• Journal of Species Research
• /
• 제8권3호
• /
• pp.249-258
• /
• 2019

Owing to a distinct environmental regime and anthropogenic effects, freshwater bacterial communities of urban streams are considered to be different from those of large freshwater lakes and rivers. To obtain unrecorded, freshwater bacterial species in Korea, water and sediment samples were collected from various urban streams of the Han River watershed in 2018. After plating the freshwater samples on R2A agar, approximately 1000 bacterial strains were isolated from the samples as single colonies and identified using 16S rRNA gene sequence analyses. A total of 26 strains, with >98.7% 16S rRNA gene sequence similarity with validly published bacterial species but not reported in Korea, were determined to be unrecorded bacterial species in Korea. The unrecorded bacterial strains were phylogenetically diverse and belonged to four phyla, six classes, 12 orders, 16 families, and 21 genera. At the generic level, the unreported species were assigned to Nocardioides, Streptomyces, Microbacterium, Kitasatospora, Herbiconiux, Corynebacterium, and Microbacterium of the class Actinobacteria; Paenibacillus and Bacillus of the class Bacilli; Caulobacter, Methylobacterium, Novosphingobium, and Porphyrobacter of the class Alphaproteobacteria; Aquabacterium, Comamonas, Hydrogenophaga, Laribacter, Rivicola, Polynucleobacter, and Vogesella of the class Betaproteobacteria; Arcobacter of the class Epsilonproteobacteria; and Flavobacterium of the class Flavobacteriia. The details of the 26 unreported species, including Gram reaction, colony and cell morphology, biochemical properties, and phylogenetic position are also provided in the strain descriptions.

• Journal of Species Research
• /
• 제12권2호
• /
• pp.165-173
• /
• 2023

Bacterial communities inhabiting islands play a vital role in the functioning and formation of a unique, isolated ecosystem. Nevertheless, there has been a lack of systematic research on the indigenous microbiological resources of the islands in Korea. To excavate microbial resources for further studies on the metabolism and biotechnological potential, a standard dilution plating was applied to coastal seawater samples collected from islands along the west coast of the Korean Peninsula, including Deokjeokdo, Baengnyeongdo, and Daebudo in 2022. A total of 2,007 bacterial strains were isolated from the samples as single colonies and identified using 16S rRNA gene sequence analyses. A total of 20 strains, with ≥98.7% 16S rRNA gene sequence similarity to bacterial species having validly published names but not reported in Korea, were designated as unrecorded bacterial species in Korea. The unrecorded bacterial strains were phylogenetically diverse and belonged to four phyla, five classes, 12 orders, 17 families, and 18 genera. The unreported species were assigned to Algimonas, Amylibacter, Notoacmeibacter, Roseibium, and Terasakiella of the class Alphaproteobacteria; Alteromonas, Congregibacter, Marinagarivorans, Marinicella, Oceanospirillum, Psychromonas, Thalassotalea, Umboniibacter, and Vibrio of the class Gammaproteobacteria; Lutibacter and Owenweeksia of the class Flavobacteriia; Paenibacillus of the class Bacilli; and Pelagicoccus of the class Opitutae. The taxonomic characteristics of the unreported species, including morphology, biochemistry, and phylogenetic position are provided in detail.

• 대한임상검사과학회지
• /
• 제47권4호
• /
• pp.286-291
• /
• 2015

에쿠올은 인간의 건강에 유익한 효과를 나타낸다. 발효된 콩 식품들은 에쿠올을 함유하고 있으며, 많은 미생물들이 에쿠올 생산과정에 참여하는 것으로 밝혀졌다. 본 연구에서는 한국의 전통 발효 식품인 된장에 대해 조사하였다. 먼저 서로 다른 제조자로부터 수집 된 37개의 된장 샘플들을 대상으로 에쿠올의 농도를 측정하기 위해 LC-MS/MS를 시행하였다. 측정 결과 3개의 된장 샘플에서 에쿠올이 검출되었고, 507 ng/100 g의 농도가 가장 높게 나타났다. 에쿠올을 함유한 된장에서 15개의 미생물 종들이 16S rRNA gene sequence analysis와 2개의 MALDI-TOF MS분석법에 의해 분리, 동정되었으며 Bacillus spp, Paenibacillus spp, Tetragenococcus spp, Stapylococcus spp, and Clostridium species들이 가장 우세한 미생물들이었다. 이 연구결과로 한국의 전통 발효식품인 된장에서도 에쿠올이 검출되었음을 확인하였다.

• 환경생물
• /
• 제29권3호
• /
• pp.126-137
• /
• 2011

제주도 한라산의 숨은물벵뒤 습지는 여러 다른 생태계에 비해 접근이 용이하지 않아 생물다양성이 높다고 여겨져 왔으나, 세균의 다양성과 새로운 종에 대한 보고는 전혀 이루어지지 않았다. 본 연구에서는 제주도 한라산의 고산 습지인 숨은물벵뒤 습지에서 담수 및 토양시료를 채취하여 Bacteroidetes, Firmicutes, Actinobacteria문에 속하는 세균을 분리하였다. 분리된 세균 중 위의 3개의 문에 속하는 균주의 16S rRNA 유전자 염기서열을 구한 다음 표준균주와 비교하였으며, 16S rRNA 유전자 염기서열의 유사도가 표준균주와 98.7% 미만인 균주를 신종후보 균주로 간주하였다. 전체적으로 과 및 속 수준의 다양성은 높지 않았으며, 특정 계통에 집중되어 신종후보 균주가 발굴되었다. Bacteroidetes 문에는 Mucilaginibacter, Sphingobacterium, Pedobacter, Flavobacterium, Chryseobacterium 속에 속하는 13개의 후보신종이 확인되었다. Firmicutes 문에는 Paenibacillus, Lysinibacillus, Bacillus 속에 해당하는 13개의 후보신종이 배양되었다. Actinobacteria 문에는 Mycobacterium과 Nocardia에 속하는 후보신종 2개가 발굴되었다. 분리된 28개의 후보신종에 대하여 배양학적 특징, 생리학적 특징, 화학분류적 특징을 조사하였으며 본 논문에 기재하였다. 종합적으로 숨은물벵뒤 습지는 아직까지 배양되지 않은 많은 수의 신종 미생물을 포함하고 있는 생태계임이 확인되었다.

• 생명과학회지
• /
• 제22권5호
• /
• pp.642-649
• /
• 2012

남해연안지역은 피조개($Scapharca$ $broughtonii$) 양식으로 매우 중요한 지역이나 최근 대량폐사로 인하여 생산량이 급격히 감소하였다. 이러한 대량폐사의 원인을 구명하기 위하여 다양한 환경요인들에 대한 연구는 수행되었으나, 미생물학적인 연구는 미비한 실정이다. 본 연구에서는 폐사율이 높은 강진만과 폐사발생이 적은 진해만 연안 피조개 양식장의 해저 퇴적물과 피조개 체내에서 분리한 미생물 균총에 대하여 분석하였다. 각각의 샘플에서 배양 가능한 모든 미생물을 분리하였으며, 분리한 미생물 중 알파 또는 베타 용혈활성을 보이는 미생물을 모두 동정하였다. 피조개 체내에 존재하는 용혈미생물의 균총은 해저 퇴적물 보다 낮은 다양성을 보였으며, 극히 한정된 종의 미생물이 존재함을 알 수 있었다. 강진만에서는 17속(genus) 88종(species)의 미생물을, 그리고 진해만에서는 16속 64종의 미생물을 분리할 수 있었다. 샘플 내에는 $Bacillus$ 속의 미생물이 가장 많이 분리 되었으며, 그 중 $Bacillus$ cereus group의 종이 가장 많고, $Paenibacillus$, $Lynsilbacillus$, 그리고 $Vibrio$ 종 등이 그 다음으로 많이 존재하였다. 속(genus) 수준에서는 두 지역의 특별한 차이를 발견할 수 없었으나, 진해만 연안에서는 64종이 발견되었고 강진만에서는 88종이 분리되어, 강진만이 좀 더 종 수준에서의 높은 다양성을 알 수 있었다. 따라서 피조개 대량폐사의 원인은 이러한 균주의 종 수준에서의 차이에서 기인하는 것 이라고 가정할 수 있었으며, 폐사지역에서 발견되는 미생물을 이용한 감염실험을 통하여 피조개의 대량폐사 원인 균을 구명 할 예정이다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
• /
• 제21권6호
• /
• pp.545-555
• /
• 2011

The diversity elucidation by amplified ribosomal DNA restriction analysis and 16S rDNA sequencing of 96 associative diazotrophs, isolated from the feeder roots of tea on enriched nitrogen-free semisolid media, revealed the predominance of Gram-positive over Gram-negative bacteria within the Kangra valley in Himachal Pradesh, India. The Gram-positive bacteria observed belong to two taxonomic groupings; Firmicutes, including the genera Bacillus and Paenibacillus; and Actinobacteria, represented by the genus Microbacterium. The Gram-negative bacteria included ${\alpha}$-Proteobacteria genera Brevundimonas, Rhizobium, and Mesorhizobium; ${\gamma}$-Proteobacteria genera Pseudomonas and Stenotrophomonas; and ${\beta}$-Proteobacteria genera Azospira, Burkholderia, Delftia, Herbaspirillum and Ralstonia. The low level of similarity of two isolates, with the type strains Paenibacillus xinjiangensis and Mesorhizobium albiziae, suggests the possibility of raising species novum. The bacterial strains of different phylogenetic groups exhibited distinct carbon-source utilization patterns and fatty acid methyl ester profiles. The strains differed in their nitrogenase activities with relatively high activity seen in the Gramnegative strains exhibiting the highest similarity to Azospira oryzae, Delftia lacustris and Herbaspirillum huttiense.

• 한국미생물·생명공학회지
• /
• 제42권4호
• /
• pp.377-385
• /
• 2014

본 연구에서는 고염폐수의 정화능이 우수한 미생물 기능성 커뮤니티 HWTC (Highsalt Wastewater Treatment Community)를 이용한 고염폐수 처리시스템을 개발하였으며, HWTC의 미생물 군집의 다양성을 확인해 보았다. HWTC의 고염폐수 처리능력은 HRT 2.5일만에 $COD_{cr}$ 84%의 처리효율로 확인하였다. 미생물 군집분석은 PCR-DGGE 기법과 16S rRNA gene clone library를 통하여 미생물 다양성을 확인하였다. 4%의 염농도의 폐수에서 우점하는 미생물은 Halomonas sp.와 Paenibacillus sp.로 나타났고, phylogenetic tree 분석을 통해 ${\gamma}$-proteobacteria 속하는 미생물의 다양성이 높게 나타났으며, firmicutes속 하는 미생물이 우점하고 있었다. 고염폐수를 처리할 수 있는 미생물 기능성 커뮤니티 HWTC를 이용하여, 고염의 폐수 정화를 가능하게 할 것으로 판단된다.

• 생태와환경
• /
• 제47권spc호
• /
• pp.39-47
• /
• 2014

바이칼호에 서식하는 2종의 스폰지 체내 및 주변 물로부터 92개의 저온성 균주를 분리하고 각 균주들의 기질 분해능을 조사하였다. 그 결과 섬유소와 지방에 대한 분해 활성도를 갖는 균주는 38.0, 34.8%로 비교적 적었으나 전분과 단백질 분해 활성도를 갖는 균주는 78.3, 57.6%로 높은 비율로 나타났다. 분리한 세균을 염기서열의 유사도에 따라 분류하기 위하여 Genomic Fingerprinting을 실시한 후 31개 균주를 선별하여 동정한 결과, Baikalospongia sp.에서 분리한 13균주는 모두 Pseudomonas속으로 확인된 반면, Lubomirskia sp.에서 분리한 14균주는 Pseudomonas ssp., Buttiauxella agrestis, Pseudomonas fluorescens, Yersinia ruckeri, Bacillus ssp., Paenibacillus ssp., Bacillus thuringiensis, Bacillus simplex, Brevibacterium ssp., Acinetobacter lwoffii로 다양하게 동정되었다. 그러나 총 31개 균주 중 18개가 Pseudomonas속으로 동정된 것은 타감작용에 의한 다른 세균 성장의 방해 때문으로 평가되며, 이러한 일반적인 배양 방법의 한계점을 극복하기 위해서는 스폰지의 서식처와 세균의 검출 방법에 대하여 보다 다양한 심층적인 연구가 이루어져야 할 것으로 생각된다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
• /
• 제17권6호
• /
• pp.913-918
• /
• 2007

A Gram-positive, aerobic, rod-shaped, nonmotile, endospore-forming bacterium, designated Gsoil $349^T$, was isolated from soil of a ginseng field and characterized using a polyphasic approach. Comparative analysis of 16S rRNA gene sequences revealed that the strain Gsoil $349^T$ belongs to the family Paenibacillaceae, and the sequence showed closest similarity with Cohnella thermotolerans DSM $17683^T$ (94.1%) and Cohnella hongkongensis DSM $17642^T$ (93.6%). The strain showed less than 91.3% 16S rRNA gene sequence similarity with Paenibacillus species. In addition, the presence of MK-7 as the major menaquinone and $anteiso-C_{15:0},\;iso-C_{16:0},\;and\;C_{16:0}$ as major fatty acids suggested its affiliation to the genus Cohnella. The G+C content of the genomic DNA was 53.4 mol%. On the basis of its phenotypic characteristics and phylogenetic distinctiveness, strain Gsoil $349^T$ should be treated as a novel species within the genus Cohnella for which the name Cohnella panacarvi sp. nov. is proposed. The type strain is Gsoil $349^T\;(=KCTC\;13060^T=\;DSM\;18696^T)$.

• 한국식물병리학회:학술대회논문집
• /
• 한국식물병리학회 2002년도 총회 및 추계학술발표회
• /
• pp.60-60
• /
• 2002