• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제25권8호
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• pp.1089-1095
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• 2012

Neonatal Fc receptor (FcRn) gene encodes a receptor that binds the Fc region of monomeric immunoglobulin G (IgG) and is responsible for IgG transport and stabilization. In this report, the 8,900 bp porcine FcRn genomic DNA structure was identified and putative FcRn protein included 356 amino acids. Alignment and phylogenetic analysis of the porcine FcRn amino acid sequences with their homologies of other species showed high identity. Tissues expression of FcRn mRNA was detected by real time quantitative polymerase chain reaction (Q-PCR), the results revealed FcRn expressed widely in ten analyzed tissues. One single nucleotide polymorphism (SNP) (HQ026019:g.8526 C>T) in exon6 region of porcine FcRn gene was demonstrated by DNA sequencing analysis. A further analysis of SNP genotypes associated with serum Classical Swine Fever Virus antibody (anti-CSFV) concentration was performed in three pig populations including Large White, Landrace and Songliao Black pig (a Chinese indigenous breed). Our results of statistical analysis showed that the SNP had a highly significant association with the level of anti-CSFV antibody (At d 20; At d 35) in serum (p = 0.008; p = 0.0001). Investigation of expression and polymorphisms of the porcine FcRn gene will help us in further understanding the molecular basis of the antibody regulation pathway in the porcine immune response. All these results indicate that FcRn gene might be regarded as a molecular marker for genetic selection of anti-CSFV antibody level in pig disease resistance breeding programmes.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제24권3호
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• pp.322-329
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• 2011

A whole genome association (WGA) study was conducted to identify quantitative trait loci (QTL) for body conformation traits in Hanwoo cattle. The phenotypes of 497 steers were recorded from the Hanwoo Improvement Center of National Agricultural Cooperative Federation, Seosan, Korea, and analyzed using the Illumina Bovine 50 k SNP chip. A set of 35,987 SNPs that were available in the Hanwoo population was selected from the chip. After adjustments for the effects of year-season of birth, region and sire, phenotypes were regressed on each SNP using a linear regression model. Three hundred nineteen SNPs were detected for the ten conformation traits (p<0.003). For the significant SNPs, stepwise regression procedures were applied to determine best sets of markers. A total of 72 SNPs were selected (p<0.001), for which the sets of 5, 9, 10, 9, 8, 11, 4, 6, 3 and 7 SNPs were determined for height at withers, rump height, body length, chest depth, chest width, rump length, hip width, thurl width, pinbone width and heart girth, respectively. About 7-26% of the total phenotypic variation was explained by the set of SNPs for each trait. QTL for the conformation traits were harbored on most bovine chromosomes (BTAs). Four SNPs with pleiotropic effects on height at withers and rump height were detected on BTAs 3, 4, 6 and 16. A SNP with pleiotropic effects on chest width and rump length was also detected on BTA10. Two QTL regions, i.e. between 87 and 97 Mb in BTA3 and between 41 and 44 Mb in BTA7, were found, in which SNPs were detected for the five and three conformation traits, respectively. The detected SNPs need to be validated in other Hanwoo populations for commercial application to the genetic improvement of conformation characteristics in Hanwoo via marker-assisted selection (MAS).

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제33권11호
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• pp.1725-1731
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• 2020

Objective: An initial RNA-Sequencing study revealed that UDP-galactose-4-epimerase (GALE) was one of the most promising candidates for milk protein concentration in Chinese Holstein cattle. This enzyme catalyzes the interconversion of UDP-galactose and UDP-glucose, an important step in galactose catabolism. To further validate the genetic effect of GALE on milk protein traits, genetic variations were identified, and genotypes-phenotypes associations were performed. Methods: The entire coding region and the 5'-regulatory region (5'-UTR) of GALE were re-sequenced using pooled DNA of 17 unrelated sires. Association studies for five milk production traits were performed using a mixed linear animal model with a population encompassing 1,027 Chinese Holstein cows. Results: A total of three variants in GALE were identified, including two novel variants (g.2114 A>G and g.2037 G>A) in the 5'-UTR and one previously reported variant (g.3836 G>C) in an intron. All three single nucleotide polymorphisms (SNPs) were associated with milk yield (p<0.0001), fat yield (p = 0.0006 to <0.0001), protein yield (p = 0.0232 to <0.0001) and protein percentage (p<0.0001), while no significant associations were detected between the SNPs and fat percentage. A strong linkage disequilibrium (D' = 0.96 to 1.00) was observed among all three SNPs, and a 5 Kb haplotype block involving three main haplotypes with GAG, AGC, and AGG was formed. The results of haplotype association analyses were consistent with the results of single locus association analysis (p<0.0001). The phenotypic variance ratio above 3.00% was observed for milk protein yield that was explained by SNP-g.3836G >C. Conclusion: Overall, our findings provided new insights into the polymorphic variations in bovine GALE gene and their associations with milk protein concentration. The data indicate their potential uses for marker-assisted breeding or genetic selection schemes.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제53권1호
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• pp.7-13
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• 2011

본 연구는 한우의 경제형질 관련 유전적 표지인자(DNA marker) 개발을 목적으로 EXT1 유전자의 다형성과 발현양상을 관찰하여 경제형질과의 관련성을 확인하고자 수행하였다. PCRdirect sequencing을 통하여 4개(T272196A, C272359T, G290964A 및 A302092G)의 SNPs를 탐색 하였으며, 탐색된 SNPs를 통하여 PCR-RFLP 기법으로 유전자형을 결정한 후 경제형질과 관련성을 분석하였다. 그 결과 T272196A 좌위에서 근내지방 육종가(p=0.014), G290964A 좌위에서 등지방두께 육종가 추정치(p=0.001), A302092G 좌위에서는 등지방두께 육종가(p < 0.001) 및 등심단면적 육종가(p=0.020)에서 각각 유의적인 연관성이 인정되었다. 따라서, 본 연구를 통해 확인된 SNP를 이용하여 한우의 선발에 활용 가능할 것으로 사료된다.

• 대한바이러스학회지
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• 제29권4호
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• pp.271-281
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• 1999

The nested polymerase chain reaction (PCR) assay was used to determine the sequences of reverse transcriptase (RT) codons 41, 67, 70, 210, 215 and 219 of human immunodeficiency virus-1 (HIV-1) pol gene. Template DNA was obtained from uncultured peripheral blood mononuclear cells from 27 Korean HIV-1 infected patients treated with ZDV and Korean red ginseng. The second PCRs were done for 2 separated regions (RT codons $13{\sim}98$ and $152{\sim}259$) with $5\;{\mu}l$ of the first PCR productNucleotide sequences were determined by direct sequencing. In the 27 patients, CD4+ cell count decreased from $230{\pm}117/{\mu}l$ to $152{\pm}162/{\mu}l$ for $46{\pm}26$ months (Mo), and actual duration of ZDV intake was $72{\pm}16$ Mo. In the 16 patients who had been treated with ZDV therapy ${\ge}25$ Mo, the incidences of 70R, 215F/Y, and 41L were 61%, 28% and 22%, respectively and those of 67N, 210W and 219Q were 17%. The incidences of 215F/Y were 6.7% for group ${\le}12$ Mo treatment, 22.7% for group with 13 to 24 Mo, and 27.8% for group ${\ge}25$ Mo. There was no mutation in 9 patients. It might be associated with the interruption of ZDV therapy for more than 6 months in 6 patients. This study shows that the detection of mutation could be useful prognostic marker with other clinical and virological data, and very low mutation rate is dectected compared to overseas reports.

• 생명과학회지
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• 제25권1호
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• pp.16-20
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• 2015

참돔과 감성돔은 우리나라 주변에 서식하는 고유 어종으로, 참돔의 암컷과 감성돔의 수컷을 이용한 인공수정에 의하여 잡종은 생산되었으나, 자연 상태에서는 이들 간의 잡종이 보고된 바 없다. 이들 두 어종의 암수 및 타 어종을 섞어서 대형 수조에서 사육하는 과정에서 생산된 수정란을 회수하여 부화시켜 육성하는 과정에서 이들 두 종간의 잡종의 형태를 보이는 개체들이 관찰되었다. 임의로 96개체를 선택하여 두 종에 모두 적용할 수 있는 microsatellite marker를 이용하여 유전학적 분석을 실시한 결과 96개체 중 두 종의 혼합된 형태적 특징을 보이는 15개체는 참돔 암컷과 감성돔 수컷 간의 잡종으로 판명되었으며, 나머지 81개체는 감성돔 치어로 확인되었다. 사육 수조의 크기가 매우 컸으며 다른 어류들도 함께 들어 있었다는 점과, 이와 같이 유전적으로 구분되는 두 종 간의 잡종이 자연상태와 유사한 환경에서 생산되었다는 점을 고려할 때 본 연구의 결과는 자연 상태에서도 인위적인 영향이나 기후 변화에 의하여 이들의 서식지가 중복될 경우 두 종간의 잡종이 생산될 가능성이 있다는 것을 시사한다.

• 생명과학회지
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• 제29권12호
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• pp.1314-1320
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• 2019

본 연구는 한우 CLMN 유전자 exon 8번 영역의 단일염기다형과 육량 및 육질형질과의 연관성을 평가하기 위해 수행하였다. 또한, 한우 등심조직에서 근육 내 지방함량의 극명한 차이를 나타내는 고지방육 그룹과 저지방육 그룹 간 CLMN 유전자의 발현양상을 비교 분석하였다. 그 결과 CLMN 유전자는 고지방육 그룹에서 더 높게 발현되었다. 한우 CLMN 유전자의 exon 8번 영역에서 총 9개의 단일염기다형을 검출하였으며, 이들 SNP의 유전자형과 육량 및 육질형질과의 연관성을 평가하기 위해 direct-sequencing 분석을 통하여 각 개체별 SNP genotyping을 수행하였다. 그 결과, exon 8번 영역 내에 존재하는 g.23249G>C SNP가 근내지방도 형질과 유의적인 연관성이 있는 것으로 분석되었다 즉, CC 및 GC 유전자형을 가진 개체들은 GG 유전자형을 가진 개체들에 비해 유의적으로 더 높은 근내지방도를 갖는 것으로 분석되었다. 연관불평형 분석을 통해 CLMN 유전자의 haplotype을 구성하고 육량 및 육질형질과의 연관성을 분석한 결과 근내지방도와 유의적 연관성이 입증되었다. 즉, CC-CC haplotype(g.23249G>C and g.23465T>C SNPs)을 가진 개체들이 CT 및 GT haplotype을 갖는 개체들에 비해 유의적으로 더 높은 근내지방도를 갖는 것을 확인하였다. 따라서 본 연구에서 발굴된 CLMN 유전자의 SNP는 육량과 육질형질이 우수한 한우를 선발하기 위한 분자 마커로 활용 가능할 것으로 사료된다.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제53권4호
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• pp.311-317
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• 2011

본 연구는 한우에서 소 염색체 14번(BTA14)에서 근내지방도 및 도체중과 관련성이 보고된 QTL영역(48-58cM) 내의 FABP5 유전자를 대상으로 SNP를 발굴하고 도체형질과의 관련성 분석을 위하여 수행하였다. PCR 및 염기서열결정법을 통해 FABP5 유전자내 4개의 SNP (-1141A>G, 949A>G, 969A>G, 1085C>G)를 발굴하였고, 이중 promoter 영역에 위치하는 SNP의 경우 미 보고된 신규 SNP로 확인되었다. 발굴된 4개의 SNP를 대상으로 표현형 기록치를 보유한 후대검정후 583두에 대하여 유전자형 분석 및 관련성 분석을 수행하였다. 분석 결과 4개의 SNP중 SNP1(-1141A>G)은 근내지방도에 있어서 G유전자형이 A유전자형에 비해서 근내지방도가 2.2 정도 높았고, SNP2 (949A>G)는 배최장근 단면적에 있어서 G유전자형이 A유전자형보다 배장근단면적에 있어서 3 $cm^2$ 만큼 높은 효과를 보였다. 본 결과에 대해 추후 지속적인 연구가 요구되어지며, FABP5의 SNPs은 한우의 도체 및 육질 관련 형질을 위한 유전자 마커로서 활용 가능할 수 있을 것으로 사료된다.

• 생명과학회지
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• 제27권7호
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• pp.760-766
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• 2017

본 연구는 Lysophospholipase I (LYPLA1) 유전자의 SNP 마커인 rs385360448 g.23655332G>C의 유전자형이 제주도 한우와 제주흑한우(한우${\times}$제주흑우, JCC) 집단의 도체형질에 미치는 영향을 시험하였다. 한우 거세우 집단에서 LYPLA1 rs385360448 G/-를 보유한 도체는 C/C 동형접합에 비해 유의적으로 높은 수준의 근내지방도(MARB)와 조직감지수(TI)를 나타내었다(p<0.05). 반면, LYPLA1 유전자형은 도체중, 등지방두께, 등심단면적, 육색, 지방색에서는 유의적인 차이를 보이지 않았다(p>0.05). JCC 거세우에서는 LYPLA1 G/- 도체에서 C/C 동형접합에 비해 등심단면적(EMA)의 수준이 유의적으로 더 높았다(p<0.05). 이번 연구의 결과들은 LYPLA1 유전자형이 소의 등심에서 인지질 대사를 통해 근내지방도와 조직감의 수준과 등심단면적의 수준을 변화시킬 수 있음을 보여주고 있다. 이러한 결과들은 LYPLA1 유전자형이 한우와 제주흑우-유래의 산업화축군에서 도체형질을 개선할 수 있는 유전자 마커로써의 기능을 수행할 수 있을 것으로 기대된다.

• Molecules and Cells
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• 제20권3호
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• pp.385-391
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• 2005

As a first step towards identifying genes involving in the signal transduction pathways mediating rice blast resistance, we isolated 3 mutants lines that showed enhanced susceptibility to rice blast KJ105 (91-033) from a T-DNA insertion library of the japonica rice cultivar, Hwayeong. Since none of the susceptible phenotypes co-segregated with the T-DNA insertion we adapted a map-based cloning strategy to isolate the gene(s) responsible for the enhanced susceptibility of the Hwayeong mutants. A genetic mapping population was produced by crossing the resistant wild type Hwayeong with the susceptible cultivar, Nagdong. Chi-square analysis of the $F_2$ segregating population indicated that resistance in Hwayeong was controlled by a single major gene that we tentatively named Pi-hy. Randomly selected susceptible plants in the $F_2$ population were used to build an initial map of Pi-hy. The SSLP marker RM2265 on chromosome 2 was closely linked to resistance. High resolution mapping using 105 $F_2$ plants revealed that the resistance gene was tightly linked, or identical, to Pib, a resistance gene with a nucleotide binding sequence and leucine-rich repeats (NB-LRR) previously isolated. Sequence analysis of the Pib locus amplified from three susceptible mutants revealed lesions within this gene, demonstrating that the Pi-hy gene is Pib. The Pib mutations in 1D-22-10-13, 1D-54-16-8, and 1C-143-16-1 were, respectively, a missense mutation in the conserved NB domain 3, a nonsense mutation in the 5th LRR, and a nonsense mutation in the C terminus following the LRRs that causes a small deletion of the C terminus. These findings provide evidence that NB domain 3 and the C terminus are required for full activity of the plant R gene. They also suggest that alterations of the resistance gene can cause major differences in pathogen specificity by affecting interactions with an avirulence factor.