• The Plant Pathology Journal
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• 제32권5호
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• pp.414-422
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• 2016

Eucalyptus dieback disease, caused by Cylindrocladium scoparium, has occurred in last few years in large Eucalyptus planting areas in China and other countries. Rapid, simple, and reliable diagnostic techniques are desired for the early detection of Eucalyptus dieback of C. scoparium prior to formulation of efficient control plan. For this purpose, three PCR-based methods of nested PCR, multiplex PCR, loop-mediated isothermal amplification (LAMP) were developed for detection of C. scoparium based on factor 1-alpha (tef1) and beta-tubulin gene in this study. All of the three methods showed highly specific to C. scoparium. The sensitivities of the nested PCR and LAMP were much higher than the multiplex PCR. The sensitivity of multiplex PCR was also higher than regular PCR. C. scoparium could be detected within 60 min from infected Eucalyptus plants by LAMP, while at least 2 h was needed by the rest two methods. Using different Eucalyptus tissues as samples for C. scoparium detection, all of the three PCR-based methods showed much better detection results than regular PCR. Base on the results from this study, we concluded that any of the three PCR-based methods could be used as diagnostic technology for the development of efficient strategies of Eucalyptus dieback disease control. Particularly, LAMP was the most practical method in field application because of its one-step and rapid reaction, simple operation, single-tube utilization, and simple visualization of amplification products.

• Pediatric Infection and Vaccine
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• 제22권2호
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• pp.106-112
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• 2015

목적: 장기간의 항생제 치료는 중이염 어린이 환자의 중이액으로부터 원인균이 배양되는 것을 방해한다. 본 연구는 배양 음성 중이액으로부터 분자적 진단에 의한 신속한 균 검출 가능성 여부를 확인하고자 하였다. 방법: 폐구균 lytA 유전자를 표적으로 하는 PCR과 LAMP로 민감도와 특이도를 비교 결정하고, 임상중이액에서의 폐구균 검출에 적용하였다. 결과: PCR 기법에 의한 폐구균 검출 최소한계는 약 $10^4$ 집락형성단위(CFU)이고, LAMP의 검출 최소한계는 10 CFU에서 결정되었다. 한편 두 가지 검사법 모두 Haemophilus influenzae 와 Moraxella catarrhalis 에 대해 $10^6$ CFU 이상에서도 DNA를 증폭하지 않았다. 22개의 배양음성 중이액 중에서 12개 검체가 LAMP-양성(54.5%, 12/22)으로 확인되었고, 이들 12개 LAMP-양성 검체 중, 3개의 검체만이 PCR-양성으로 확인되었다(25%, 3/12). 본 연구의 결과는 LAMP 기법의 폐구균 검출 해상력이 PCR 기법에 비교하여 4배 이상 높음을 보여준다(P<0.01). 결론: lytA -특이 LAMP 기법은, 중이액 내의 타 병원균과는 교차반응 없이 10 CFU 폐구균의 DNA를 검출할 수 있는 고해상 기술로서, 중이액 폐구균 검출 및 폐구균 백신의 보급에 따른 백신 효과 평가에 적용이 기대된다.

• 한국물환경학회지
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• 제40권1호
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• pp.19-35
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• 2024

The global pandemic, coronavirus disease caused by Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), has led to the implementation of wastewater surveillance as a means to monitor the spread of SARS-CoV-2 prevalence in the community. The challenging aspect of establishing wastewater surveillance requires a well-equipped laboratory for wastewater sample analysis. According to previous studies, RT-PCR-based molecular tests are the most widely used and popular detection method worldwide. However, this approach for the detection or quantification of SARS-CoV-2 from wastewater demands a specialized laboratory, skilled personnel, expensive instruments, and a workflow that typically takes 6 to 8 hours to provide results for a few samples. Rapid and reliable alternative detection methods are needed to enable less-well-qualified practitioners to set up and provide sensitive detection of SARS-CoV-2 within wastewater at regional laboratories. In some cases, the structural and molecular characteristics of SARS-CoV-2 are unknown, and various strategies for the correct diagnosis of COVID-19 have been proposed by research laboratories. The ongoing research and development of alternative and rapid technologies, namely RT-LAMP, ELISA, Biosensors, and GeneXpert, offer a wide range of potential options not only for SARS-CoV-2 detection but also for other viruses. This study aims to discuss the effective regional rapid detection and quantification methods in community wastewater.

• International journal of advanced smart convergence
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• 제8권1호
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• pp.113-125
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• 2019

The radish skin and radish greens are an edible part of the radish. But they are removed before eating the radish and used as a byproduct or an animal feed material because of their tough and rough texture. This study was conducted to investigate the effect of supercritical heat-treated radish-extract on UV-induced HRM-2 wrinkled mouse animal model on anti-aging wrinkles. Supercritical heat-treated radish-extract was applied on the back of seven-weeks old HRM-2 mice. The effect of HRE on skin thickness, elasticity and wrinkle formation of the mice was observed by using UVB lamp to induce melanogenesis and wrinkle formation. As the result, increased depth of wrinkles was observed in the negative control group in comparison to the normal group. In contrast, decreased depth of wrinkles was observed in the radish-extract-free group compared to the negative control group. In the study of the effect of radish-extract on wrinkle-formation related gene expression and protein what protein expression, MMP-2 and MMP-9 gene expression significantly increased in the negative control group compared to the normal group. The gene expression reduced in dependence to the mass of radish-extract treated. Similar to quantitative results of mRNA expression, the expression of MMP-2 protein increased as a result of UVB-irradiation. The MMP-2 expression was inhibited in dependence to the mass of radish-extract treated. In conclusion, the supercritical heat-treated radish-extract has an effect on improving skin wrinkles not only when it is applied to the skin but also when orally ingested. Thus, it can be effectively used as a composition to health functional products. Therefore we can also conclude that radish a food that does not show any side-effects even upon long-term intake can reduce wrinkle formation as well as improve skin elasticity when taken regularly for a long period.

• 한국가금학회지
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• 제39권3호
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• pp.241-244
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• 2012

본 연구는 형질전환 닭에서 주입한 외래 유전자의 세대간 전이와 발현 양상을 조사하고자 하였다. 외래 유전자 전이 양상 조사는 제3세대(G2) GFP 형질전환 수탉을 최초 부계로 사용하여 최종적으로 제9세대(G8) 형질전환 닭을 연속적으로 생산하면서 GFP 유전자 전이 양상을 조사하였다. 형질전환 병아리 유전 분석은 자외선 램프 아래에서 부화한 병아리들의 날개, 부리와 다리에서 녹색형광단백질을 발현하는 병아리들만을 형질전환으로 선발하였다. 형질전환 닭에서 외래 유전자 전이율은 대략 38~58%이었다. 이는 유전자 전이가 멘델의 유전 법칙을 따르고 있음을 보여주고 있다. 연구 결과는 GFP 유전자가 유전자 침묵 없이 멘델의 유전 법칙에 따라 다음 세대로 계속 전이와 발현된다는 것을 보여 주고 있다.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제42권2호
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• pp.104-110
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• 2015

본 연구는 다양한 LED광 처리가 상추의 생장상, 플라보노이드 생합성 관련 유전자들의 발현양상 및 플라보노이드 함량에 미치는 영향을 분석하였다. 상추의 생장상 분석에서 혼합광 처리가 단일 처리구보다 잎생장이 월등히 우수하였으며, 단일광내에서 청색광이 적색광보다 생체중이 높게 나타났다. LED광질에 따른 플라보노이드 생합성 관련 8개 유전자들의 발현을 분석한 결과 LsF3H와 LsDFR 유전자에서 혼합광 처리한 적상추에서 청상추보다 높게 나타났다. 또한 혼합광 처리가 단일광 처리보다 Gallic acid, Chlorogenic acidn, Quercetin 및 안토시아닌의 함량이 가장 높게 나타났다. 이상의 결과로부터 LED 광질에 따라 상추 생장과 발육차이를 보이며, 유전자의 발현 및 기능성 물질의 축적에 중요한 요인으로 작용하며, 기능성 물질의 축적을 유도하기 위해서는 적색과 청색의 혼합처리가 유용하리라 생각된다.

• 한국작물학회지
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• 제5권1호
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• pp.57-64
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• 1969

1. 단백질: 오페이크-2 옥수수에서 비록 적은 단백질함량이 분석되었지만 정상적인 옥수수와 오페이크-2 옥수수 사이에 있어서 유의적인 상관관계는 없었다. 2. 라이신: 라이신 함량역시 품종에 따라 다르며 오페이크-2 옥수수에 있어서의 라이신 함량은 품종간에 큰 차이가 없었다. 정상적인 옥수수와 오페이크-2 옥수수 사이에 있어서 라이신 함량간에는 유의적인 상관관계가 없었다. 3. 분리비율: 오페이크-2 옥수수는 열성단일 인자로서 대개 나타났다. 표현형에 있어서는 사용한 품종에 따라 다르게 나타났다. 오페이크-2 옥수수는 이병성이 약한 듯 하였으며 종실중이 가벼웠다. 4. 오페이크-2 인자와 후라워리-2 인자는 대립유전인자가 아니다. 5. 배우자적 불화합성과 웅성 불임이 오페이크 교배 조합에서 나타났다.

• Reproductive and Developmental Biology
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• 제37권4호
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• pp.269-279
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• 2013

Low efficiency of somatic cell nuclear transfer (SCNT) is attributed to incomplete reprogramming of transfered nuclei into oocytes. Trichostatin A (TSA), histone deacetylase inhibitor and 5-aza-2'deoxycytidine (5-aza-dC), DNA methylation inhibitor has been used to enhance nuclear reprogramming following SCNT. However, it was not known molecular mechanism by which TSA and 5-aza-dC improve preimplantation embryo and fetal development following SCNT. The present study investigates embryo viability and gene expression of cloned porcine preimplantation embryos in the presence and absence of TSA and 5-aza-dC as compared to embryos produced by parthenogenetic activation. Our results indicated that TSA treatment significantly improved development. However 5-aza-dC did not improve development. Presence of TSA and 5-aza-dC significantly improved total cell number, and also decreased the apoptotic and autophagic index. Three apoptotic-related genes, Bak, Bcl-xL, and Caspase 3 (Casp3), and three autophagic-related genes, ATG6, ATG8, and lysosomal-associated membrane protein 2 (LAMP2), were measured by real time RT-PCR. TSA and 5-aza-dC treatment resulted in high expression of anti-apoptotic gene Bcl-xL and low pro-apoptotic gene Bak expression compared to untreated NT embryos or parthenotes. Furthermore, LC3 protein expression was lower in NT-TSA and NT-5-aza-dC embryos than those of NT and parthenotes. In addition, TSA and 5-aza-dC treated embryos displayed a global acetylated histone H3 at lysine 9 and methylated DNA H3 at lysine 9 profile similar to the parthenogenetic blastocysts. Finally, we determined that several DNA methyltransferase genes Dnmt1, Dnmt3a and Dnmt3b. NT blastocysts showed higher levels Dnmt1 than those of the TSA and 5-aza-dC blastocysts. Dnmt3a is lower in 5-aza-dC than NT, NTTSA and parthenotes. However, Dnmt3b is higher in 5-aza-dC than NT and NTTSA. These results suggest that TSA and 5-aza-dC positively regulates nuclear reprogramming which result in modulation of apoptosis and autophagy related gene expression and then reduce apoptosis and autophagy. In addition, TSA and 5-aza-dC affects the acetylated and methylated status of the H3K9.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제63권2호
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• pp.281-294
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• 2021

Although somatic cell nuclear transfer (SCNT) is frequently employed to produce cloned animals in laboratories, this technique is expensive and inefficient. Therefore, the handmade cloning (HMC) technique has been suggested to simplify and advance the cloning process, however, HMC wastes many oocytes and leads to mitochondrial heteroplasmy. To solve these problems, we propose a modified handmade cloning (mHMC) technique that uses simple laboratory equipment, i.e., a Pasteur pipette and an alcohol lamp, applying it to porcine embryo cloning. To validate the application of mHMC to pig cloning, embryos produced through SCNT and mHMC are compared using multiple methods, such as enucleation efficiency, oxidative stress, embryo developmental competence, and gene expression. The results show no significant differences between techniques except in the enucleation efficiency. The 8-cell and 16-cell embryo developmental competence and Oct4 expression levels exhibit significant differences. However, the blastocyst rate is not significantly different between mHMC and SCNT. This study verifies that cloned embryos derived from the two techniques exhibit similar generation and developmental competence. Thus, we suggest that mHMC could replace SCNT for simpler and cheaper porcine cloning.

• 원예과학기술지
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• 제30권6호
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• pp.664-672
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• 2012

인공광원으로써, 단색 파장을 갖고 있는 발광다이오드(light-emitting diode; LED)는 밀폐형 식물생산시스템에서 사용될 수 있다. 가시광선의 다양한 파장범위 사이에서, 각각의 스펙트럼들은 식물의 생육과 발달에 특징적인 영향을 유도한다. 이번 연구는 단색 발광다이오드에 따른 적축면 상추('선망')와 청축면 상추('그랜드래피드 TBR')의 엽형, 생장 및 기능성 물질의 영향을 구명하고자 실시하였다. 정상적인 환경 조건($20^{\circ}C$, 형광등 + 고압나트륨등, $130{\pm}5{\mu}mmol{\cdot}m^{-2}{\cdot}s^{-1}$, 광주기 12시간)에서 18일간 자란 상추 묘를 다양한 LED 광원(청색 LED, 456nm; 녹색 LED, 518nm; 적색 LED, 654nm; 백색 LED, 456nm + 558nm)이 설치된 같은 환경 조건($20^{\circ}C$, $130{\pm}7{\mu}mmol{\cdot}m^{-2}{\cdot}s^{-1}$, 광주기 12시간)의 인큐베이터에 정식하였다. 엽장, 엽폭, 엽면적, 지상부 지하부의 생체중 및 건물중, 지상부/지하부 비율, 엽록소 함량, 총 페놀 농도, 항산화도, phenylalanine ammonia-lyase(PAL) 유전자의 발현 정도를 정식 후 9일과 23일째에 측정하였다. 두 상추 품종의 엽형지수는 청색 LED와 백색 LED 처리에서 모든 기간 동안 대조구와 비슷한 결과를 보였다. 그러나 적색 LED와 녹색 LED 처리는 다른 처리보다 엽형을 길게 유도하였다. 녹색 LED 처리는 상추 생육에 부정적인 영향을 보였다. 지상부 지하부의 생체중 및 건물중, 엽면적과 같은 생육 특성의 대부분은 두 축면 상추 모두 적색 LED 처리에서 가장 높았다. 적축면의 경우 정식 후 23일째에 적색 LED 처리의 지상부 생체중은 녹색 LED 처리보다 3.8배 높았다. 반면, 상추의 엽록소, 총 페놀 농도, 항산화도는 생육과 반대의 경향을 보였다. 청색 LED 처리에서 자란 상추의 엽록소 함량, 총 페놀 농도, 항산화도는 다른 LED 처리에 비해 유의적으로 높은 값을 보였으며, PAL 유전자 또한 정식 후 9일째 청색 LED에서 가장 높은 발현 정도를 나타냈다. 따라서 이 실험을 통해서 광질은 상추의 생육, 형태 및 기능성물질의 축적에 중요한 요소로 작용한다는 것을 확인할 수 있었다.