (Diodon holoanthus) has been found off the coast of the Jeju Island. In this study, we analyzed the diversity of its intestinal microorganisms as a representative for the surrounding environment. In addition, the isolates were evaluated for their antibacterial activity. A total of 161 strains of various species were identified and isolated using 16S ribosomal RNA gene sequence analysis. They were separated into three groups, of which Phylum Proteobacteria was found to be the most dominant with 91% sequence similarity. This includes the class γ-proteobacteria that is made up of twelve genera and twenty-four hundred species. The second group comprised strains of the genus Vibrio, made up of 35% Photobacteria, 32% Shewanella, and 6% Psychrobacter. It was also determined that 4% of the isolates were Acinetobacter, 3% were Enterovibrio, while Moraxella_g2 accounted for 1% of the total isolates. Class α-proteobactera includes five genera and five species; Brevundimonas, Allorhizobium, Pseudoceanicola and Erythrobcter, each accounting for 1% of the total isolates. The Firmicute strains belonged to six genera and ten species. 5% of the strains were Terribacillus, while Paenibacillus, Salinicoccus, Staphylococcus and Streptococcus accounted for 1% each of the total isolates. Actinobacteria accounted for the final phylum with strains belonging to three genera and ten species with Janibacter, Micrococcus and Isoptericola each accounting for 1% of the total isolates.
It is urgently required to construct safety data on agricultural by-products imported for use as medium materials for domestic mushroom production. However, research on microorganisms is insufficient. This study was conducted to investigate the presence of bacteria that have the possibility of harmful effects on human, plants and mushroom in wheat straw, peatmoss, cottonseed hull, cottonseed meal, and beet pulp imported from Australia, Canada, China, Egypt, Germany. Bacteria were found in the range of $1.35{\times}10^2$ to $8.34{\times}10^6CFU/g$. As a result of 16S rDNA sequence analysis, total of 19 genera and 45 species of bacteria were identified. Bacillus genus was dominant, followed by Paenibacillus genus. At the species level, diverse species was in the order of Firmicute, Proteobacteria and Actinobacteria. Regarding the agricultural by-products, straw and peat moss had more diverse bacteria than other agricultural by-products. Among the indentified bacteria, 6 species of 5 genera (Enterobacter asburiae, Enterobacter ludwigii, Stenotrophomonas maltophilia, Pseudomonas monteilii, Bacillus anthracis, and Cellulosimicrobium funkei) were present as potent harmful bacteria to human. Surprisingly, both the human and plant pathogenic Klebsiella pneumoniae subsp. pneumonia was present. Bacillus altitudinis was present as a plant pathogen. Lysinibacillus sphaericus, an insect pathogen, and Ochrobactrum pseudogrignonense, a mushroom pathogen, were also present. The results of this study confirmed that several kinds of pathogenic bacteria were present in the agricultural by-products for the mushroom cultivation medium imported into Korea. Our work suggests that hygiene inspection and management is urgently needed for imported agricultural by-products to be safely used for mushroom production.
Journal of Korean Society of Environmental Engineers
/
v.29
no.2
/
pp.169-175
/
2007
The Bio Best Bacillus(B3) and Rotating Activated Bacillus Contactor(RABC) processes, in which Bacillus strains are predominating, are reported to remove nitrogen and phosphorus as well as organic matter effectively. Nevertheless the nutrient removal characteristics of the Bacillus strains have not been studied in detail so far. This study investigated the organic and nutrient removal by Bacillus strains, Bacillus megaterium(KCTC 3007), Paenibacillus polymyxa(KCTC 3627), and Bacillus sp. A12, C21, F12, and L1(isolated from a B3 process), by incubating the strains in 0.2% nutrient broth at $30^{\circ}C$. Burkholderia cepacia(KCTC 2966), a common activated sludge organism, was used as a reference species for comparison. Although the degradation rate was affected by the population sire, the specific removal rates of organic matter by Bacillus strains were greater by $2\sim5$ times than that of Burkholderia. In particular, the culture bottles inoculated with the endospores of Bacillus megaterium and Bacillus sp. C21, F12, and N12 showed significantly higher degradation rate than those of vegetative cells.
- Turfgrass insect pests and natura.l enemies for biological control were investigated to develop pest management effectively in golf courses at several golf clubs. Twenty eight insect pest species of 10 families in 6 orders were collected from golf courses. The zoysiagrass mite, Eriophyes zoysiae and root-knot nematode, Meloidogyne incognita were also collected from zoysiagrass. White grubs of several scarab beetles and cutworms (Agrotis spp.) damaged seriously at most surveyed golf clubs. In addition, bluegrass webworm (Crambus sp.), Japanese lawngrass cutworm (Spodoptera depravata), scale insects, Tipula sp., and ants (Camponitus japonicus, Formica japonica, and Lasins japonicus) damaged turfgrasses directly or indirectly in golf courses. The entomopathogenic nematodes, Heterorhabditis spp., Steinernema glaseri, and S. longicaudum, entomopathogenic fungi, Beauveria bassiana and Metarhizium anisopliae, and milky disease, Paenibacil/us popil/iae were isolated from white grubs or turfgrass soil as microbial control agents. Besides, dipteran predators, Cophinopoda chinensis, Philonicus albiceps, and Promachus yesonicus and hymenopteran parasitoid, Tiphia sp. were also collected. The P. yesonicus was the most active in golf courses. The root-knot nematode, M. incognita was found from Zoysia japonica, Z. matrella. and Cynodon dactylon.
Throughout history, barley was the typical crop of the soils of Jeju Island due to its topographical features. People in Jeju eat Shindari or Dansul. Shindari or Dansul is a fermented drink of Jeju, made from the leftovers of cooked barely and nuruk of short fermentation periods. Although Makgeolli and Shindari share a similar fermentation period and materials, research on Shindari or Dansul is still in its early stages. In this study, we examined major bacterial species of Shindari or Dansul. In addition, we confirmed the antibacterial activities of an isolated strain against fish and human-harmful bacteria. Among the isolates, Firmicutes consisted of 73% and the Proteobacteria of 27%, indicating that the Firmicutes phylum was the dominant one. In addition, the Pediococcus genus and the Bacillus genus were the most prevalent consisting of 25%, followed by the Cronobacter genus (25%), the Enterococcus genus (16%), the Aneurinibacillus genus (5%), the Klebsiella genus (4%), and the Paenibacillus genus (2%). We conclude that the Lactobacillus genus predominated in Makgeolli, but the Pediococcus genus predominated in Shindari. In a study of the antibacterial activity, growth inhibition was observed for all bacteria, except for the fish disease bacterium Photobacterium damselae subsp. piscicida and the human-harmful bacterium Streptococcus mutans.
Yadav, Dil Raj;Adhikari, Mahesh;Kim, Sang Woo;Kim, Hyun Seung;Lee, Youn Su
Journal of Microbiology and Biotechnology
/
v.31
no.9
/
pp.1241-1255
/
2021
This study was carried out to explore a non-chemical strategy for enhancing productivity by employing some antagonistic rhizobacteria. One hundred eighteen bacterial isolates were obtained from the rhizospheric zone of various crop fields of Gangwon-do, Korea, and screened for antifungal activity against Fusarium wilt (Fusarium oxysporum f. sp. lactucae) in lettuce crop under in vitro and in vivo conditions. In broth-based dual culture assay, fourteen bacterial isolates showed significant inhibition of mycelial growth of F. oxysporium f. sp. lactucae. All of the antagonistic isolates were further characterized for the antagonistic traits under in vitro conditions. The isolates were identified on the basis of biochemical characteristics and confirmed at their species level by 16S rRNA gene sequencing analysis. Arthrobacter sulfonivorans, Bacillus siamensis, Bacillus amyloliquefaciens, Pseudomonas proteolytica, four Paenibacillus peoriae strains, and Bacillus subtilis were identified from the biochemical characterization and 16S rRNA gene sequencing analysis. The isolates EN21 and EN23 showed significant decrease in disease severity on lettuce compared to infected control and other bacterial treatments under greenhouse conditions. Two bacterial isolates, EN4 and EN21, were evaluated to assess their disease reduction and growth promotion in lettuce in field conditions. The consortium of EN4 and EN21 showed significant enhancement of growth on lettuce by suppressing disease caused by F. oxysporum f. sp. lactucae respectively. This study clearly indicates that the promising isolates, EN4 (P. proteolytica) and EN21 (Bacillus siamensis), can be commercialized and used as biofertilizer and/or biopesticide for sustainable crop production.
Microorganisms in seafood cooking drips were counted and identified. Total viable cell counts were 6.40 and 3.10 log CFU/g in cooking drips of Hizikia fusiformis and Thunnus thynnus, respectively. However, microbial populations fell with increased irradiation doses. In H. fusiformis cooking drips, a 5-log reduction in total aerobic bacteria was obtained by irradiation with 5 kGy. In T. thynnus cooking drips, however, contaminating microorganisms were more resistant to gamma irradiation and only a 1-log reduction was seen. DNA sequence analysis showed that the principal contaminating microorganisms in H. fusiformis and T. thynnus cooking drips were Lactobacillus and Bacillus species, respectively. Therefore, the high irradiation resistance of T. thynnus cooking drips microbes may result from spore formation by Bacillus species.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.