• Journal of the Korean Data and Information Science Society
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• 제13권2호
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• pp.97-104
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• 2002

K-Means modelling has been tried for finding major DNA marker of ILST035 microsatellite loci in Hanwoo Chromosome 6 linkage map. Major DNA markers are obtained from the ILST035 microsatellite through quantitative trait loci(QTL) and data mining modelling.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제43권3호
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• pp.367-375
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• 2016

국내에서 육성된 옥수수 90 품종 및 자식 계통에 대하여 microsatellite 마커를 활용하여 DNA 프로파일 데이터베이스를 구축한 다음 공시품종에 따른 유전적 유사도 분석 및 품종식별력 검정에 대한 연구를 수행하였다. 옥수수 90품종을 100개의 microsatellite 마커로 검정하고 대립유전자의 패턴이 우수하고 다형성 정도가 높은 13개를 선정하여 분석하였을 때 대립유전자의 수는 5 ~ 24개까지 다양하게 분포하였고 평균 대립유전자의 수는 13.69개로 높았다. PIC 값의 경우도 0.716 ~ 0.942 범위에 속하였고 평균값은 0.865로 아주 높았다. 옥수수 90품종 및 계통에 대하여 UPGMA 분석에 의한 계통도를 작성하였을 때, 옥수수의 품종 유형 및 품종 육성 계보에 따라 5개의 대그룹으로 나누어졌다. 본 연구에서 구축됨 옥수수 자식계통 및 품종별 microsatellite DNA 프로파일 데이터베이스는 신품종과 기 육성된 품종과 유전적 유사도 분석이 가능하기 때문에 품종보호출원시 대조품종 선정 및 품종진위성과 관련된 종자분쟁에 매우 유용하게 활용될 수 있을 것이다.

• 원예과학기술지
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• 제31권3호
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• pp.344-351
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• 2013

국내에서 유통되고 있는 오이 110 품종을 대상으로 microsatellite 마커를 이용하여 DNA profile 데이터베이스를 구축하기 위하여 품종식별력이 높은 분자 마커의 선정 및 이를 활용한 품종간 유전적 유사도 검정 등에 대한 연구를 수행하였다. 오이 11 품종을 358개의 microsatellite 마커로 검정하여 31개의 다형성이 높은 마커를 선정한 다음 110품종에 대한 DNA profile 데이터베이스를 구축하였다. 오이 110품종을 31개의 microsatellite 마커로 분석하였을 때 대립유전자의 수는 2-9개로 비교적 다양한 분포를 나타내었으며 전체 139개의 대립유전자가 분석되었다. PIC 값은 0.253-0.873 범위에 속하였으며 평균값은 0.610으로 나타났다. Microsatellite 마커들의 대립유전자를 이용하여 계통도를 작성하였을 때 110 품종이 과실의 형태에 따라 그룹화되는 것을 확인하였으며, 대부분이 품종이 microsatellite 마커의 유전자형에 의해 식별이 되는 것으로 나타났다. 이 연구결과에 의해 개발된 오이 품종별 DNA profile 데이터베이스는 품종보호 출원 품종의 선 DNA 검정을 통한 대조품종 선정, 구별성, 균일성, 안정성 확인에 매우 유용하게 이용할 수 있어 향후, 품종보호권 강화 등에 크게 기여할 수 있을 것으로 사료된다.

• Journal of the Korean Data and Information Science Society
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• 제17권2호
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• pp.325-333
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• 2006

We describe tests for detecting and locating quantitative traits loci (QTL) for traits in Hanwoo. Lod scores and a permutation test have been described. From results of a permutation test to detect QTL, we select major DNA markers of BMS1167 microsatellite locus in Hanwoo chromosome 17 for further analysis. K-means clustering analysis applied to four traits and eight DNA markers in BMS1167 resulted in three cluster groups. We conclude that the major DNA markers of BMS1167 microsatellite locus in Hanwoo chromosome 17 are markers 100bp, 108bp and 110bp.

• Journal of the Korean Data and Information Science Society
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• 제16권4호
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• pp.913-921
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• 2005

We describe tests for detecting and locating quantitative traits loci (QTL) for traits in Hanwoo. Lod scores and a permutation test have been described. From results of a permutation test to detect QTL, we select major DNA markers of BMS941 microsatellite locus in Hanwoo chromosome 17 for further analysis. K-means clustering analysis applied to four traits and eight DNA markers in BMS941 resulted in three cluster groups. We conclude that the major DNA markers of BMS941 microsatellite locus in Hanwoo chromosome 17 are markers 80bp, 85bp 90bp and 105bp.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제17권10호
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• pp.1329-1333
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• 2004

To isolate the microsatellites from the chromosomal DNA of the Korean cattle (Hanwoo) and to use those for the genetic selection, four bacteriophage genomic libraries containing the chromosomal DNA of six Hanwoo steers showing the differences in meat quality and quantity were used. Screening of the genomic libraries using $^{32}P-radiolabeled 5'-({CA})_{12}-3$nucleotide as a probe, resulted in isolation of about 3,000 positive candidate bacteriophage clones that contain $(CA)_n$-type dinucleotide microsatellites. After confirming the presence of microsatellite in each positive candidate clone by Southern blot analysis, the DNA fragments that include microsatellite and flanking sequences possessing less than 2 kb in size, were subcloned into plasmid vector. Results from the analysis of microsatellite length polymorphism, using twenty-two PCR primers designed from flanking region of each microsatellite DNA, demonstrated that 208 and 210 alleles of HW-YU-MS#3 were closely related to the economic traits such as marbling score, daily gain, backfat thickness and M. longissimus dorsi area in Hanwoo. Interestingly, HW-YU-MS#3 microsatellite was localized in bovine chromosome 17 on which QTLs related to regulation of the body fat content and muscle ypertrophy locus are previously known to exist. Taken together, the results from the present study suggest the possible use of the two alleles as a DNA marker related to economic trait to select the Hanwoo in the future.

• Animal cells and systems
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• 제16권4호
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• pp.313-320
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• 2012

Genetic variation was surveyed at four microsatellite loci and 1416 base pairs (bp) of the mitochondrial DNA (mtDNA) cytochrome c oxidase I gene (COI) to clarify the genetic structure of the small yellow croaker, Larimichthys polyactis, in the Yellow and East China Seas, especially regarding four provisional populations, (one Korean and three Chinese populations). Based on microsatellite DNA variations, the estimated expected heterozygosity ($H_E$) in each population ranged from 0.776 to 0.947. The microsatellite pairwise $F_{ST}$ estimates showed no significant genetic differentiation between the populations. MtDNA variations also indicated no genetic structure in L. polyactis, but very high variability. The absence of genetic differentiation among and within populations of L. polyactis may either result from the random migration of the adult or the passive dispersal of the eggs and larvae.

• 생명과학회지
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• 제18권6호
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• pp.902-906
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• 2008

경주지방에서 사육 중인 경주개(동경이) 51두를 대상으로 8개의 microsatellite marker을 이용하여 DNA형을 분석한 결과 대립 유전자 수는 $4{\sim}12$개(평균 8.5개)로 검출되었으며 Expected heterozygosit와 PIC는 각각 $0.6162{\sim}0.8746$(평균 0.7587)와 $0.5461{\sim}0.8512$(평균 0.7167)으로 나타났고, PEZ3, PEZ6, PEZ12, FHC2054 marker는 PIC가 0.7이상으로 나타났다. 이들 marker는 향후 동경이의 개체식별 및 친자확인에 유용하게 쓰일 수 있다. 공시재료 51두 중 사육가에 의해 혈통이 알려진 5두를 대상으로 microsatellite marker를 이용하여 혈통을 분석한 결과 3두에서 현재 가계도와 일치하지 않았다. 따라서 앞으로 더 많은 연구를 통해서 동경이에 대한 체계적인 혈통 정립이 이루어져야 할 것이다.

• Journal of the Korean Data and Information Science Society
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• 제14권4호
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• pp.759-772
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• 2003

K-Means and Web mining modelling have been tried for finding major DNA marker of BM4311 microsatellite loci in Hanwoo Chromosome 6 linkage map. Furthermore, a major DNA mining by bootstrap simulations(BCa) has been applied.

• 원예과학기술지
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• 제31권5호
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• pp.580-589
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• 2013

국내에서 최근에 유통되고 있는 고추 170품종을 대상으로 microsatellite 마커를 이용하여 DNA 프로파일 데이터베이스를 구축하기 위하여 품종식별력이 높은 분자표지의 선정 및 이를 활용한 품종 식별력 및 유전적 유사도 검정 등에 대한 연구를 수행하였다. 고추 형태적 특성이 다른 11품종을 302개의 microsatellite 마커로 검정하여 24개의 다형성이 높은 마커를 선정한 다음 170품종에 대한 DNA 프로파일 데이터베이스를 구축하였다. 고추 170품종을 24개의 microsatellite 마커로 분석하였을 때 마커당 평균 대립유전자수는 6.83개로 나타났고, 최소 2개부터 15개까지 다양한 분포를 나타내었다. PIC 값의 경우 0.324-0.873 범위에 속하였으며 평균값은 0.673으로 높게 나타났다. Microsatellite 마커의 대립유전자를 이용하여 고추 170품종에 대한 계통도를 작성하였을 때 과실의 형태에 따라 3개의 그룹으로 크게 나누어졌으며 모든 품종이 microsatellite 마커의 유전자형에 의해 식별이 되는 것으로 나타났다. 이 연구결과에 의해 개발된 고추 품종별 DNA 프로파일 데이터베이스는 품종보호출원 품종의 선 DNA 검정을 통한 대조품종 선정, 구별성, 균일성, 안정성의 재확인에 매우 유용하게 이용되어질 수 있어 향후, 품종보호권 강화 등에 크게 기여할 수 있을 것으로 사료된다.