• Mycobiology
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• 제47권2호
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• pp.173-179
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• 2019

Cladophialophora is characterized by simple hyphomycetes with brown hyphae that give rise to branched chains of pale brown conidia and shows affinities with the Herpotrichiellaceae. A fungal strain belonging to the genus Cladophialophora was isolated from soil in Daegu, Korea. This strain produces numerous greenish to dark black lanose aerial mycelia with hair like structures. It is morphological similar to C. chaetospira, C. inabaensis, and C. multiseptata; however, the conidiophores and conidia sizes of the newly isolated strain (KNU16-032) are clearly different from them. The novelty of the strain was also confirmed based on phylogenetic analysis using the data sets of the internal transcribed spacer region of and the partial sequence of 28S ribosomal DNA region along with the cultural characteristics. Because morphological observations and phylogenetic analysis indicated that the strain is distinct from previously known Cladophialophora species, we propose this species as a new species Cladophialophora lanosa sp. nov., and provide the detailed descriptions in this study.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제38권4호
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• pp.301-307
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• 2011

The medicinal herb Oldenlandia diffusa is known as a folk medicine for the treatment of hepatitis, sore throat, appendicitis, malignant tumors and urethral infection in Southern China and Korea. Another species O. corymbosa, is also used for the therapy of the similar conditions, however, only O. diffusa is referred to the medicinal herb by Chinese Pharmacopoeia. Due to their similar morphology, O. diffusa and O. corymbosa are often misidentified. To easily identify O. diffusa from O. corymbosa, the phylogenetic utility of nuclear ribosomal DNA (nrDNA) internal transcribed spacers (ITS) were investigated among different O. diffusa and O. corymbosa populations in Korea. The nrDNA ITS sequence of O. diffusa contained 791 bp, with GenBank accession number of JF837601-JF837602. The nrDNA ITS sequence of O. corymbosa was 785-786 bp, with GenBank accession number of JF837603-JF837611. The results showed that there are some certain divergences in the ITS region sequence between both species, even among different populations of the same species. Particularly, O. corymbosa ST-4 population showed the highest dissimilarity of the ITS region sequence with other nine populations of O. corymbosa and two populations of O. diffusa. This consequence makes us further understand the molecular diversification between O. corymbosa and O. diffusa, and help to promote the correct use and safety.

• 한국버섯학회지
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• 제10권2호
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• pp.93-99
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• 2012

보존중인 잎새버섯속 균주를 선발하여 배양 및 형태적 특성을 조사하여 비슷한 균주별로 그룹화하여 rDNA의 ITS 영역을 증폭하여 염기서열을 결정한 결과 보존시 균주의 학명과 많은 차이를 보였으며, 균사의 모양 및 색깔에도 많은 차이를 보였다. 보존 당시 동정한 결과와 rDNA의 ITS 영역의 염기서열 분석을 통한 결과를 비교한 결과 학명이 다른 균주가 4균주로 전체의 40%를 차지하였다. 국내에서 수집한 잎새버섯속은 모두 G. frondosa로 동정되었고, 일본에서 수집한 3균주 중 1균주는 완전히 다른 속으로 동정되었으며 2균주는 G. frondosa로 동정되었다. 그리고 중국에서 수집한 3균주중 2균주는 완전히 다른 속으로 동정되었고, 1균주만 G. frondosa로 동정되었다. RAPD 분석을 통한 유전적인 다형성 조사에서 같은 종내에서도 분포지역에 따라 서로 상이한 밴드패턴을 보였다. 유전적인 유연관계 분석에서는 G. frondosa 1개의 분류군으로 이루어졌으며, ITS부위 유전자수준의 상동성 분석에서도 비슷한 경향을 보였다. 따라서 기존 목록과 완전히 다른 속으로 동정된 균주들에 대해서는 계통분류학적인 유연관계 분석과 보존중인 자실체 유전자와의 상동성을 비교하여 기존 목록의 학명을 재분류해야 할 것으로 판단된다.

• 한국버섯학회지
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• 제9권1호
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• pp.27-33
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• 2011

보존중인 구름버섯속 균주를 선발하여 배양 및 형태적 특성을 조사하여 비슷한 균주별로 그룹화하여 rDNA의 ITS 영역을 증폭하여 염기서열을 결정한 결과 보존시 균주의 학명과 많은 차이를 보였으며, 균사의 모양 및 색깔에도 많은 차이를 보였다. rDNA의 ITS 영역의 염기서열을 바탕으로 보존 당시 동정된 결과와 염기서열 분석을 통한 결과를 비교한 결과 종이 다른 균주가 5균주와 학명이 다른 균주가 6균주로 전체의 61%를 차지하였다. 국내에서 수집한 구름버섯의 경우 T. versicolor, T. elegans, T. gibbosa 등 3개 속으로만 동정되었고, 미국에서 수집한 균주는 T. junipericola로 동정되었다. Trametes spp의 RAPD 분석을 통한 유전적인 다형성 조사에서 T. versicolor와 T. gibbosa는 아주 다른 밴드패턴을 보였다. 또한 같은 종내에서서 분포지역에 따라 상이한 밴드 패턴을 보였다. 유전적인 유연관계 분석에서는 T. vericolor 등 4개의 분류군으로 나누어졌으며, ITS부위 유전자수준의 상동성 비교에서도 비슷한 경향을 보였다. 따라서 기존 목록과 완전히 다른 속으로 동정된 균주들에 대해서는 계통분류학적인 유연관계 분석과 보존중인 자실체 유전자와의 상동성을 비교하여 보존진균의 오염 여부를 판단하여 기존 목록의 학명을 재분류해야 할 것으로 판단된다.

• 한국버섯학회지
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• 제10권1호
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• pp.37-43
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• 2012

보존중인 Polyporus속 균주를 선발하여 배양 및 형태적 특성을 조사하여 비슷한 균주별로 그룹화하여 rDNA의 ITS 영역을 증폭하여 염기서열을 결정한 결과 보존시 균주의 학명과 많은 차이를 보였으며, 균사의 모양 및 색깔에도 많은 차이를 보였다. 보존 당시 동정한 결과와 rDNA의 ITS 영역의 염기서열 분석을 통한 결과를 비교한 결과 종이 다른 균주가 3균주와 학명이 다른 균주가 4균주로 전체의 53.8%를 차지하였다. 국내에서 수집한 Polyporus속은 경우 P. alveolarius, P. brumalis, P. squamosus, P. tuberaster, P. arcularius 등 5개 종으로 동정되었고, 미국에서 수집한 균주는 P. alveolarius와 P. arcularius로 동정되었다. 그리고 일본에서 수집한 균주는 P. arcularius로 동정되었다. RAPD 분석을 통한 유전적인 다형성 조사에서 Polyporus속간에는 완전히 다른 밴드 패턴을 보였지만 같은 종내에서는 비슷한 밴드 패턴을 보였다. 유전적인 유연관계 분석에서는 P. alveolarius 등 5개의 분류군으로 나누어졌으며, ITS부위 유전자수준의 상동성 분석에서도 비슷한 경향을 보였다. 따라서 기존 목록과 완전히 다른 속으로 동정된 균주들에 대해서는 계통분류학적인 유연관계 분석과 보존중인 자실체 유전자와의 상동성을 비교하여 기존 목록의 학명을 재분류해야 할 것으로 판단된다.

• 식물분류학회지
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• 제36권3호
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• pp.189-207
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• 2006

로젯사철란(G. rosulacea Y. Lee)은 애기사철란과 유사하나 로젯트형의 잎, 짧은 땅속줄기와 서식지 등의 특징에 의해 한국산 사철란속(Goodyera R. Br.) 내의 신종으로 기재된 바 있다. 로젯사철란의 분류군의 실체와 근연종간의 유연관계를 파악하기 위하여 군외군을 포함한 24개의 사철난속 식물을 대상으로 핵 리보좀(ribosomal)의 DNA internal transcribed spacer와 엽록체 DNA의 trnL 구간의 염기서열을 분석하였다. 분류군의 실체와 근연종간의 유연관계는 정렬된 염기서열을 바탕으로 최대절약분석(Maximum parsimony analysis)와 근연결합법(Neibour Joining method)에 의한 계통수 및 고유 표지유전자 여부로 추정하였다. 분석 결과 로젯사철란은 다수의 고유한 표지유전자를 가지며, ITS와 trnL 계통수에서 모두 단계통군을 형성하였다. 로젯사철란과 한국산 사철란속 내 각 분류군간의 유전적 거리(pairwise distance)는 ITS에서 3.49-6.68, trnL에서 5.05-9.53으로서 독립된 종으로 간주하기에 무리가 없었다. 따라서 분자적 결과는 로젯사철란을 사철란속내 독립된 종으로 처리하는 것을 지지하였다. 계통수에서 로젯사철란은 형태적으로 유사한 애기사철란(G. repens)과 동일한 분계조를 형성하였고, 유전적 거리도 조사한 분류군들 중 가장 낮은 값을 나타냈으므로 가장 가까운 근연분류군임을 나타내었다.

• 한국자원식물학회지
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• 제19권1호
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• pp.161-168
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• 2006

제주도에 자생하는 부채 선인장인 백년초의 기원 규명을 목적으로 ITS primer를 이용하여 685 bp의 ITS 영역을 분리하였다. ITS 영역의 염기서열을 분석한 결과 18S rRNA의 길이는 54 bp, 26S rRNA는 55 bp, ITS1은 193 bp, ITS2는 220 bp로 구성되어 있었다. 백년초 ITS 영역은 기존에 보고된 Cucurbitoideae 식물들의 ITS 영역에 비하여 ITS2 스페이서 영역의 239-254 bp보다는 다소 짧았다. 그러나 이들 스페이서 영역의 GC 함량은 백년초의 경우 ITS1은 66.8%, ITS2의 경우에는 67.7%로 Cucurbitoideae 식물들에서 보다 높은 GC 함량을 나타내었다. 백년초 선인장의 rDNA 영역에 가장 높은 상동성을 나타낸 것은 같은 Opuntioideae에 속하는 Pereskiopsis porteri(L78037)로 95%의 유사도를 나타내었다. 백년초 rDNA Clustal W 프로그램을 이용하여 유연관계를 조사한 결과 같은 Opuntioideae에 속하는 Pereskiopsis porteri(L78037)와 같은 cluster로 분리되었다.

• Mycobiology
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• 제31권4호
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• pp.200-204
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• 2003

Cultural characteristics and phylogenic relationships were investigated and classified among collected strains in Pholiota spp. which contain P. adiposa, P. squarrosa, P. nameko etc. They were tested on the four different media(PDA, MCM, YM, MEA) and sawdust(Alder, Oak, Pine, Popular) substrates. There was a little variation according to the media and sawdust substrates, although PDA and popular sawdust substrate seemed to be better. Most strains showed white colonies, but some strains were brown. Mycelial growth length differed according to the strains. To classify species, the internal transcribed spacer regions(ITS) of the ribosomal DNA(rDNA) repeats from Pholiota spp. were amplified using polymerase chain reaction(PCR) and then sequenced. According to the analysis of ITS sequences, they were classified into five clusters. Their spacer regions were $644{\sim}700$ nucleotides in length. The reciprocal homologies of each ITS region among these strains were ranged from $49.6{\sim}99.9%$. The phylogenic analysis might give a criterion to classify species in the collected strains.

• 한국균학회지
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• 제46권4호
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• pp.427-435
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• 2018

본 연구에서는 충남, 제주, 경남, 충북 등에서 새우난초(Calanthe discolor)와 은대난초(Cephalanthera longibracteata)의 뿌리를 채취하여 표면살균한 후 내생균을 순수분리 하였다. 분리된 내생균의 형태학 특징을 관찰하고 internaltranscribed spacer (ITS) rDNA영역의 염기서열을 ITS1F와 ITS4프라이머를 이용하여 분석하였다. 서로 다른 지역에서 채집한 새우난초와 은대난초이지만, 공통적으로 Leptodontidium orchidcola가 높은 상대수도와 빈도를 나타냈으며, 내생균류의 군집차이를 분석할 결과, 지역적 차이보다는 숙주에 의한 차이가 더 큰 영향을 미치는 것으로 나타났다.

• 한국자원식물학회지
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• 제19권1호
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• pp.54-58
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• 2006

한국, 중국, 러시아에서 자생하고 있는 가시오갈피에 대한 유전적 유연관계를 파악하기 위해 ITS (internal transcribed spacer)의 염기서열을 분석하였다. Universal primer를 사용하여 PCR로 증폭시킨 후 염기서열을 결정한 결과 ITS의 길이는 162 bp의 5.8S rRNA 유전자를 포함하여 한국산과 중국산은 608 bp 그리고 러시아산은 611 bp로 나타났다. ITS영역의 G+C 함량은 한국산과 중국산이 60.20%이고 러시아산이 60.06%였다. 한국산과 중국산의 ITS영역은 100% 동일하였으며, 러시아산은 한국산과 비교했을 때 3 bp의 염기삽입과 2 bp의 염기치환이 존재하여 99.2%의 상동성을 나타내었다. 따라서 한국산 가시오갈피는 러시아산보다 중국산과 유전적 유연관계가 더 가까운 것으로 추정된다. 또한 동일 속내에서는 오갈피나무보다는 음나무와 ITS 염기서열이 유사한 것으로 나타났다.