• Mycobiology
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• 제29권1호
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• pp.7-10
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• 2001

Based on the rDNA ITS sequences data, specific primer set for PCR detection of wood-decaying fungus Phellinus linteus was designed. The length of PCR products using designed primer set(SHF and SHR) was about 540 bp. Among 11 species, 17 isolates of Phellinus spp. including Phellinus linteus, P. pomaceus, P. spiculosus, P. baumi, P. pini, P. igniarius, P. gilvus, P. biscuspidatus, P. weirii, P. johnsonianus, P. robutus, and P. igniarius, seven isolates of Phellinus linteus showed about 540 bp-sized single band. This molecular technique could offer a useful tool for detecting and identifying Phellinus linteus.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제39권1호
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• pp.43-48
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• 2001

We have studied the genetic differences among four isolates of Trichinella including a new strain of Trichinella spiralis (ISS 623) recently found from a human case who took a badger in Korea. Because they have a different host origin and came from geographically separated regions, we supposed the genetic pattern of the isolates might be different as had been previously reported. It was analysed by PCR-RFLP analysis of the rDNA repeat that can readily distinguish a species or strain from others. Isolated genomic DNA of each isolate of Trichinella larvae was amplified with ITSl specific primers and digested with restriction endonucleases. The PCR product of ITSl was confirmed using Southern blot analysis to be a 910 Up fragment. The restriction fragments of each isolate had variable patterns when it was digested with Rsa I only. According to the RFLP patterns, the estimated genetic divergence between each isolate was different. In conclusion, four isolates of Thichinella including a new strain of T. spiralis obtained from a Korean patient may have genetic differences in the ITSl region and the Shanghai isolate was genetically more similar to the Japanese unknown isolate than others in the ITSl region.

• The Plant Pathology Journal
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• 제15권5호
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• pp.287-294
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• 1999

A technique based on the polymerase chain reaction (PCR) for the specific detection of genus Phytophthora and Phytophthora cryptogea-P. drechsleri complex group was developed using nucleotide sequence information of ribosomal DNA (rDNA) regions. The internal transcribed spacers (ITS) including 5.8S were sequenced for P. cryptogea-P. drechsleri complex group and its related species. Two pairs of oligonucleotide primers were designed. Primer pair ITS1/Phy amplified ca. 240 bp fragment in 12 out of 13 specie of Phytophthora, but not in Pythium spp., Fusarium spp.and Rhizoctonia solani. Primer pair rPhy/Pcd amplified 549 bp fragment only in P. cryptogea-P. drechsleri complex group, but not in other Phytophthora spp.and other genera. Specific PCR amplification using the primers was successful in detecting Phytophthora and P. cryptogea-P. drechsleri complex group in diseased plants.

• 한국발생생물학회지:발생과생식
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• 제23권3호
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• pp.297-304
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• 2019

The higher fragment sizes (>2,100 bp) are not observed in the two C. spp. populations. The six oligonucleotides primers OPA-11, OPB-09, OPB-14, OPB-20, OPC-14, and OPC-18 were used to generate the unique shared loci to each tonguesole population and shared loci by the two tonguesole populations. The hierarchical polar dendrogram indicates two main clusters: Gunsan (GUNSAN 01-GUNSAN 11) and the Atlantic (ATLANTIC 12-ATLANTIC 22) from two geographic populations of tonguesoles. The shortest genetic distance displaying significant molecular difference was between individuals' GUNSAN no. 02-GUNSAN no. 01 (genetic distance=0.038). In the long run, individual no. 02 of the ATLANTIC tonguesole was most distantly related to GUNSAN no. 06 (genetic distance=0.958). These results demonstrate that the Gunsan tonguesole population is genetically different from the Atlantic tonguesole population. The potential of PCR analysis to identify diagnostic markers for the identification of two tonguesole populations has been demonstrated. As a rule, using various oligonucleotides primers, this PCR method has been applied to identify polymorphic/specific markers particular to species and geographical population, as well as genetic diversity/polymorphism in diverse species of organisms.

• 한국발생생물학회지:발생과생식
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• 제25권1호
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• pp.59-65
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• 2021

The author established a PCR-based genetic platform to examine the hierarchical polar dendrogram of Euclidean genetic distances of one tailfin anchovy population, especially for Coilia nasus, which was further associated with other fish population, by connecting with specifically designed oligonucleotide primer sets. Five oligonucleotide primers were used to generate a total of 260 and 211 scorable fragments in Coilia populations I and II, respectively. The DNA fragments ranged from greater than (approximately) 100 to more than 2,000 bp. The average bandsharing values (BS) of individuals from the anchovy population I (0.693) displayed higher values than individuals from population II (0.675). The genetic distance between individuals established the existence of a close relationship in group II. Comparatively, individuals of one anchovy population were fairly related to other fish populations, as shown in the polar hierarchical dendrogram of Euclidean genetic distances. The noteworthy genetic distance determined between two Coilia nasus populations demonstrates that this PCR technique can be applied as one of the several devices for individuals and/or population biological DNA researches undertaken for safeguarding species and for production of anchovies in the littoral area of Korea.

• 미생물학회지
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• 제48권4호
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• pp.309-313
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• 2012

본 연구는 multiplex PCR 방법을 적용하여 질 내부에 서식하는 유산균을 동시에 그리고 신속하게 검출하는 방법을 개발하는 것을 목적으로 수행되었다. 세균의 감염에 의한 질염 증상이 없는 건강한 20대 여성 166명으로부터 질 분비물을 채취하였다. 건강한 여성의 질 내부에 서식하는 것으로 확인된 Lactobacillus 속에 속하는 6종의 유산균을 종 특이 multiplex PCR primer를 제작하기 위해 선정하였다. Multiplex primer I은 L. iners, L. crispatus, L. gasseri를 선택적으로 검출하기 위해 특성화하였고 multiplex primer II는 L. acidophilus, L. jensenii, L. fermentum를 선택적으로 검출하기 위해 특성화하였다. Multiplex PCR 기술을 이용하여 분석한 결과 L. crispatus (77%)가 가장 높은 빈도로 검출되었고 L. acidophilus (57%)과 L. jensenii (57%)는 상대적으로 높은 빈도로 검출되었다. L. iners (59%)는 L. acidophilus (57%)와 L. jensenii (57%) 보다 높은 빈도로 검출되었지만 항생제 치료 과정 후 또는 세균성 질염의 경우에도 발견되는 균종으로 건강한 여성에게서 주로 서식하는 종이라고 결론 내리기는 어렵다. 결론적으로, 특정 유산균의 특이적인 primer를 이용한 multiplex PCR 기술은 질의 건강상태의 변화 또는 질의 질병으로부터 회복 과정을 예측할 수 있는 도구로서 유용할 것으로 생각된다.

• KSBB Journal
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• 제14권4호
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• pp.460-464
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• 1999

Methicillin-resistant Staphlococcus aureus(MRSA)는 다양한 항생제에 저항성을 나타내며 제 3세대 cephalosporin계가 보급된 1980년대 이후 원내 감염의 중요 원인균으로 대두되고있다. 그러나 MRSA 동정의 오류나 실수로 인한 부적절한 치료에 문제가 있으며 항생제의 오용으로 인한 다제약제 내성획득이 임상에서 심각한 문제가 되거 있다. 따라서 MRSA 감염의 적절한 치료는 이 원인 균의 신속하고 믿을 수 있는 동정을 필요로 한다.본 연구에서는 분자 생물학적인 동정법을 확립하기 위하여 항생제의 내성 기구인 페니실린 결합 단백질 2‘(PBP2')를 암호화하는 mec A 유전자를 PCR 방법으로 증폭하여 MIC test 결과와 비교하여 MRSA를 동정하는데 PCR법이 유용한지를 판명하였다.각 환자의 다종 검체로부터 S. aureus 120균주를 분리하여 oxcillin으로 MIC test를 한 결과 MRSA의 비율로는 농에서는 MRSA가 61.9%로 가장 높게 판명되었다. 120균주 중 MRSA 40균주, MSSA 40균주를 성별하여 PCR 방법으로 동정하여 MIC test와 비교 한 결과, MRSA 1균주(2.5%), MSSA는 2균주(5%)의 차이만이 MIC test와 상이성을 나타내었다. 이러한 결과로 볼 때 PCR법으로 MRSA를 동정하는 것은 유용하며 일상검사 업무로서 활용성이 높을 것으로 판단되었다.

• Journal of Yeungnam Medical Science
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• 제14권1호
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• pp.155-167
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• 1997

본 연구는, HBV의 증식 및 감염력을 파악하는데 가장 중요한 표지자로 알려진 HBV DNA를 최근 임상에서 많이 이용되고 있는 PCR법을 사용해 검출함으로써 기존의 dot blot법과 PCR법을 비교하고, 만성 간질환 환자에서 HBV의 e항원, 항체체계에 따른 HBV DNA의 검출율을 PCR법을 이용하여 알아봄으로써 HBV의 증식 및 감염력을 파악하고자 무증상 HBsAg 보유자 17명(HBeAg 양성 9명, anti-HBe 양성 8명), 만성 B형 간염 환자 91명(HBeAg 양성 50명, anti-HBe 양성 41명), 간경변증 한자 57명(HBeAg 양성 21명, anti-HBe 양성 36명), 원발성 간세포암 환자 27명(HBeAg 양성 10명, anti­HBe 양성 17명)을 대상으로 HBV DNA의 검출빈도를 조사하여 다음과 같은 결과를 얻었다. Dot blot법의 경우 HBeAg 양성인 환자군, anti-HBe 양성인 환자군에서의 HBV DNA의 검출율은 각각 58.9%, 34.3% 이었고, PCR법에 의한 검출율은 상기군에서 각각 72.2%, 53.9%였다. HBeAg 음성인군에서의 PCR법에 의한 HBV DNA 검출율은 무증상 HBsAg 보유자의 경우 25.0%, 만성 B형 간염 환자군의 경우 61.0%, 간병변증 환자군의 경우 52.8%, 원발성 간세포암 환자군의 경우 52.9%였다. 무증상 HBsAg 보유자에서 HBeAg 양성인 군과 음성인 군간의 HBV DNA 검출율은 각각 77.8%, 25.0%로 유의한 차이가 있었으나, 나머지 군에서는 HBeAg 양성인 군과 음성인 군간의 HBV DNA 검출율의 유의한 차이는 없었다. 이상의 결과로 PCR을 이용할 경우 기존의 dot blot보다 훨씬 예민하게 HBV DNA를 검출할 수 있고, HBsAg 양성인 만성 간질환 환자의 대부분에서는 HBeAg 및 anti-HBe 표식자 체계와는 무관하게 바이러스의 증식이 지속되고 있음을 알 수 있었으며, PCR법이 무증상 HBsAg 보유자의 예후를 알 수 있는 지표로서 유용성에 대한 가능성을 의미하나 확실한 의의를 알기 위하여 전향적인 연구가 필요할 것으로 사료된다.

• 대한전기학회논문지
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• 제40권1호
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• pp.31-38
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• 1991

A direct digital control technique of a current source using the phase-controlled rectifier is presented. A digital firing technique without sensing the line voltage is proposed. This scheme generates firing pulses directly from error signal between command and output voltage. Thus the phase detection transformers filters and zero-crossing detector are unnecessary. The synchronism is modeled and analized. Also a software synchronization algorithm is presented without a look up table and controls the system in real time with fast dynamic characteristics. Using the single-chip microprocessor 8097BH, the direct digital control is implemented with minimal hardware structure. Using the time-weighted performance index, the optimal discrete IPM control technique is also proposed to control the current of the PCR.

• 생명과학회지
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• 제9권4호
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• pp.453-459
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• 1999

Baculovirus(WSBV) was isolated from infected Penaeide was collected from shrimp farm at southern sea of Korea from 1993 to 1995. The Infectious virus was purified and used for diagnosis of infected shrimp. Anti-viral serum were used for immunological detection as enzyme linked immunoabsorbent assay(ELISA) and indirect fluorescent antibody technique(IFAT). In IFAT, stomach, lymphoid organ and antenae gland of infected shrimp showed fluorescent reaction. In ELISA, tissues of spontaneously infected shrimp appeared higher O.D. values than in artificial infected shrimp. Primer set was constructed from sequence of 420bp of cloned Baculovirus(WSBV) genome. Specific band for infected shrimp was detected in Polymerase chain reaction(PCR)