• 제목/요약/키워드: Isolated pattern

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Zoogloea Ramigera 115SLR로부터 다당류 생합성에 관여하는 유전자의 분리 및 염기서열 결정 (Cloning and Sequencing of a Gene Involved in the Biosynthesis of Exopolysaccharide in Zoogloea Ramigera 115SLR)

  • Sam-Pin Lee;Min Yoo
    • 대한의생명과학회지
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    • 제6권1호
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    • pp.1-9
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    • 2000
  • Zoogloea ramigera 115SLR로부터 다당류 생합성에 관여하는 유전자를 분리하기 위해서 균주의 genomic DNA로부터 제조된 gene bank로부터 plasmid pLEX3이 얻어졌다. 이로부터 재조합된 5.0 kb DNA fragment를 포함하는 plasmid pLEX10은 다당류의 형태를 변환시키는 유전자를 포함하고 있으며, 이중에서 upstream 영역에 해당하는 1.7 kb DNA fragment가 분리되었다. 1.7 kb DNA 염기서열의 결과로부터 단백질을 인지 할 수 있는 2개의 ORF가 존재하였으며, 50 kDa 단백질을 인지 할 수 있는 ORF3은 X. campestris의 다당류 생합성 유전자들인 gumC와 R. meliloti의 exoP와 아미노산의 동질성을 나타내었다. ORF4는 N-terminal 영역이 결여된 단백질을 인지하며, Thermotoga maritime의 다당류 export에 관여하는 단백질과 동질성을 보였다. Z. ramigera 115SLR and Z. ramigera 115SLR/pLEX10은 각각 slime또는 capsule 형태의 다당류를 생합성하며 이들로부터 생합성된 다당류양은 각각 0.26% (w/v) and 0.16% (w/v)였다.

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Cloning and characterization of a novel gene with alternative splicing in murine mesenchymal stem cell line C3H/10T1/2 by gene trap screening

  • Wang, Mingke;Sun, Huiqin;Jiang, Fan;Han, Jing;Ye, Feng;Wang, Tao;Su, Yongping;Zou, Zhongmin
    • BMB Reports
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    • 제43권12호
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    • pp.789-794
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    • 2010
  • A novel gene, designated mgt-6, containing four splicing variants, was isolated from a gene trap clone library of C3H/10T1/2 cells transfected with retroviral promoterless gene-trap vector, ROSAFARY. The transcript variants were differentially expressed in murine tissues and cell lines and differentially responded to diverse stimuli including TGF-${\beta}1$ and mitogen-activated protein kinase (MAPK) inhibitors. The mgt-6 gene encoded a protein of 37 or 11 amino acid residuals with cytoplasmic distribution. However, when C3H/10T1/2 cells were treated with 5-azacytidine, the protein translocated into cell nucleus as indicated by fused LacZ or C-terminally tagged EGFP. Our preliminary results suggest that further study on the role of mgt-6 gene in cell transformation and differentiation may be of significance.

Isolation and Characterization of Strain of Bacillus thuringiensis subsp. kenyae Containing Two Novel cry1-Type Toxin Genes

  • Choi, Jae-Young;Li, Ming Shun;Shim, Hee-Jin;Roh, Jong-Yul;Woo, Soo-Song;Jin, Byung-Rae;Boo, Kyung-Saeng;Je, Yeon-Ho
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • 제17권9호
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    • pp.1498-1503
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    • 2007
  • To identify novel crystal proteins, Bacillus thuringiensis 2385-1 was isolated from Korean soil samples and characterized. The H-serotype of 2385-1 was identical to that of subsp. kenyae (H4a4c), and its crystal toxin was bipyramidal-shaped. However, 2385-1 showed a much higher toxicity towards Plutella xylostella and Spodoptera exigua larvae than subsp. kenyae. In addition, the crystal protein profile and plasmid DNA pattern of 2385-1 differed from those of subsp. kenyae. To verify the crystal protein gene types of 2385-1, a PCR-RFLP analysis was performed, and the results revealed that 2385-1 contained two novel cry1-type crystal protein genes, cryl-5 and cry1-12, in addition to the crylJal gene. The deduced amino acid sequences of cryl-5 and cry1-12 showed a 97.9% and 75.7% sequence similarity with the CrylAb and CrylJa crystal proteins, respectively. Among the novel crystal proteins, Cry1-5 showed a high toxicity towards P. xylostella and S. exigua larvae. In conclusion, B. thuringiensis 2385-1 is a new isolate in terms of its gene types, and should be a promising source for an insecticide to control lepidopteran larvae.

국내분리 유아 로타바이러스의 혈청형과 염기서열 분석 (Serotype and Nucleotide Analysis of Human Rotavirus Isolates in Korea)

  • 차광종;송진욱;조홍찬;김용휘;유대열;이중복;이종기;곡구효보;유제현
    • 대한바이러스학회지
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    • 제29권2호
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    • pp.75-86
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    • 1999
  • Rotaviruses belong to Reoviridae causes diarrhea in human beings as well as domestic animals. This study was conducted to see what type of human rotaviruses are distributed in Seoul and Kyung-gi province. Twenty two of 81 patients showed rotavirus positive with diagnostic kit and RNA electropherosis. We isolated all of rotaviruses from the patients. Electropherotypes of 22 isolates showed 4:2:3:2 pattern whereas those migration patterns were long type. All of those isolates belonged to group A. Twenty out of 22 isolates reacted with monoclonal antibodies specific to G1, P1A and subgroup II, whereas rest of them, A-29 and K-30 reacted with subgroup I specific monoclonal antibody. The nucleotide sequence of an isolate K-21 showed $98{\sim}100%$ and $90{\sim}96%$ homologies with those of Wa and KU strain, respectively.

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포도 캠벨 품종으로부터 과육 특이발현 VVTL1-homolog 유전자의 분석 (Gene Analysis of A Fruit-specific Thaumatin-like Protein, VVTL1-homolog, from Campbell Cultivar of Grape)

  • 김인중;김석만
    • 식물조직배양학회지
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    • 제28권5호
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    • pp.255-261
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    • 2001
  • VVTL1은 포도 과육에서 특이적으로 다량 발현되는, PR5 계열의 thaumatin과 높은 상동성을 나타내는 단백질로서, 품종에 따라 염기서열의 차이를 나타낸다고 알려져 있다. 현재까지 포도의 VVTL1에 대해서 몇몇 연구가 진행되었지만, 우리나라에서 가장 많이 재배되는 품종인 캠벨에서는 전혀 이루어지지 않았다. 본 연구에서는 캠벨 품종으로부터 VVTL1-homolog 유전자의 게놈 DNA를 분리하여, 염기서열을 분석하였다. VVTL1-homolog 유전자는 일반적으로 PR5 유전자의 구조와 동일한 구조인, intron이 없는 하나의 exon으로만 구성되어 있었다. 염기서열로부터 추론된 VVTL1-homolog 단백질의 아미노산 서열은 VVTL1을 비롯한 다른 품종의 포도에서 분리된 TLP와는 달리 염기성의 등전점을 가지고 있었다. Primer extension 분석을 통해 전사개시 부위를 결정하였고, promoter영역을 포함하는 5'upstream 지역에 전사에 중요한 TATA box (4개)와 CAAT box (1개)가 존재하였으나, 이들의 위치와 수는 다른 PR5 유전자의 promoter와는 다랐다. 이러한 연구결과는 VVTL1-homolog 유전자의 발현이 과육 성숙과정동안 abscisic acid와 스트레스 또는 자극에 의해 발현이 유도되고 있음을 제시해준다. 포도 과육특이발현 promoter인 VVTL1-homolog 유전자의 promoter 분리는, 유전자의 도입에 의해 유용형질을 과육에 나타내는 포도품종을 개발하고자 할 때 효율적으로 사용될 수 있을 것으로 사료된다.

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한국산 뽕나무버섯균의 종에 관한 연구 (Studies on Korean Species of Armillaria)

  • 성재모;양근주;이현경
    • 한국식물병리학회지
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    • 제10권4호
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    • pp.261-269
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    • 1994
  • One hundred and ninety two isolates of Armillaria were obtained from mycelial fans on infected hosts, rhizomorphs, and single basidiospores or trauma tissue of fruiting bodies. Mating tests showed that two of these isolates were A. mellea, eight were A. tabescens, 20 were A. ostoyae, and 162 were A. gallica. Armillaria ostoyae was mainly isolated from Pinus koraiensis and Qurecus spp., A. tabescens from fruiting bodies on Pinus densiflora and Qurecus spp., and A. gallica from many tree species but not Pinus koraiensis. Armillaria mellea, A. gallica, A. ostoyae and A. tabescens showed distinct protein banding patterns. Mycelial growth and rhizomorph formation was good on basal medium with ethanol added. A. gallica and A. mellea formed many rhizomorphs, but A. ostoyae did not. A. gallica showed the best rhizomorph formation on media with tannic acid and ethanol, but a. mellea formed the most rhizomorphs on gallic acid. Rhizomorphs showed monopodial branching for A. gallica and dichotomous branching for A. ostoyae. Fruiting bodies. formed in the laboratory on sawdust media most abundantly by A. tabescens. In nature, fruit body formation by A. tabescens was from early to mid August. A. ostoyae and A. gallica fruit bodies were formed from early August to late October. While there are common names in Korea for A. mellea and A. tabescens, such as mulberry mushroom relative, no common names are available for A. gallica and A. ostoyae. Therefore, we refer to a. gallica as the Gastrodia mushroom because it has been used to produce Gastrodia and A. ostoyae as the Korean pine mushroom because it is frequently found as mushrooms on Korean pine.

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NGN 환경에 적합한 단대단 성능평가 방법 (The End-to-end Performance Evaluation Method on Next Generation Network)

  • 남창섭;김형수;김남;전홍범
    • 한국통신학회논문지
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    • 제31권10B호
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    • pp.857-865
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    • 2006
  • NGN(Next Generation Network)이 약속하는 다양한 기능과 서비스가 제공될 수 있는가를 시험하고 평가하기 위해 평가방법이 필요하며 시험 대상 장치의 구성, 성능평가대상, 시험에 필요한 트래픽의 특성 등에 대한 개발이 요구되고 있다. 그간 IP패킷 성능평가방법으로 시뮬레이션(simulation)방법과 분석적 모델링(analytical modeling)방법 등 많은 연구가 수행되어 왔지만 아직까지 미흡한 실정이다. 본 논문은 NGN 통신망에 대하여 실제 운용환경과 유사한 조건을 만족시키고, 객관적이고 신뢰성 있는 성능 평가 방법을 도출하여 제시하였다. 이를 위해 시험용 트래픽(Test Traffic)과 백그라운드 트래픽(Background Traffic)을 개발하였고, IP 통신망과 동일한 장비로 구축된 시험망을 구성하여 NGN 서비스 특성을 고려한 대역폭, 패킷사이즈별로 성능평가를 수행하였다. 제안된 평가방법을 통해, 지연(Delay), 지연변이(Jitter) 손실(Loss)등의 성능평가결과를 기존의 평가방법의 결과와 비교하였을 때 제안된 평가방법이 단대단NGN 통신망의 성능평가방법으로 우수함을 입증하였다.

A Mutation of cdc-25.1 Causes Defects in Germ Cells But Not in Somatic Tissues in C. elegans

  • Kim, Jiyoung;Lee, Ah-Reum;Kawasaki, Ichiro;Strome, Susan;Shim, Yhong-Hee
    • Molecules and Cells
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    • 제28권1호
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    • pp.43-48
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    • 2009
  • By screening C. elegans mutants for severe defects in germline proliferation, we isolated a new loss-of-function allele of cdc-25.1, bn115. bn115 and another previously identified loss-of-function allele nr2036 do not exhibit noticeable cell division defects in the somatic tissues but have reduced numbers of germ cells and are sterile, indicating that cdc-25.1 functions predominantly in the germ line during postembryonic development, and that cdc-25.1 activity is probably not required in somatic lineages during larval development. We analyzed cell division of germ cells and somatic tissues in bn115 homozygotes with germline-specific anti-PGL-1 immunofluorescence and GFP transgenes that express in intestinal cells, in distal tip cells, and in gonadal sheath cells, respectively. We also analyzed the expression pattern of cdc-25.1 with conventional and quantitative RT-PCR. In the presence of three other family members of cdc-25.1 in C. elegans, defects are observed only in the germ line but not in the somatic tissues in cdc-25.1 single mutants, and cdc-25.1 is expressed predominantly, if not exclusively, in the germ line during postembryonic stages. Our findings indicate that the function of cdc-25.1 is unique in the germ line but likely redundant with other members in the soma.

넙치, Paralichthys olivaceus에서 병원성 Photobacterium damselae subsp. damselae의 분리 (Isolation of pathogenic Photobacterium damselae subsp. damselae from olive flounder, Paralichthys olivaceus)

  • 권문경;박상언;방종득;박수일
    • 한국어병학회지
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    • 제18권3호
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    • pp.205-214
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    • 2005
  • 최근 2년간 동해안 지역 넙치 양식장의 양식 넙치에 피해를 일으키는 P. damselae 균을 분리하였으며, 분리된 P. damselae의 16s rRNA 염기 서열은 P. damselae subsp. damselae ATCC 33539와 99%의 상동성을 나타내었다. 분리 균주는 Pedersen et al.(1997)의 biotype과 비교한 결과, biotype No 8과 동일하게 나타났으며, P. damselae subsp. damselae ATCC 33539의 LPS와 동일한 단백질 패턴을 나타내었다. 넙치의 병어로부터 P. damselae와 Vibrio 속 세균의 감염 상태를 조사한 결과, P. damselae가 가장 높은 감염율을 나타내었고, 그 다음으로 V. anguillarum, V. splendidus, V. harveyi와 V. ordalii순으로 감염율이 나타났다.

마이크로파 가열방법에 따른 감자전분의 이화학적 특성변화 (Changes in Physico-chemical Properties of Potato Starch by Microwave Heating Methods)

  • 최옥자;고무석
    • 한국식품과학회지
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    • 제25권5호
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    • pp.461-467
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    • 1993
  • 마이크로파 가열방법에 따른 감자친분의 특성을 검토하기 위하여 마이크로파를 직접 가열한 전분(A군)과 감자에 마이크로파를 가열하여 분리한 전분(B군)을 대상으로 이화학적 특성을 비교분석한 결과는 다음과 같다. 감자전분의 단백질과 회분 함량은 마이크로파 가열에 의하여 거의 변화되지 않았으나, 유리지질은 마이크로파 가열시간이 길수록 감소한 반면, 결합지질은 마이크로파 가열시간이 길수록 증가하였다. 인의 함량은 마이크로파 가열시간이 길수록 감소하였으며 전분에 마이크로파를 직접 가열한 A군 보다 감자에 마이크로파를 가열하여 분리한 전분인 B군의 변화 정도가 컸다. 광학 및 편광현미경으로 관찰한 전분입자의 형태와 복굴절현상은 마이크로파 가열방법, 가열시간에 따른 차이는 나타나지 않았으나, SEM으로 관찰한 입자의 표면형태는 A군의 경우 300초 가열시 약간의 변형이 나타났고, B군은 180초 때부터 표면의 변화가 나타났으나 변화정도는 A군보다 더 적었다. 물결합능력은 마이로파 가열시간이 길수록 A군, B군 모두 증가되었고, 아밀로오스 함량 및 Blue value는 마이크로파 가열 시간이 길수록 A군, B군 각각 감소하였다. 팽윤력과 용해도는 마이크로파 가열시간이 길어짐에 따라 각각 감소하였는데 마이크로파 가열방법에 따라 다소 차이가 있었다. 감자전분의 X-선 회절도는 A군의 경우 회절각도$(2{\theta})$ $5.4^{\circ}$에서의 peak 높이가 감소되었으나, B군은 회절선의 변화가 없었고 전체적인 결정성이 약간 증가하였다.

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