• Journal of Species Research
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• 제6권2호
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• pp.101-118
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• 2017

In an investigation of indigenous prokaryotic species in Korea, a total of 57 bacterial strains assigned to the classes Betaproteobacteria and Gammaproteobacteria were isolated from diverse environments. Samples were collected from fresh water, natural caves, soil, paddy fields, lakes, sea water, jeotgal (fermented seafood), salt flats, soil from abandoned mines, plant roots, digestive organs of both Japanese crested ibis (Nipponia nippon) and Burmese python (Python molurus bivittatus) and tidal flats. From the high 16S rRNA gene sequence similarity (>98.7%) and formation of robust phylogenetic clades with closely related species, it was determined that each strain belonged to an independent and predefined bacterial species within either the Betaproteobacteria or Gammaproteobacteria. There is no official report or publication that describes these 57 proteobacterial species in Korea. Overall, in the class Betaproteobacteria there were 16 species in 12 genera of 4 families in the order Burkholderiales and two species in two genera of one family in the order Neisseriales. Within the class Gammaproteobacteia, there were five species in four genera of four families in the order Alteromonadales, 12 species in 11 genera of one family in the order Enterobacteriales, four species in four genera of three families in the order Oceanospirillales, 11 species in four genera of two families in the order Pseudomonadales, two species in the order Vibrionales and five species in five genera of one family in the order Xanthomonadales. Gram reaction, colony and cell morphology, basic biochemical characteristics, isolation source and strain IDs are described in the species description section.

• BMB Reports
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• 제51권10호
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• pp.532-537
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• 2018

Prostaglandin $E_2$ ($PGE_2$), a major product of cyclooxygenase-2 (COX-2), plays an important role in the carcinogenesis of many solid tumors, including colorectal cancer. Because $PGE_2$ functions by signaling through $PGE_2$ receptors (EPs), which regulate tumor cell growth, invasion, and migration, there has been a growing amount of interest in the therapeutic potential of targeting EPs. In the present study, we investigated the role of EP4 on the effectiveness of cordycepin in inhibiting the migration and invasion of HCT116 human colorectal carcinoma cells. Our data indicate that cordycepin suppressed lipopolysaccharide (LPS)-enhanced cell migration and invasion through the inactivation of matrix metalloproteinase (MMP)-9 as well as the down-regulation of COX-2 expression and $PGE_2$ production. These events were shown to be associated with the inactivation of EP4 and activation of AMP-activated protein kinase (AMPK). Moreover, the EP4 antagonist AH23848 prevented LPS-induced MMP-9 expression and cell invasion in HCT116 cells. However, the AMPK inhibitor, compound C, as well as AMPK knockdown via siRNA, attenuated the cordycepin-induced inhibition of EP4 expression. Cordycepin treatment also reduced the activation of CREB. These findings indicate that cordycepin suppresses the migration and invasion of HCT116 cells through modulating EP4 expression and the AMPK-CREB signaling pathway. Therefore, cordycepin has the potential to serve as a potent anti-cancer agent in therapeutic strategies against colorectal cancer metastasis.

• Biomolecules & Therapeutics
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• 제22권3호
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• pp.184-192
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• 2014

${\beta}$-lapachone is a naturally occurring quinone that selectively induces apoptotic cell death in a variety of human cancer cells in vitro and in vivo; however, its mechanism of action needs to be further elaborated. In this study, we investigated the effects of ${\beta}$-lapachone on the induction of apoptosis in human gastric carcinoma AGS cells. ${\beta}$-lapachone significantly inhibited cellular proliferation, and some typical apoptotic characteristics such as chromatin condensation and an increase in the population of sub-G1 hypodiploid cells were observed in ${\beta}$-lapachone-treated AGS cells. Treatment with ${\beta}$-lapachone caused mitochondrial transmembrane potential dissipation, stimulated the mitochondria-mediated intrinsic apoptotic pathway, as indicated by caspase-9 activation, cytochrome c release, Bcl-2 downregulation and Bax upregulation, as well as death receptor-mediated extrinsic apoptotic pathway, as indicated by activation of caspase-8 and truncation of Bid. This process was accompanied by activation of caspase-3 and concomitant with cleavage of poly(ADP-ribose) polymerase. The general caspase inhibitor, z-VAD-fmk, significantly abolished ${\beta}$-lapachone-induced cell death and inhibited growth. Further analysis demonstrated that the induction of apoptosis by ${\beta}$-lapachone was accompanied by inactivation of the phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)/Akt signaling pathway. The PI3K inhibitor LY29004 significantly increased ${\beta}$-lapachone-induced apoptosis and growth inhibition. Taken together, these findings indicate that the apoptotic activity of ${\beta}$-lapachone is probably regulated by a caspase-dependent cascade through activation of both intrinsic and extrinsic signaling pathways, and that inhibition of the PI3K/Akt signaling may contribute to ${\beta}$-lapachone-mediated AGS cell growth inhibition and apoptosis induction.

• 원예과학기술지
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• 제34권1호
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• pp.142-153
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• 2016

국내외에서 재배되고 있는 감귤속 식물 108 품종 및 유전자원과 SSR 마커를 활용하여 유전적 유사도 분석을 통한 품종식별력 검정 등에 대한 연구를 수행하였다. 감귤 8품종을 203개의 SSR 마커로 검정하여 반복 재현성이 높은 뿐만 아니라 다형성 정도가 높은 18개를 선정하였다. 이들 마커와 국내외에서 재배되고 있는 감귤 108품종을 검정하였을 때 마커당 평균 대립유전자수는 9.28개로 나타났고, 5-14개까지 다양한 분포를 나타내었다. PIC 값은 분자표지에 따라 0.417-0.791 범위에 속하였으며 평균값은 0.606으로 나타났다. 감귤류 108품종에 대하여 계통도를 작성하였을 때 감귤류 식물의 분류학적 특성 및 품종 육성의 계보도에 따라 13개의 그룹으로 크게 나누어졌다. 감귤류 식물 품종중 오렌지나 온주 밀감의 경우 대부분의 품종이 SSR 마커의 유전자형에 의해 구분이 되지 않은 것으로 나타났다. 본 연구에서 개발된 감귤속 식물의 품종별 SSR DNA 프로파일 데이터베이스는 감귤속 식물의 유전자원 특성평가와 육종가의 지식재산권 보호의 수단으로 유용하게 활용될 수 있을 것이다.

• 한국환경복원기술학회지
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• 제25권1호
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• pp.57-74
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• 2022

Seed zones were constructed using temperature and precipitation data for the Korean Peninsula and were described as 65 zones. Seed zones for South Korea were reclassified, and they were classified into 34 districts. This study was conducted to define the spread of 5 native seed species (Pinus densiflora, Quercus acutissima, Quercus variabilis, Acer pictum, Carpinus tschonoskii) by linking the seed zones with MaxEnt. The emergence point of native seeds was acquired through the 1:5,000 Forest Type Map and the 4th national natural environment survey data. Based on the MaxEnt result, regions with a habitat probability of 0.5 or more were extracted and overlapped with seed zones to identify the native seed habitat. After analyzing the climate regions with high habitat density, regions with high habitat density of native seeds for each administrative district were identified. In the case of Pinus densiflora, Quercus acutissima, and Quercus variabilis, the Winter minimum temperature(WMT) -9.4~-6.6℃, Annual Heat:Moisture(AH:M) 19~24℃/m was 37%, 43%, and 34%, respectively. occupied the largest area. In Acer pictum, WMT -6.6~-3.8℃ and AH:M 16~19℃/m accounted for 42% of the area, and Carpinus tschonoskii had WMT -3.8~-1.1℃, AH:M <16℃/m Districts accounted for the largest area at 33%. The regions with high density of Pinus densiflora, Quercus acutissima, and Quercus variabilis by administrative district were distributed in high density in Seoul, Southern Gyeonggi-do, Chungcheong-do, and Gyeongsangbuk-do. Acer pictum was distributed in high density in Jeolla-do and Gyeongsang-do, and Carpinus tschonoskii in Jeju, Jeollanam-do and Gyeongsangnam-do. Through this study, seed zones for each of the 5 native seeds were established, and it is expected to provide basic data for the management of native seeds.

• 환경생물
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• 제41권4호
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• pp.439-446
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• 2023

맹그로브는 육지와 바다 사이 조간대에 서식하는 식물집단으로, 전지구 탄소 순환에서 중요한 역할을 한다. 그러나 국내에 자생하는 맹그로브 관련 수종의 탄소 순환에 관한 연구는 진행된 바가 없다. 본 연구는 준맹그로브인 황근(Hibiscus hamabo) 자생지 3곳(김녕, 성산, 위미)에서 토양호흡과 잎의 기체 교환을 주기적으로 측정하고 이에 영향을 미치는 요인을 파악하고자 하였다. 토양호흡은 2022년 6월부터 10월까지, 잎의 기체 교환은 6월부터 9월까지 각 월1회씩 측정하였다. 8월의 토양호흡(5.7±0.8 μmol CO₂ m^-2 s^-1)은 다른 달에 비해 유의하게 높았으며(p<0.001), 기온이 증가함에 따라 토양호흡이 증가하였다(p<0.01). 7월에 성산에서의 순광합성률은 9.0±0.9 μmol m^-2 s^-1로 다른 시기보다 높게 나타났으며(p<0.001), 전체 기간 동안 모든 대상지에서 순광합성률은 기공전도도와 증산속도가 증가할수록 증가하였다(p<0.001). 토양호흡은 순광합성률과 양의 선형관계(r²=0.12; p<0.01)를 나타내었다. 이러한 결과는 토양호흡이 계절을 동반한 기온뿐만 아니라 광합성에 의한 CO₂ 흡수에 영향을 받기 때문인 것으로 보인다. 본 연구는 향후 준맹그로브 수종의 탄소 동태 분석에 기초 자료로 활용될 수 있을 것이다.

• 환경생물
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• 제41권3호
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• pp.179-192
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• 2023

인천 영흥도는 대한민국에서 가장 큰 하천인 한강의 담수가 유입되어 영양염의 변화가 예상되는 해역이다. 특히 해양의 영양염의 변화는 식물플랑크톤을 포함한 미소생태계의 변화를 야기시키고, 어패류와 같은 상위 단계의 현존량에도 영향을 주는 것으로 알려져 있다. 인천 영흥도 연안은 국내의 주요 수산물 생산지임에도 불구하고 미소생태계의 기초자료조차 부족한 실정이다. 따라서 본 연구에서는 인천 영흥도의 기초자료 수집을 위해, 2014년부터 2018년까지 5년간 미소생태계를 조사하였다. 특히, 연안에서 유입되는 담수의 영향을 거리를 통해 비교하기 위해, 연안 정점(S1)과 연안으로부터 0.75, 1.5, 3 km 떨어진 대조구 정점을 설정하여 물리·화학·생물학적 요인의 변화를 모니터링했다. 그 결과 수온(15.7~26.7℃), 용존 산소(5.73~14.31 mg L^-1), 염분도(28.5~34.1) 및 pH(6.65~8.80)는 계절에 따른 변화만 관찰되었을 뿐, 정점에 따른 유의미한 차이는 관찰되지 않았다. 영양염의 경우, 용존무기질소는 4~6월에 평균 6.4 μM의 농도에서 7~11월 16.4 μM로 증가하였고, 인산 인 및 규산 규소 역시 4~6월 각각 0.4 μM, 2.5 μM에서 7~11월 1.1 μM, 12.0 μM로 그 농도가 증가하였다. 특히 인산 인은 2014~2015년 최대 0.2 μM로 2016~2018년(2.2 μM)에 비해 낮은 농도로 관찰되어, 해당 기간동안 인산 인 제한 현상이 나타나며 계절에 따른 차이는 보였으나, 서해의 뚜렷한 조석차에 의해 정점 간 차이는 나타나지 않았다(Table S1). 연간 댐 방류량이 낮았던 2014~2015년 조사 정점에서 인산 인 제한현상이 두드러졌고, 해당 시기 식물플랑크톤의 현존량은 최대 3,370 cells mL^-1으로 높게 관찰되었다. 그러나 해당 시기, 용존유기탄소 혹은 박테리아의 현존량 증가는 관찰되지 않았다. 생물학적 요인 역시 3 km의 거리에 따른 정점 간 차이는 관찰되지 않았으나, 계절 및 담수 유입에 따른 미소생태계 변화에 관한 기초자료를 축적할 수 있었다. 본 연구를 통해 미소생태계의 기초자료 수집을 통한 인천 연안의 생태계를 이해하였으며, 다양한 오염원으로부터의 교란을 방지하기 위해 인천 영흥도에서의 지속적인 모니터링이 필요할 것으로 사료된다.

• 한국조경학회지
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• 제39권4호
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• pp.60-73
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• 2011

2007년 9월 제주 올레길이 개장되고, 선풍적인 인기몰이를 하면서 전국적으로 '걷는 길'에 대한 관심이 증대하였고, 이에 따라 중앙부처 및 지방자치단체들도 다양한 '걷고 싶은 길'을 지정하거나 조성하고 있다. '걷고 싶은 길'은 차량에 의한 이동과 장소 중심의 단절된 점적 관광에서 벗어나 직접 걸으면서 지역의 경관 및 문화를 보고, 느끼고, 체험하는 연속적인 긴 선적 여행길이다. '걷고 싶은 길'은 이미 형성되어 있는 길을 발굴하여 최대한 활용하고, 지역에 존재하는 다양한 생태, 역사, 문화자원들을 효율적으로 연계하는 길로서, 노선 선정이 제일 중요하다고 할 수 있다. 그러나, '걷고 싶은 길'의 노선 선정 시 다양한 계획요소를 고려하고 노선 및 구간별로 다양한 테마를 부여하여 지정되거나 조성되었지만, 편의시설 부족 등에 따른 이용객의 불편함과 같은 여러 문제점들이 나타나고 있다. 따라서 길 지정 및 조성 이후 이용객들의 평가는 제대로 이루어지지 못하고 있는 실정이므로, 본 연구에서는 조성이 완료되어 많은 이용객들이 이용하고 있는 북한산 둘레길을 중심으로 이용객들의 만족도를 조사하고, 노선 선정 시 고려한 계획요소들이 만족도에 미치는 영향을 분석함으로써 더 나은 길 조성을 위한 개선방안을 제시하고자 한다. 이를 위하여 문헌조사를 통하여 노선 선정 시 중요한 계획요소를 파악하고, 이를 바탕으로 설문지를 작성하여 이용객을 대상으로 각 구간별 만족도, 재방문 의사, 추천의사에 대한 설문조사를 실시하였다. 현장조사를 통하여 파악한 구간별 특정을 기준으로 5개의 유형으로 길을 분류하고, 구간별 만족도와 유형별 만족도를 분석하였다. 또한, 계획요소가 만족도에 미치는 영향, 만족도가 재방문 의사 및 추천의사에 미치는 영향, 이용객들이 인지하는 구간별 테마를 분석하였다. 구간별 만족도는 자연적 요소가 강한 구간이 높게 나타났으며, 만족도에 영향력을 미치는 계획요소로는 '보행쾌적성'이 가장 높은 것으로 조사되었다. 또한, 만족도는 재방문 의사 및 타인에게 추천하려는 의사에 대하여 높은 영향력을 보이는 것으로 조사되었다.

• 생명과학회지
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• 제32권1호
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• pp.1-10
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• 2022

비자나무는 한반도 남부지역과 제주도에 자생하고 있으며 식용으로 이용이 가능하며, 전통적으로 구충 빛 변비 예방의 목적으로 사용되어 왔었다. 그러나 항산화 활성에 대한 연구는 보고되어 왔지만 항당뇨 활성에 대한 연구는 제대로 이루어지지 않고 있다. 새로운 당뇨 치료제로서 천연물은 독성의 염려가 낮고 매우 오랫동안 사용되어 왔기 때문에 약물에 대한 안전성의 장점이 있다. 식용 및 한방 재료로 사용되고 있는 비자나무는 지금까지 살충 및 항균성에 대해 보고되어 왔으나 항당뇨에 관한 연구는 이루어진 바가 없다. 따라서 본 연구에서는 비자나무 추출물의 항당뇨 효과를 조사하고 그 특성을 조사하였다. 먼저, 비자나무의 과육과 종자를 메탄올로 각각 추출한 후, 항당뇨 활성과 관련된 α-glucosidase와 protein tyrosine phosphatase 1B (PTP1B)에 대한 저해활성을 포함한 다양한 생리활성을 조사하였다. 그 결과, 비자나무의 종자 추출물에서 항당뇨활성을 나타내는 α-glucosidase와 PTP1B 효소에 대한 억제 효능이 높게 나타났으며, 특히 과육에 비해 종자 추출물이 각각 14.5배, 4.3배 높은 저해활성을 보였다. 또한 비자나무의 과육 추출물의 pH와 열 안정성 테스트를 수행한 결과로, 활성 물질은 산, 알카리 조건과 고온의 조건에서 안정한 저해활성을 보였다. 비자 과육의 메탄올 추출물을 한외 여과(ultrafiltration)한 결과, 항당뇨 활성물질은 분자량이 300 kDa 이상에 해당하였고 Diaion HP-20 수지에 대한 흡착능을 조사한 결과, 50-100% 메탄올 조건에서 항당뇨 활성물질이 용출되었다. 따라서 비자나무 종자의 메탄올 추출물로부터 buthanol 추출, 한외 여과, Diaion HP-20 컬럼 크로마토그래피를 통해 비자나무의 항당뇨 활성 물질의 분리, 정제를 시도하였다. 따라서 비자나무 종자 추출물의 인슐린 저항성에 대한 개선 효과에 대한 추가 연구를 통해 천연물 유래 당뇨병 예방 및 치료용 조성물로서의 가능성을 보여주었다.