Purpose: In a diabetic foot ulcer, superficial fungal infection of the foot may disrupt the skin integrity and provide an avenue for bacterial infection. The prevalence of fungal infection in diabetic foot ulcer has been reported as 12-30% in Caucasian patients. However, no data are available for Korean patients. The purpose of the study was to examine the prevalence of fungal infection in diabetic foot patients admitted in our clinic. Methods: This study included consecutive 30 diabetic foot ulcer patients(24 males and 6 females) admitted from May 2007 to July 2007. The mean age was 60.5 years. All patients underwent mycological examination including direct microscopic examination in KOH and culturing on slants and tubes with Sabouraud's glucose agar. Results: Clinical signs of presumed fungal infection, which were examined by dermatologists, were found in all patients included in this study. Direct microscopic examination was positive for the specimens of the skin and the toenails in 28(93.3%) and 25(83.3%) patients, respectively. In addition, culture result was positive for the specimens of the skin and the toenails in 5(16.73%) and 7(23.3%) patients, respectively. Conclusion: The prevalence of fungal infection in diabetic foot ulcer patients admitted in our clinic is much higher than that in Caucasian patients(83.3-93.3% vs 12-30%).
Effects of various preservation periods and subcultures on fruiting body formation of Cordyceps militaris were investigated using EFCC C-10995 single ascospore strains. Fruiting body formation by original strains was profuse when preserved at $4^{\circ}C$ for $5{\sim}6$ months. Fruiting from subcultures was stable till second to sixth subcultures, after which it decreased sharply. The more the colony color of subcultures changed, the less the fruiting bodies formed. Liquid inoculum preparation of single ascospore strains in the same or separate broths did not affect fruiting body formation. Similarly, two strains C-10995-3 and C-10995-6 in different numbers during liquid inoculum preparation produced similar fruiting bodies.
Wu, Jiayao;Choi, Jaeyoung;Asiegbu, Fred O.;Lee, Yong-Hwan
Mycobiology
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v.48
no.5
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pp.373-382
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2020
Laccases (EC 1.10.3.2), a group of multi-copper oxidases (MCOs), play multiple biological functions and widely exist in many species. Fungal laccases have been extensively studied for their industrial applications, however, there was no database specially focused on fungal laccases. To provide a comparative genomics platform for fungal laccases, we have developed a comparative genomics platform for laccases and MCOs (http://laccase.riceblast.snu.ac. kr/). Based on protein domain profiles of characterized sequences, 3,571 laccases were predicted from 690 genomes including 253 fungi. The number of putative laccases and their properties exhibited dynamic distribution across the taxonomy. A total of 505 laccases from 68 genomes were selected and subjected to phylogenetic analysis. As a result, four clades comprised of nine subclades were phylogenetically grouped by their putative functions and analyzed at the sequence level. Our work would provide a workbench for putative laccases mainly focused on the fungal kingdom as well as a new perspective in the identification and classification of putative laccases and MCOs.
The diversity and plant growth-promoting ability of fungal endophytes that are associated with five halophytic plant species (Phragmites australis, Suaeda australis, Limonium tetragonum, Suaeda glauca Bunge, and Suaeda maritima) growing in the Buan salt marsh on the west coast of South Korea have been explored. About 188 fungal strains were isolated from these plant samples' roots and were then studied with the use of the internal transcribed spacer (ITS) region (ITS1-5.8S-ITS2). The endophytic fungal strains belonged to 33 genera. Alternaria (18%) and Fusarium (12.8%), of the classes Dothideomycetes and Sordariomycetes, were most rampant in the coastal salt marsh plants. There was a higher diversity in fungal endophytes that are isolated from S. glauca Bunge than in isolates from other coastal salt marsh plants. Plant growth-promoting experiments with the use of Waito-C rice seedlings show that some of the fungal strains could encourage a more efficient growth than others. Furthermore, gibberellins (GAs) GA1, GA3, and GA9 were seen in the Sa-1-4-3 isolate (Acrostalagmus luteoalbus) culture filtrate with a gas chromatography/mass spectrometry.
Bioactive natural compounds, isolated from fungal endophytes, play a promising role in the search for novel drugs. They are an inspiring source for researchers due to their enormous structural diversity and complexity. During the present study fungal endophytes were isolated from a well-known medicinal shrub, Berberis aristata DC. and were explored for their antagonistic and antioxidant potential. B. aristata, an important medicinal shrub with remarkable pharmacological properties, is native to Northern Himalayan region. A total of 131 endophytic fungal isolates belonging to eighteen species and nine genera were obtained from three hundred and thirty surface sterilized segments of different tissues of B. aristata. The isolated fungi were classified on the basis of morphological and molecular analysis. Diversity and species richness was found to be higher in leaf tissues as compared to root and stem. Antibacterial activity demonstrated that the crude ethyl acetate extract of 80% isolates exhibited significant results against one or more bacterial pathogens. Ethyl acetate extract of Alternaria macrospora was found to have potential antibacterial activity. Significant antioxidant activity was also found in crude ethyl acetate extracts of Alternaria alternata and Aspergillus flavus. Similarly, antagonistic activity of the fungal endophytes revealed that all antagonists possessed inhibition potential against more than one fungal pathogen. This study is an important step towards tapping endophytic fungal diversity for bioactive metabolites which could be a step forward towards development of novel therapeutic agents.
Tyler J. Barzee;Hamed M. El-Mashad;Andrew R. Burch;Annaliese K. Franz;Ruihong Zhang
Journal of Microbiology and Biotechnology
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v.33
no.2
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pp.251-259
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2023
Immobilizing microalgae cells in a hyphal matrix can simplify harvest while producing novel mycoalgae products with potential food, feed, biomaterial, and renewable energy applications; however, limited quantitative information to describe the process and its applicability under various conditions leads to difficulties in comparing across studies and scaling-up. Here, we demonstrate the immobilization of both active and heat-deactivated marine diatom Phaeodactylum tricornutum (UTEX 466) using different loadings of fungal pellets (Aspergillus sp.) and model the process through kinetics and equilibrium models. Active P. tricornutum cells were not required for the fungal-assisted immobilization process and the fungal isolate was able to immobilize more than its original mass of microalgae. The Freundlich isotherm model adequately described the equilibrium immobilization characteristics and indicated increased normalized algae immobilization (g algae removed/g fungi loaded) under low fungal pellet loadings. The kinetics of algae immobilization by the fungal pellets were found to be adequately modeled using both a pseudo-second order model and a model previously developed for fungal-assisted algae immobilization. These results provide new insights into the behavior and potential applications of fungal-assisted algae immobilization.
Endophytic fungi are present in host plants and contribute to resistance to biotic and abiotic stress. Aquatic plants are living in aquatic environment such as saltwater or freshwater and exposed more water stress than other land plants. In this study, we investigated 4 wetlands in Jeju and collected 11 aquatic plants. Exogenous microbes were removed by preprocessing of plants and endophytic fungal strains were isolated from the plants. We isolated 126 fungal strains from Namsaengi-pond, 22 fungal strains from Sujangdong-marsh, 44 fungal strains from Yongsu-reservoir and 32 fungal strains from Gangjeongcheon. The fungal strains were identified using internal transcribed spacer (ITS) region and analyzed the phylogeny and diversity. Endophytic fungi isolated from plants of Namsaengi-pond were classified to 30 genera, 19 families, 12 orders, 7 classes and 4 phyla. Endophytic fungi of Sujangdong-marsh were classified to 11 genera, 11 families, 6 orders, 5 classes and 4 phyla. Endophytic fungi of Yongsu-reservoir were classified to 13 genera, 12 families, 7 orders, 5 classes and 4 phyla. Endophytic fungi isolated from Gangjeongcheon were classified to 9 genera, 7 families, 5 orders, 2 classes and 1 phyla. Overall, they were divided 40 genera and Alternaria, Colletotrichum and Fusarium were isolated from 4 sites in common. By investigating the endophytic fungi in aquatic plants, it is for baseline data that determination of diversity and the ecological distribution of endophytic fungi.
International Journal of Industrial Entomology and Biomaterials
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v.26
no.2
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pp.89-94
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2013
Entomopathogenic fungal species have been investigated for their potential use as biological control agents owing to their natural role as insect pathogens. These fungi produce a wide range of secondary metabolites with high therapeutic values, such as antibiotics and cytotoxic substances. To evaluate the antibacterial activity of entomopathogenic fungi, 10 isolates from Korean soil were selected and tested for their activity against Escherichia coli by using fungal culture filtrates. Antibacterial activity was assessed using a two-step process: (1) a screening assay for the selection of fungal isolates and (2) a quantitative assay to evaluate the activity of select fungi. Although 4 fungal isolates were selected through the screening assay, only 3 fungal isolates, from Beauveria bassiana and Metarhizium anisopliae, showed high antibacterial activity according to the quantitative assay. The antibacterial activity of selected fungal culture filtrates was stable when exposed to heat and proteolytic enzyme treatments, which indicated that the antibacterial compound is not a protein. These entomopathogenic fungal metabolites might be useful as a source for bacterial control and in the pharmaceutical industry.
Endophytic fungi were isolated from roots of six halophytes in Suncheon Bay. The endophytic fungi of 35 species isolated from halophytes were identified by internal transcribed spacer (ITS) containing the ITS1, 5.8s, and ITS2 regions. All fungal strains were analyzed to diversity at the genus level. Fungal culture filtrates (FCF) of endophytic fungi were treated to Waito-c rice (WR) seedling for plant growth-promoting verification. It was confirmed that fungal strain Sj-2-2 provided plant growth promotion (PGP) to WR seedling. Then, PGP of Suaeda japonica was confirmed by treating culture filtrate of Sj-2-2. As a result, it was verified that culture filtrate of Sj-2-2 had more advanced PGP than positive control when treated to S. japonica. The secondary metabolites involved in culture filtrate of Sj-2-2 were identified by HPLC and GC-MS SIM analysis. The presence of physiologically bioactive gibberellins (GAs) and other inactive GAs in culture filtrate of Sj-2-2 was detected. The molecular analysis of sequences of Sj-2-2 showed the similarity to Penicillium sp. of 99% homology. The PGP of Sj-2-2 as well as symbiosis between endophytic fungi and halophytes growing naturally in salt marsh was confirmed. Sj-2-2 was identified as a new fungal strain producing GAs by molecular analysis of sequences. Consequently, the Sj-2-2 fungal strain was named as Penicillium sp. Sj-2-2. In this study, the diversity of endophytic fungi isolated from roots of halophytes in salt marsh and the PGP of a new gibberellin-producing fungal strain were confirmed.
Kim, Miae;Yoon, Hyeokjun;You, Young-Hyun;Kim, Ye-Eun;Woo, Ju-Ri;Seo, Yeonggyo;Lee, Gyeong-Min;Kim, Young Ja;Kong, Won-Sik;Kim, Jong-Guk
Journal of Microbiology and Biotechnology
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v.23
no.10
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pp.1347-1356
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2013
Tricholoma matsutake, an ectomycorrhiza that has mutual relationships with the rootlet of Pinus denisflora, forms a fruiting body that serves as a valuable food in Asia. However, the artificial culture of this fungus has not been successful. Soil fungi, including T. matsutake, coexist with many other microorganisms and plants; therefore, complex microbial communities have an influence on the fruiting body formation of T. matsutake. Here, we report on the structures of fungal communities associated with the fairy ring of T. matsutake through the pyrosequencing method. Soil samples were collected inside the fairy ring zone, in the fairy ring zone, and outside the fairy ring zone. A total of 37,125 sequencing reads were obtained and 728 to 1,962 operational taxonomic units (OTUs) were observed in the sampling zones. The fairy ring zone had the lowest OTUs and the lowest fungal diversity of all sampling zones. The number of OTUs and fungal taxa inside and outside the fairy ring zone was, respectively, about 2 times and 1.5 times higher than the fairy ring. Taxonomic analysis showed that each sampling zone has different fungal communities. In particular, out of 209 genera total, 6 genera in the fairy ring zone, such as Hemimycena, were uniquely present and 31 genera, such as Mycena, Boletopsis, and Repetophragma, were specifically absent. The results of metagenomic analysis based on the pyrosequencing indicate a decrease of fungal communities in the fairy ring zone and changes of fungal communities depending on the fairy ring growth of T. matsutake.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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