• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제23권6호
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• pp.739-749
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• 2013

The seasonal and spatial diversity of picocyanobacteria (Pcy) in lakes of the Great Mazurian Lakes (GLM) system was examined by DGGE analysis of molecular markers derived from the 16S-23S internal transcribed spacer (ITS) of the ribosomal operon and the phycocyanin operon (cpcBA-IGS). The study of nine lakes, ranging from mesotrophy to hypereutrophy, demonstrated seasonal variance of Pcy. The richness and Shannon diversity index calculated on the basis of both markers were higher in spring and lower in early and late summer. No statistically significant relationships were found between the markers and trophic status of the studied lakes or Pcy abundance. There were, however, statistically significant relationships between the diversity indices and sampling time. The analysis pointed to a different distribution of the two markers. The ITS marker exhibited more unique sequences in time and space, whereas a greater role for common and ubiquitous sequences was indicated by the cpcBA-IGS data. Examination of the Pcy community structure demonstrated that communities were grouped in highly similar clusters according to sampling season/time rather than to the trophic status of the lake. Our results suggest that time is more important than trophic status in shaping the diversity and structure of Pcy communities. The seasonal changes in picocyanobacteria and differences in diversity and community structures are discussed in the context of well-established ecological hypotheses: the PEG model, intermediate disturbance hypothesis (IDH), and horizontal gene transfer (HGT).

• 한국균학회지
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• 제40권3호
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• pp.141-144
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• 2012

자연환경에서 분포하고 있는 효모의 mycoflora를 확인하고 궁극적으로 이들을 고부가가치의 산업에 응용하기 위한 연구의 일환으로 대전과 인근 충남지역 일부의 야생화들을 채집하여 효모들을 분리, 동정하였다. 대전지역 야생화 42점에서 32종의 효모들을 54균주 분리하였고 이들 중 Cryptococcus 속균과 Phodotonula 속균 등이 우점균이었으며 Metschnikowia 속균과 같이 희귀 효모들을 20여종 분리하였다. 대전 인근의 충남 금산군과 논산군 일부지역의 야생화 28점에서 모두 18종의 효모들을 26균주 분리하였다. 이들 균 중에서 Candida 속균과 Pseudozyma 속균 등이 우점균으로 분리되었다.

• BMB Reports
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• 제37권5호
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• pp.538-545
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• 2004

A new CRT binding factor (CBF) gene designated Cbcbf25 was cloned from Capsella bursa-pastoris, a wild grass, by the rapid amplification of cDNA ends (RACE). The full-length cDNA of Cbcbf25 was 898 bp with a 669 bp open reading frame (ORF) encoding a putative DRE/CRT (LTRE)-binding protein of 223 amino acids. The predicted CbCBF25 protein contained a potential nuclear localization signal (NLS) in its N-terminal region followed by an AP2 DNA-binding motif and a possible acidic activation domain in the C-terminal region. Bioinformatic analysis revealed that Cbcbf25 has a high level of similarity with other CBF genes like cbf1, cbf2, and cbf3 from Arabidopsis thaliana, and Bncbf5, Bncbf7, Bncbf16, and Bncbf17 from Brassica napus. A cold acclimation assay showed that Cbcbf25 was expressed immediately after cold triggering, but this expression was transient, suggesting that it concerns cold acclimation. Our study implies that Cbcbf25 is an analogue of other CBF genes and may participate in cold-response, by for example, controlling the expression of cold-regulated genes or increasing the freezing tolerance of plants.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제32권4호
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• pp.334-340
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• 2004

본 연구는 환경조건에 따른 지의류분포에 대한 기초 자료를 얻고자 수시로 해수와 접하는 지역의 해안가 암석과 해안에서 약 20 m 이상 떨어진 곳에 위치한 노지암석에서 살아가는 지의류를 대상으로 처음 수행되었다. rDNA ITS clone 유전자의 염기서열 및 형태학적 분석을 기초로 하여 비교 분석한 결과 해수와 직법 접하는 곳에 위치한 암석에서는 9과(family) 15 속(genus)에 속하는 지의류가 분포되어 있었고, 노지암석에서는 10과 14 속에 속하는 지의류가 분포되어 그 다양성에 있어 큰 차이가 없었다. Parmeliaceae 과에 포함된 것 중 엽상형(foliose)인 Phaeophyscia, physcia, Pyxine와 Parmeliaceae과에 속하는 Xanthoparmelia가 해안가 암석에 분포하는 대표적인 지의류로 나타났고, 수지상(fruticose) 지의류로는 Ramalinaceae과에 속하는 Ramalina 속 2종이 유일하게 분포하고 있음이 밝혀졌다. 가상형 (crustose) 지의류는 Lecanora속이 대표적인 해안가 암석에 분포하는 지의류로 나타났다. 반면, 노지암석위의 흙이나 이끼 낀 곳에서 발견되었으나 해안가 암석에서 발견되지 않은 지의류로는 엽상형인 Cladonia, 수지상 지의류인 Sterocaulon, 가상형 지의류인 Porpidia로 조사되었다. 가상형(crustose) 지의류인 Caloplaca, Candelaria, Dirinaria, Graphis, Rhizocarpon, Pertusaria 등이 해안가 암석에 분포하고 있음이 확인되었으나 매우 드물게 나타났으며 이들 지의류 모두는 해안가에서 비교적 멀리 떨어진 노지암석에서 대부분 분포하고 있음이 밝혀졌다.

• 식물병연구
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• 제19권3호
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• pp.229-232
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• 2013

경상남도농업기술원 시험포장에서 S. rolfsii에 의한 오이 흰비단병 증상이 발생하였다. 전형적인 병징으로 시들음, 썩음, 줄기와 과실 수침상을 보였고 감염된 식물체는 결국 시들어 말라 죽었다. 병반부와 토양 표면에 흰색의 곰팡이가 발생하며 갈색의 작고 둥근 균핵이 형성되었다. 감자한천배지에서 균총은 흰색이고 잘 자라며 배양기간이 경과됨에 따라 갈색의 작은 둥근 균핵을 많이 형성하였다. 균핵의 크기는 1-3 mm이며 균사의 폭은 4-8 ${\mu}m$였다. 균사생육과 균핵 형성 적온은 $30^{\circ}C$이었다. 주사전자현미경 검경결과 균사 특유의 clamp connection이 관찰되었다. 코흐의 가설을 만족하기 위해, 50일간 키운 오이 유묘를 이용하여 병원성 검정을 실시한 결과 흰비단병 특유의 병징을 유도하였다. 오이에서 발생한 병징과 병원균의 균학적 특징, 그리고 ITS rDNA 염기서열 비교분석 결과, 이 병을 Sclerotium rolfsii Saccardo에 의한 오이 흰비단병으로 명명하고자 제안한다.

• Bulletin of the Korean Chemical Society
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• 제28권8호
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• pp.1317-1321
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• 2007

Arginine conjugated PAMAM dendrimer, PAMAM-R was modified with propylene oxide via hydroxylation of primary amines of arginine residues. About 49 amines were detected to be converted to amino alcohols by 1H NMR. The newly synthesized polymer, PAMAM-R-PO was able to completely retard pDNA from a charge ratio of 2. The average diameter of PAMAM-R-PO polyplex was found to be 242 nm at a charge ratio of 30. The Zeta-potential value of PAMAM-R-PO polyplex was able to reach 20-30 mV over a charge ratio of 10. PAMAM-R-PO indicated higher cell viability than unmodified PAMAM-R on HeLa and 293 cells because of its hydroxylated amines. Transfection experiments on 293 cells showed that the transfection efficiency of PAMAM-R-PO was found to be 1.5-1.9 times higher than that of PEI25kDa at a charge ratio of 30. The polymer eventually displayed about 2 times greater transfection efficiency than PAMAM-R at the same charge ratio in the absence of serum. Therefore, we concluded that the modification of primary amines of PAMAMR to amino alcohols gives positive effects such as reduced cytotoxicity and enhanced transfection efficiency on 293 cells for gene delivery potency of PAMAM-R.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제54권1호
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• pp.55-60
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• 2016

The aim of the present study is to determine the characteristics of genotype and phenotype of Echinococcus granulosus derived from wild sheep and to compare them with the strains of E. granulosus sensu stricto (sheep-dog) and E. granulosus camel strain (camel-dog) in Iran. In Khojir National Park, near Tehran, Iran, a fertile hydatid cyst was recently found in the liver of a dead wild sheep (Ovis orientalis). The number of protoscolices (n=6,000) proved enough for an experimental infection in a dog. The characteristics of large and small hooks of metacestode were statistically determined as the sensu stricto strain but not the camel strain (P=0.5). To determine E. granulosus genotype, 20 adult worms of this type were collected from the infected dog. The second internal transcribed spacer (ITS2) of the nuclear ribosomal DNA (rDNA) and cytochrome c oxidase 1 subunit (COX1) of the mitochondrial DNA were amplified from individual adult worm by PCR. Subsequently, the PCR product was sequenced by Sanger method. The lengths of ITS2 and COX1 sequences were 378 and 857 bp, respectively, for all the sequenced samples. The amplified DNA sequences from both ribosomal and mitochondrial genes were highly similar (99% and 98%, respectively) to that of the ovine strain in the GenBank database. The results of the present study indicate that the morpho-molecular features and characteristics of E. granulosus in the Iranian wild sheep are the same as those of the sheep-dog E. granulosus sensu stricto strain.

• 식물분류학회지
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• 제36권3호
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• pp.189-207
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• 2006

로젯사철란(G. rosulacea Y. Lee)은 애기사철란과 유사하나 로젯트형의 잎, 짧은 땅속줄기와 서식지 등의 특징에 의해 한국산 사철란속(Goodyera R. Br.) 내의 신종으로 기재된 바 있다. 로젯사철란의 분류군의 실체와 근연종간의 유연관계를 파악하기 위하여 군외군을 포함한 24개의 사철난속 식물을 대상으로 핵 리보좀(ribosomal)의 DNA internal transcribed spacer와 엽록체 DNA의 trnL 구간의 염기서열을 분석하였다. 분류군의 실체와 근연종간의 유연관계는 정렬된 염기서열을 바탕으로 최대절약분석(Maximum parsimony analysis)와 근연결합법(Neibour Joining method)에 의한 계통수 및 고유 표지유전자 여부로 추정하였다. 분석 결과 로젯사철란은 다수의 고유한 표지유전자를 가지며, ITS와 trnL 계통수에서 모두 단계통군을 형성하였다. 로젯사철란과 한국산 사철란속 내 각 분류군간의 유전적 거리(pairwise distance)는 ITS에서 3.49-6.68, trnL에서 5.05-9.53으로서 독립된 종으로 간주하기에 무리가 없었다. 따라서 분자적 결과는 로젯사철란을 사철란속내 독립된 종으로 처리하는 것을 지지하였다. 계통수에서 로젯사철란은 형태적으로 유사한 애기사철란(G. repens)과 동일한 분계조를 형성하였고, 유전적 거리도 조사한 분류군들 중 가장 낮은 값을 나타냈으므로 가장 가까운 근연분류군임을 나타내었다.

• 한국지하수토양환경학회지:지하수토양환경
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• 제11권1호
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• pp.1-6
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• 2006

환경 내에서 생물학적 복원을 이해하기 위해서는 미생물 기능성 군집 및 활성을 분석하는 것은 필수적이다. 본 연구에서는 유류오염 토양의 미생물 군집을 모니터링하기 위하여 난분해성 물질의 생물학적 분해에 관여하는 100개의 알려진 대사경로 및 유전자를 기반으로 한 oligonucleotide microarray를 개발하였다. 본 연구에 사용된 microarray는 유류오염 분해 대사에 관련된 유전자를 진단하기 위한 15개의 고유한 probe를 포함하고 있다. 디자인된 probe의 hybridization specificity는 표준 균주, Pseudomonas aeruginosa KCTC1636을 이용하여 확인 하였으며, 유류오염토양 시료의 분석결과 alkane, naphthalene, biphenyl, pyrene(PAH ring-hydroxylating) 분해에 관련된 8개의 유전자 발현을 확인 하였다. 이러한 결과는 DNA microarray가 유류오염토양환경에서 생물학적 분해유전자 진단에 효과적으로 이용될 수 있을 뿐만 아니라 생물학적 복원의 가능성을 진단하기에도 적합한 기법이라는 것을 나타내고 있다.

• 미생물학회지
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• 제46권1호
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• pp.104-108
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• 2010

Leucine-responsive regulatory protein (Lrp)는 대장균 (Escherichia coli)에서 발견된 '글로벌 조절자(global regulator)'로서 Lrp-regulon이 leucine에 의하여 상이한 형태의 조절 양상을 나타낸다. 6XHis-tag 시스템으로 제조한 야생형 Lrp (Lrp Wt)와 돌연변이 Lrp (Lrp R145W) 단백질을 정제하여 그들의 생화학적 성질을 조사하였다. 이들은 gel retardation assay를 통하여 ilv 오페론의 프로모터 영역 consensus 염기서열인 21bp의 이중가닥 DNA와 결합하여 복합체를 형성하는 것을 확인 하였다. 형광성 아미노산인 tryptophan을 지닌 Lrp R145W은 단백질의 농도가 증가함에 따라 형광이 커졌으며, 아미노산 leucine에 의하여 형광성의 변화가 관찰되었다. 즉 1 ${\mu}M$의 Lrp R145W 단백질에 leucine을 첨가하여 결합시키면 약 20 ${\mu}M$까지는 형광이 증가하다가 그 이상의 농도에서는 감소하는 양상을 얻었다. 이들 실험 결과는 leucine과 Lrp의 결합 양상 및 구조변이에 관한 심층연구에 있어서 Lrp의 고유 형광성이 요긴하게 쓰일 수 있음을 시사한다.