본 논문에서는 사용자의 질의어에 대한 검색 결과에서부터 출발하여 연관된 키워드를 지속적으로 제공하는 시스템을 제안하였다. 본 논문에서 제안하는 시스템의 가장 큰 목적은 사용자가 자신이 찾고자 하는 것을 정확히 설명할 수 없는 정보를 찾도록 도와주는 것이다. 본 논문에서 제안하는 시스템은 많은 정보 제공처와 연동을 통해 유용한 정보를 확보하여 그 정보들을 통합된 스키마로 표현하고, 사용자들에게 크로스 서치 환경을 제공한다. 또한 관련 키워드들간의 관계도를 보여줌으로써 사용자는 관심 있는 키워드를 선택하여 원하는 자료를 쉽게 검색 할 수 있게 된다. 따라서 사용자들은 특정 사이트에 국한되지 않은 환경에서 원하는 정보를 쉽게 찾을 수 있다.
Jung, Yong;Seo, Hwa-Jeong;Park, Yu-Rang;Kim, Ji-Hun;Bien, Sang Jay;Kim, Ju-Han
Genomics & Informatics
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제9권1호
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pp.19-27
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2011
Gene Expression Omnibus (GEO) has kept the largest amount of gene-expression microarray data that have grown exponentially. Microarray data in GEO have been generated in many different formats and often lack standardized annotation and documentation. It is hard to know if preprocessing has been applied to a dataset or not and in what way. Standard-based integration of heterogeneous data formats and metadata is necessary for comprehensive data query, analysis and mining. We attempted to integrate the heterogeneous microarray data in GEO based on Minimum Information About a Microarray Experiment (MIAME) standard. We unified the data fields of GEO Data table and mapped the attributes of GEO metadata into MIAME elements. We also discriminated non-preprocessed raw datasets from others and processed ones by using a two-step classification method. Most of the procedures were developed as semi-automated algorithms with some degree of text mining techniques. We localized 2,967 Platforms, 4,867 Series and 103,590 Samples with covering 279 organisms, integrated them into a standard-based relational schema and developed a comprehensive query interface to extract. Our tool, GEOQuest is available at http://www.snubi.org/software/GEOQuest/.
이질적인 생물 데이터베이스의 통합은 데이터간의 연계 분석의 필요성이 높아짐에 따라 중요한 문제로 대두되고 있다. 그러나 이러한 데이터베이스들은 초기에 이질적 환경에서 각기 다른 목적에 의해 생성되므로 포맷, 설계자가 불일치하는 등 여러 가지 문제점으로 인해 통합하는데 어려움이 따른다. 그러므로 이질적인 데이터베이스의 통합을 위해서는 초기단계의 설계가 무엇보다도 중요하다. 본 논문에서는 대표적인 핵산 데이터베이스인 Genbank와 단백질 데이터베이스인 Swiss-Prot을 통합하기 위해 ER 모델을 사용하여 개념적 모델을 보인 후, 이를 합병하여 통합모델을 제시한다. 또한, 핵산-단백질 자료로 연계되는 정보를 통합 서비스할 수 있는 시스템 구조를 제안한다. 제안된 바이오 게이트웨이 시스템은 개념적 설계 단계에서 가장 원자적인 단위로 분할하여 모델링 함으로써 정교한 질의 처리가 가능하고, 사용자가 상세 조건을 알고 있을 경우에 기존의 검색시스템과 달리 여러 번의 검색 과정을 거치지 않고, 단시간에 원하는 결과를 얻을 수 있다는 장점을 지닌다.
XML로 대표되는 구조화된 문서의 검색을 위해서는 구조 조인 기법이 많이 사용되며 구조 조인 기법을 사용하기 위해서는 구조 조인에 참여하는 엘리먼트들을 추출하는 과정이 선행되어야 한다. 이 과정을 위해서 일반적으로 동일한 태그 값을 가지는 엘리먼트들을 리스트 형태로 추출해 주는 역색인을 사용한다. 하지만 이러한 기존의 기법은 경로 질의 내의 부모-자식 관계나 조상-후손 관계를 비교적 비용이 비싼 구조 조인으로 모두 처리해야 하기 때문에 경로의 길이가 길어질수록 질의 처리 비용이 크게 증가하는 단점을 가지고 있다. 본 논문에서는 기존의 역색인과는 달리 엘리먼트 추출과정에서 부모-자식 관계에 있는 엘리먼트들을 처리할 수 있는 단계별 역색인을 제안한다. 본 논문에서 제안하는 단계별 역색인은 경로 질의 내의 부모-자식 관계를 가지는 엘리먼트 쌍(pair)들의 리스트를 추출해 준다. 또한 단계별 역색인으로부터 추출된 엘리먼트 쌍들의 리스트를 처리하기 위해 기존의 구조 조인과는 다른 변형된 구조 조인 기법을 제안하며 실험을 통해 제안된 기법이 기존의 기법보다 2배에서 4배 가량의 성능향상이 있는 것을 확인하였다.
사용자가 원하는 정보를 얼마나 정확하게 제시하느냐가 정보검색시스템 성능을 판단하는 기준이 된다. 그러나 동형이의어만을 질의어로 이용한 검색 결과는 동형이의어 각 의미에 관련된 문서가 혼재되어 있거나, 특정 의미에 관련된 문서만 집중적으로 나타나는 현상을 볼 수 있다. 그래서 본 논문에서는 한국어 사용자 어휘지능망(U-WIN)의 관계정보를 이용하여, 질의어의 모호성을 해결하는 의미적 정보검색의 기반이 되는 기술을 제안한다. 실험에서 질의어는 전문분야에 주로 사용되는 동형이의어와 보편적으로 사용하는 동형이의로 구분하고, '질의어+상위어' 형태의 확장 질의어를 설정한다 그래서 포탈사이트의 웹 문서만을 대상으로 한 정확률은 73.5%, 통합검색의 정확률은 68.7%로 나타났다. 이것은 U-WIN 기반의 의미적 정보검색 기술이 정보검색 시스템에서 효율적임을 알 수 있다.
한국생물정보시스템생물학회 2000년도 International Symposium on Bioinformatics
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pp.53-55
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2000
Xenie is the JAVA application software that integrates and represents 'gene to function'information of human gene. Xenie extracts data from several heterogeneous molecular biology databases and provides integrated information in human readable and machine usable way. We defined 7 semantic frame classes (Gene, Transcript, Polypeptide, Protein_complex, Isotype, Functional_object, and Cell) as a common schema for storing and integrating gene to function information and relationship. Each of 7 semantic frame classes has data fields that are supposed to store biological data like gene symbol, disease information, cofactors, and inhibitors, etc. By using these semantic classes, Xenie can show how many transcripts and polypeptide has been known and what the function of gene products is in General. In detail, Xenie provides functional information of given human gene in the fields of semantic objects that are storing integrated data from several databases (Brenda, GDB, Genecards, HGMD, HUGO, LocusLink, OMIM, PIR, and SWISS-PROT). Although Xenie provide fully readable form of XML document for human researchers, the main goal of Xenie system is providing integrated data for other bioinformatic application softwares. Technically, Xenie provides two kinds of output format. One is JAVA persistent object, the other is XML document, both of them have been known as the most favorite solution for data exchange. Additionally, UML designs of Xenie and DTD for 7 semantic frame classes are available for easy data binding to other bioinformatic application systems. Hopefully, Xenie's output can provide more detailed and integrated information in several bioinformatic systems like Gene chip, 2D gel, biopathway related systems. Furthermore, through data integration, Xenie can also make a way for other bioiformatic systems to ask 'function based query'that was originally impossible to be answered because of separatly stored data in heterogeneous databases.
Personalized media includes user-targeted and user-generated content (UGC) exchanged through social media and interactive applications. The increased consumption of UGC presents challenges and opportunities to multimedia information systems. We work towards modeling a deep structure for content networks. To gain insights, a hybrid practice with Media Framework (MF) is presented for network creation of personalized media, which leverages the authoring methodology with user-generated semantics. The system's vertical integration allows users to audition their personalized media networks in the context of a global system network. A navigation scheme with dynamic GUI shifts the interaction paradigm for content query and sharing. MF adopts a multimodal architecture anticipating emerging use cases and genres. To model diversification of platforms, information processing is robust across multiple technology configurations. Physical and virtual networks are integrated with distributed services and transactions, IoT, and semantic networks representing media content. MF applies spatiotemporal and semantic signal processing to differentiate action responsiveness and information responsiveness. The extension of multimedia information processing into authoring enables generating interactive and impermanent media on computationally enabled devices. The outcome of this integrated approach with presented methodologies demonstrates a paradigmatic shift of the concept of UGC as personalized media network, which is dynamical and evolvable.
최근 컴퓨팅 기술과 통신 기술의 급속한 발전으로 클라이언트/서버 컴퓨팅 환경에서 네트워크 컴퓨팅 시대를 지나 인터넷 컴퓨팅 시대가 도래하고 있다. 인터넷 사용이 보편화되어 감에 따라 기업의 정보 시스템이 인터넷 기반의 인트라넷/익스트라넷 시스템으로 구축되어 가고 있으며 미래의 비즈니스 환경은 기업의 이익 및 효율성을 최대화하기 위해 기업간 전자상거래가 보편화될 것으로 예상된다. <중략> 본 논문에서는 기업간 전자상거래의 통합 데이터 환경을 위하여 각 기업에 존재하는 기존의 시스템을 유지하면서 이질적인 데이터베이스들을 투명하게 접근할 수 있는 방법으로 웹 환경에서 Java/CORBA 기술, 관계형 및 객체지향형 데이터베이스와 파일 정보를 수용하기 위한 객체 질의 언어를 사용하는 데이터 공유 지원 시스템을 설계 및 구현 한다.
이질적이며, 분산되어 있는 정보 저장소들을 통합하여 가상 데이터베이스를 제공하는 미디에이터 기반 정보 통합 기술에서는 통합되는 정보의 의미 보존을 제공하는 공통 자료 모델과 이질 자료 모델 통합시 발생하는 충돌 해결 방법이 중요하므로 이에 대한 다양한 연구가 수행되고 있다. 본 논문에서는 XML Schema, XQuery 등 주요 XML 기술을 활용하여 통합되는 정보의 의미 손실을 최소화하고, 통합 자료 모델들간의 충돌 해결 표현이 용이하도록 설계한 DataBlender 시스템에 대하여 제안한다. 또한 DataBlender 시스템은 모바일 환경을 고려하여 이동 단말기에서도 통합 검색 서비스를 활용할 수 있도록 설계함으로써 차세대 인터넷 비즈니스 환경 구축의 기반이 된다.
최근, 인터넷 기술의 급격한 발전으로 인하여 다수의 정보원들을 처리 대상으로 하는 인터넷 질 의의 사용이 점차 확대되고 있다. 인터넷 질의 처리를 위해서는 여러 정보원들에 분산된 전체 데이타분포를 함축적으로 표현한 통합 요약정보가 필요하다 본 논문에서는 웨이블릿 변환을 기반으로 한 통합 요약정보의 관리 및 이를 이용한 인터넷 질의 최적처리에 관하여 논의한다. 통합 요약정보의 구성을 위한 가장 단순한 방법은 각 정보원에 분산된 데이타분포들을 합병한 후, 이를 기반으로 퉁합 요약정보를 구성하는 것이다. 그러나 이 방법은 큰 용량의 데이타분포를 전송, 저장. 통합하는 비용이 매우 크므로 실용적이지 야다. 본 논문 에서는 이러한 문점을 극복하기 위하여 웨이블릿 변환을 기반으로 요약정보들을 합병함으로써 통합 요약 정보를 구성하는 새로운 방법과 이를 이용한 인터넷 질의 최적화 방안을 제시한다. 웨이블릿 요약정보는 합 병 조건을 만족하도록 변환되며. 합병 과정이 웨이블릿의 특성으로 인하여 매우 단순하다는 장점을 갖는다 본 논문에서는 제안된 방법으로 구성된 통합 요약정보의 오타 상한선을 정량적으로 유도한다. 제안된 방법에 대한 실험 결과에 의하면, 히스토그램 요약정보의 합병과 웨이블릿 요약정보의 합병을 비교한 선택률 추정 실험은 통합 히스토그램에 비해 퉁합 웨이블릿 요약정보가 1.6 ~ 5.5배 더 정확하다는 결과를 보였다 또한,56개개의 정보원이 참여하는 인터넷 top-N 질의를 처리할 때, 통합 요약정보를 사용하지 않는 방법과 비교하 여 이를 사용하는 경우 약 44배의 성능 개건 효과를 보였다.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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