Osteosarcoma is the most common primary bone tumor in humans, especially in childhood. However, the genetic etiology for its pathogenesis remains elusive. It is known that microRNAs (miRNAs) are involved in the development of tumor progression. Here we show that microRNA-9 (miR-9) is a potential oncogene upregulated in osteosarcoma cells. Knockdown of miR-9 in osteosarcoma resulted in suppressed colony formation and cell proliferation. Further study identified GCIP, a Grap2 and cyclin D interacting protein, as a direct target of miR-9. In addition, GCIP overexpression activated retinoblastoma 1 (Rb) and suppressed E2F transcriptional target expression in osteosarcoma cells. Moreover, GCIP depletion reversed miR-9 knockdown induced colony formation and cell proliferation suppression. In sum, these results highlight the importance of miR-9 as an oncogene in regulating the proliferation of osteosarcoma by directly targeting GCIP and may provide new insights into the pathogenesis of osteosarcoma.
Kim, Dae-Won;Yang, Joshua SungWoo;Kim, Pan-Jun;Chu, In-Sun;Jeong, Ha-Woong;Park, Hong-Seog
한국생물정보학회:학술대회논문집
/
한국생물정보시스템생물학회 2005년도 BIOINFO 2005
/
pp.361-365
/
2005
Over the past few years, the complex and subtle roles of microRNA (miRNA) in gene regulation have been increasingly appreciated. Computational approaches have played one of important roles in identifying miRNAs from plant and animals, as well as in predicting their putative gene target. We present a new approach of comprehensive analysis of the evolutionarily conserved element scores and applied data compression technique to detect putative miRNA genes. We used the evolutionarily conserved elements [19] (see more detail on method and material) to calculate for base-by-base along the candidate pre-miRNA gene region by detecting common conserved pattern from target sequence. We applied the data compression technique [20] to detect unknown miRNA genes. This zipping method devises, without loss of generality with respect to the nature of the character strings, a method to measure the similarity between the strings under consideration [20]. Our experience to using our new computational method for detecting miRNA gene identification (or miRNA gene prediction) has been stratified and we were able to find 28 putative miRNA genes.
Objective: Fat deposition in poultry is an important factor in production performance and meat quality research. miRNAs also play important roles in regulating adipocyte differentiation process. This study was to investigate the expression patterns of miRNAs in duck adipocytes after differentiation and explore the role of miR-214 in regulating carnitine palmitoyltransferases 2 (CPT2) gene expression during duck adipocyte differentiation. Methods: Successful systems for the isolation, culture, and induction of duck primary fat cells was developed in the experiment. Using Illumina next-generation sequencing, the miRNAs libraries of duck adipocytes were established. miRanda was used to predict differentially expressed (DE) miRNAs and their target genes. The expression patterns of miR-214 and CPT2 during the differentiation were verified by quantitative real-time polymerase chain reaction and western blot. Luciferase reporter assays were used to explore the specific regions of CPT2 targeted by miR-214. We used a miR-214 over-expression strategy in vitro to further investigate its effect on differentiation process and CPT2 gene transcription. Results: There were 481 miRNAs identified in duck adipocytes, included 57 DE miRNA candidates. And the 1,046 targets genes of DE miRNAs were mainly involved in p53 signaling, FoxO signaling, and fatty acid metabolism pathways. miR-214 and CPT2 showed contrasting expression patterns before and after differentiation, and they were selected for further research. The expression of miR-214 was decreased during the first 3 days of duck adipocytes differentiation, and then increased, while the expression of CPT2 increased both in the transcriptional and protein level. The luciferase assay suggested that miR-214 targets the 3'untranslated region of CPT2. Overexpression of miR-214 not only promoted the formation of lipid droplets but also decreased the protein abundance of CPT2. Conclusion: Current study reports the expression profile of miRNAs in duck adipocytes differentiated for 4 days. And miR-214 has been proved to have the regulator potential for fat deposition in duck.
Cao, Rui;Wu, Wang Jun;Zhou, Xiao Long;Xiao, Peng;Wang, Yi;Liu, Hong Lin
Molecules and Cells
/
제38권4호
/
pp.304-311
/
2015
Most follicles in the mammalian ovary undergo atresia. Granulosa cell apoptosis is a hallmark of follicle atresia. Our previous study using a microRNA (miRNA) microarray showed that the let-7 microRNA family was differentially expressed during follicular atresia. However, whether the let-7 miRNA family members are related to porcine (Sus scrofa) ovary follicular apoptosis is unclear. In the current study, real-time quantitative polymerase chain reaction showed that the expression levels of let-7 family members in follicles and granulosa cells were similar to our microarray data, in which miRNAs let-7a, let-7b, let-7c, and let-7i were significantly decreased in early atretic and progressively atretic porcine ovary follicles compared with healthy follicles, while let-7g was highly expressed during follicle atresia. Furthermore, flow cytometric analysis and Hoechst33342 staining demonstrated that let-7g increased the apoptotic rate of cultured granulosa cells. In addition, let-7 target genes were predicted and annotated by TargetScan, PicTar, gene ontology and Kyoto encyclopedia of genes and genomes pathways. Our data provide new insight into the association between the let-7 miRNA family in granulosa cell programmed death.
Purpose: MicroRNAs (miRNAs) are small endogenous, non-coding, single-stranded RNAs (approximately 22 nt). Accumulating evidence has shown that aberrant miRNA expression is pronounced and correlated with gastric cancer genesis and progression. Materials and Methods: Expression levels of miR-181a-5p in GC tissues and cell lines were assessed by qRT-PCR and tested for correlation with clinical features. In addition, effects of miR-181a-5p on GC cell growth were investigated. Results: Our findings indicate that miR-181a-5p is upregulated in GC, in correlation with lymph node invasion, nerve invasion and vascular invasion (P<0.05). Enforced expression of miR-181a -5p promoted cell proliferation ability. Conclusions: This study suggested that increased miR-181a-5p is related to GC progression. MiR-181a-5p may represent a potential therapeutic target for GC.
Park, Jong-Lyul;Kim, Mirang;Song, Kyu-Sang;Kim, Seon-Young;Kim, Yong Sung
Genomics & Informatics
/
제13권3호
/
pp.70-75
/
2015
MicroRNAs (miRNAs) have been demonstrated to play an important role in carcinogenesis. Previous studies revealed that miRNAs are present in human plasma in a remarkably stable form that is protected from endogenous RNase activity. In this study, we measured the plasma expression levels of three miRNAs (miR-21, miR-27a, and miR-155) to investigate the usefulness of miRNAs for gastric cancer detection. We initially examined plasma miRNA expression levels in a screening cohort consisting of 15 patients with gastric cancer and 15 healthy controls from Korean population, using TaqMan quantitative real-time polymerase chain reaction. We observed that the expression level of miR-27a was significantly higher in patients with gastric cancer than in healthy controls, whereas the miR-21 and miR-155a expression levels were not significantly higher in the patients with gastric cancer. Therefore, we further validated the miR-27a expression level in 73 paired gastric cancer tissues and in a validation plasma cohort from 35 patients with gastric cancer and 35 healthy controls. In both the gastric cancer tissues and the validation plasma cohort, the miR-27a expression levels were significantly higher in patients with gastric cancer. Receiver-operator characteristic (ROC) analysis of the validation cohort, revealed an area under the ROC curve value of 0.70 with 75% sensitivity and 56% specificity in discriminating gastric cancer. Thus, the miR-27a expression level in plasma could be a useful biomarker for the diagnosis and/or prognosis of gastric cancer.
Skeletal myogenesis is a complex process that is finely regulated by myogenic transcription factors. Recent studies have shown that saturated fatty acids (SFA) can suppress the activation of myogenic transcription factors and impair the myogenic differentiation of progenitor cells. Despite the increasing evidence of the roles of miRNAs in myogenesis, the targets and myogenic regulatory mechanisms of miRNAs are largely unknown, particularly when myogenesis is dysregulated by SFA deposition. This study examined the implications of SFA-induced miR-183-5p on the myogenic differentiation in C2C12 myoblasts. Long-chain SFA palmitic acid (PA) drastically reduced myogenic transcription factors, such as myoblast determination protein (MyoD), myogenin (MyoG), and myocyte enhancer factor 2C (MEF2C), and inhibited FHL1 expression and myogenic differentiation of C2C12 myoblasts, accompanied by the induction of miR-183-5p. The knockdown of FHL1 by siRNA inhibited myogenic differentiation of myoblasts. Interestingly, miR-183-5p inversely regulated the expression of FHL1, a crucial regulator of skeletal myogenesis, by targeting the 3'UTR of FHL1 mRNA. Furthermore, the transfection of miR-183-5p mimic suppressed the expression of MyoD, MyoG, MEF2C, and MyHC, and impaired the differentiation and myotube formation of myoblasts. Overall, this study highlights the role of miR-183-5p in myogenic differentiation through FHL1 repression and suggests a novel miRNA-mediated mechanism for myogenesis in a background of obesity.
Background: Currently, cationic liposome has become the commonly used vehicles for gene transfection. Furthermore, one of the most significant steps in microRNAs expression studies is transferring microRNAs into cell cultures successfully. In this study we aim to approach the feasibility of transfection of cervical cancer cell lines mediated by liposome and to obtain the optimized transfection condition for cervical cancer cell lines. Materials and Methods: $Lipofectamine^{TM}2000$ as the carrier, miR-101 mimic was transfected into Hela cells and Siha cells. Using green fluorescent protein as reporter gene, to set different groups according to cell seeding density, the amount of miRNA, miRNA and the proportion of Liposomes, Whether to add serum into medium to study their impact on the liposomal transfection efficiency. Finally, MTT assay was used to analyze the relative minimal cell toxicity of liposome reagents. Results: The seeding density of Hela cell line and Siha are $1.5{\times}10^4$ (per well of 24 well plates), miRNA amount is 1ul of both, the ratio of miRNA and liposome is 1:0.5 of Hela cell line; 1:0.7 of Siha cell line respectively, after 24 hours we can get the highest transfection efficiency. Compared with serum medium, only Siha cells cultured with serum-free medium obtained higher transfection efficiency before transfection (P<0.01). MTT assay showed that according to the above conditions which has the lowest cytotoxicity. Conclusions: The method of Liposome to transfected is a suitable way and it can be an efficient reagent for miRNA delivery for Hela cells and Siha cells in vitro. It may serve as a reference for the further research or application.
Yang, Yun;Peng, Wei;Tang, Tian;Xia, Lin;Wang, Xiao-Dong;Duan, Bao-Feng;Shu, Ye
Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
/
제15권13호
/
pp.5175-5180
/
2014
Objective: In this study, tumor-stage predictive abilities of miR21, miR155, miR29a and miR92a were evaluated in rectal cancer (RC). Methods: Expression of miR21, miR155, miR29a and miR92a was detected and quantitated in tumor tissue and in adjacent normal tissue from 40 patients by TaqMan MicroRNA assay. Results: Significant overexpression of miR21, miR155, miR29a and miR92a was observed in RC tissues. While high expression of miR21, miR155 and miR29a in N1-2 and C-D stages presented a potential correlation with N and Duke stages, partial correlation analysis suggested that only miR155 rather than miR21 and miR29a played a greater influencing role. Receiver operating characteristics (ROC) curve analysis showed that miR155 could discriminate N0 from N1-2 with 85.0% sensitivity and 85.0% specificity, N2 from N0-1 with 90.0% sensitivity and 96.7% specificity, and C-D stage from A-B stage with 81.0% sensitivity and 84.2% specificity. Conclusions: Increase in expression of miR155 might represent a novel predictor for RC N and Dukes staging.
We propose a novel blood biomarker detection method that uses miRNA super-resolution imaging to enable the early diagnosis of Alzheimer's disease (AD). Here, we report a single-molecule detection method for visualizing disease-specific miRNA in tissue from an AD mice model, and peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) from AD patients. Using optimized Magnified Analysis of Proteome (MAPs), we confirmed that five miRNAs contribute to neurodegenerative disease in the brain hippocampi of 5XFAD and wild-type mice. We also assessed PBMCs isolated from the whole blood of AD patients and a healthy control group, and subsequently analyzed those samples using miRNA super-resolution imaging. We detected more miR-200a-3p expression in the cornu ammonis 1 and dentate gyrus regions of 3 month-old 5XFAD mice than in wild-type mice. Additionally, miRNA super-resolution imaging of blood provides AD diagnosis platform for studying miRNA regulation inside cells at the single molecule level. Our results present a potential liquid biopsy method that could improve the diagnosis of early stage AD and other diseases.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.