Park, Yong-Chjun;Kim, Mi-Ra;Kim, Yong-Sang;Lee, Ho-Yeon;Kim, Kyu-Heon;Lee, Jae-Hwang;Kim, Jae-I;Lee, Sang-Jae;Lee, Hwa-Jung
Journal of Food Hygiene and Safety
/
v.28
no.2
/
pp.181-187
/
2013
Identification of main ingredients in starches has been investigated using physicochemical analysis method mainly. However, physicochemical properties such as particle size have limitations in determining the differences among mixed starches. Therefore, we developed a molecular biological method to identify materials used in starch, as a sample, 11 kinds of starches including sweet potato starch, potato starch, corn starch, and tapioca starch. DNeasy plant mini kit, magnetic DNA purification system, and CTAB methods were used to extract DNA from samples. After gene extraction, whole genome amplification (WGA) was performed to amplify the extracted DNA. Species-specific primers were used as followings: ib-286-F/ib-286-R (105 bp), Pss 01n-5'/Pss 01n-3' (216 bp), SS11b 3-5'/SS11b 3-3' (114 bp), and SSRY26-F/SSRY26-R (121 bp) gene for sweet potato, potato, corn, and tapioca, respectively. In this study, we could confirm the main ingredients using WGA and PCR method.
In this paper we describe the cloning and expression of the genes encoding the flavonoid-biosynthetic enzyme dihydroflavonol 4-reductase (DFR) in Matthiola incana R. Br. A heterologous cDNA probe from Zea mays was used to isolate full-size DFR cDNA clone from a corolla-specific cDNA library. Comparison of the coding region of this DFR cDNA sequence including the sequences of Zea mays, Anthirrinum majus, Petunia hybrida, Callistephus chinensis, Dianthus caryophyllus and Rosa hybrida reveals a identity higher than 61% at the nucleotide level. The DFR transcript is G/C rich in monocotyledonous plants show a strong codon bias preferring codons with a G or C in the third position. The function of this nucleotide sequences were verified by comparison with amino acid sequences of the amino-terminus and tryptic peptides from purified plant enzyme, by northern blotting with mRNA from wild type and mutant plants and by in vitro expression yielding an enzymatically active reductase. Genomic southern blot analysis showed the presence of one gene for DFR in Matthiola incana. Northern blot analysis of the DFR wild type and mutant lines showed that the lack of DFR activity in the stable acyanic mutant k17b is clearly by a transcriptional block of the DFR gene.
Oryza grandiglumis Chitinase IVa (OgChitIVa) cDNA encoding a class IV chitinase was cloned from wild rice (Oryza grandiglumis). OgChitIVa cDNA contains an open reading frame of 867 nucleotides encoding 288 amino acid residues with a predicted molecular weight of 30.4 kDa and isoelectric point of 8.48. Deduced amino acid sequences of OgChitIVa include the signal peptide and chitin-binding domain in the N-terminal domain and conserved catalytic domain. OgChitIVa showed significant similarity at the amino acid level with related monocotyledonous rice and maize chitinase, but low similarity with dicotyledoneous chitinase. Southern blot analysis showed that OgChitIVa genes are present as two copies in the wild rice genome. It was shown that RNA expression of OgChitIVa was induced by defense/stress signaling chemicals, such as jasmonic acid, salicylic acid, and ethephon or cantharidin and endothall or wounding, and yeast extract. It was demonstrated that overexpression of OgChitIVa in Arabidopsis resulted in mild resistance against the fungal pathogen, Botrytis cinerea, by lowering disease rate and necrosis size. RT-PCR analysis showed that PR-1 and PR-2 RNA expression was induced in the transgenic lines. Here, we suggest that a novel OgChitIVa gene may play a role in signal transduction process in defense response against B. cinerea in plants.
Kim, Sang Gon;Lee, Jin-Seok;Bae, Hwan Hee;Kim, Jung-Tae;Son, Beom-Young;Baek, Seong-Bum
Journal of The Korean Society of Grassland and Forage Science
/
v.37
no.2
/
pp.168-175
/
2017
Single nucleotide polymorphisms (SNP) markers allow rapid screening of crop varieties in early growth stages. We developed a modified SNP PCR procedure for assaying SNPs in maize. For SNP marker development, we chosen 200 SNP sites from MaizeGDB database, and designed two base pair mismatch primers based on putative SNP site of B73 genome sequence. PCR products size was from 200 to 500 bp or was not shown in the case of SNP site existing in Korean silage corns. Using previously discovered 16 primer sets, we investigated distinctness of 50 silage F1 hybrid corns including 10 Korean silage corns developed by RDA such as Gangdaok, Kwangpyeongok, Dapyeongok, Andaok, Yanganok, Singwangok, Jangdaok, Cheongdaok, Pyeonggangok, and Pyeonganok as well as 40 foreign commercial silage corns. From cluster analysis, we confirmed that 10 Korean silage F1 hybrid corns were clearly distinguished except for Singwangok, P1395, and several foreign commercial corns, and selected minimum SNP primer combination for Gangdaok, Jangdaok, Pyeonggangok, and Pyeonganok. Therefore, development of SNP marker sets might be faster, cheaper, and feasible breed discrimination method through simple PCR and agarose gel electrophoresis.
Journal of the korean academy of Pediatric Dentistry
/
v.33
no.2
/
pp.304-310
/
2006
Prevotella intermedia is one of the most frequently implicated pathogens in human periodontal disease and has a requirement for hemin for growth. This study has identified a hemin-binding P. intermedia protein by expression of a P. intermedia genomic library in Escherichia coli, a bacterium which does not require or transport exogenous hemin. The genomic library of P. intermedia was constructed into plasmid pUC18, transformed into Escherichia coli strain $DH5{\alpha}$, and screened for recombinant clones using heminbinding activity by plating onto hemin-containing agar. Approximately 5,000 recombinant E. coli colonies were screened onto LB-amp-hemin agar, single clone(pHem1) was exhibited a clearly pigmented phonotype. The 2.5kb insert DNA of pHem1 was determined by restriction enzyme mapping. Southern blot analysis of BamHI, BglII, EcoRI, HindIII and PstI-digested P. intermedia DNA indicated that single copy of the gene was present in the genome. Northern blot analysis revealed that the size of transcript was approximately 1.8 kb. The cloned gene contained a single ORF, consisting of approximately 850-residue amino acids. A BLAST search of the Institute for Genomic Research genes with similar nucleotide sequence revealed no significant similarity It needs further investigation to clarify the mechanisms of heme uptake in P. intermedia.
Cytogenetic analysis was conducted to obtaining informations for genetic improvement of spotty belly greenling (Hexagrmmos agrammus) and greenling (H. otakii) in aquaculture. Erythrocytes of spotty belly greenling were slightly larger than those of greenling (p<0.05). The nuclear volume of spotty belly greening erythrocytes averaged 15.14 $\pm$ 0.92 ${\mu}m^3$ while that of greening averaged 14.61 $\pm$ 0.15 $\mu$m^3 the difference was not significant (p>0.05). Consequently, genome size of spotty belly greenling was also slightly larger than those of greenling. DNA content per cell of spotty belly greenling and greenling were 2.15 pg and 2.10 pg, respectively. The modal chromosome number of both greenling species were same as 2n=48 and karyotypes were also identical as 2 metacentrics, 11 snbrnetacentrics and 11 acrocentric pairs $(W: 74), There was no evidence of polymorphism including aneuploidy or sex-related heterornorphisrn for all specimens examined. The nuclear organizer regions (NOR_s)$ were localized on a small acrocentric chromosome pair in both species, Spotty belly greenling showed large sizes of active rRNA coding regions in their chromosomes. However, greenling examined only small sizes of active rRNA coding regions with dimorphism.
Recently it was found that various genetic structural variations such as CNV(copy number variation) exist in the human genome, and these variations are closely related with disease susceptibility, reaction to treatment, and genetic characteristics. In this paper we propose a new CNV detection algorithm using millions of short DNA sequences generated by giga-sequencing technology. Our method maps the DNA sequences onto the reference sequence, and obtains the occurrence frequency of each read in the reference sequence. And then it detects the statistically significant regions which are longer than 1Kbp as the candidate CNV regions by analyzing the distribution of the occurrence frequency. To select a proper read alignment method, several methods are employed in our algorithm, and the performances are compared. To verify the superiority of our approach, we performed extensive experiments. The result of simulation experiments (using a reference sequence, build 35 of NCBI) revealed that our approach successfully finds all the CNV regions that have various shapes and arbitrary length (small, intermediate, or large size).
Kim Do Nyun;Oh Sang Taek;Lee Jae Myun;Lee Won-Keun;Lee Suk Kyeong
Journal of Life Science
/
v.15
no.6
s.73
/
pp.909-915
/
2005
We investigated microRNA (miRNA) biogenesis of Epstein-Barr virus (EBV) which is the first virus shown to produce viral miRNAs. As expected, expression of all the reported EBV miRNAs were detected by Northen blot in an EBV-infected B cell line, B95-8; BHRF1-1, BHIU1-2, BHRF1-3, BART1, and BART2. The putative EBV pri-miRWAs and pre-miRNAs predicted from the known mature EBV miRNA sequences were detected by RT-PCR in B95-8 cells. Many animal miRNA genes exist as clusters of 2-7 genes and they are expressed polycistronically. As the EBV miRNAs are clustered in two regions of the EBV genome, we examined whether these clustered EBV miRNA genes are also expressed polycistronically. A long polycistronic transcript with the expected size (1602 bp) corresponding to the BHRF1-1~BHRF1-2~BHRF1-3 was amplified. However, any polycistronic transcript containing both BART1 and BART2 was detectable in B95-8. These results suggest that EBV miRNAs may be processed in a similar way with animal miRNAs and that some of the clustered EBV miRNAs can be transcribed polycistronically.
Microbacterium elymi KUDC0405T was isolated from the rhizosphere of Elymus tsukushiensis from the Dokdo Islands. The KUDC0405T strain was Gram-stain-positive, non-spore forming, non-motile, and facultatively anaerobic bacteria. Strain KUDC0405T was a rod-shaped bacterium with size dimensions of 0.3-0.4 × 0.7-0.8 ㎛. Based on 16S rRNA gene sequences, KUDC0405T was most closely related to Microbacterium bovistercoris NEAU-LLET (97.8%) and Microbacterium pseudoresistens CC-5209T (97.6%). The dDDH (digital DNA-DNA hybridization) values between KUDC0405T and M. bovistercoris NEAU-LLET and M. pseudoresistens CC-5209T were below 17.3% and 17.5%, respectively. The ANI (average nucleotide identity) values among strains KUDC0405T, M. bovistercoris NEAU-LLET, and M. pseudoresistens CC-5209T were 86.6% and 80.7%, respectively. The AAI (average amino acid identity) values were 64.66% and 64.97%, respectively, between KUDC0405T and its closest related type strains. The genome contained 3,596 CDCs, three rRNAs, 46 tRNAs, and three non-coding RNAs (ncRNAs). The genomic DNA GC content was 70.4%. The polar lipids included diphosphatydilglycerol, glycolipid, phosphatydilglycerol, and unknown phospholipid, and the major fatty acids were anteiso-C17:0 and iso-C16:0. Strain KUDC0405T contained MK-12 as the major menaquinone. Based on genotypic, phylogenetic, and phenotypic properties, strain KUDC0405T should be considered a novel species within the genus Microbacterium, for which we propose the name M. elymi sp. nov., and the type strain as KUDC0405T (=KCTC 49411T, =CGMCC1.18472T).
Photobacterium sp. YW2207 was isolated from rainbow trout raised in a fish farm located in Yeongwol-gun, Gangwon Province, South Korea. Based on 16S rRNA sequence analysis and phylogenetic analysis, it was confirmed that Photobacterium sp. YW2207 showed 100% similarity with Photobacterium piscicola and Photobacterium phosphoreum, and 94.6% similarity with P. damselae subsp. damselae. Biochemical analysis revealed that Photobacterium sp. YW2207 is a Gram-negative, motile bacterium with a cell size of 1.5~3×3~5 ㎛. The bacteria were cultured on nutrient agar, brain heart infusion agar, Muller-Hinton agar, tryptic soy agar, and thiosulfate citrate bile sucrose agar with NaCl concentrations ranging from 0 to 2.5%. The API50CHE and API20E tests indicated lower utilization capabilities compared to the P. damselae strains provided in the API database. Furthermore, unlike most Photobacterium species, Photobacterium sp. YW2207 presented negative for catalase test. Results from the flow cytometric measurement indicated that Photobacterium sp. YW2207 exhibited a more diverse distribution of cell sizes and had larger cell sizes compared with P. damselae subsp. damselae. Minimum inhibitory concentration tests showed that Photobacterium sp. YW2207 had low susceptibility to β-Lactam and aminoglycoside antibiotics, while having high susceptibility to tetracycline, doxycycline, and quinolone antibiotics. Pathogenicity on rainbow trout revealed that an immersion of 1×105 CFU/ml did not cause mortality or clinical symptoms.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.