• International Journal of Industrial Entomology and Biomaterials
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• 제41권2호
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• pp.56-62
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• 2020

Mulberry (Morus spp. family: Moraceae) has prime importance in the sericulture industry, and its foliage is the only natural feed of the silkworm Bombyx mori L. Traditional classification methods using morphological traits were largely unsuccessful in assessing the diversity and relationships among different mulberry species because of environmental influences on the traits of interest. For these reasons, it is difficult to differentiate between the varieties and cultivars of Morus spp. In the present study, inter-simple sequence repeat (ISSR) markers were used to investigate the genetic diversity of 48 mulberry samples genotyped using nine ISSR primers. The ISSR markers exhibited polymorphisms (53.2%) among mulberry genotypes. Furthermore, similarity coefficient estimated for these ISSR markers was found to vary between 0.67 and 0.99 for the combined pooled data. The phenogram drawn using the UPGMA cluster method based on combined pooled data of the ISSR markers divided the 48 mulberry genotypes into seven major groups. No genetic association was found in the collection area, and there was a mixed pattern between the mulberry lines. The hybridization between different mulberry species is highly likely to be homogenized due to natural hybridization.

• 한국응용곤충학회지
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• 제50권4호
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• pp.325-333
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• 2011

기후변화에 따른 고도별 곤충의 유전 변이를 분석하고자 배추에서 복숭아혹진딧물(Myzus persicae)을 지표해충으로 변이 분석이 가능한 마커를 개발하고자 하였다. 즉, 지역의 기후가 변하면 유전자가 변동할 것이라는 가설 하에 실내에서 누대 사육된 계통을 비교집단으로 가정하고 횡성, 평창과 강릉 지역에서 고도별 5개 지역(157 m, 296 m, 560 m, 756 m, 932 m)에서 채집된 지역 집단간의 변이를 찾고자 하였다. 생태적 변이는 모든 집단에서 찾을 수가 없었고, 에스터레이즈 동위효소 분석 및 inter-simple sequence repeat (ISSR) PCR 결과에서 실내 사육 계통과 지역 집단간의 차이는 보였으나 지역 집단간의 큰 차이는 찾을 수가 없었다. 그러나 rRNA와 mtCO I 부분 염기서열을 분석하여 5개의 지역집단 내에서 internal transcribed spacer-2 (ITS-2) 와 mtCO I에 각각 한 개씩의 단일염기다형성(SNP)를 발견하였다. 이 SNP는 유전 변동 추적이 가능한 매우 유용한 마커로 사용 될 수 있다.

• 한국식물생명공학회:학술대회논문집
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• 한국식물생명공학회 2003년도 추계학술대회 발표논문 초록집
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• pp.75-75
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• 2003

• 한국버섯학회지
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• 제13권3호
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• pp.175-180
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• 2015

본 연구에서는 국내외에서 수집한 A. bisporus 45계통과 19 Agaricus spp.를 포함한 64 Agaricus 계통으로부터 genomic DNA를 추출하고 7 종류의 ISSR primer를 사용하여 PCR 다형성 분석을 실시 한 바 (GA)T, (AG)YC, (GA)C and (CTC)의 ISSR primer에서 양송이 계통간 PCR다형성이 관찰 되었다. ISSR-PCR다형성 밴드가 유전적 유사도 산출에 이용되어 UPGMA cluster분석을 적용 dendrogram을 작성 한 결과 A. bisporus의 계통은 7 group으로 분류 되었으며 유사성 함수가 group 간에는 유사성 함수가 0.78에서 0.89의 유연관계를 보였다. 국내에서 최근에 개발된 새정, 새아, 새도, 새연과 교배모본인 ASI1346이 같은 그룹내에서 0.90이상의 유사성함수로 근연관계를 나타내었다. ISSR-PCR다형성 검출 결과 ASI 1038와 유래 단핵균주 S1038297와 ASI 1346S유래 S 737-110는 PCR다형성 밴드가 현저히 적게 증폭 된 것을 확인 할 수 있었다.

• Journal of Forest and Environmental Science
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• 제24권2호
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• pp.61-68
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• 2008

Acrylamide is present as a contaminant in heated food products, predominantly from the precursor asparagine. Nonanchored inter simple sequence repeats (ISSRs) are arbitrary multiloci markers produced by PCR amplification with a microsatellite primer. In order to assess the feasibility of microsatellite primers as markers for DNA damage, the study was conducted on common bean (Phaseolus vulgaris L.) exposed to different concentrations of acrylamide. Polymorphisms were abundant among plant samples treated with acrylamide in comparison to control (untreated one) tested with 4- tri-nucleotide, 2 tetra-nucleotide, and 3- dinucelotide primers. The primer (CCG)4 was the best tested primer to generate polymorphism between the DNA of plants treated or not by acrylamide. Polymorphisms became evident as the presence and absence of DNA fragments in treated samples compared with the untreated one. The highest number of DNA variation on ISSR patterns was observed at the micromollar concentrations of acrylamide. Acrylamide was able to induce DNA damage in non concentration-dependent manner with effectiveness at micromollar concentrations. This study demonstrated that ISSR markers can be highly reliable for identification of DNA damage induced by acrylamide.

• 생명과학회지
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• 제25권3호
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• pp.257-262
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• 2015

한국에서 채집한 잔디속(genus Zoysia) 식물 종의 유전적 변이를 단순 서열 반복(Inter-Simple Sequence Repeat Markers, ISSR) 마커 시스템으로 조사하였다. 8개의 ISSR 시발체를 이용한 중합효소 사슬 증폭반응에서 86개의 분절의 증폭물을 얻었으며 이 중 76(87.1%)개 분절이 다형성을 나타내었다. ISSR 마커 시스템에서 다형성 정보 지수(PIC)는 0.848이었다. 다형성 대립유전자좌위의 퍼센트(P_p)는 41.2%에서 44.7%까지 나타내었다. 네이(Nei)의 유전자 다양성(H)은 0.149에서 0.186까지 이며 평균은 0.170이었다. 샤논(Shannon)의 정보 지수(I)의 평균값은 0.250이었다. 대립유전자좌위에 근거하여 전체 변이에서 종 간 차이를 나타내는 변이의 몫(G_ST)은 0.601였다. 이는 전체변이의 약 60.1%는 종 간에 있음을 의미한다. 따라서 변이의 약 39.9%는 종 내에 있었다. G_ST에 근거한 유전자 흐름(이동)은 잔디속 간에는 대단히 낮았다(N_m = 0.332). 계통도는 3개의 뚜렷한 분지군으로 분리되었다. 왕잔디(Zoysia macrostachya)와 금잔디(Z. tenuifolia) 분지군, 갯잔디(Z. sinica) 단독 분지군, 잔디(Z .japonica) 단독 분지군이었다. 결론적으로 잔디속 식물에 대한 ISSR 분석은 유전적 변이를 탐지하는데 유용하며, 종을 구분하는 유전자형의 대한 식별력을 주었다.

• 생명과학회지
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• 제16권2호
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• pp.219-224
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• 2006

ISSR markers를 이용하여 수박 18품종의 유전적 유연관계를 분석하여 얻어진 결과를 요약하면 다음과 같다. 수박 18품종의 genomic DNA와 ISSR primer 100개를 PCR 반응시킨 결과 다형성을 뚜렷하게 나타내는 primer는 21개 이였으며, 이들 primer에 의해 증폭된 밴드는 105개 이였고 다형성을 보이는 밴드는 58개 였으며 증폭된 DNA 단편의 크기는 $0.2{\sim}5.0kb$ 사이에 위치하였다. 다형성을 나타낸 primer는 18개의 anchored primer와 3개의 non-anchored primer로 구분되었고 모든 anchored primer는 2개의 염기서열이 반복된 형태를 나타내었으며, non-anchored primer보다. 다형성 정도가 높게 나타났다. 수박 18품종은 유전적 유사도 값 0.42를 기준으로 할 때 18개 품종을 2개의 그룹 으로 구분할 수 있었으며, 국내에서 육성된 품종은 유전적 유사도가 아주 높은 것으로 분석 되었고, 이들 품종은 수박의 과형에 따라 유사하게 구분되었다.

• 한국버섯학회지
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• 제15권4호
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• pp.273-278
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• 2017

느티만가닥버섯은 맛과 기능성이 풍부한 버섯으로 많이 활용되고 있다. 하지만 긴 재배기간과 낮은 자실체 수확량, 균이 오랜시간 배양되어 오염이 쉽게 발생되는 문제점을 극복할 새로운 품종육성이 필요하다. 이에 따라 육종모본으로 활용되는 느티만가닥 55균주의 종내 유전자원의 정확한 정보를 얻고자 분자유전학적 ISSR 마커분석을 활용하였다. 사용된 마커 중에서 ISSR 13과 15 마커를 사용했을 때 다형성이 분석되었으며 특히 ISSR 15마커 분석으로 다형성이 쉽게 구분되었다. UPGMA분석법으로 계통도를 분석하였을 때, 일부 백색을 가지고 있는 KMC03106, KMC03107, KMC03108 3 균주가 두 마커 모두에서 가까운 유연관계를 가졌으며, ISSR 15는 수집년도에 따라 3개의 그룹으로 구분되는 것을 확인할 수 있었다. 이 결과로 ISSR마커의 다형석 분석은 느티만가닥버섯의 몇몇 균주에서는 갓색의 유연관계 확인과 수집 시기에 따른 유전변이 구분이 가능하며 자원의 유전적 다양성 확인할 수 있어, 느티만가닥버섯의 품종육성을 위한 효율적인 모본 선발이 가능 할 것으로 사료된다.

• 한국버섯학회지
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• 제15권3호
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• pp.139-144
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• 2017

양송이(Agaricus bisporus)는 국내에서 2015년 약 10,757톤이 생산되어 5번째로 많이 생산되는 버섯이다. 본 연구에서는 ISSR 마커를 사용하여 국내 수집균주와 상업품종간의 유전적 다양성을 분석하였다. 이를 위해 우선, 다양한 마커 중 양송이 속 내 비교 분석이 가능다고 알려진 ISSR마커를 선발하였다. 분석한 마커는 ISSR 807, 808, 809, 810, 811, 834, 835, 836, 841, 842, P3, P8, P17, P22, P30, P38 and P39 총 16종이였고 이들 중 육종에서 모본선발을 위한 효율적인 마커를 선발하기 위하여 양송이 수집균주 ASI 1110, 1114, 1115, 1238, 1246, 1365, 1366, 1369 등 8종을 선발하여 수행하였다. 그 결과 ISSR P31, P38, P39 마커에서 종내 구분이 가능한 다양한 밴드가 나타났다. 이를 바탕으로 선발된 3종의 마커를 이용하여 국내 수집균주와 새아, 새연 등의 상업품종이 포함된 39균주를 UPGMA 프로그램을 통하여 유연관계를 분석하였다. 국내 수집균주와 상업품종간의 계통도를 분석한 결과, 국내 수집균주와 상업품종들이 다른 그룹을 형성하는 것을 확인하였다. 이 결과를 근거로 ISSR P31, P38, P39가 상업품종을 구분할 수 있는 마커로 활용될 것이라 기대된다.

• 한국산림과학회지
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• 제87권3호
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• pp.422-428
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• 1998

구상나무 개체목으로부터 채취한 48개의 배유조직을 이용해서 PCR 방법에 의해 생성된 inter-simple sequence repeats(I-SSR) 표지자를 분석했다. 예비실험에서 6개의 배유조직을 이용해서 35개의 primer를 검색했으며, 그들 중에서 PCR 반응이 가장 잘되는 19개 primer를 선정해서 48개 배유조직을 이용한 본 실험에 사용했다. 카이자승 검정 결과, 19개 primer에 의해 증폭된 51개의 증폭산물이 5% 유의 수준에서 멘델의 분리비(1:1)에 따라 차대에 유전됨을 확인할 수 있었다. 멘델 유전자좌로 확인된 51개 표지자들의 게놈내 분포양상을 확인하기 위해서 연관분석을 수행한 결과, 51개 유전자좌들이 상호간에 서로 연관되어있지 않은 것으로 확인되어 이들이 전체 게놈상에 고르게 분포하고 있음을 확인할 수 있었다. 본 연구에서 관찰된 51개 유전자좌들이 게놈상에 고르게 분포하고 있다는 특성 때문에 게놈상의 특정부위에 편중되지 않은 유전정보를 얻을 수 있다는 장점이 있다. 즉, 기존의 RAPD 표지자들 중 상당수가 독립적인 연관군을 형성하는 것으로 알려져 있기 때문에 이들 연관군이 위치한 특정 부위의 DNA를 증폭하여 분석하는 RAPD 표지자에 비해서 I-SSR 표지자들이 유전 다양성을 추정하는데 더 유용한 표지자로 활용될 수 있을 것으로 생각되며, 이들 표지자들이 독립적인 진화의 과정을 겪을 것으로 기대되기 때문에 cladistic 방법에 의해 진화적 유연관계를 추정하는데 더 적합한 표지자로 생각된다.