• 제목/요약/키워드: Molecular Surface

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Sequence Dependent Binding Modes of the ΔΔ- and ΛΛ-binuclear Ru(II) Complexes to poly[d(G-C)2] and poly[d(A-T)2]

  • Chitrapriya, Nataraj;Kim, Raeyeong;Jang, Yoon Jung;Cho, Dae Won;Han, Sung Wook;Kim, Seog K.
    • Bulletin of the Korean Chemical Society
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    • 제34권7호
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    • pp.2117-2124
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    • 2013
  • The binding properties and sequence selectivities of ${\Delta}{\Delta}$- and ${\Lambda}{\Lambda}-[{\mu}-Ru_2(phen)_4(bip)]^{4+}$ (bip = 4,4'-biphenylene (imidazo [4,4-f][1,10]phenanthroline) complexes with $poly[d(A-T)_2]$ and $poly[d(G-C)_2]$ were investigated using conventional spectroscopic methods. When bound to $poly[d(A-T)_2]$, a large positive circular dichroism (CD) spectrum was induced in absorption region of the bridging moiety for both the ${\Delta}{\Delta}$- and ${\Lambda}{\Lambda}-[{\mu}-Ru_2(phen)_4(bip)]^{4+}$ complexes, which suggested that the bridging moiety sits in the minor groove of the polynucleotide. As luminescence intensity increased, decay times became longer and complexes were well-protected from the negatively charged iodide quencher compared to that in the absence of $poly[d(A-T)_2]$. These luminescence measurements indicated that Ru(II) enantiomers were in a less polar environment compared to that in water and supported by minor groove binding. An angle of $45^{\circ}$ between the molecular plane of the bridging moiety of the ${\Delta}{\Delta}-[{\mu}-Ru_2(phen)_4(bip)]^{4+}$ complex and the local DNA helix axis calculated from reduced linear dichroism ($LD^r$) spectrum further supported the minor groove binding mode. In the case of ${\Lambda}{\Lambda}-[{\mu}-Ru_2(phen)_4(bip)]^{4+}$ complex, this angle was $55^{\circ}$, suggesting a tilt of DNA stem near the binding site and bridging moiety sit in the minor groove of the $poly[d(A-T)_2]$. In contrast, neither ${\Delta}{\Delta}$-nor ${\Lambda}{\Lambda}-[{\mu}-Ru_2(phen)_4(bip)]^{4+}$ complex produced significant CD or $LD^r$ signal in the absorption region of the bridging moiety. Luminescence measurements revealed that both the ${\Delta}{\Delta}$- and ${\Lambda}{\Lambda}-[{\mu}-Ru_2(phen)_4(bip)]^{4+}$ complexes were partially accessible to the $I^-$ quencher. Furthermore, decay times became shorter when bis-Ru(II) complexes bound to $poly[d(G-C)_2]$. These observations suggest that both the ${\Delta}{\Delta}$- and ${\Lambda}{\Lambda}-[{\mu}-Ru_2(phen)_4(bip)]^{4+}$ complexes bind at the surface of $poly[d(G-C)_2]$, probably electrostatically to phosphate group. The results indicate that ${\Delta}{\Delta}$- and ${\Lambda}{\Lambda}-[{\mu}-Ru_2(phen)_4(bip)]^{4+}$ are able to discriminate between AT and GC base pairs.

마이크로파 하이브리드 소결법에 의한 NTC 서미스터의 제조 (Microwave hybrid sintering of NTC themistor)

  • 최영락;안진용;안주삼;백동규;최승철
    • 한국결정성장학회지
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    • 제8권3호
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    • pp.508-512
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    • 1998
  • 마이크로파(2.45GHz) 에너지를 이용한 소결법으로 $1100^{\circ}C$~$1300^{\circ}C$의 온도범위에서 반도체 세라믹스인 $Mn_3O_4{\cdot}Co_3O_4{\cdot}3NiO$ 조성의 NTC 서미스터를 소결하였으며, 그 전기적 특성을 조사하였다. 소결온도가 높아질수록 소결밀도가 높은 치밀한 소결체를 얻을 수 있었으며, 25~$85^{\circ}C$ 범위의 온도변화에 따른 전기저항변화 특성으로부터 구한 비저항 $B_{25^{\circ/85^{\circ}}$ 정수는 3100~3200K이었다. 마이크로파 하이브리드, 소결법으로 소결된 시편과 일반소결법으로 소결된 시편을 비교하면 소결특성과 전기적물성에서 비슷한 결과를 얻을 수 있었다. 마이크로파 에너지를 이용한 소결공정은 20분 안에 완료되는 짧은 시간의 급속소결법으로 공정 시간과 에너지를 크게 절감할 수 있었다.

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인체 방광암세포에서 histone deacetylase 억제제인 sodium butyrate이 TRAIL에 의한 apoptosis 유도에 미치는 영향 (Effects of Sodium Butyrate, a Histone Deacetylase Inhibitor, on TRAIL-mediated Apoptosis in Human Bladder Cancer Cells)

  • 한민호;최영현
    • 생명과학회지
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    • 제26권4호
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    • pp.431-438
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    • 2016
  • TRAIL은 정상세포에서는 세포독성을 나타내지 않는 반면, 암세포에서는 사멸을 유도하므로 항암제로 각광받고 있지만 많은 암세포에서 TRAIL에 저항성을 가지고 있는 것으로 알려져 있으므로 이를 극복해야하는 큰 어려움이 남아있다. 본 연구에서는 TRAIL에 저항성을 가지는 인간 방광암 세포주인 5637 세포를 이용하여 histone deacetylase 억제제인 sodium butyrate (SB)와 TRAIL을 혼합처리하였을 경우 유발되는 세포사멸 효과와 이와 관련된 분자생물학적 메카니즘을 연구하였다. 세포독성이 없는 조건의 TRAIL과 SB를 혼합처리 하였을 경우 SB 단독처리군 보다 세포사멸이 현저하게 증가하는 것으로 확인되었다. TRAIL과 SB의 혼합처리는 caspases (caspase-3, -8 and -9)의 활성화 및 PARP의 단편화를 유발하였다. 하지만 caspase 억제제에 의하여 TRAIL과 SB의 혼합처리에 의하여 유발되는 apoptosis가 현저하게 억제되는 것으로 나타났다. 또한 TRAIL과 SB의 혼합처리는 세포표면에 존재하는 DR5의 발현 증가 및 c-FLIP의 발현 감소를 유발하였으며, pro-apoptotic protein인 Bax와 세포질 cytochrome c의 발현 증가 및 anti- apoptotic protein인 Bcl-xL의 발현감소와 함께 tBid의 형성을 유발하였다. 이는 SB와 TRAIL의 혼합처리가 안전하고 선택적으로 TRAIL에 저항성을 가지는 방광암 세포에서 치료하는데 효과적인 전략임을 제시하는 결과이다.

해삼 단백질로부터 펩타이드 제조 최적공정 확립 및 항산화 특성 (Process Optimization of Peptides Production from Protein of Sea Cucumber and Its Antioxidant Capacity Analysis)

  • 하유진;유선균
    • 한국응용과학기술학회지
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    • 제34권2호
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    • pp.338-348
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    • 2017
  • 식물 및 동물성 단백질 유래 펩타이드 형태의 단백질 가수분해물들은 항산화, 고혈압 완화, 면역조절, 진통완화 및 항균작용 등 생리활성이 있는 것으로 알려져 왔다. 본 연구는 건조 해삼으로부터 해삼육 슬러리를 제조하고 flavourzyme 프로티아제를 이용하여 단백질 가수분해 최적공정을 수행하였다. 이어서 생산된 펩타이드의 항산화 특성을 연구하였다. 효소반응 최적공정은 표면반응 분석법을 이용하여 수행을 하였고 공정의 범위는 반응온도 $40-60^{\circ}C$, 반응 pH 6-8, 효소의 농도 0.5-1.5%(w/v) 이었다. 해삼의 단백질 최적 효소가수분해 공정조건은 효소 반응온도 $48-50^{\circ}C$, 반응 pH 7.0-7.2, 효소의 양은 1.0-1.1%(w/v)에서 결정 되었다. 이때 단백질 가수분해 수율은 43-45%에 도달하였다. 생산된 대부분 가수분해물의 분자량들은 전형적인 펩타이드인 분자량 500-3,500Da로 분포되었다. 펩타이드들은 항산화 능력은 금속 킬레이션 능력($IC_{50}$, 1.25 mg/mL), DPPH 소거능($IC_{50}$, 3.40 mg/mL), 슈퍼옥사이드 라디칼 소거능($IC_{50}$, 10.3 mg/mL), 하이드록시 라디칼 소거능($IC_{50}$, 22.11 mg/mL) 순서로 저해농도가 낮음을 보여 주었다. 따라서 해삼 단백질 가수분해물은 건강 기능 식품소재로서 활용할 가치가 높을 것으로 기대를 한다.

한국산 돌나물과의 화분분류학적 연구 (A Palynotaxonomic Study of the Korean Crassulaceae)

  • 신진환;유영기;박기룡
    • Applied Microscopy
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    • 제32권4호
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    • pp.345-360
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    • 2002
  • 한국산 돌나물과 식물 4개 속 22종 23개 표본의 화분을 광학 및 주사전자현미경으로 관찰한 결과 발아구연의 유무, 과립상 돌기의 유무는 속간의 유연 관계를, 유선상 돌기의 모양은 Sedum속내 분류군의 한계를 설정하는데 유용한 정보를 제공하였다. 한국산 돌나물과의 화분립 모양은 소립-중립이고, 세잎꿩의비름이 가장 작고 섬꿩의비름이 가장 컸으며, 화분의 극면상립은 원형이며, 적도면상은 약장구형-장구형, 발아구는 3 공구형이었다. 표면 무늬는 유선상이었고, Hylotelephium, Meterostachys, Orostachys는 발아구연과 표면에 과립상 돌기를 가진 분류군으로 기존의 분자적, 형태학적 결과와 마찬가지로 위 분류 군들이 매우 유연 관계가 깊은 군임을 지지한다. 유집분석 결과, Sedum속은 유선상 돌기 상면이 둥근 군과 평평한 군으로 나누어지고, 유선상 돌기 상면이 둥근 군 중에서 표면에 과립상 돌기를 가진 군인 섬기린초, 애기기린초와 과립상 돌기를 가지지 않은 군으로 뚜렷하게 나누어진다. 또한 Sedum속에 속하는 종들이 여러개의 유집으로 흩어져 있어 Sedum속을 세분화할 필요가 있다고 한 기존의 연구 결과와도 일치하고 있다. 종간의 유연 관계에 있어서도 Aizoon아속 내 기린초와 애기기린초는 유일하게 과립상 돌기가 표면에 존재하고 있어 이들이 매우 가까운 유연 관계임을 시사하고 있으며, Sedum아속에 포함시켰던 S. polytrichoides 가 Meterostachys, Hylotelephium, Orostachys속 종과 유집 되고 있어 본 종의 분류학적 위치가 재고되어야 할 것으로 생각된다. 정동진에서 채집된 O. malacophyllus의 경우, 현재까지 한국에 보고된 동일종의 집단과 형태적으로 차이가 있을 뿐 아니라 화분 형태적으로도 뚜렷한 차이가 있어 두 집단이 서로 다른 종일 가능성이 있다 고 판단된다.

The Effect of Age on the Myosin Thermal Stability and Gel Quality of Beijing Duck Breast

  • Wei, Xiangru;Pan, Teng;Liu, Huan;Boga, Laetithia Aude Ingrid;Hussian, Zubair;Suleman, Raheel;Zhang, Dequan;Wang, Zhenyu
    • 한국축산식품학회지
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    • 제40권4호
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    • pp.588-600
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    • 2020
  • The effect of age (22, 30, 38, and 46 days) on Beijing duck breast myosin gels was investigated. The results showed that the water holding capacity (WHC) and gel strength were markedly improved at the age of 30 days. Differential scanning calorimetry suggested that the myosin thermal ability increased at the age of 30 and 38 days (p<0.05). A compact myosin gel network with thin cross-linked strands and small regular cavities formed at the age of 30 days, which was resulted from the higher content of hydrophobic interactions and disulfide bonds. Moreover, the surface hydrophobicity of myosin extracted from a 30-day-old duck breast decreased significantly under temperature higher than 80℃ (p<0.05). This study illustrated that myosin extracted from a 30-day-old duck's breast enhanced and stabilized the WHC, thermal stability and molecular forces within the gel system. It concluded that age is an essential influencing factor on the myosin thermal stability and gel quality of Beijing duck due to the transformation of fibrils with different myosin character.

조영제로 활용하기 위한 폴리(비닐피롤리돈)이 코팅된 산화철 나노 입자의 제조 (Preparation of Poly(vinylpyrrolidone) Coated Iron Oxide Nanoparticles for Contrast Agent)

  • 이하영;임낙현;서진아;강길선;김정안;이해방;조선행
    • 폴리머
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    • 제29권3호
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    • pp.266-270
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    • 2005
  • Fe(CO)$_5$(철-펜타카보닐)의 열분해법을 이용하여 산화철 나노 입자를 제조하였다. 표면 조절 시약으로서 생체적 합성 고분자인 폴리(비닐피롤리돈)(PVP)을 사용하여 산화철 나노 입자의 크기를 제어하였다. 산화철 나노 입자의 형성 여부는 XRD를 통해 분석하였으며, PVP 코팅된 산화철 나노 입자의 크기는 TEM, ELS를 통하여 분석하였다. PVP 코팅 된 산화철 나노 입자의 입자 크기는 PVP/Fe(CO)$_5$의 몰비와 용매, PVP 분자량에 의해 조절되었다. PVP 함량이 증가함에 따라 입자 크기가 증가하였으며 디메틸포름아마이드를 용매로 하였을 때 $50\~100$ nm의 산화철 나노 클러스터가 형성되었고, Carbitol을 용매로 하였을 때 균일하게 분산된 10 nm 이하의 작은 PVP 코팅된 산화철 나노 입자가 형성되었다. 본 연구에서 제조된 PVP코팅된 산화철 나노 입자는 물에 잘 분산될 뿐 아니라 생체적합적인 PVP로 코팅이 되었기 때문에 in vivo에 응용할 수 있으며, 입자의 크기가 $50\~100$nm및 10 nm로 조절됨으로써 MRI 조영제로서 가능성을 가지고 있음을 확인하였다.

형태적.분자생물학적 방법에 의한 Phellinus linteus의 동정에 관한 연구 (Identification of Phellinus linteus by Morphological Characteristics and Molecular Analysis)

  • 김상희;김수호;성재모
    • 한국균학회지
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    • 제27권5호
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    • pp.337-340
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    • 1999
  • rDNA내의 ITS region의 염기서열 분석 결과를 토대로 19종의 Phellinus 속균중 Phellinus linteus를 특이적으로 동정할 수 있는 primer를 제작하였다. 이 특이 primer는 ITS1과 ITS2내에 위치하며 이들 spacer region에 인접해 있는 universal Primer내에 위치해 있다. 총 4개의 Primer(universal primer인 ITS-1F와 ITS-4 그리고 특이 primer인 PL-F와 PL-R)가 한국에서 채집된 Phellinus 속균중 Phellinus linteus를 동정하는데 사용되었다. Phellinus linteus의 증폭된 DNA크기는 800bp(ITS-1F/ITS-4)와 720 bp(ITS-1F/PL-R과 PL-F/ITS-4)에 해당하는 2개의 band, 그리고 610 bp(PL-F/PL-R)인 것으로 나타났다. 한국에서 채집된 23종의 Phellinus속균중 13종이 Phellinus linteus인 것으로 확인되었다.

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Expression of peroxisome proliferator activated receptor gamma in the neuronal cells and modulation of their differentiation by PPAR gamma agonists

  • Hong, Jin-Tae
    • 한국환경성돌연변이발암원학회:학술대회논문집
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    • 한국환경성돌연변이발암원학회 2002년도 Molecular and Cellular Response to Toxic Substances
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    • pp.14-40
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    • 2002
  • 15-Deoxy-${\Delta}^{12, 14}$-prostaglandin $J_2$ (15-deoxy-$PGJ_2$), a naturally occurring ligand activates the peroxisome proliferator-activated $receptor-{\gamma}(PPAR-{\gamma}$). Activation of $PPAR-{\gamma}$ has been found to induce cell differentiation such as adipose cell and macrophage. Here it was investigated whether 15-deoxy-$PGJ_2$ has neuronal cell differentiation and possible underlying molecular mechanisms. Dopaminergic differentiating PC 12 cells treated with 15-deoxy-$PGJ_2$ (0.2 to 1.6 ${\mu}M$) alone showed measurable neurite extension and expression of neurofilament, markers of cell differentiation. However much greater extent of neurite extension and expression of neurofilament was observed in the presence of NGF (50 ng/ml). In parallel with its increasing effect on the neurite extension and expression of neurofilament, 15-deoxy-$PGJ_2$ enhanced NGF-induced p38 MAP kinase expression and its phosphorylation in addition to the activation of transcription factor AP-1 in a dose dependent manner. Moreover, pretreatment of SD 203580, a specific inhibitor of p38 MAP kinase inhibited the promoting effect of 15-deoxy-$PGJ_2$(0.8 ${\mu}M$) on NGF-induced neurite extension. This inhibition correlated well with the ability of SB203580 to inhibit the enhancing effect of 15-deoxy-$PGJ_2$ on the expression of p38 MAP kinase and activation of AP-1, The promoting ability of 15-deoxy-$PGJ_2$ did not occur through $PPAR-{\gamma}$, as synthetic PPAR-${\gamma}$ agonist andantagonist did not change the neurite promoting effect of 15-deoxy-PGJ$_2$. In addition, contrast to other cells (embryonic midbrain and SK-N-MC cells), $PPAR-{\gamma}$ was not expressed in PC-12 cells. Other structure related prostaglandins, PGD$_2$ and $PGE_2$ acting via a cell surface G-protein-coupled receptor (GPCR) did not increase basal or NGF-induced neurite extension. Moreover, GPCR (EP and DP receptor) antagonists did not alter the promoting effect of f 5-deoxy-$PGJ_2$ on neurite extension and activation of p38 MAP kinase, suggesting that the promoting effect of 15-deoxy-$PGJ_2$ may not be mediated GPCR. These data demonstrate that activation of p38 MAP kinase in conjunction with AP-1 single pathway may be important in the promoting activity of 15-deoxy-$PGJ_2$ cells.

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민자주방망이버섯(Lepista nuda )의 형태적 특성 및 교배에 관한 연구 (A study of morphological characteristics and hybridization on Lepista nuda)

  • 정원순;김종봉
    • 한국버섯학회지
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    • 제11권1호
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    • pp.1-8
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    • 2013
  • 본 연구에서 한국에 자생하는 12종의 민자주방망이버섯과 13종의 프랑스, 스위스, 포루투갈, 일본 등지에서 버섯을 수집하였다. 이들 한국, 외국 품종의 민자주방망이버섯은 단핵균사를 얻기 위해 이들 버섯으로부터 단포자를 얻어 YB배지에 배양하였다. 또한 민자주방망이버섯 육종을 위하여 자실체의 형태적 특성과 단핵균주의 특성 등을 고려하여 교배 단핵균주를 선별하였다. 그 결과 선별된 11개의 교배계통($K1{\times}K2$, $K1{\times}K3$, $K1{\times}K4$, $K1{\times}K6$, $K1{\times}K5$, $K2{\times}K4$, $K2{\times}K3$, $K2{\times}K6$, $K3{\times}K4$, $K4{\times}K5$, $K4{\times}K6$)에서 clamp connection을 관찰하였으며, 또한 RAPD 패턴 분석을 통해 교배 여부를 판단하였다. 교배된 2핵균주를 다시 PDA 배지에 배양하여 교배균주의 양상을 관찰한 결과 선별된 11개의 국내 야생 민자주방망이버섯으로 이루어진 교배계통은 야생품종 2핵 균사 또는 외국 민자주방망이버섯 품종 보다 성장속도가 빠른 것을 확인 하였다. 이는 앞으로 민자주방망이버섯의 한국 고유 품종개발 시 우수 교배형 선택에 있어, 기초자료로서 유용할 것으로 판단된다.