• 제목/요약/키워드: Gene selection

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Characterization of Phosphoinositide-3-kinase, Class 3 (PIK3C3) Gene and Association Tests with Quantitative Traits in Pigs

  • Kim, J.H.;Choi, B.H.;Lim, H.T.;Park, E.W.;Lee, S.H.;Seo, B.Y.;Cho, I.C.;Lee, J.G.;Oh, S.J.;Jeon, J.T.
    • Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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    • 제18권12호
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    • pp.1701-1707
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    • 2005
  • This study deals with the characterization of porcine PIK3C3 and association tests with quantitative traits. PIK3C3 belongs to the class 3 PI3Ks that participate in the regulation of hepatic glucose output, glycogen synthase, and antilipolysis in typical insulin target cells such as those in the such as liver, muscle system, and fat. On the analysis of full-length mRNA sequence, the length of the PIK3C3 CDS was recorded as 2,664 bps. As well, nucleotide and amino acid identities between human and pig subjects were 92% and 99%, respectively. Five SNPs were detected over 5 exons. We performed genotyping by using a SNP C2604T on exon24 for 145 F$_2$ animals (from a cross between Korean native boars and Landrace sows) by PCR-RFLP analysis with Hpy8I used to investigate the relationship between growth and fat depot traits. In the total association analysis, which doesn' consider transmission disequilibrium, the SNP showed a significant effect (p<0.05) on body weight and carcass fat at 30 weeks of age as well as a highly significant effect (p<0.01) on back fat. In an additional sib-pair analysis, C allele still showed positive and significant effects (p<0.05) on back fat thickness and carcass fat. Moreover, the effects of C allele on the means of within-family components for carcass fat and back fat were estimated as 2.76 kg and 5.07 mm, respectively. As a result, the SNP of porcine PIK3C3 discovered in this study could be utilized as a possible genetic marker for the selection of pigs that possess low levels of back fat and carcass fat at the slaughter weight.

소아 Helicobacter pylori 감염에서 Clarithromycin 내성과 연관된 23S rRNA의 돌연변이 (Detection of 23S rRNA Mutation Associated with Clarithromycin Resistance in Children with Helicobacter pylori Infection)

  • 고재성;양혜란;서정기
    • Pediatric Gastroenterology, Hepatology & Nutrition
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    • 제7권2호
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    • pp.137-142
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    • 2004
  • 목적: 우리 나라 소아에 감염된 H. pylori에서 PCR RFLP를 이용하여 clarithromycin 내성의 원인으로 알려진 23S rRNA의 돌연변이를 찾아내고, cagA, vacA 유전형과 clarithromycin 내성 돌연변이 사이에 연관이 있는지 알아보고자 하였다. 방법: 서울대학교병원 소아과에서 위내시경검사를 통해 H. pylori 위염으로 진단 받은 환아 27명의 내시경 생검 조직에서 H. pylori cagA, vacA 유전자를 증폭하여 유전형을 조사하였다. H. pylori의 23 rRNA V domain을 조사하기 위해 증폭한 후, PCR 산물은 BsaI과 MboII 제한효소로 처리하여 PCR RFLP를 이용하여 돌연변이 여부를 판정하였다. 결과: A2143G 돌연변이가 1명에서, A2144G 돌연변이가 4명에서 발견되어 18.5%가 clarithromycin 내성으로 관찰되었다. cagA 양성이 25명(93%)이었고, vacA s1a/m1이 6명(22%), s1a/m2가 3명(11%), s1c/m1이 16명(59%), s1c/m2가 1명(4%)이었다. clarithromycin 내성 돌연변이를 보이는 경우는 모두 cagA 양성이었고 s1a/m1이 2명, s1c/m1이 2명으로 특정 유전형이 clarithromycin 내성 돌연변이와 연관성을 보이지 않았다. 결론: 위점막 조직에서 PCR-RFLP를 이용한 H. pylori의 clarithromycin 내성 검사는 항생제를 선택하는데 유용하다고 생각된다. Clarithromycin 내성 돌연변이는 cagA, vacA 유전형과 연관성이 없었다.

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돼지 혈관내피세포 특이적 CD73 발현 벡터가 도입된 돼지 섬유아세포 생산 (Production of porcine fibroblasts carrying a vector enforced specific expression of CD73 to endothelial cells)

  • 오건봉;이해선;황성수;옥선아;정학재;변승준;이풍연;임기순
    • 한국수정란이식학회지
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    • 제31권3호
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    • pp.161-168
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    • 2016
  • Nucleotide metabolism in endothelium is variable between different species. Recent studies demonstrated that this variability could contribute coagulation dysfunction, even though organs of the alpha 1,3-galactosyltransferase gene knockout pig were transplanted into the primate. CD73 (ecto-5'-nucelotidase) is an enzyme at cell surface catalyzing the hydrolysis of adenosine triphosphate to adenosine, which plays role on a substance for anti-inflammatory and anti-coagulant. Thus, overexpression of CD73 in endothelial cells of the pig is considered as an approach to reduce coagulopathy. In this study, we constructed a human CD73 expression vector under control of porcine Icam2 promoter (pIcam2-hCD73), which is expressed specifically at endothelial cells, and of CMV promoter as a control (CMV-CD73). First, we transfected the CMV-CD73 vector into HEK293 cells, and then confirmed CD73 expression at cell surface by flow cytometry analysis. Next, we transfected the pIcma2-CD73 and CMV-CD73 vectors into primary porcine fibroblasts and endothelial cells. Consequence was that the pIcma2-CD73 vector was expressed only at the porcine endothelial cells, meaning that the pIcam2 promoter lead to endothelial cell-specific expression of CD73 in vitro. Finally, we nucleofected the pIcam2-hCD73 vector into passage 3 fibroblasts, and enforced hygromycin selection of 400mg/ml. We were able to obtain forty three colonies harboring pIcam2-CD73 to provide donor cells for transgenic cloned porcine production.

재래 식초에서 초산균의 분리와 발효특성 신속 비교 (Comparison of the fermented property and isolation of acetic-acid bacteria from traditional Korean vinegar)

  • 백성열;박혜영;이충환;여수환
    • 한국식품저장유통학회지
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    • 제21권6호
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    • pp.903-907
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    • 2014
  • 식초 제조용 종초 선발을 위해 다양한 초산균을 분리한 후, 그들의 발효특성 분석하여 종초 가능성을 검토하였다. 수집된 식초 시료에서 분리된 균주의 16S rRNA 염기서열을 분석한 결과, A. pasteurianus, A. malorum, Ga. entanii, Ga. intermedius, Ga. xylinus로 동정되었다. 식초 제조용 초산균의 발효특성을 분석한 결과, 초산의 과산화능은 모든 시험 균주에서 음성으로 나타나 과산화를 보이지 않았으며, 초산 내성은 Gluconacetobacter 속 균주만 관찰되었다. pH 내성은A. malorum V5-7 균주가 가장 높았다. 식초 품질에 해로운 영향을 주는 섬유질상의 세포외 다당체인 콜로이드 생성 균주는 Ga. intermedius V11-5, Ga. xylinus V8-1 균주로 나타났다. 초산 생성능은 A. malorum V5-7, A. pasteurianus Gam2, Ga. intermedius V11-5에서 가장 높은 산 생성능을 나타내었다. 본 연구에서는 종초용 초산균의 발효 특성 연구를 통해 국내 발효 식초의 품질 향상을 기대한다.

스프레이 국화 형질전환을 위한 국내 육성 품종 선발 (The Selection of Domestically Bred Cultivars for Spray-type Chrysanthemum Transformation)

  • 서은정;한봉희;이연희;이성곤;홍준기;김경환
    • 원예과학기술지
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    • 제33권6호
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    • pp.947-954
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    • 2015
  • 질전환에 적합한 국화 스프레이 타입 품종을 선발하기 위해서 국내 연구기관에서 육성된 39개 품종 및 일본품종인 스탠다드 타입 신마를 모아 재분화율과 아그로박테리움 감염도를 조사하였다. 잎과 마디 절편체로부터의 신초 재분화를 위하여 IAA $0.5mg{\cdot}L^{-1}$와 BAP $1.0mg{\cdot}L^{-1}$가 첨가된 MS 배지를 사용하였다. 잎 절편체로부터의 신초 재분화는 BRM 품종이 가장 높았고 VS, WW, YTM 품종순으로 분화되었다. 이전에 형질전환재료로 보고된 바 있는 신마는 PK, SPP 품종과 유사한 수준을 보였다. 마디 절편체로부터의 신초 재분화는 PA 품종에서 가장 높았으며 WW 품종이 다음으로 확인되었다. 40개의 국화 품종을 대상으로 아그로박테리움에 대한 감염도를 조사한 결과, 잎 절편체에서는 WPP, YNW, VS, PP, WW, FA, PA, YMN 품종이 가장 높았고 마디 절편체에서는 WPP, PA, PK, YNW 품종이 가장 높았다. 이상의 결과를 종합해 볼 때 국화의 잎 절편체를 이용한 형질전환은 VS와 WW 품종이 가장 적합한 반면에 마디형질전환에는 PA 품종이 가장 적합한 것으로 확인되었다.

Agrobacterium을 이용한 Phosphinothricin Acetyl Transferase의 도라지로의 형질전환 (Agrobacterium-mediated Transformation of PAT into Platycodon grandiflorum A. De. candolle)

  • 박재성;김익환;홍의연;윤태;이철희;정재훈;양덕춘;윤종선
    • 한국약용작물학회지
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    • 제15권4호
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    • pp.285-290
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    • 2007
  • 본 연구는 Agrobacterium을 매개로 도라지에 PAT 유전자를 도입하여 ‘바스타’에 저항성을 가지는 형질전환 도라지를 개발하는 기술을 확립하기 위하여 수행되었다. 종자를 무균적으로 발아시킨 후 10일 된 미성숙 자엽과 성숙엽에 Agrobac-terium을 접종하고 1/10 MS 배지에서 48시간 동안 공동 배양하였다. 공동배양 후 부정아 유도를 위해 MS 선발배지 (0.2 $mg/{\ell}$ NAA, 1.0 $mg/{\ell}$ BA, 3% 설탕, pH 5.8; 3 $g/{\ell}$ gelrite, 100 $mg/{\ell}$ kanamycin, 500 $mg/{\ell}$ carbenicillin)에 치상하여 배양한 결과 미성숙 자엽의 절편에서 형질전환체로 추정되는 부정아가 형성되었고, 선발배지에 2회 계대배양하여 형질전환 추정체를 선발하였다. 이러한 형질전환 추정체는 GUS, PCR 분석 및 RT-PCR 분석에 의하여 형질전환체로 확인되었다. 또한 10 $mg/{\ell}$ 의 phosphinothricin이 함유된 배지에서 배양하여 형질전환 여부를 확인하였고, 순화재배 후 0.3% ‘바스타’를 살포한 결과 형질전환 도라지는 제초제에 저항성을 보였다. ‘바스타’에 저항성을 보인 도라지 식물체는 정상적인 생육을 계속하여 개화하였다.

방사선 치료에 내성이 유도된 두경부 편평세포암에 대한 종양살상 헤르페스 바이러스의 유전자 치료 효과 (Therapeutic Effect of Oncolytic Herpes Simplex Virus on Induced Radioresistant Head and Neck Squamous Cell Carcinoma)

  • 김세헌;최은창;이진석;천제영;변형권;송기재;김광문
    • 대한두경부종양학회지
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    • 제22권2호
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    • pp.130-136
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    • 2006
  • Introduction : The sensitivity of tumor cells to radiotherapy is a critical determinant of local control and potential cure in advanced head and neck squamous cell carcinoma(HNSCC). The emergence of radioresistant tumor cells is an obstacle to cancer therapy. Most radioresistant cells have a higher proportion of cells in the Sphase of the cell cycle and a lower apoptotic fraction than radiosensitive cells. HSV replication is increased in cells that have higher S-phase fractions. NV1066 is an oncolytic herpes simplex virus type-1 mutant. We hypothesized that NV1066 replication and cytotoxicity are increased in radioresistant cells. The purpose of this study is to evaluate the antitumor efficacy of NV1066 to treat radioresistant HNSCC. Methods : Radioresistant cells were selected by treating five HNSCC cell lines with repeated conventional fractionated doses of radiation(2Gy/day), using a Cs-137 irradiator, up to a cumulative dose of 70Gy. Clonogenic cell survival and S-phase fractions were compared between radioresistant and parental radiosensitive cells. The two cell populations were then treated with NV1066 to examine viral replication, by the viral plaque assay and viral cytotoxicity. Results : Fractionated irradiation resulted in the selection of radioresistant cells. Radioresistant cells had a higher S-phase fraction(42.9%) compared to parental cells(26.2%). NV1066 replication in radioresistant cells was 7.4 times higher than in parental cells(p<0.01). Treatment with NV1066 resulted in increased cytotoxicity of 24.5% in radioresistant cells compared to parental cells(p<0.05). Conclusion : NV1066 showed increased viral replication and cytotoxicity in radioresistant HNSCC cell lines. These findings suggest a potential clinical application for this oncolytic viral therapy as treatment for radioresistant head and neck cancers.

Microsatellite makers를 이용한 마품종 간의 평가 및 유전적 다양성 (Assessment of Genetic Diversity of Horse Breeds Using Microsatellite Makers)

  • 정지혜;이미랑;하태용;김선구;신택순;강한선;이홍구;조길재;박경도;조병욱
    • 생명과학회지
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    • 제19권2호
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    • pp.169-173
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    • 2009
  • 본 연구는 마품종 간의 유전적 배경과 다양성을 분석하기 위해 제주마, 경주마, 더러브렛, 몽고마, 쿼터호스, 일본마를 기초 축으로 생물체 집단 간의 유전적 배경 및 관련성을 연구하는데 도움 되는 microsatellite marker를 사용하여 13종의 좌위에 대한 개체별 유전자형을 분석하여 대립 유전자별 빈도에 있어 품종별 차이를 보이는 microsatellite loci들을 나타냈다. 전체 개체들의 유전적 다양성을 나타내는 유전자 좌위별 품종별 기대 이형질성은 0.669-0.869를 나타냈고, 전체 집단 간의 유전자 분화정도는 0.061-0.219를 나타냈다. 이러한 대립 유전자 빈도를 근거로 하여 DISPAN 프로그램을 이용하여 집단 간 표준 유전적 거리를 도식하여 유전자 좌위별 유전적 거리는 0.137-0.414를 나타내어 마품종간의 유전적 다양성과 관련성을 고찰할 수 있게 되었다. 따라서 초위성체 유전자 표지를 이용하여 집단 내의의 혈통분석 및 분자 진화학을 연구하는데 도움이 될 것으로 사료된다.

감초 추출물이 항생제 내성균주의 항균활성에 미치는 영향 (Antimicrobial Effect of Extract of Glycyrrhiza uralensis on Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus)

  • 이지원;지영주;유미희;임효권;황보미향;이인선
    • 한국식품과학회지
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    • 제37권3호
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    • pp.456-464
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    • 2005
  • 본 연구에서는 최근 전세계적으로 문제가 되고 있는 항생제 내성균에 대해 그 항균효과를 천연의 약용식물을 이용하여 분자생물학적 수준에서 비교해보고 천연항균제의 개발에 우선하여 직접 식품에 첨가하여 그 효과를 검색하고자 하였다. 병원내감염의 주된 원인균으로 알려진 황색포도상구균(Staphylococcusaureus)은 여러 항균제에 대하여 내성을 획득함으로써 질병의 치료를 어렵게 한다는 점에서 매우 심각한 문제이다. 이러한 내성균은 다양한 방법으로 동 식물에 빠르게 전파되고 있으므로 소비자가 내성균을 지닌 식품을 섭취해 잠재적인 내성균을 보유하게 되는 결과를 낳게 된다. 이러한 항생제 내성 황색포도상구균(Methicillin Resistant S. aureus, MRSA)에 대해 천연 약용 식물 중 우수한 항균력을 가지는 감초를 순차 분획하여 각 분획물을 이용한 MRSA에 대한 항균 활성을 알아본 결과 hexane, chloroform 분획물에서 항균활성을 나타냈으며, 동일농도의 생육저해비교 실험에서 대부분의 내성균주에 대해 대조군과 유사한 효과를 나타낸 penicillin에 비해 감초분획물이 대수기를 넘는 억제효과를 나타내었으며 이 중 chloroform 분획물이 가장 높은 저해활성을 나타내었다. 또한 RT-PCR을 통하여 표준균주와 내성균주의 내성 정도와 내성 유전자를 관찰해본 결과 KCCM 40510은 내성획득유전자인 mecA, mecRI, mecI, femA에 발현이 높게 나타나 고도내성균임을 알 수 있었으며, 고도내성을 나타내는 균주를 이용하여 감초의 chloroform 분획물을 농도별로($50,\;100,\;250\;{\mu}/mL$) 처리한 결과 농도 의존적으로 유전자 발현이 억제됨을 볼 수 있었다. 특히 고도내성균주인 KCCM 40510은 메티실린 내성을 상승시키는 mecA 유전자의 발현을 억제시키는 mecRI 유전자의 pathway와 상응하는 것으로 보여지므로 감초가 이러한 고도내성균에 효과가 있음을 알 수 있었다. 또한 SEM을 통한 형태학적 관찰을 통해 분획물 처리 시 세포벽이 파괴되는 것을 확인할 수 있었다. 한편 이러한 감초추출물을 직접 식품에 첨가하여 내성 균주에 대한 억제 효과도 확인한 결과 추출물 200mg/100mL 농도에서 포도상구균에 대해 항균효과를 나타내는 것을 볼 수 있었다.

Efficient Transduction with Recombinant Adenovirus in EBV-transformed B Lymphoblastoid Cell Lines

  • Kim, Hye-Jin;Cho, Hyun-Il;Han, Yoon-Hee;Park, Soo-Young;Kim, Dong-Wook;Lee, Dong-Gun;Kim, Jee-Hoon;Shin, Wan-Shik;Paik, Soon-Young;Kim, Chun-Choo;Hong, Young-Seon;Kim, Tai-Gyu
    • BMB Reports
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    • 제37권3호
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    • pp.376-382
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    • 2004
  • The Epstein-Barr-transformed B lymphoblastoid cell lines, LCL, which express antigens, are potential antigen-presenting cells (APCs) for the induction of cytotoxic T lymphocytes in vitro. However, transfecting LCL with subsequent selection by antibiotics is notoriously difficult because the plating efficiencies of LCL are reported to be 1% or less. Therefore, this study investigated the optimal conditions for increasing the transduction efficiency of a recombinant adenovirus to LCL for use as a source of APCs. The transduction efficiencies were < 13% (SD $\pm$ 2.13) at a multiplicity of infection (MOI) of 100, while it was increased to 28% (SD $\pm$ 9.43) at an MOI of 1000. Moreover, its efficiencies to LCL that expressed the coxsackie adenovirus receptor were increased to 60% (SD $\pm$ 6.35) at an MOI of 1000, and were further increased to 70% (SD $\pm$ 4.56) when combined with the centrifugal method. The cationic liposome or anionic polymer had no effect on the transduction efficiency when compared to that of the centrifugal method. These results may be used as a convenient source of target cells for a CTL assay and/or autologous APCs for the induction of the in vitro CTL responses that are specific to viral and tumor antigens.