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Empirical Selection of Informative Microsatellite Markers within Co-ancestry Pig Populations Is Required for Improving the Individual Assignment Efficiency

  • Lia, Y.H.;Chu, H.P.;Jiang, Y.N.;Lin, C.Y.;Li, S.H.;Li, K.T.;Weng, G.J.;Cheng, C.C.;Lu, D.J.;Ju, Y.T.
    • Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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    • 제27권5호
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    • pp.616-627
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    • 2014
  • The Lanyu is a miniature pig breed indigenous to Lanyu Island, Taiwan. It is distantly related to Asian and European pig breeds. It has been inbred to generate two breeds and crossed with Landrace and Duroc to produce two hybrids for laboratory use. Selecting sets of informative genetic markers to track the genetic qualities of laboratory animals and stud stock is an important function of genetic databases. For more than two decades, Lanyu derived breeds of common ancestry and crossbreeds have been used to examine the effectiveness of genetic marker selection and optimal approaches for individual assignment. In this paper, these pigs and the following breeds: Berkshire, Duroc, Landrace and Yorkshire, Meishan and Taoyuan, TLRI Black Pig No. 1, and Kaohsiung Animal Propagation Station Black pig are studied to build a genetic reference database. Nineteen microsatellite markers (loci) provide information on genetic variation and differentiation among studied breeds. High differentiation index ($F_{ST}$) and Cavalli-Sforza chord distances give genetic differentiation among breeds, including Lanyu's inbred populations. Inbreeding values ($F_{IS}$) show that Lanyu and its derived inbred breeds have significant loss of heterozygosity. Individual assignment testing of 352 animals was done with different numbers of microsatellite markers in this study. The testing assigned 99% of the animals successfully into their correct reference populations based on 9 to 14 markers ranking D-scores, allelic number, expected heterozygosity ($H_E$) or $F_{ST}$, respectively. All miss-assigned individuals came from close lineage Lanyu breeds. To improve individual assignment among close lineage breeds, microsatellite markers selected from Lanyu populations with high polymorphic, heterozygosity, $F_{ST}$ and D-scores were used. Only 6 to 8 markers ranking $H_E$, $F_{ST}$ or allelic number were required to obtain 99% assignment accuracy. This result suggests empirical examination of assignment-error rates is required if discernible levels of co-ancestry exist. In the reference group, optimum assignment accuracy was achievable achieved through a combination of different markers by ranking the heterozygosity, $F_{ST}$ and allelic number of close lineage populations.

장기요양보험제도의 도입에 따른 노인요양시설의 공간구조 변화에 관한 연구 (A Study on the Spatial Structure Change of Elderly Care Facility according to Introduction of Long-Term Care Insurance)

  • 윤소희;김석태
    • 의료ㆍ복지 건축 : 한국의료복지건축학회 논문집
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    • 제20권4호
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    • pp.67-80
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    • 2014
  • Purpose : Long-term Care Insurance sets up facility standard and installation standard of aged care facilities and decides the presence of minimum number of rooms and its size in care facilities by using systematic instruments. Therefore, most aged care facilities had renovation in expansion and reconstruction following the revised regulations and even facility space structure and space composition are continuously improving. The study is to determine the purpose and trend by comparing before and after space composition of facilities which followed the implementation of Long-term Care Insurance and also to suggest hierarchical space composition suitable for aged care facilities through derived problems and to provide basic materials to plan the most appropriate facility for the aged. Methods : J-graph based on Space Syntax Theory will be schematized through in-site facility survey and before and after facility floor plan. Space composition trend will be analyzed by comparing indexes through S3 program. Results : As a result of 5 cases analysis, the following results were found; the average of whole space depth is increasing due to the Extension, the number of volunteers is decreasing and rooms for geriatric care helpers are being created due to the geriatric care helper introduction duty. Also, there are solariums being created to improve the health of the aged and dispensaries are being placed on every floor with the increase of documentary work for geriatric care helpers. With the policy implementation, care facility space composition and structure are changing with facility standard and it was analyzed that facilities were mostly put under the control of limited number of people in care room and total ground area per person. It was also found that there is increase in care space integration through before and after comparison of whole integration value. This is considered as the important result not only in facility standard satisfaction, but also in care support of geriatric care helpers and the aged, its main users. Implication : In order for elderly care facilities to have quality improvement and to develop as suitable facilities for characteristics of the aged, independent environmental facility standard preparation of elderly care facilities is needed through mutual cooperation of construction fields with regulation and policy related researches.

Helicobacter pylori feoB 유전자의 다형성과 철 결핍성 빈혈과의 관계 (Polymorphism of the Helicobacter pylori feoB Gene and Clinical Correlation with Iron-deficiency Anemia in Korea)

  • 민기운;전병하;오유정;최연호
    • Pediatric Gastroenterology, Hepatology & Nutrition
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    • 제6권2호
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    • pp.112-119
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    • 2003
  • 목 적: Helicobacter pylori는 위염의 원인균으로 사춘기의 철 결핍성 빈혈 빈혈과 관계가 있다고 생각된다. H. pylori feoB 유전자는 철 결핍 상태에서 철의 획득에 있어 중심적인 역할을 한다. 본 연구는 철 결핍성 빈혈이 있거나 또는 없는 H. pylori 위염 환자들에 있어서 H. pylori feoB의 염기 구조 차이를 분석하려고 하였다. 방 법: 10~18세의 H. pylori가 양성인 14명을 철 결핍성 빈혈 유무에 따라 두 군으로 분류하였다. 8명의 환자들은 철 결핍성 빈혈로 진단 받았고 나머지 6명은 정상의 혈액학적 소견들을 나타내었다. 위장의 생검 조직에서 배양된 H. pylori에서 genomic DNA를 분리하였다. feoB 유전자의 PCR 증폭을 위해 5개의 primer를 사용하였다. PCR의 결과로 1.93 kb의 feoB region이 생성되었다. H. pylori J99와 26695의 feoB 유전자 염기 배열과 임상 균주를 비교하였다. 또한 철결핍성 빈혈 동반 유무에 따른 두 군 사이에 feoB 유전자를 비교하였다. 결 과: feoB 유전자의 분석으로 16개의 다형성 위치를 밝혀내었다. 이중에서 3개의 다형성 (Glu/Thr254Ala, Ile263Val과 Lys511Gln)은 한국에 고유한 것이었다. 비록 철 결핍성 빈혈 유무에 따른 비교에서 4곳에 통계학적인 차이가 나타나기는 했으나 이것이 실제적인 차이라고 보기에는 검체의 수가 적었다. 결 론: 철 결핍성 빈혈 유무에 따른 군 간 비교에서 4곳의 feoB 다형성 차이를 보였으나 대상 균주 수가 적어 의미를 두기에는 아직 불명확하다. 더 많은 다원적 연구가 필요할 것으로 보인다.

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Fingerprint of Carcinogenic Semi-Volatile Organic Compounds (SVOCs) during Bonfire Night

  • Pongpiachan, Siwatt
    • Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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    • 제14권5호
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    • pp.3243-3254
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    • 2013
  • It is well known that increased incidences of lung, skin, and bladder cancers are associated with occupational exposure to PAHs. Animal studies show that certain PAHs also can affect the hematopoietic and immune systems and can produce reproductive, neurologic, and developmental effects. As a consequence, several studies have been attempted to investigate the fate of PAHs in atmospheric environment during the past decades. However, there is still a lack of information in regard to the atmospheric concentration of PAHs during the "Bon Fire Night". In this study, twenty-three polycyclic aromatic hydrocarbons and twenty-eight aliphatics were identified and quantified in the $PM_{10}$ and vapour range in Birmingham ($27^{th}$ November 2001-$19^{th}$ January 2004). The measured concentrations of total particulate and vapour (P+V) PAHs were consistently higher at the BROS in both winter and summer. Arithmetic mean total (P+V) PAH concentrations were $51.04{\pm}47.62$ ng $m^{-3}$ and $22.30{\pm}19.18$ ng $m^{-3}$ at the Bristol Road Observatory Site (BROS) and Elms Road Observatory Site (EROS) respectively. In addition arithmetic mean total (P+V) B[a]P concentrations at the BROS were $0.47{\pm}0.39$ ng $m^{-3}$ which exceeded the EPAQS air quality standard of 0.25 ng $m^{-3}$. On the other hand, the arithmetic mean total (P+V) aliphatics were $81.80{\pm}69.58$ ng $m^{-3}$ and $48.00{\pm}35.38$ ng $m^{-3}$ at the BROS and EROS in that order. The lowest average of CPI and $C_{max}$ measured at the BROS supports the idea of traffic emissions being a principle source of SVOCs in an urban atmosphere. The annual trend of PAHs was investigated by using an independent t-test and oneway independent ANOVA analysis. Generally, there is no evidence of a significant decline of heavier MW PAHs from the two data sets, with only Ac, Fl, Ph, An, 2-MePh, 1+9-MePh, Fluo and B[b+j+k]F showing a statistically significant decline (p<0.05). A further attempt for statistical analysis had been conducted by dividing the data set into three groups (i.e. 2000, 2001-2002 and 2003-2004). For lighter MW compounds a significant level of decline was observed by using one-way independent ANOVA analysis. Since the annual mean of $O_3$ measured in Birmingham City Centre from 2001 to 2004 increased significantly (p<0.05), it may be possible to attribute the annul reduction of more volatile PAHs to the enhanced level of annual average $O_3$. By contrast, the heavier MW PAHs measured at the BROS did not show any significant annual reduction, implying the difficulties of 5- and 6-ring PAHs to be subject to photochemical decomposition. The deviation of SVOCs profile measured at the EROS was visually confirmed during the "Bonfire Night" festival closest to the $6^{th}$ November 2003. In this study, the atmospheric PAH concentrations were generally elevated on this day with concentrations of Fl, Ac, B[a]A, B[b+j+k]F, Ind and B[g,h,i]P being particularly high.

Cu-NO 복합체에 대한 DFT 계산에 따른 Cu의 자동차 촉매변환기 적합성 (The Availability of Automobile Catalytic Convert of Copper Based on the DFT Calculations of Cu-NO Complexes)

  • 하광아;이민주
    • 대한화학회지
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    • 제62권5호
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    • pp.358-363
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    • 2018
  • 화석연료의 사용과 그 2차오염으로 인해 매년 수도권의 초미세먼지(PM2.5)는 점점 증가하는 추세에 있다. 본 연구는 초미세먼지의 주된 원인물질이라고 알려져 있는 자동차의 매연에서 발생하는 $NO_x$의 제거에 저렴한 Cu 촉매의 이용 가능성에 초점을 두었다. 이를 위하여 일산화질소(NO) 분자가 Cu에 결합하여 형성할 수 있는 Cu-NO 복합체의 가능한 3가지 구조에서의 에너지와 결합길이, IR 및 라만 스펙트럼의 변화를 알아보기 위하여 Gaussian 09 프로그램에서 MPW1PW91 법을 이용하여 기저함수 6-311(+)G(d,p) 수준에서 계산을 수행하였다. 그 결과, Cu-NO 복합체의 생성 엔탈피는 선형, 굽은형, 다리형 구조에 대하여 각각 ${\Delta}H=104.89$, 91.98, -127.48 kJ/mol의 값을 얻었고, NO 결합길이는 복합체가 되었을 때 약 $0.03{\sim}0.10{\AA}$ 정도 NO 분자보다 길어지는 경향을 보여 Cu-NO 결합으로부터 O가 보다 쉽게 환원될 수 있음을 보여준다. 또한 NO와 Cu-NO 복합체의 IR 및 라만 스펙트럼은 각 진동 모드에 대한 피크의 위치와 세기가 확연히 달라져 Cu 촉매에서 Cu-NO 복합체의 생성 여부도 적외선 또는 라만 분광법으로 손쉽게 확인될 수 있음을 알 수 있었다.

빅데이터를 통해 본 한국사회의 미래: 언론사 뉴스기사와 사회과학 학술논문의 '미래사회' 관련 키워드 분석 (Forecasting the Future Korean Society: A Big Data Analysis on 'Future Society'-related Keywords in News Articles and Academic Papers)

  • 김문조;이왕원;이혜수;서병조
    • 정보화정책
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    • 제25권4호
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    • pp.37-64
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    • 2018
  • 본 연구는 빅데이터 분석을 통해 한국사회의 미래를 예견해보고자 한 것이다. 이러한 목적을 위해 일차적으로 국내 127개 주요 언론사의 뉴스기사(매체지) 및 사회과학 우수학술지 논문초록(학술지) DB에서 '미래사회' 관련 텍스트를 선정한 후, 해당 기사의 제목 및 논문 키워드로부터 주제어를 추출하였다. 추출한 핵심 주제어의 출현 빈도, 연도별 추세 및 주제어/연관어 연결망구조에 의거해 한국사회의 미래적 관심사를 탐지한 결과, 매체지의 미래 관심사는 '경제', '정치', '과학기술', 학술지의 그것은 '심리', '직무', '문화' 관련 사항들이 주축을 이루고 있음이 확인되었다. 여기에 $J{\ddot{u}}rgen$ Habermas의 '체계와 생활세계(system and life-world)' 개념틀을 적용하면, 매체지와 학술지의 미래 관심은 각기 '체계' 및 '생활세계' 범주에 집중되어 있다는 결론에 이르게 된다. 이 같은 미래 관심사의 분화 양상에 착안해 사회적 도전 과제들을 상이한 여건이나 가치들 간의 불일치의 소산으로 인식하는 '부조화론(mismatch theory)'을 미래연구를 위한 대안적 패러다임으로 제시함으로써, 절대적 혹은 상대적 빈곤 문제에 천착해 온 미래사회의 인식 수준을 한 단계 높이고자 한다.

마애불 암반의 단열특성과 지질맵핑을 이용한 안정성 해석 (Rock Mass Stability of the Buddha Statue on a Rock Cliff using Fracture Characteristics and Geological Face-Mapping)

  • 임명혁
    • 문화기술의 융합
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    • 제9권1호
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    • pp.539-544
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    • 2023
  • 연구 대상은 경상북도 ◯◯시 ◯◯동에 위치한 마애여래입상 암반으로서 안정성이 우려되는 중생대 백악기 화강섬록암 마애불상이다. 안정성 해석을 위해 마애불 암반의 3차원 face mapping과 절리의 지질공학적 특성, 3차원 스캐닝, 초음파속도, 편광현미경 분석, 전자현미경 분석 및 XRD 분석을 수행하였다. 더불어 손상상태 조사, 평사투영해석, 암반분류 및 한계평형해석으로 마애불 암반의 안전율을 산정하였다. 구간별로 손상 및 가능한 붕괴의 유형과 규모는 암석의 풍화도와 절리면의 배향과 특성에 따라 다르나 쐐기파괴와 전도파괴가 소규모로 예상된다. face-mapping 자료, RMR, 암석의 물성·역학시험, 평사투영해석 및 한계평형해석으로 종합·검토한 결과, 마애불 암반의 건기 시와 우기 시의 허용안전율 1.2에 미달하여 안정성이 우려된다. 손상유형은 박리, 균열, 입상분해 및 초목생장, 균열 방향별 점유율은 전면이 가장 우세한 것으로 나타난다. 마애불 암석은 화강섬록암이며, 표면 변색의 물질은 K, Fe, Mg로 판명되었고, 4조의 절리 중 J1은 인장절리이고 나머지는 전단절리이다. 초음파탐사로 추정한 일축압축강도는 514kgf/cm2로서 대부분 연암과 일부 풍화암에 해당한다. 암반분류 결과 5등급으로 추산되며, 마애여래입상 전면부 불안정성이 예상된다. 기존의 문화재 안전진단의 방법과 더불어 이들 기법은 석조문화재의 객관적인 해석 및 안정성 검토의 합리적인 도구가 될 것으로 예상한다.

수치고도모델의 격자크기와 유수흐름 알고리듬의 선택이 토양경관 모델링에 미치는 영향 (Influence of Grid Cell Size and Flow Routing Algorithm on Soil-Landform Modeling)

  • 박수진;;;;김대현
    • 대한지리학회지
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    • 제44권2호
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    • pp.122-145
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    • 2009
  • 수치고도모형으로부터 산출된 지형변수는 지표면 프로세스와 관련된 공간모델의 개발에 있어 중요한 요소이다. 이 논문에서는 사면유역지수(upslope contributing area)가 토양성질의 공간적 분포를 예측하는 능력이, 사용한 알고리듬과 격자크기에 따라 어떻게 변하는지를 연구하였다. 상이한 환경조건을 지니는 여덟 군데의 연구지역에서 토양-경관 자료를 획득하여 이중 4개의 토양성질을 분석에 포함시켰다. 다섯 가지의 알고리듬을 통해 사면유역지수를 산출하여 이 지수들이 수치고도모형의 해상도에 얼마나 민감한지를 분석하였다. 다방향유수흐름 알고리듬(multiple flow algorithm)을 통해 계산된 지형변수가 대부분의 토양변수와 높은 상관관계를 보임과 동시에 격자크기의 변화에 낮은 민감도를 보였다. 지형변수와 토양변수 사이의 높은 상관관계는 15-50 m의 해상도에서 유사한 예측능력을보였다. 격자크기를 증가시켰을때 발생하는 미세지형정보의 손실을 감안한다면, 15-30 m 정도의 공간적 스케일이 토양경관 모델링에 적합할 것으로 판단된다.

Evaluation of Genome Based Estimated Breeding Values for Meat Quality in a Berkshire Population Using High Density Single Nucleotide Polymorphism Chips

  • Baby, S.;Hyeong, K.E.;Lee, Y.M.;Jung, J.H.;Oh, D.Y.;Nam, K.C.;Kim, T.H.;Lee, H.K.;Kim, Jong-Joo
    • Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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    • 제27권11호
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    • pp.1540-1547
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    • 2014
  • The accuracy of genomic estimated breeding values (GEBV) was evaluated for sixteen meat quality traits in a Berkshire population (n = 1,191) that was collected from Dasan breeding farm, Namwon, Korea. The animals were genotyped with the Illumina porcine 62 K single nucleotide polymorphism (SNP) bead chips, in which a set of 36,605 SNPs were available after quality control tests. Two methods were applied to evaluate GEBV accuracies, i.e. genome based linear unbiased prediction method (GBLUP) and Bayes B, using ASREML 3.0 and Gensel 4.0 software, respectively. The traits composed different sets of training (both genotypes and phenotypes) and testing (genotypes only) data. Under the GBLUP model, the GEBV accuracies for the training data ranged from $0.42{\pm}0.08$ for collagen to $0.75{\pm}0.02$ for water holding capacity with an average of $0.65{\pm}0.04$ across all the traits. Under the Bayes B model, the GEBV accuracy ranged from $0.10{\pm}0.14$ for National Pork Producers Council (NPCC) marbling score to $0.76{\pm}0.04$ for drip loss, with an average of $0.49{\pm}0.10$. For the testing samples, the GEBV accuracy had an average of $0.46{\pm}0.10$ under the GBLUP model, ranging from $0.20{\pm}0.18$ for protein to $0.65{\pm}0.06$ for drip loss. Under the Bayes B model, the GEBV accuracy ranged from $0.04{\pm}0.09$ for NPCC marbling score to $0.72{\pm}0.05$ for drip loss with an average of $0.38{\pm}0.13$. The GEBV accuracy increased with the size of the training data and heritability. In general, the GEBV accuracies under the Bayes B model were lower than under the GBLUP model, especially when the training sample size was small. Our results suggest that a much greater training sample size is needed to get better GEBV accuracies for the testing samples.

김수현 홈드라마의 상호텍스트성 <목욕탕 집 남자들>과 <무자식 상팔자>를 중심으로 (Intertextuality of Su-Hyeon Kim's Home-Dramas Focused on the , )

  • 유진희
    • 한국콘텐츠학회논문지
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    • 제13권10호
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    • pp.103-112
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    • 2013
  • 본 연구는 학문적 연구 대상에서 소외돼온 텔레비전 드라마 작가, 그 가운데 공히 국내 드라마 작가를 대표하는 김수현 작가에 관한 지속적 연구로 장르별로 대별된 작가의 혼재된 성향에 관한 논의를 시작으로 보다 깊이 있는 작가 연구를 목적으로 한다. 이를 위하여 상대적으로 보수적 성향을 보인 홈드라마의 유용한 독법을 논의하며, 그 연구 방법으로 상호텍스트성을 제시한다. 본 연구는 상호텍스트성 개념이 크리스테바에 의해 명시, 정착되었지만, 개념의 근원인 바흐친의 언어 개념인 '대화주의'를 의미 축소하였다는 비판에 주목한다. 따라서 본 연구는 바흐친의 '대화주의' 상호텍스트성을 주축 연구 방법으로 적용하여 연구 대상인 <목욕탕 집 남자들>과 <무자식 상팔자>의 상호텍스트성 공통 요소를 분석한다. 또한 쥬네트의 상호 텍스트성을 추가 적용하여 전 후 텍스트의 흔적과 변형이란 상호관련성을 분석한다. 이 같은 연구를 통해 김수현 홈드라마가 상호주관성과 상호관계성을 핵심으로 하는 바흐친의 상호텍스트성을 실현해냄으로써 대중적 소구력을 획득하였음을 분석한다. 또한 작가가 전 후 텍스트의 반복과 변형이란 상호텍스트성 사용을 통하여 멜로드라마와는 달리 의도된 메시지를 홈드라마를 통해 전달하고 있음을 파악한다. 연구결과 김수현 작가에게 멜로드라마는 인간 주체에 관해 근원적 질문을 던지는 장르인 반면, 홈드라마는 인간 주체의 '결여'와 '분열'이란 근원적 문제의 유일한 해결책으로 가족을 제시하는 장르로 '의도성'을 갖고 사용함을 알 수 있다.