• 한국식물병리학회:학술대회논문집
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• 한국식물병리학회 2002년도 총회 및 추계학술발표회
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• pp.95.2-96
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• 2002

• BMB Reports
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• 제43권6호
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• pp.400-406
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• 2010

Cancer/testis (CT) antigens exhibit highly tissue-restricted expression and are considered promising targets for cancer vaccines. Here we identified a novel CT gene ZNF645 which restrictively expresses in normal human testes and lung cancer patients (68.3%). To investigate the promoter methylation status of ZNF645, we carried out bisulfite genomic sequencing and found that the CpG island in its promoter was heavily methylated in normal lung tissues without the expression of ZNF645, whereas there was high demethylation in normal human testes and lung carcinoma tissues with its expression. Also ZNF645 could be remarkably activated in A549 and HEK293T cells treated by DNA demethylation agent 5'-aza-2'-deoxycytidine. And the dual luciferase assay revealed that the promoter activity of the ZNF645 was inhibited by methylation of the CpG island region. Therefore, we proposed that ZNF645 is a CT gene and activated in human testis and lung cancers by demethylation of its promoter region.

• 생명과학회지
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• 제17권3호통권83호
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• pp.318-327
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• 2007

본 연구는 여수연안해역에서 채 집 한 보름달 둥근 물해파리를 대상으로 ITS 부위와 미토콘드리아 유전자 염기서열을 이용하여 계통유연관계를 보왔다. ITS 부위를 증폭시키 기 위하여 F5와 R5 primer, 미토콘드리아 COI 유전자 증폭을 위하여 LCO1490과 HCO2198 primer를 사용했다. 증폭은 ITS에서 267 bp, COI에서 643 bp로 나타났다. 한국산 물해파리와 미국 캘리포니아에서 채집한 Aurelia sp.가 유전적 거리가 가장 짧은 0.023을 보인 반면에, 한국산과 미국산, 스웨덴산 물해파리는 동일한 종이지만 유전적 거리가 0.393에서 0.395로 매우 먼 것으로 나타났다. COI유전자의 경우 한국산과 영국산, 터어키산, 스웨덴산, 미국산 물해파리의 유전적 거리 범위는 0.201에서 0.205로 나타났다. 그러나 한국산과 미국산의 bootstrap은 100% 자매군으로 보였다. COI 유전자에 대한 한국산과 미국산 2차 RNA folding 구조를 볼 때 동일한 에너지 하에서도 상이한 2차 folding을 보였다. 따라서 ITS1과 COI 유전자는 보름달 둥근 물해파리 개체군의 생물지리학적 분포 조사를 위하여 유용한 도구로 활용될 것으로 추측된다.

• Journal of Crop Science and Biotechnology
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• 제11권1호
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• pp.39-44
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• 2008

Korean cultivated bramble, which is known as Bokbunja-ddal-gi is regarded to be originated from Korea native Rubus coreanus. However, little scientific evidence and significant morphological differences between Korean cultivated bramble(KCB) and R. coreanus throw doubt on the ancestry of KCB. This study was carried out to obtain phylogenetic information on KCB by comparing its nuclear genomic background with those of R. coreanus, black(R. occidentalis) and red(R. idaeus) raspberry, blackberry(R. lanciniatus) and R. crataegifolius. A total of 99 random amplified polymorphic DNA(RAPD) markers were generated and used for phylogenetic analysis of 76 Rubus accessions. Accessions of each species were grouped into each distinct subclade by the RAPD markers at a similarity coefficient of about 0.59. The KCB subclade formed a clade with R. occidentalis and R. crataegifolius subclades at a similarity coefficient of 0.47. The R. coreanus subclade formed a clade with R. idaeus, R. lanciniatus and R. crataegifolius subclades at a similar similarity coefficient. Only one KCB accession from Hoengsung was included in R. coreanus subclade. The accession shows leaf and flower characteristics different from the rest of the KCB accessions. The phylogenetic relationship inferred from the RAPD markers suggests that the nuclear genomic background of KCB accessions which show morphological similarity to black raspberry is more closely related to black raspberry than to R. coreanus. This brings about the need for close scientific evaluations on the ancestry of KCB at both morphological and molecular levels.

• 한국건강관리협회지
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• 제4권1호
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• pp.68-74
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• 2006

For identification of four sibling species of the Anopheles hyrcanus complex found in Korea, the 5.8 rDNA-ITS2-28S rDNA region of each species was sequenced and the species-specific primers wee designed The amplified PCR products obtained from each species were analyzed by agarose gel electrophoresis. The result showed a single species- specific band, I.e. 559bp, 432bp, 322bp and 192bp for An. sinensis, An. sp., An. lesteri and An. pullus, respectively. In conclusion, the species-specific PCR primers designed from ITS2 variable regions functioned successfully and specifically, and can be applied as a useful tool for identifying species of the Anopheles hyrcanus complex found in Korea.

• Mycobiology
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• 제41권4호
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• pp.248-251
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• 2013

Ganoderma is a cosmopolitan wood-rot basidiomycete that has been extensively studied for its pathogencity and medicinal properties. Identification of Ganoderma based on macro-microscopic features led to large number of synonyms which resulted in 250 taxonomic names. A Ganoderma species collected from Courtallam, Tamil Nadu was identified as G. cupreum. Phylogenetic analysis inferred from internal transcribed spacer rDNA region resolved the Indian isolate MYC1 as Ganoderma cupreum which clustered with Australian and Asian "cupreum" clade with 85% bootstrap support BS and shared 99% and 98% nucleotide similarity with Malaysian and Australian 'cupreum' respectively. This study represents the first molecular evidence of G. cupreum from Asian origin.

• Journal of Microbiology
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• 제45권6호
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• pp.521-527
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• 2007

Several yeast strains degrading malic acid as a sole carbon and energy source were isolated from Korean wine pomace after enrichment culture in the presence of malic acid. Among them, the strain designated as KMBL 5774 showed the highest malic acid degrading ability. It was identified as Issatchenkia orientalis based on its morphological and physiological characteristics as well as the nucleotide sequences of the internal transcribed spacer (ITS) 1-5.8S rDNA-ITS II region. Phylogenetic analysis of the ITS I-5.8S rDNA-ITS II sequences showed that the KMBL 5774 is the closest to I. orientalis zhuan 192. Identity of the sequences of the KMBL 5774 was 99.5% with those of I. orientalis zhuan 192. The optimal pH of the media for the growth and malic acid degradation by the yeast was between 2.0 and 3.0, suggesting that the strain is an acidophile. Under the optimized conditions, the yeast could degrade 95.5% of the malic acid after 24 h of incubation at $30^{\circ}C$ in YNB media containing 2% malic acid as a sole carbon and energy source.

• 한국자원식물학회지
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• 제16권1호
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• pp.40-48
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• 2003

C. destructans는 인삼에서 가장 문제가 되고 있는 뿌리섞음병을 유발하는 매우 중요한 미생물이다. 현재까지 정상적인 인삼포장이나 폐포지에서도 이 병원균의 농도를 조사할 만한 방법이 없어 이를 쉽게 조사함으로서 인삼 예정지 관린시 도움을 줄 수 있는 새로운 방법이 절실이 요구되고 있다. 본 연구에서는 nested PCR이란 분자생물학적 방법을 이용하여 효과적으로 매우 낮은 농도의 C. destructans을 검출할 수 있는 방법을 개발하였다. 2개의 universal ITS primers(ITS5F와 ITS4R)을 사 용 하 여 Cylindrocarpon spp.의 rDNA로부터 ITS영역을 증폭하였다. 이어 C. destructans의 specific primer(Nest 1 과 Nest 2)을 사용하여 최적의 PCR조건으로 재증폭시켜 밴드를 확인하였다. 또한 이런 2번의 과정을 4개의 primer를 동시에 사용함으로서 한번에 확인할 수 있는 방법을 개발하였으며 이에 따른 PCR조건도 확립하였다. 따라서 본 방법에 의해서 인삼포장의 토양에서 채취된 매우 낮은 농도의 wild type C. destructans spore로부터 성공적으로 positive band을 확인함으로써 추후 인삼포장의 선정 및 4년생에서 6년까지(홍삼포) 재배기간등의 예측에 활용 될 것으로 생각된다.

• 원예과학기술지
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• 제35권3호
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• pp.344-360
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• 2017

Zoysia 속 잔디는 학교운동장 및 공원, 골프장, 스포츠경기장과 같이 다양한 장소에 식재되고 있는 중요한 잔디이다. 해안가에서 자생하는 Zoysia 속 들잔디와 갯잔디는 외부 형태적 특성이 유사하여 외부 형태적 분류 뿐 만 아니라 분자생물학적 분류도 필요하다. 본 연구에서는 nrDNA-ITS(Internal Transcribed Spacer)의 DNA 바코드 분석을 통해서 자생하는 들잔디와 갯잔디의 분자생물학적 신속한 분류체계를 확립하고자 하였다. 이를 위해 난지형 잔디인 Zoysia 속 들잔디(Z. japonica) 및 갯잔디(Z. sinica)와 한지형 대표 잔디인 크리핑 벤트그라스(A. stolonifera) 및 켄터키 블루그라스(P. pratensis)의 nrDNA-ITS 염기서열을 확보하였다. 확보된 들잔디및 갯잔디, 크리핑 벤트그라스, 켄터키 블루그라스의 ITS 염기서열 전체 구간은 각 686bp와 687bp, 683bp, 681bp으로 확인되었으며, nrDNA-ITS 내부 염기서열구간 분석 결과, ITS1의 크기는 248-249bp, ITS2는 270̵-274bp, 5.8S rDNA는 163-164bp의 차이로, 각 4종의 잔디가 ITS 염기서열을 이용하여 식별되었다. 특히, 들잔디와 갯잔디 nrDNA-ITS 염기서열은 19 염기(2.8%) 차이를 나타냈으며, ITS1과 ITS2의 G + C 함량은 55.4-63.3% 임을 확인하였다. 이러한 들잔디와 갯잔디의 ITS 염기서열 차이를 바탕으로 CAPS 마커로 전환하여 대조구 및 수집된 자생 Zoysia 속 잔디 영양체 62개체를 분석한 결과, 외부형태학적 분류법으로 들잔디 개체, 갯잔디 개체로 동정되었지만, ITSCAPS 마커를 이용한 분자생물학적 분류법으로 들잔디 36개체와 갯잔디 22개체 뿐만 아니라 들잔디와 갯잔디간의 자연교배종 4개체도 식별하였다. 이상의 결과에서 들잔디와 갯잔디는 ITS 염기서열 및 ITS 기반 CAPS를 통하여 식별할 수 있을 것으로 판단된다.

• 한국패류학회지
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• 제25권1호
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• pp.41-49
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• 2009

Random amplified polymorphic DNA (RAPD) marker and sequence analyses of the internal transcribed spacer (ITS) region of ribosomal DNA were used to assess phylogenetic relationships of four Korean oyster species. The average number of species-specific markers identified from five universal rice primers (URPs) by RAPD-PCR was 1.8 for Crassostrea gigas, 3.2 for C. nippona, 3.6 for C. ariakensis, and 4.6 for Ostrea denselamellosa. The length of the ITS (ITS1-5.8S-ITS2) region ranged from 1,001 to 1,206 bp (ITS1, 426-518 bp; 5.8S, 157 bp; and ITS2, 418-536 bp), while the GC content ranged from 55.5-61.1% (ITS1, 56.8-61.8%; 5.8S, 56-57.3%; and ITS2, 54.1-62.2%). A phylogenetic analysis of the oysters based on our RAPD, ITS1, and ITS2 sequence data revealed a close relationship between C. gigas and C. nippona and a distant relationship between the genera Crassostrea and Ostrea. Our results indicated that RAPD and ITS sequence analysis was a useful tool for the elucidation of phylogenetic relationships and for the selection of species-specific markers in Korean oysters.