• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제25권10호
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• pp.1768-1771
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• 2015

Human Fen1 protein (hFen1) plays an important role in Okazaki fragment processing by cleaving the flap structure at the junction between single-stranded (ss) DNA and doublestranded (ds) DNA, an intermediate formed during Okazaki fragment processing, resulting in ligatable nicked dsDNA. It was reported that hChlR1, a member of the cohesion establishment factor family, stimulates hFen1 nuclease activity regardless of its ATPase activity. In this study, we found that cohesion establishment factors cooperatively stimulate endonuclease activity of hFen1 in in vivo mimic condition, including replication protein-A-coated DNA and high salt. Our findings are helpful to explain how a DNA replication machinery larger than the cohesion complex goes through the cohesin ring structure on DNA during S phase in the cell cycle.

• 한국산학기술학회논문지
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• 제18권12호
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• pp.575-580
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• 2017

본 연구는 hnRNP A1 단백질에 포함되어 있는 RGG 상자가 이 단백질의 세포내 위치에 미치는 영향 및 이 단백질의 안정화에 미치는 영향을 분석하는 것을 목적으로 하며 2014년 10월부터 약 3년 동안 수행되었다. 이를 위해 먼저, RGG상자 내의 6개의 아르기닌을 라이신으로 돌연변이를 만든 다음 pcDNA1-HA-hnRNP A1(6R/K)를 재조합하였다. 다음, 이 플라스미드 DNA를 HeLa 세포에 형질주입하여 HA-hnRNP A1(6R/K) 단백질의 세포내 위치에 미치는 영향을 면역형광현미경법으로 분석하였다. 그 결과 hnRNP A1(6R/K) 단백질은 (wt 단백질처럼 핵에 위치하지 못하고) 핵과 세포질 모두에 퍼져 있는 것을 확인하였다. hnRNP A1(6R/K)의 안정성을 조사하기 위해서는 pcDNA1-HA-hnRNP A1(6R/K)를 HeLa 세포에 형질 주입시킨 다음 발현된 단백질을 웨스턴 블랏 실험으로 분석하였는데, 그 결과 HA-hnRNP A1(6R/K)는 (잘려서) 크기가 작아진 것을 확인할 수 있었다. 이 결과들로부터 HA-hnRNP A1(6R/K)가 핵과 세포질 모두에 퍼져 있는 것은 6R/K 돌연변이가 hnRNP A1의 핵 위치 능력에 영향을 미쳤기 때문이 아니라 6R/K 돌연변이가 일어난 부위 또는 그 부근이 절단되어 hnRNP A1의 핵 위치 신호(nuclear localization singal)인 M9 도메인이 들어있는 C-말단 부위를 잃었기 때문이라는 점을 확인 할 수 있었다. 본 연구의 결과들은 hnRNP A1에 있는 RGG 상자의 아르기닌이 hnRNP A1의 안정성에 중요한 역할을 한다는 것을 제시한다. 세균에서 발현시켜서 정제된 hnRNP A1(6R/K)의 RNA-결합 능력에 대한 영향 분석은 추후 과제로 남겨둔다.

• 한국어병학회지
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• 제23권2호
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• pp.145-153
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• 2010

내용은 2009년 하반기, 우리나라 남해안(고흥, 나로도)과 서해안(선재도, 파도리)의 네 지점에서 시료채취 한 바지락에서의 Perkinsus olseni 감염에 대한 모니터링 결과로, 이전에 국제수역사무국(OIE)의 manual에서 지정하던 P. olseni에 대하여 특이적인 primer set으로 사용한 PCR 분석 결과와 2009년에 새로이 지정하는 P. olseni에 대하여 특이적인 primer set을 사용한 분석 결과를 비교하고, 결과를 통한 P. olseni의 검출율을 조사하였다. 특히 2009년에 새로이 지정된 PolsITS-140F와 PolsITS-600R의 primer set을 사용한 결과는 신속한 검출여부 분석에 적합한 것으로 생각되었다. P. olseni의 검출경향은 파도리에서 가장 낮았으며, 고흥에서 가장 높았다. 파도리의 7월, 8월 그리고 12월의 결과를 제외하고는 전 지점에서 7월에서 12월까지 지속적으로 높은 검출율을 나타내었다. PolsITS-140F와 PolsITS-600R의 primer set을 이용한 PCR 산물의 염기서열을 분석한 결과, 선재도의 결과에서 두 군데의 염기차이를 나타내는 것 이외에는 모두 같은 것으로 확인되었다.

• Mycobiology
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• 제38권4호
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• pp.336-338
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• 2010

Rhizopus oryzae is reported for the first time on Cucumis melo L. var. makuwa Makino. A detailed description of this Korean specimen is given, along with its rDNA internal transcribed spacer sequence. On the basis of mycological characteristics and molecular data, the fungus was identified as R. oryzae Went & Prinsen Geerligs.

• 한국어업기술학회:학술대회논문집
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• 한국어업기술학회 2001년도 춘계 수산관련학회 공동학술대회발표요지집
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• pp.252-254
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• 2001

A great deal of effort has been put into the identification of Alexandrium tamarense/fundyense/catenella complex by understanding correlation between morphological and subcellular characteristics. To date, the most promising tool for the study of these species is sequence analyses of rRNA genes that have been useful for various organisms' taxonomy and phylogeny, and its application such as in situ hybridization. (omitted)

• 한국균학회지
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• 제41권1호
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• pp.9-13
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• 2013

제주도의 북쪽에 위치한 추자도에서 닭의난초 뿌리를 채취하였고, 표면 살균한 뿌리에서 6개의 균주를 분리하였다. 각 균주는 형태적 특징을 기초로 그룹을 나누었고, 난 균근균에 특이적인 프라이머인 ITS1-OF/ITS4-OF를 이용하여 균주의 rDNA의 ITS지역을 증폭하였다. 형태적 특징과 분자적 분석을 통하여 6개의 균주를 Sebacina sp., Tulasnella calospora, Tulasnella sp. 총 3종의 난 균근균으로 동정하였다.

• Journal of Ginseng Research
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• 제43권1호
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• pp.1-9
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• 2019

Background: Korean ginseng is an important cash crop in Asian countries. However, plant yield is reduced by pathogens. Among the Ilyonectria radicicola-species complex, I. mors-panacis is responsible for root-rot and replant failure of ginseng in Asia. The development of new methods to reveal the existence of the pathogen before cultivation is started is essential. Therefore, a quantitative real-time polymerase chain reaction method was developed to detect and quantify the pathogen in ginseng soils. Methods: In this study, a species-specific histone H3 primer set was developed for the quantification of I. mors-panacis. The primer set was used on DNA from other microbes to evaluate its sensitivity and selectivity for I. mors-panacis DNA. Sterilized soil samples artificially infected with the pathogen at different concentrations were used to evaluate the ability of the primer set to detect the pathogen population in the soil DNA. Finally, the pathogen was quantified in many natural soil samples. Results: The designed primer set was found to be sensitive and selective for I. mors-panacis DNA. In artificially infected sterilized soil samples, using quantitative real-time polymerase chain reaction the estimated amount of template was positively correlated with the pathogen concentration in soil samples ($R^2=0.95$), disease severity index ($R^2=0.99$), and colony-forming units ($R^2=0.87$). In natural soils, the pathogen was recorded in most fields producing bad yields at a range of $5.82{\pm}2.35pg/g$ to $892.34{\pm}103.70pg/g$ of soil. Conclusion: According to these results, the proposed primer set is applicable for estimating soil quality before ginseng cultivation. This will contribute to disease management and crop protection in the future.

• 한국해양바이오학회지
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• 제7권1호
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• pp.11-18
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• 2015

An extracellular alkaline ${\alpha}$-D-mannosidase produced by a strain named as MA-01 was produced and its preliminary enzyme activity was characterized. Upon determining the 16S rDNA sequence and its homology search, the strain was identified to be one of species of the Bacillus safensis. Localization of enzyme was elucidated that ${\alpha}$-D-mannosidase can be found in culture medium as an extracellular enzyme. In addition, partial enzyme activity of 63% compared with the extracellular enzyme activity was observed in membrane protein. The optimal pH and temperature of the ${\alpha}$-D-mannosidase were pH 7.5 and $37^{\circ}C$, respectively. The $K_m$ and $V_{max}$ values of the ${\alpha}$-D-mannosidase in crude enzyme toward p-nitrophenyl-${\alpha}$-D-mannopyranoside were determined to be $455.6{\mu}M$ and $10.8{\mu}mole/min/mg$ of protein, respectively. To the best of our knowledge, this is the first report described the alkaline ${\alpha}$-D-mannosidase from the family of B. safensis.

• 미생물학회지
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• 제39권2호
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• pp.102-107
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• 2003

유류오염 토양으로부터 디젤에 대한 분해능이 있는 균주를 순수분리하였고, 이들 분리 균주의 액체 배양을통하여 균체 생육과 유화활성이 우수한 균주를 최종적으로 선별하였다. 생리,생화학적 특성 및 165 rDNA 염기서열 분석을 실시한 결과, Pseudomonas sp.로 분류 되었으며, Pseudomonas sp. GENECO 1으로 명명하였다. Bioscreen C를 이용하여 디젤 분해를 위한 배양 조건을 조사한 결과 최적 배양온도는 $30^{\circ}C$, 초기 pH는 7.0로 나타났다. Gas chromatography를 이용한 배양 시간별 잔류 디젤 성분분석 결과 96시간 이내에 1.0%의 디젤을 95%이상 분해하였다.

• 식물병연구
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• 제11권2호
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• pp.135-139
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• 2005

한국의 남부지방에 소재하는 대부분의 매실 과수원에서 매실궤양병이 발견되었다. 감염된 나무에서는 과실에 검은 반점과 함께 잎에는 갈색 병반을 보이며, 감염된 줄기나 가지의 균열에서 붉은색의 세균 유출액이 흘러나오는 등 일반적으로 알려져 있는 궤양병의 징후가 나타났다. 16지역에서 분리한 38개 균주에 대하여 생리, 생화학적 특성을 (LOPAT과 GATTa실험)조사하고 16S rDNA 및 ITS 염기서열을 분석함으로써 매실궤앙병의 원인 세균을 동정하였다. 이 결과와 병원성 검정을 통해 한국에서 매실에 궤양병을 일으키는 원인 세균은 Pseudomonas syringae pv. morspnnorum임을 알 수 있었다.