• 제목/요약/키워드: ITS1-ITS4

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형태적.분자생물학적 방법에 의한 Phellinus linteus의 동정에 관한 연구 (Identification of Phellinus linteus by Morphological Characteristics and Molecular Analysis)

  • 김상희;김수호;성재모
    • 한국균학회지
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    • 제27권5호
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    • pp.337-340
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    • 1999
  • rDNA내의 ITS region의 염기서열 분석 결과를 토대로 19종의 Phellinus 속균중 Phellinus linteus를 특이적으로 동정할 수 있는 primer를 제작하였다. 이 특이 primer는 ITS1과 ITS2내에 위치하며 이들 spacer region에 인접해 있는 universal Primer내에 위치해 있다. 총 4개의 Primer(universal primer인 ITS-1F와 ITS-4 그리고 특이 primer인 PL-F와 PL-R)가 한국에서 채집된 Phellinus 속균중 Phellinus linteus를 동정하는데 사용되었다. Phellinus linteus의 증폭된 DNA크기는 800bp(ITS-1F/ITS-4)와 720 bp(ITS-1F/PL-R과 PL-F/ITS-4)에 해당하는 2개의 band, 그리고 610 bp(PL-F/PL-R)인 것으로 나타났다. 한국에서 채집된 23종의 Phellinus속균중 13종이 Phellinus linteus인 것으로 확인되었다.

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DNA-barcoding을 이용한 제주도 자생 독성 식물 19종의 종 식별 및 데이터베이스 구축 (Identification of 19 Species of Poisonous Plants from Jeju Island and Construction of a Database Using DNA-barcoding)

  • 권은채;김주영;장미화;이민지;문서현;이원해
    • 한국자원식물학회지
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    • 제35권2호
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    • pp.346-361
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    • 2022
  • 독성 식물로 인한 식중독 사고는 매년 발생하고 있으며, 일부 독성 식물은 식용 식물로 오인 섭취되어 식중독을 유발하기 때문에 독성 식물의 정확한 종 식별이 요구되고 있다. 이러한 요구에 따라 감정기관에서는 독성 식물의 종 식별에 적합한 DNA 바코드를 찾아 신속하고 정확한 종 식별에 활용할 수 있는 데이터베이스를 구축하는 것이 필요한 실정이다. 따라서 본 연구는 다양한 독성 식물에서 DNA 바코드 구간의 염기서열을 확보하고, 각각에 적합한 DNA 바코드를 확인하여 데이터베이스를 구축하고자 하였으며, 기초 연구로써 제주도에 자생하는 독성식물 19종을 선정하여 7개의 DNA 바코드 (trnH-psbA, trnL-trnF, trnL intron, rbcL, matK, ITS1-ITS4, 18S rRNA)를 이용한 종식별을 수행하였다. 종 식별 결과 trnL-trnF 바코드와 ITS1-ITS4 바코드가 PCR 증폭 및 염기서열 획득에 가장 용이하였으며, 두 개의 바코드를 조합하여 사용하면 19종 중 18종의 식물에서 단일 종 식별이 가능하였다. 따라서 미지의 독성 식물에 대한 감정이 의뢰되었을 때 trnL-trnF 바코드와 ITS1-ITS4 바코드를 조합하여 사용하면 신속한 종 식별에 도움이 될 것으로 사료된다. 본 연구에서 제시된 독성식물 19종의 염기서열 및 DNA 바코드 데이터베이스는 더욱 신속하고 정확한 독성 식물의 종 식별 감정에 도움이 될 것이다.

The modulation of TRPV4 channel activity through its Ser 824 residue phosphorylation by SGK1

  • Lee, Run-Jeoung;Shin, Sung-Hwa;Chun, Jae-Sun;Hyun, Sung-Hee;Kim, Yang-Mi;Kang, Sang-Sun
    • Animal cells and systems
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    • 제14권2호
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    • pp.99-114
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    • 2010
  • With the consensus sequence information of the serum glucocorticoid-induced protein kinase-1 (SGK1) phosphorylation site {R-X-R-X-X-(S/T)$\Phi$; where $\Phi$ is any hydrophobic amino acid}, we noticed that the transient receptor potential vanilloid 4 (TRPV4) cation channel, a member of the TRP vanilloid subfamily, harbors the putative SGK1 phosphorylation site (on its Ser 824). We have demonstrated that TRPV4 is an SGK1 authentic substrate protein, with the phosphorylation on the Ser 824 of TRPV4 by SGK1. Further, using TRPV4 mutants (S824A and S824D), we noted that the modification of the Ser 824 activates its $Ca^{2+}$ entry, and sensitizes the TRPV4 channel to 4-$\alpha$-phorbol 12,13-didecanoate (4-${\alpha}PDD$) or heat, simultaneously enhancing its active state. Additionally, we determined that the modification of the Ser 824 controls both its plasma membrane localization and its protein interactions with calmodulin. Thus, we have proposed herein that phosphorylation on the Ser 824 of TRPV4 is one of the control points for the regulation of its functions.

Phylotype에 의한 수종의 Phellinus속의 분류체계 확립 및 종간구별을 위한 신속동정법 개발 (Taxonomical Classification and Species-specific Detection of Genus Some Phellinus using Phylotype)

  • 김성윤;이재윤;김기영;이기원;박재민;김문옥;이태호;이재동
    • 한국균학회지
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    • 제31권3호
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    • pp.121-128
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    • 2003
  • 국내 유통균주에 대한 Phellinus속의 분류체계를 확립하고 종간구별을 위한 신속동정법을 개발하기 위해 계통학적 정보를 지니고 있는 ITS1, 5.8S rRNA및 ITS2부위의 염기서열을 밝히고 ITS1과 ITS2 부위의 다양한 염기서열을 이용하여 종 특이적인 유전자 탐침을 개발하였다. 본 연구에서 조사된 바에 의하면, 상황버섯으로 시판되고 있는 국내유통균주는 총 9균주로서 P. pini가 4종, P. baumii가 3종, P. igniarius와 P. linteus가 각각 1종으로 확인되었으며 P. gilvus은 조사되지 알았다. 그 중 P. pini는 대부분 중국에서 수입된 제품이었고 P. igniarius를 포함한 P. baumii는 주로 북한산 제품으로 조사되었다. 한편 P. linteus와 P. baumii는 변이가 높은 ITS1 , ITS2 부위에서도 다른 종에 비하여 높은 상동성을 나타내어 종 특이적인 유전자 탐침이 유효하지 않은 반면에 P. igniarius, P. pini, P. gilvus종에 대한 detection primer로 각각 IF1-IR3, PF1-PF3, GF2-FR4 primer는 유전자 탐침이 유효함을 확인하였다. 유연관계가 아주 가까운 P. linteus와 P. baumii에 대한 정확한 분석을 위해서는 변이가 심한 ITS 부위와 보존성이 높은 18S rDNA 부위의 염기서열을 함께 분석, 비교하여야 가능하리라 사료된다.

꾸지뽕나무 열매의 숙기별 식품학적 특성 (Food nutritional characteristics of fruit of Cudrania tricuspidata in its various maturation stages)

  • 정기태;주인옥;최소라;유동현;노재종
    • 한국식품저장유통학회지
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    • 제20권3호
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    • pp.330-335
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    • 2013
  • 본 연구는 꾸지뽕나무 열매의 숙기에 따른 식품학적 가치를 분석하여 가공이용에 기초자료로 활용하고자 수행하였다. 꾸지뽕나무 열매의 과즙 pH는 4.2~5.1이고 총산은 1.4~2.0%이며 환원당은 5.4~8.6%이었다. 숙기가 진전됨에 따라 총산과 환원당 함량이 증가되었다. 꾸지뽕나무 열매의 일반성분을 보면 수분은 76.0~80.1%, 조단백질 2.2~3.5%, 조지방 1.7~2.9%, 회분 0.8~1.2%, 탄수화물 14.5~16.4% 이었다. 유리당은 glucose, fructose가 검출되었으며 적숙과와 과숙과에서 fructose가 glucose 보다 많이 함유되어 있었다. 유기산은 oxalic acid, citric acid, tartaric acid, malic acid, succinic acid가 검출되었으며 malic acid와 succinic acid가 성숙시기에 관계없이 가장 많이 함유되어 있었다. 무기성분은 Ca, Fe, K, Mg, Na, P 등이 검출되었고 K 함량이 836~1207 mg%로 가장 높았다. 비타민 C함량은 127.5~149.2 mg%이었으며 총 식이섬유함량은 22.7~38.7%이었으며 불용성 식이섬유가 수용성 식이섬유 보다 월등히 많았다. 총 폴리페놀과 플라보노이드 함량은 18.9~19.7mg%와 40.9~48.2mg%이었다.

국도상의 지능형교통시스템의 효과성 분석에 관한 연구 (A Study on the Effectiveness of Intelligent Transport Systems on National Highways)

  • 임성한;김현석;허태영
    • 한국산업정보학회논문지
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    • 제14권4호
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    • pp.205-212
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    • 2009
  • 현재 지능형교통시스템(Intelligent Transport Systems, ITS)은 교통시설에 대한 다양한 정보와 자료를 수집하여 가공할 수 있는 첨단교통시스템으로서 사회적 관심이 커지고 있으며, 고속국도 뿐 아니라 일반국도에도 ITS 인프라 구축이 활발히 진행되고 있다. 하지만 ITS 설치에 대한 명확한 효과 분석이 어려워 이에 대한 계량화된 방법론이 필요한 실정이다. 이에 본 연구에서는 익산지방국토관리청에서 관할하고 있는 국도 ITS 사업의 효과분석을 위해 경제성분석을 실시하였다. 분석기간을 10년, 할인률을 5.5%로 가정하였으며 효과척도로는 통행시간 절감, $CO_2$ 배출 절감, 연료 절감, 도로전광표지(Variable Message Sign, VMS) 정보의 가치를 선정하여 각 항목에 대한 계량화 방안을 마련하였다. 경제성 분석 결과 익산지방국토관리청의 ITS 구축사업은 편익/비용 비율이 1.20, 내부 수익률이 12.4%, 순 현재 가치가 14.8억원으로 나타나 ITS 구축이 경제성이 있는 것으로 나타났다.

대청 추출물의 항산화 효소 활성 및 항균 효과 (Antioxidant Enzyme Activity and Antimicrobial Activity of Isatis tinctoria Extract)

  • 허북구;박윤점;이승진;김관수;조자용;부희옥
    • 한국자원식물학회지
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    • 제25권5호
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    • pp.543-549
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    • 2012
  • 대청의 이용성 향상을 위한 자료 확보 측면에서 식물체 부위 및 추출 용매별에 따른 항산화 효소 활성 및 항균효과를 조사하였다. APX(Ascorbate Peroxidase) 활성은 줄기의 에탄올 추출물, 잎의 메탄올 추출물, 잎의 증류수의 추출물 순으로 높아 각각 1601.7, 1133.7 및 524.3(Unit/mg protein)을 나타냈다. CAT(Catalase) 활성은 꽃의 에탄올 추출물, 잎의 메탄올 추출물, 꽃의 증류수 추출물 순으로 높았는데, 각각 177.1, 120.8 및 55.4(Unit/mg protein)를 나타냈다. POD(Ascorbate Peroxidase) 활성은 꽃의 에탄올 추출물, 꽃의 메탄올 추출물, 줄기의 증류수 추출물 순으로 높았으며, 각각 27.1, 14.6 및 10.4(Unit/mg protein)를 나타냈다. SOD(superoxide dismutase) 활성은 뿌리의 증류수 추출물, 꽃의 메탄올 추출물, 뿌리의 에탄올 추출물 순으로 높았으며, 각각 90.8, 80.1, 75.5%를 나타냈다. 대청의 꽃 추출물은 Vibrio parahaemolyticus에 대해서만, 뿌리는 Staphy lococcus aureus에 대해서만, 줄기 추출물은 Bacillus subtilis, Escherichia coli, Staphy lococcus aureus에 대해서만 용매에 관계없이 항균활성을 나타냈다. 특히 대청 잎의 증류수 추출물은 Bacillus subtilis, Escherichia coli에 대해 높은 항균활성을 나타내어 저해환 직경이 각각 30.0 및 24.0 mm이었다. 이와 같은 결과는 약용식물로서 대청의 가치가 높음을 시사해 주었다.

Blastobotrys illinoisensis, an Unrecorded Anamorphic Yeast Strain Isolated from the Gut of the Earthworm Eisenia fetida

  • Ji Yun Son;Myung Kyum Kim
    • 한국균학회지
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    • 제50권4호
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    • pp.373-381
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    • 2022
  • Strain E4, an unrecorded species of dimorphic fungi, was isolated from the gut of earthworms collected in Gyeonggi Province, South Korea. Nucleotide sequence analysis of the D1/D2 region of the large subunit (LSU) rRNA gene and the internal transcribed spacer (ITS) region revealed that this species is a member of the genus Blastobotrys, Blastobotrys illinoisensis. Strain E4 differed from its closest known species, B. mokoenaii and B. malaysiensis, by harboring 3-5 and 12-14 nucleotide substitutions in the D1/D2 and ITS regions, respectively. Phylogenetic analysis based on concatenated sequences of the D1/D2 region of the LSU rRNA gene and the ITS region also indicated that strain E4 belongs to the Blastobotrys clade and is distinct from other related species in the clade. The previously unreported isolate could be distinguished from closely related species by its inability to ferment carbon sources. To our knowledge, this is the first report on the isolation of Blastobotrys species from the gut of earthworms in Korea. The strain used was E4 (=KCTC 27831=JCM 33428).

The Role of Substituents of ar-Turmerone for its Anticancer Activity

  • Oh, Won-Geun;Baik, Kyong-Up;Jung, Sang-Hun;Ahn, Byung-Zun
    • Archives of Pharmacal Research
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    • 제15권3호
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    • pp.256-262
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    • 1992
  • For the evaluation of the role of substituents of ar-turmerone for its anticancer activity, ar-turmerone (1a) and its analogs like 2-methyl-6-(4'-methyphenyl)-2-octen-4-one (1b), 2-methyl-6-phenyl-2-hepten-4-one (1c), 2-methyl-6-phenyl-2-octen-4-one (1d) and 2 methyl-6-(trans-4'-methylcyclohexyl)-2-hepten-4-one (1e) were preparedd and their cytotoxic activities against $L_{1210}$ cell were determined. Omission of methyl group at para-position dose not variate the cytotoxicity of ar-turmerone. Elongation of alkyl group at 6-position decreases $ED_{50}$ value. Saturation of aromatic ring of ar-turmerone markedly decreases the cytotoxicity. Therefore the smaller size of alkyl group at 6-position and aromatic ring of ar-turmerone should be essential for exhibiting its anticancer activity.

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분자생물학적 자료에 의한 한국산 개발나물속의 분류학적 고찰 (Taxonomic Review of the Umbelliferous genus Sium L. in Korea: Inferences based on Molecular Data)

  • 이병윤;이정란;고성철
    • 식물분류학회지
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    • 제40권4호
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    • pp.234-239
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    • 2010
  • 핵 리보좀 DNA ITS 구간의 염기서열 정보를 이용하여 한국산 산형과 개발나물속의 분자 계통학적 연구를 수행하였다. ITS 계통수는 한반도 고유종인 대암개발나물(S. heterophyllum)이 한반도에 생육이 보고된바 없는 러시아 우수리지역의 고유종인 S. tenue와 동일한 종임을 밝혔다. ITS 1과 ITS 2 구간의 염기서열 비교시 S. tenue와 인천 문수산에 생육하고 있는 대암개발나물이 100% 일치함을 확인할 수 있었다. 또한 ITS 구간의 염기서열은 최근 신종으로 발표된 세잎개발나물(S. ternifolium)이 개발나물속의 다른 분류군과 뚜렷하게 구별됨을 지지하고 있었다. 세잎개발나물은 유연관계가 가장 가까운 일본 고유종 S. serra의 ITS 염기서열 비교시 1.4와 1.6%의 차이점을 가지고 있음이 확인되어 종으로서의 처리가 적합함을 확인할 수 있었다.