• Animal cells and systems
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• 제5권2호
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• pp.153-156
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• 2001

A key aspect of genomic research in the “post-genome era”is to associate sequence variations with heritable phenotypes. The most common variations in the human genome are single nucleotide polymorphisms (SNPs) that occur approximately once in every 500 to 1,000 bases. Although analyzing the phenotypic outcome of these SNPs is crucial to facilitate large-scale association studies of genetic diseases, detection of SNPs from an extended number of human DNA samples is often difficult, labor-intensive and time-consuming. Recent development in SNP detection methods using DNA microarrays and mass spectrophotometry has allowed automated high throughput analyses, but such equipments are not accessible to many scientists. In this study, we demonstrate that a simple PCR-based method using primers with a mismatched base at the 3'-end provides a fast and easy tool to identify known SNPs from human genomic DNA in a regular molecular biology laboratory. Results from this PCR amplification of specific alleles (PASA) analysis efficiently and accurately typed the Q576R polymorphism of human IL4 receptor from the genomic DNAs of 29 Koreans, including 9 samples whose genotype could not be discerned by the conventiona1 PCR-SSCP (single strand conformation polymorphism) method. Given the increasing attention to disease-associated polymorphisms in genomic research, this alternative technique will be very useful to identify SNPs in large-scale population studies.

• 한국광학회지
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• 제32권5호
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• pp.215-219
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• 2021

최근 농작물의 상황을 실시간이면서도 비파괴적으로 측정하는 시스템이 스마트팜 등의 분야에서 필수적인 요소로 주목받고 있다. 본 연구에서는 초분광 영상 기술을 통해 많은 개체 수의 청경채 유묘 내의 안토시아닌 함량을 비파괴적으로 동시에 측정하였다. 많은 유묘의 동시 측정을 위해서, 기존의 초분광 영상 시스템의 실험 구성을 수정하였다. 품종당 24개씩 총 96개의 유묘를 측정하였고, 한번의 초분광 데이터 획득시 12개의 유묘가 동시에 분석 가능했으며, 총 3분이 소요된다. 본 논문에서 제안한 초분광 영상 기술은 파괴적 화학 분석 방법과 비교 가능한 분석 시스템을 제공하는 것으로 나타났다. 또한 많은 수의 식물을 동시에 측정함으로써, 초분광 영상 기술이 초고속 피노타이핑 시스템에 적용될 수 있다는 가능성을 확인하였다.

• Molecules and Cells
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• 제42권1호
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• pp.87-95
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• 2019

Long interspersed element-1 (LINE-1 or L1) is an autonomous retrotransposon, which is capable of inserting into a new region of genome. Previous studies have reported that these elements lead to genomic variations and altered functions by affecting gene expression and genetic networks. Mounting evidence strongly indicates that genetic diseases or various cancers can occur as a result of retrotransposition events that involve L1s. Therefore, the development of methodologies to study the structural variations and interpersonal insertion polymorphisms by L1 element-associated changes in an individual genome is invaluable. In this study, we applied a systematic approach to identify human-specific L1s (i.e., L1Hs) through the bioinformatics analysis of high-throughput next-generation sequencing data. We identified 525 candidates that could be inferred to carry non-reference L1Hs in a Korean individual genome (KPGP9). Among them, we randomly selected 40 candidates and validated that approximately 92.5% of non-reference L1Hs were inserted into a KPGP9 genome. In addition, unlike conventional methods, our relatively simple and expedited approach was highly reproducible in confirming the L1 insertions. Taken together, our findings strongly support that the identification of non-reference L1Hs by our novel target enrichment method demonstrates its future application to genomic variation studies on the risk of cancer and genetic disorders.

• 한국정보통신학회논문지
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• 제23권4호
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• pp.431-437
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• 2019

전력선 통신(PLC: Power Line Communication)은 저비용으로 고속 전송이 가능하여 스마트 그리드와 연계하여 다양하게 활용되고 있다. 그러나 전력선 채널은 임펄스 잡음으로 인하여 많은 문제가 있어 이를 해결하기 위하여 다양한 연구가 진행되어 왔다. 최근에는 아날로그 신호에 대한 비선형 필터에 적응형 clippling을 사용하는 ACDL(Adaptive Cannonical Differential Limiter)이 제안되었다. 본 논문에서는 이의 특성을 분석하고 간략화하여 오버샘플링된 디지털신호에 대해 slew rate를 검출하는 방안과 유사함을 보였다. 제안된 방식은 모의 실험으로 PRIME 표준에서 성능을 검증하여 ACDL과 동일 수준 이상의 성능을 가지면서도 훨씬 간단히 구현이 가능한 장점을 확인하였다. BER 성능은 동등하면서도 복잡도는 10%이하로 줄어든다.

• 한국정보통신학회논문지
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• 제26권2호
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• pp.271-277
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• 2022

PBFT(Practical Byzantine Fault Tolerant)는 분산 네트워크 환경에서 비의도적·의도적 결함을 해결하여 합의를 달성할 수 있는 합의 알고리즘으로 높은 성능과 절대적 최종성을 보장할 수 있다. 하지만 합의 과정에서 반복적으로 발생하는 메시지 브로드캐스팅으로 인해 네트워크의 규모가 증가할수록 네트워크 부하도 커진다. PBFT 알고리즘의 특성상 소규모·프라이빗 블록체인에는 적합하지만, 대규모·퍼블릭 블록체인에 적용하기엔 한계가 있다. PBFT는 블록체인 네트워크의 성능에 영향을 끼치기 때문에 산업에서는 PBFT가 제품 및 서비스에 적합한지 테스트할 수 있어야 하며, 학계에서는 PBFT 성능 향상 연구를 위한 통일된 평가지표와 평가 기술이 필요하다. 본 논문에서는 PBFT 계열 합의 알고리즘을 평가할 수 있는 정량적 지표와 평가 프레임워크에 대해 연구한다. 또한 제안한 PBFT 평가 프레임워크를 사용하여 PBFT의 처리량, 지연시간, 내결함성을 평가한다.

• Journal of Periodontal and Implant Science
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• 제53권1호
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• pp.69-84
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• 2023

Purpose: The objective of this study was to analyze the microbial profile of individuals with peri-implantitis (PI) compared to those of periodontally healthy (PH) subjects and periodontitis (PT) subjects using Illumina sequencing. Methods: Buccal, supragingival, and subgingival plaque samples were collected from 109 subjects (PH: 30, PT: 49, and PI: 30). The V3-V4 region of 16S rRNA was sequenced and analyzed to profile the plaque microbiota. Results: Microbial community diversity in the PI group was higher than in the other groups, and the 3 groups showed significantly separated clusters in the buccal samples. The PI group showed different patterns of relative abundance from those in the PH and PT groups depending on the sampling site at both genus and phylum levels. In all samples, some bacterial species presented considerably higher relative abundances in the PI group than in the PH and PT groups, including Anaerotignum lactatifermentans, Bacteroides vulgatus, Faecalibacterium prausnitzii, Olsenella uli, Parasutterella excrementihominis, Prevotella buccae, Pseudoramibacter alactolyticus, Treponema parvum, and Slackia exigua. Network analysis identified that several well-known periodontal pathogens and newly recognized bacteria were closely correlated with each other. Conclusions: The composition of the microbiota was considerably different in PI subjects compared to PH and PT subjects, and these results could shed light on the mechanisms involved in the development of PI.

• 정보처리학회 논문지
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• 제13권2호
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• pp.48-59
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• 2024

하드웨어 자체적으로 가상화를 지원하는 기능들이 추가됨에 따라 다양한 작업 유형을 가진 사용자 어플리케이션들이 가상화 시스템에서 효율적으로 운용되고 있다. 가상화 지원 기능 중 SR-IOV는 PCI 장치에 대한 직접 접근을 통해 하이퍼바이저 또는 운영체제 개입을 최소화하여 시스템 성능을 높이는 기술로 베어-메탈 시스템 대비 비교적 긴 I/O 경로 및 사용자 영역과 커널 영역에 대한 빈번한 컨텍스트 스위칭 등 가상화 계층의 추가로 낮은 네트워크 성능을 가진 가상화 시스템에서 네트워크 I/O 가속화를 실현하게 해준다. 이러한 성능적 이점을 이용하기 위해 가상머신 또는 컨테이너와 같은 인스턴스에 SR-IOV를 접목할 시 최적의 네트워크 I/O 성능을 도출할 수 있는 네트워크 자원 관리 정책이 활발히 연구되고 있다. 본 논문은 I/O 가속화를 실현하는 SR-IOV의 네트워크 성능을 1) 네트워크 지연 시간, 2) 네트워크 처리량, 3) 네트워크 공정성, 4) 성능간섭, 5) 다중 네트워크와 같은 측면으로 세밀한 성능 평가 및 분석을 Virtio와 비교하여 진행한다. 본 논문의 기여점은 다음과 같다. 첫째, 가상화 시스템에서 Virtio와 SR-IOV의 네트워크 I/O 과정을 명확히 설명했으며, 둘째, Virtio와 SR-IOV의 네트워크 성능을 다양한 성능 메트릭을 기반으로 분석하였다. 셋째, 가상머신 밀집도가 높은 환경에서 SR-IOV 네트워크에 대한 시스템 오버헤드 및 이에 대한 최적화 가능성을 실험으로 확인하였다. 본 논문의 실험 결과 및 분석들은 스마트 팩토리, 커넥티드-카, 딥러닝 추론 모델, 크라우드 소싱과 같은 네트워크 집약적인 서비스들을 운용하는 가상화 시스템에 대한 네트워크 자원 관리 정책에 활용될 것으로 기대된다.

• 환경생물
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• 제37권3호
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• pp.380-388
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• 2019

본 연구는 전국 임의의 산양삼 재배지를 선정하여 재배지 내의 토양 특성 및 토양세균군집을 분석하고, 토양 이화학적 특성, 토양세균군집 및 산양삼 생육특성 간의 상관관계를 구명하기 위하여 수행되었다. 토양세균군집 분석은 pyrosequencing analysis (Illumina platform)를 이용하였고, 토양세균군집과 생육특성 간의 상관관계는 Spearman's rank correlation을 이용하여 분석하였다. 8개 산양삼 재배지로부터 분리한 토양세균군집은 2개의 군집으로 군집화를 이루는 것을 확인하였다. 모든 토양샘플에서 Proteobacteria와 Alphaproteobacteria가 각각 35.4%, 24.4%로 가장 높은 상대적 빈도수를 보였다. 산양삼의 생육은 토양 pH가 낮고 Acidobacteria의 상대적 빈도수가 높은 토양에서 증가하였으며, Acidobacteriia (class)와 Koribacteraceae (family)의 상대적 빈도수는 산양삼의 생육과 유의적인 정의 상관관계를 보이는 것으로 나타났다. 본 연구 결과는 토양세균군집과 산양삼 생육 간의 상관관계를 구명하는 중요한 자료가 될 것으로 생각되고, 나아가 산양삼 재배 이전에 산양삼의 생육에 유용한 토양세균군집을 확인할 수 있다면 산양삼 재배적지를 선정하는데 도움을 줄 수 있을 것이다. 또한 토양이화학성과 더불어 임상 및 주변식생에 따른 토양세균군집과 산양삼 생육특성에 대한 상관관계 연구를 추가로 수행한다면 보다 명확한 정보를 대한 제공할 수 있을 것으로 사료된다.

• 한국항만경제학회지
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• 제34권2호
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• pp.1-16
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• 2018

해양산업은 새로운 부가가치산업 및 신성장동력 산업으로 인식되고 있다. 특히 항만을 중심으로 클러스터를 조성하여 고부가가치를 창출하고 있다. 해외 선진항만들도 앞 다투어 클러스터를 조성하여 수익창출과 경쟁력 강화에 나서고 있다. 우리나라도 2015년 해양산업클러스터 조성과 육성에 관한 법률을 제정하였다. 따라서 각 지역별로 어떤 해양산업이 비교우위에 있는지 파악하는 것은 해양산업클러스터를 통한 집적화 전략을 수립하는데 매우 중요하다. 따라서 본 연구에서는 유류를 중심으로 한 원자재 처리와 함께 컨테이너 처리, 중국과 카페리 항로 개설을 앞두고 있는 충남지역을 대상으로 해양산업 구조를 분석하였다. 먼저 해양산업 분류에 대한 기존 문헌분석을 실시하여 해운 물류업, 조선업, 수산업, 해양관광업, 기타업 5개의 대분류와 21개 중분류, 84개 소분류로 해양산업을 재분류하였다. 재분류한 해양산업을 기준으로 입지계수와 변이할당분석 기법을 활용하여 충남의 해양산업 구조를 분석하였다. 충남지역 해양산업 구조 분석결과, 입지계수 분석에 있어서 수산업이 1.718로 가장 높게 나타났고, 해양관광(1.092), 조선업(0.823), 해운 물류업(0.789)순으로 나타났다. 그리고 변이할당분석을 통해 충남지역 해양산업의 총 성장효과는 36,315명으로 나타났고 국가성장효과를 제외한 순성장효과는 21,321명으로 산정되었다. 이러한 결과를 바탕으로 충남지역 해양산업 중 비교우위, 비교열위에 있는 산업을 분류하였다. 이 연구결과는 향후 충남지역 해양산업클러스터 구축 시 전략수립에 기초자료로 활용할 수 있을 것이다.

• Animal Bioscience
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• 제35권10호
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• pp.1489-1498
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• 2022

Objective: The objective of this study was to identify polymorphism in olfactomedin like 3 (OLFML3) gene, and association analysis with meat quality, carcass characteristics, retail meat cut, and fatty acid composition in sheep, and expression quantification of OLFML3 gene in phenotypically divergent sheep. Methods: A total of 328 rams at the age of 10 to 12 months with an average body weight of 26.13 kg were used. A novel polymorphism was identified using high-throughput sequencing in sheep and genotyping of OLFML3 polymorphism was performed using polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP). Among 328 rams, 100 rams representing various sheep genotypes were used for association study and proc general linear model was used to analyse association between genotypes and phenotypic traits. Quantitative real-time polymerase chain reaction (qRT-PCR) was used for the expression analysis of OLFML3 mRNA in phenotypically divergent sheep population. Results: The findings revealed a novel polymorphism in the OLFML3 gene (g.90317673 C>T). The OLFML3 gene revealed three genotypes: CC, CT, and TT. The single nucleotide polymorphism (SNP) was found to be significantly (p<0.05) associated with meat quality traits such as tenderness and cooking loss; carcass characteristics such as carcass length; retail meat cut such as pelvic fat in leg, intramuscular fat in loin and tenderloin, muscle in flank and shank; fatty acids composition such as tridecanoic acid (C13:0), palmitoleic acid (C16:1), heptadecanoic acid (C17:0), ginkgolic acid (C17:1), linolenic acid (C18:3n3), arachidic acid (C20:0), eicosenoic acid (C20:1), arachidonic acid (C20:4n6), heneicosylic acid (C21:0), and nervonic acid (C24:1). The TT genotype was associated with higher level of meat quality, carcass characteristics, retail meat cut, and some fatty acids composition. However, the mRNA expression analysis was not different among genotypes. Conclusion: The OLFML3 gene could be a potential putative candidate for selecting higher quality sheep meat, carcass characteristics, retail meat cuts, and fatty acid composition in sheep.