• Mycobiology
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• 제28권1호
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• pp.11-16
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• 2000

The nucleotide sequences of the internal transcribed spacer (ITS) regions of the ribosomal DNA including the 5.8S ribosomal RNA gene (rDNA) have been determined for 11 species in order to analyze their intrageneric relationships. The total length of these sequences ranged from 530 nucleotides for Trichoderma reesei KCTC 1286 to 553 nucleotide for Trichoderma koningii IAM 12534. Generally speaking, the length of ITS1 region was about 30 nucleotides longer than that of the ITS2 region. Also, the sequences of 5.8S rDNA were more conserved in length and variation than those of ITS regions. Although the variable ITS sequences were often ambiguously aligned, the conserved sites were also found. Thus, a neighbor-joining tree was constructed using the full sequence data of the ITS regions and the 5.8S rDNA. The Trichoderma genus used to be grouped on the basis of the morphological features and especially the shape of phialides needs to be reexamined. The phylogenetic tree displayed the presence of monophylogeny in the species of Trichoderma. Therefore, it was difficult to distinguish the intrageneric relationships in the Trichoderma genus.

• Mycobiology
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• 제29권3호
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• pp.121-131
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• 2001

This study was carried out to identify the phylogenetic relationships among several caterpillar fungi by comparing the sequences of internal transcribed spacer regions(ITS1 and ITS2) and 5.8S ribosomal DNA(rDNA) repeat unit. The sequences of ITS1, ITS2, and the 5.8S rDNA from 10 strains of Cordyceps species, 12 strains of Paecilomyces, 3 strains of Beauveria, 2 strains of Metarhizium and 1 strains of Hirsutella were amplified, determined and compared with the previously known Cordyceps species. The sequences of 5.8S rDNA were more conserved in length and variation than those of ITS regions. Although the variable ITS sequences were often ambiguously aligned, the conserved sites could be found. In the phylogenetic tree, the species generally divided into three clusters, supported by their morphology and/or host ranges. The 5.8S rDNA and TTS1 sequences among 10 species of Cordyceps militaris were identical and only one base pair in ITS2 sequence was different. Cordyceps sinensis and Cordyceps ophioglossoides were also clearly different, although they belonged to the same cluster. The Geniank database search of species revealed sister taxa of an entomogenous fungus. Metarhizium was used as an putgroup in all taxa.

• 생명과학회지
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• 제22권8호
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• pp.1120-1125
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• 2012

국내에 자생 중인 큰엉겅퀴(Cirsium pendulum)를 강원도의 홍천, 원주, 평창, 양양 및 경기도 가평과 충청북도의 충주에서 채취하고, 고려엉겅퀴(Cirsium setidens)를 강원도의 태백 및 경상북도의 봉화에서 채취하였다. 채취된 식물들의 genomic DNA를 분리하여서 18S rDNA, ITS1, 5.8S rDNA, ITS2 및 28S rDNA의 일부를 증폭하고, 그 염기서열을 분석하였다. 이렇게 얻어진 염기서열을 GenBank에 등록하고, 서로 비교해 보았다. 그 결과 큰엉겅퀴는 6개체 모두에서 18S rDNA 및 5.8S rDNA의 염기서열은 서로 완전히 일치하고 있으나, ITS1과 ITS2의 염기서열에서는 약간의 차이를 보였다. 고려엉겅퀴의 경우에는 18S rDNA, ITS1 및 ITS2에서 2개체가 서로 비교적 큰 차이를 보였다. 일본의 홋카이도에서 채취된 큰엉겅퀴와 중국의 안휘성에서 채취된 엉겅퀴(Cirsium japonicum)를 포함하여서 ITS1과 ITS2 염기서열을 비교한 결과, 엉겅퀴, 큰엉겅퀴, 고려엉겅퀴는 확연하게 서로 다른 그룹을 형성하는 것으로 나타났다. 또한 채취된 큰엉겅퀴 및 고려엉겅퀴들의 silymarin 함량을 분석해 본 결과, 모두에서 그 함량이 2 mg/ml가 넘는 것으로 나타났다. 따라서 엉겅퀴뿐만 아니라 큰엉겅퀴나 고려엉겅퀴도 여러 가지 약리작용을 가진 것으로 보고된 silymarin을 상당히 높은 농도로 함유하고 있는 것으로 나타났다.

• 한국균학회지
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• 제27권2호통권89호
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• pp.124-131
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• 1999

본 실험은 진흙버섯류 7종 15균주에 대한 5.85 rDNA와 ITS 부위의 염기서열을 비교 분석함으로서 종간 및 종내의 유연관계를 조사하였다. 5.8S rDNA와 ITS 부위를 증폭하고자 18S rDNA의 3'말단 부위와 28S rDNA의 5'말단 부위에 두 개의 primer를 이용하여 PCR증폭을 행하였다. 5.8S rDNA와 ITS 부위를 증폭하여 염기서열을 비교 분석한 결과 본 실험에 공시된 Phellinus속의 제균종은 크게 4개의 cluster를 형성하였다. 첫 번째 cluster는 Phellinus hartigii IMSNU 32041, Phellinus robustus IMSNU 32068로 이루어졌고, 두 번째 cluster는 Phellinus linteus KCTC 6190, IMSNU 31014, DGUM 25003, DGUM 25004, Phellinus sp. DGUM 25007, Namsan No. 1과 Phellinus weirianus IMSNU 32021, 세 번째 cluster는 Phellinus laevigatus KCTC 6229, KCTC 6230과 Phellinus igniarius KCTC 6227, KCTC 6228로 이루어졌으며, Phellinus chrysoloma KCTC 6225와 KCTC 6226이 마지막 cluster를 형성하였다. 결과적으로 ITS 염기서열의 결과만으로 볼 때 Phellinus linteus와 Phellinus weirianus는 명확하게 종 단위의 개념을 정립할 수 없었다. 따라서 정확한 분류를 위해 생리학적, 분자생물학적 인 분류방법이 첨가되어야 하며, type strain에 대한 ITS 염기서얼도 결정되어야 한다. Phellinus속의 균들에서는 ITS2부위에 비해 ITS1부위의 변이율이 높았다. ITS 염기서열은 종 구분에 유용한 도구이며, 다른 균종들과 비교해 보았을 때 Phellinus linteus와 Phellinus weirianus에서만 ITS1 부위에서 특이적인 염기서열을 가지고 있었다.

• Journal of Photoscience
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• 제8권2호
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• pp.55-60
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• 2001

Ginseng (Panax genus) is one of the most medicinally important genera and consists of highly regarded medicines. Among the species of Panax, the ginseng species is widely known to have most medicinal quality. P. ginseng has 3 varieties, Jakyung, Chunggyung and Hwangsook, discovered in nature with different colors of stem and fruit, Jakyung has two cultivars, Yunpoong and Chunpoong. Rigorous phylogenetic analysis of these varieties and cultivars has been conducted with sequencing of rDNA region. The sequences of ITS1, ITS2 of every varieties and cultivars within P. ginseng were identical. The sequence of 5.8S rDNAs of Hwangsook variety were different from the sequences of 5.8S rDNAs of others by only one base pair at nucleotide position 14. In phylogenetic analysis and predicted RNA secondary structure study, it is assumed that evolution has proceeded from Hwangsook to other varieties. recently.

• 생명과학회지
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• 제13권4호
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• pp.400-411
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• 2003

5.8S rDNA를 포함한 ITS부위에 대한 염기서열 분석결과, 종에 따라 다양한 염기서열을 가지고 있어 분류에 이용될 수 있었으며, 특히 ITS2부위보다 ITS1부위에서 종에 대한 변이율이 높은 것으로 나타났다. 아울러 균종에 따라 정도의 차이는 있으나 사용된 모든 종들이 서로 계통분류학적 거리가 멀어서 종간의 구분이 명확하게 나타났다. P. tenuipes, I. japonica, P. japonicus는 multiple alignment분석에서 매우 유사한 염기서열을 가지고 있어, 이들 세종은 같은 종이지만 다른 이름으로 불리고 있는 것으로 나타났으며, 아울러 Paecilomyces sp. KACC 40220과 KACC 40656도 동일한 염기서열을 가지고 있어 p. tenuipes로 판단된다. 국내에서 유통되는 동충하초제품 35건과 중국산 1건에 대해 실험한 결과 23건은 P. tenuipes / japonica로, 11건은 C. militaris로, 1건은 B. bassiana로 분류되었으며, 중국산 제품 1건은 C. multiaxialis로 분류되었다.

• 생명과학회지
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• 제26권11호
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• pp.1341-1344
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• 2016

보길도에서 자라고 있는 황칠나무(Dendropanax morbifera)를 구입하여, 캘러스로 유도한 후, ribosomal DNA(nrDNA)의 internal transcribed spacer (ITS) region의 염기서열을 결정하였다 보길도의 황칠나무(Dendropanax morbifera)의 ITS region의 염기서열을 분석한 결과, 총 689염기를 결정하였다. 결정된 689염기 중에서 ITS1은 222 개염기, 5.8S rDNA는 160염기, ITS2는 233염기인 것으로 판명되었다. GenBank의 BLAST 프로그램(http://www.ncbi.nlm.nih.BLAST)을 사용하여 GenBank/EMBL/DDBJ에 등록되어 있는 Dendropanax 속 33의 염기서열을 수집한 후 multiple alignment를 수행한 결과, 유사도는 99.7%(D. chevalieri)에서 92.6%(Dendropanax arboreus)로 나타났으며, 일본황칠나무(D. trifidus)와는 유사도가 99.4%로 판명되었다.

• International Journal of Industrial Entomology and Biomaterials
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• 제5권1호
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• pp.85-91
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• 2002

The sequences of the internal transcribed spacers (ITS1 and ITS2) and 5.8S ribosomal DNA gene from five Cordyceps species and one Paecilomyces japonica were determined. The total length of the ITSI, 5.8S and ITS2 regions ranged from 528 to 549 bp. When the C. militaris collected from Korea was used as a standard genotype, the sequence showed 88.4%, 88.6%, 91.1% and 86.8% identity to C. pruinosa, C. sphecocephala, C. scarabaeucika and R japonica, respectively, while the lowest identity was found with C. sinensis (75.4%). Interestingly, C. sinensis was phylogenetically distant from the other Cordyceps species. To test geographic variation, furthermore, sequences of the ITS regions in the 8 samples of C. militaris collected from two localities in Korea and China analyzed and compared with the GenBank-searched sequences from Japan and China. The total length of the ITS regions of C. militaris from Korea, Japan and China was completely identical to each other with 528 bp, and the sequence divergence among three localities in pairwise comparisons ranged from 0.2% (1 bp) to 0.4% (2 bp).

• Ocean Science Journal
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• 제40권3호
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• pp.155-166
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• 2005

New PCR primers (N=18) were designed for the isolation of complete SSU to LSU rDNA sequences from the dinoflagellate Alexandrium tamarense. Standard PCR, employing each primer set selected for amplifications of less than 1.5 kb, successfully amplified the expected rDNA regions of A. tamarense (Korean isolate, HY970328M). Complete SSU, LSU rDNAs and ITS sequences, including 5.8S rDNA, were recorded at 1,800 bp, 520 bp and 3,393 bp, respectively. The LSU rDNA sequence was the first report in Alexandrium genus. No intron was found in the LSU rRNA coding region. Twelve D-domains within the LSU rDNA were put together into 1,879 bp (44.4% G+C), and cores into 1514 bp (42.8% G+C). The core sequence was significantly different (0.0867 of genetic distance, 91% sequence similarity) in comparison with Prorocentrum micans (GenBank access. no. X16108). The D2 region was the longest in length (300 bp) and highly variable among the 12 D-domains. In a phylogenetic analysis using complete LSU rDNA sequences of a variety of phytoplankton, A. tamarense was clearly separated with high resolution against other species. The result suggests that the sequence may resolve the taxonomic ambiguities of Alexandrium genus, particularly of the tamarensis complex.

• 식물분류학회지
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• 제43권1호
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• pp.63-68
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• 2013

소나무속내 속생 잎의 수가 1개인 종류와 한 개체에서 2~3개의 속생 잎 수를 갖는 종류의 기원을 밝히고자 ITS DNA 지역의 염기서열을 조사하였다. 또한 속생 잎 수 변이가 출현하는 지역에서 생육하는 소나무, 리기다소나무 그리고 잣나무 등의 동일지역 염기서열을 비교 조사하였다. 확인된 ITS1, 5.8S 그리고 ITS2 DNA 등 3지역의 총 길이는 종류에 따라서 580~584 염기이었으며, ITS1 지역에서 가장 변이가 크게 나타났다. 5.8S 지역은 잣나무의 2개 염기 치환을 제외하면 조사된 모든 종류에서 일치하였다. 조사된 일부 ITS1 지역은 5.8S 위쪽으로 종에 따라 181~185 염기이며, 1개 또는 2~3개의 속생 잎 수를 갖는 변이들은 소나무와 동일한 염기서열로 확인되었다. ITS2 지역은 모두 237 염기이며, 소나무와 잎 변이들의 염기서열은 일치하였다. 확인된 염기서열을 이용하여 유집분석을 수행한 결과는 소나무와 속생 잎 수 변이들이 유사도 100%로 유집되었다. 따라서 조사된 속생 잎 수 변이들은 소나무의 속생 잎 수 변이로 최종 판별되었다.