• 제목/요약/키워드: Molecular Communication

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C형 간염바이러스(HCV) 유전체를 특이적으로 변형할 수 있는 Trans-Splicing Aptazyme 발굴 (Development of Trans-Splicing Aptazyme Which Can Specifically Modify Hepatitis C Virus Genome)

  • 김주현;이창호;장선영;이성욱
    • 미생물학회지
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    • 제44권3호
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    • pp.186-192
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    • 2008
  • C형 간염바이러스(hepatitis C virus; HCV) 복제를 효과적이며 특이적으로 제어할 수 있는 유전산물을 개발하기 위하여 특정 리간드 존재에 의해 allosteric하게 그 활성이 조절될 수 있는 HCV 유전체 표적 trans-splicing 리보자임(trans-splicing aptazyme)을 발굴하였다. 이러한 trans-splicing aptazyme은 특정 리간드와 특이적으로 결합하는 RNA aptamer 부위, aptamer와 리간드와의 결합에 의해 리보자임 활성을 유도할 수 있도록 구조적 변이를 전달할 수 있는 communication module부위 및 HCV IRES의 +199 nt를 인지하는trans-splicing리보자임 등으로 구성되도록 설계하였다. 특히 trans-splicing 리보자임의 catalytic core의 P6과 P8 부위에 aptamer와 communication module을 삽입하였을 때 가장 allosteric하게 리보자임 활성이 유도되었다. 이러한 리보자임은 리간드가 없거나 대조 리간드가 존재할 때에는 trans-splicing 반응을 유도하지 못하였으나 특정 리간드가 존재할 때에만 효과적이며 특이적으로 trans-splicing 반응을 유도하여 표적 RNA를 변형시킬 수 있음을 관찰하였다. 이러한 aptazyme은 HCV 증식에 대해 특이적이며 효과적인 억제를 위한 선도물질로 이용 가능할 뿐 아니라 HCV 치료선도 물질의 스크리닝용 도구로서도 활용될 수 있을 것이다.

Comparative Analysis of the Conserved Functions of Arabidopsis DRL1 and Yeast KTI12

  • Jun, Sang Eun;Cho, Kiu-Hyung;Hwang, Ji-Young;Abdel-Fattah, Wael;Hammermeister, Alexander;Schaffrath, Raffael;Bowman, John L.;Kim, Gyung-Tae
    • Molecules and Cells
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    • 제38권3호
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    • pp.243-250
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    • 2015
  • Patterning of the polar axis during the early leaf developmental stage is established by cell-to-cell communication between the shoot apical meristem (SAM) and the leaf primordia. In a previous study, we showed that the DRL1 gene, which encodes a homolog of the Elongator-associated protein KTI12 of yeast, acts as a positive regulator of adaxial leaf patterning and shoot meristem activity. To determine the evolutionally conserved functions of DRL1, we performed a comparison of the deduced amino acid sequence of DRL1 and its yeast homolog, KTI12, and found that while overall homology was low, well-conserved domains were presented. DRL1 contained two conserved plant-specific domains. Expression of the DRL1 gene in a yeast KTI12-deficient yeast mutant suppressed the growth retardation phenotype, but did not rescue the caffeine sensitivity, indicating that the role of Arabidopsis Elongator-associated protein is partially conserved with yeast KTI12, but may have changed between yeast and plants in response to caffeine during the course of evolution. In addition, elevated expression of DRL1 gene triggered zymocin sensitivity, while overexpression of KTI12 maintained zymocin resistance, indicating that the function of Arabidopsis DRL1 may not overlap with yeast KTI12 with regards to toxin sensitivity. In this study, expression analysis showed that class-I KNOX genes were downregulated in the shoot apex, and that YAB and KAN were upregulated in leaves of the Arabidopsis drl1- 101 mutant. Our results provide insight into the communication network between the SAM and leaf primordia required for the establishment of leaf polarity by mediating histone acetylation or through other mechanisms.

대두유의 Methyl Ester와 수지 분자량에 따른 평판 잉크의 물성 변화에 관한 연구 (The Variation of Offset Ink Properties According to Methyl Ester of Soy Oil and Resin Molecular Weight)

  • 박정민;김성빈
    • 한국인쇄학회지
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    • 제29권1호
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    • pp.45-59
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    • 2011
  • According as gradually increasing the demand for Eco-friendly products it has been progressed fairly development at a field of printing and printing inks. The Inks are used by soy oil beginning of ink industry for preventing environment. Now it is possible to make Eco-friendly inks with vegetable ester. So it is not necessary to use petroleum-based solvents for preventing environment. But There is some problems if using vegetable ester to inks. Vegetable ester has high solubility, it causes misting and low viscosity of the Inks. So resin is required high performance. Thus, in this paper, I studied about the properties variation of the Varnish and inks According to using the phenolic modified rosin ester and Soy oil Methyl esters. The compared in order of average molecular weight by the GPC method, rheological properties were found by rotational rheometer, and emulsion behavior were compared by high speed emulsification tester.

노즐과 터빈에 대한 분자동력학 시뮬레이션 설계 및 구현 (Molecular Dynamics Simulation Design and Implementation for Nozzles and Turbines)

  • 김수희
    • 한국전자통신학회논문지
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    • 제14권1호
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    • pp.147-154
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    • 2019
  • 이 연구에서는 분자들이 노즐과 터빈내부에서 운동하는 거동을 모사하기 위해 분자동력학 시뮬레이션 시스템의 모델을 설계하고 개발하였다. Lennard-Jones Potential 모델을 이용하여 분자들간에 상호 작용을 계산하고, Verlet 알고리듬을 뉴턴의 운동 방정식을 적산하기 위한 수치해석 방법으로 사용하였다. Lennard-Jones Potential 함수를 계산하기 위해, 분자 개수 N에 대해 $O(N^2)$ 계산량을 cutoff $r_c$를 이용하여 O(N)으로 줄여서 계산하여 CPU 시간을 절약할 수 있도록 구현하였다.

노즐 형상에 따른 터빈 축동력 형성 비교를 위한 분자동력학 시뮬레이션 (Molecular Dynamics Simulation to compare Turbine Rotational Power based on Nozzle Shapes)

  • 김수희
    • 한국전자통신학회논문지
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    • 제14권2호
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    • pp.425-432
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    • 2019
  • 노즐모양이 터빈의 회전력과 축동력에 미치는 영향을 분석하기 위해, 분자 동력학 시뮬레이션을 수행하였다. 3 개의 파라메타, 노즐모양, 터빈의 회전속도 w, 분자들의 초기 속도 ($V_x,V_y$) 값들을 변화하면서, 시뮬레이션을 수행하여 터빈입구와 출구에서 분자들의 터빈 회전방향으로의 속도를 계산하였다. 이 두 영역에 걸쳐 평균 운동량을 각각 계산하고 그 차이(AMD)를 비교 분석하였다. 사용한 노즐 모양을 대상으로 AMD를 향상할 수 있는 w의 최적의 범위 도출하였으며, 터빈의 축동력 형성에 더 많이 기여할 수 있는 우수한 노즐 모양을 파악하였다.

Molecular Wire World Having Metal Complexes

  • Choi, Chang-Shik
    • Rapid Communication in Photoscience
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    • 제3권3호
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    • pp.42-47
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    • 2014
  • Development of molecular and supramolecular systems showing efficient photoinduced energy or electron transfer are of current research interest due to their applications in various chemical and biological processes. Various polypyridine metal complexes including Ru(II), Ru(III), Os(II), Pt(II), Fe(II), Re(I), Ir(III) and so on as a metal center introduce for expanding some more understanding of molecular-scale photoelectronics. Their complexes are concisely classified by the types of relay ligands as follows; (a) metal-direct ligand-metal system; dinuclear or trinuclear systems, (b) metal-nonconjugated ligand-metal system and metal-nonconjugated ligand system having flexible/rigid ligand, (c) metal-conjugated ligand-metal system, and (d) conjugated ligand-metal-conjugated ligand system and metal-self assembly ligand-metal system. It is pointed out that the role played by the relay ligands is important in constructing the metal complexes.

Fluorescent Compounds Having the Spaced and Integrated Type Receptors

  • Choi, Chang-Shik
    • Rapid Communication in Photoscience
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    • 제5권1호
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    • pp.1-7
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    • 2016
  • Fluorescent receptors have gained much attention because of their usefulness in analysis and clarification of the roles of biomolecules in living systems. Molecular structures of the integrated type including that the receptor itself is fluorescent, and play an important role in having the functionality or selectivity of the fluorescent compounds. These spaced type fluorescent receptors are required to have special molecular design in order to transmit the information of molecular recognition to the fluorescent unit through the spacer unit. Compared with the spaced type fluorescent receptors, number of the integrated type receptors is limited due to the difficult molecular design and synthesis. Modification of alteration of the fluorophore frequently caused deterioration of the fluorescent property. Various spaced type and integrated type fluorescent receptors including switch on-off receptors are introduced in this article.

대장균 트립토판 생성효소의 소단위체간 상호조절 (Intersubunit Communication of Escherichia coli Tryptophan Synthase)

  • 조원진;임운기
    • 생명과학회지
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    • 제27권12호
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    • pp.1410-1414
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    • 2017
  • 대장균 트립토판 생성효소는 ${\alpha}_2{\beta}_2$ 복합체로 구성되며, 트립토판 생합성에서 최종 2 단계의 반응에 관여한다. 두 개의 소단위체는 분자 터널로 연결되어 있어, 기질 채널링이 일어난다. 활성 부위간 상호 조절하는 정교한 조절 기작에는 ${\alpha}$-루프 L6(${\alpha}L6$), ${\alpha}L2$, ${\alpha}L3$이 관여한다. 본 연구에서는 이 자리의 잔기치환체를 써서 소단위체에 특이적으로 결합하는 리간드의 영향을 조사하여 소단위체간 상호 조절기작에 따른 구조 변화를 살펴보았다. ${\alpha}TS$의 활성부위에 결합하는 D,L-${\alpha}$-glycerophosphate(GP)는 모든 잔기치환체를 야생형 수준으로 회복시켰다. ${\beta}TS$의 기질인 L-Ser는 다양한 효과를 나타낸다. 야생형과 NS104에서는 속도가 감소한 반면, GD51과 PH53에서는 거의 영향이 없었고, PT53와 DG56은 증가하였다. 이는 반응 중간 화학종의 분포의 변화와 연관될 가능성을 제시한다. GP와 L-Ser를 동시에 처리했을 때는 특이하게도 PH53는 가장 안정한 잔기치환체였다. 이는 Pro53가 소단위체간의 조절기작에서 중요한 역할을 하는 것을 시사한다.

현탁중합의 계면안정에 따른 폴리스티렌 입자 제조 (Preparation of Polystyrene particles based on interfacial stability of suspension polymerization)

  • 이진호;이상남;박문수;김은경;문명준
    • 한국인쇄학회지
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    • 제20권1호
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    • pp.65-78
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    • 2002
  • The suspension polymerization of styrene was carried out to obtain the narrow-size distribution of particle by using poly(vinyl alcohol) (PVA) as suspension stabilizer according to the degree of hydrolysis and the molecular weight. The stabilizing properties of suspension are also dependent on the interfacial tension of aqueous solution when PVA is added. When the polymerization process was carried out with low hydrolyzed PVA, it gave single, well-defined particles, while high hydrolyzed PVA gave clusters. The size of particle produced in this study ranged between 5${\mu}{\textrm}{m}$ and 10${\mu}{\textrm}{m}$. The suspending agent, PVA, influences on the drop size and drop stability, When the molecular weight of PVA is increased, the drop size decreases and the drops become more stable toward coalescence. An increase in the PVA concentration decreases the mean drop size and narrows the drop size distribution.

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