• 제목/요약/키워드: Functional matrix

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Kidney Toxicity Induced by 13 Weeks Exposure to the Fruiting Body of Paecilomyces sinclairii in Rats

  • Jeong, Mi-Hye;Kim, Young-Won;Min, Jeong-Ran;Kwon, Min;Han, Beom-Suk;Kim, Jeong-Gyu;Jeong, Sang-Hee
    • Toxicological Research
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    • 제28권3호
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    • pp.179-185
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    • 2012
  • Paecilomyces sinclairiis (PS) is known as a functional food or human health supplement. However concerns have been raised about its kidney toxicity. This study was performed to investigate the kidney toxicity of PS by 13 week-oral administration to rats. Blood urea nitrogen (BUN), serum creatinine, and kidney damage biomarkers including beta-2-microglobulin (${\beta}2m$), glutathione S-transferase alpha (GST-${\alpha}$), kidney injury molecule 1 (KIM-1), tissue inhibitor of matrix metalloproteinase 1 (TIMP-1), vascular endothelial growth factor (VEGF), calbindin, clusterin, cystatin C, neutrophil gelatinase-associated lipocalin (NGAL) and osteopontin were measured during or after the treatment of PS. BUN, creatinine and kidney damage biomarkers in serum were not changed by PS. However, kidney cell karyomegaly and tubular hypertrophy were observed dose-dependently with higher severity in males. KIM-1, TIMP-1 and osteopontin in kidney and urine were increased dose dependently in male or at the highest dose in female rats. Increased urinary osteopontin by PS was not recovered at 2 weeks of post-exposure in both genders. Cystatin C in kidney was decreased at all treatment groups but inversely increased in urine. The changes in kidney damage biomarkers were more remarkable in male than female rats. These data indicate that the PS may provoke renal cell damage and glomerular filtration dysfunction in rats with histopathological lesions and change of kidney damage biomarkers in kidney or urine. Kidney and urinary KIM-1 and cystatin C were the most marked indicators, while kidney weight, BUN and creatinine and kidney damage biomarkers in serum were not influenced.

Comprehensive proteome analysis using quantitative proteomic technologies

  • Kamal, Abu Hena Mostafa;Choi, Jong-Soon;Cho, Yong-Gu;Kim, Hong-Sig;Song, Beom-Heon;Lee, Chul-Won;Woo, Sun-Hee
    • Journal of Plant Biotechnology
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    • 제37권2호
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    • pp.196-204
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    • 2010
  • With the completion of genome sequencing of several organisms, attention has been focused to determine the function and functional network of proteins by proteome analysis. The recent techniques of proteomics have been advanced quickly so that the high-throughput and systematic analyses of cellular proteins are enabled in combination with bioinformatics tools. Furthermore, the development of proteomic techniques helps to elucidate the functions of proteins under stress or diseased condition, resulting in the discovery of biomarkers responsible for the biological stimuli. Ultimate goal of proteomics orients toward the entire proteome of life, subcellular localization, biochemical activities, and their regulation. Comprehensive analysis strategies of proteomics can be classified as three categories: (i) protein separation by 2-dimensional gel electrophoresis (2-DE) or liquid chromatography (LC), (ii) protein identification by either Edman sequencing or mass spectrometry (MS), and (iii) quanitation of proteome. Currently MS-based proteomics turns shiftly from qualitative proteome analysis by 2-DE or 2D-LC coupled with off-line matrix assisted laser desorption ionization (MALDI) and on-line electrospray ionization (ESI) MS, respectively, to quantitative proteome analysis. Some new techniques which include top-down mass spectrometry and tandem affinity purification have emerged. The in vitro quantitative proteomic techniques include differential gel electrophoresis with fluorescence dyes, protein-labeling tagging with isotope-coded affinity tag, and peptide-labeling tagging with isobaric tags for relative and absolute quantitation. In addition, stable isotope labeled amino acid can be in vivo labeled into live culture cells through metabolic incorporation. MS-based proteomics extends to detect the phosphopeptide mapping of biologically crucial protein known as one of post-translational modification. These complementary proteomic techniques contribute to not only the understanding of basic biological function but also the application to the applied sciences for industry.

Advanced Low-k Materials for Cu/Low-k Chips

  • Choi, Chi-Kyu
    • 한국진공학회:학술대회논문집
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    • 한국진공학회 2012년도 제42회 동계 정기 학술대회 초록집
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    • pp.71-71
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    • 2012
  • As the critical dimensions of integrated circuits are scaled down, the line width and spacing between the metal interconnects are made smaller. The dielectric film used as insulation between the metal lines contributes to the resistance-capacitance (RC) time constant that governs the device speed. If the RC time delay, cross talk and lowering the power dissipation are to be reduced, the intermetal dielectric (IMD) films should have a low dielectric constant. The introduction of Cu and low-k dielectrics has incrementally improved the situation as compared to the conventional $Al/SiO_2$ technology by reducing both the resistivity and the capacitance between interconnects. Some of the potential candidate materials to be used as an ILD are organic and inorganic precursors such as hydrogensilsequioxane (HSQ), silsesquioxane (SSQ), methylsilsisequioxane (MSQ) and carbon doped silicon oxide (SiOCH), It has been shown that organic functional groups can dramatically decrease dielectric constant by increasing the free volume of films. Recently, various inorganic precursors have been used to prepare the SiOCH films. The k value of the material depends on the number of $CH_3$ groups built into the structure since they lower both polarity and density of the material by steric hindrance, which the replacement of Si-O bonds with Si-$CH_3$ (methyl group) bonds causes bulk porosity due to the formation of nano-sized voids within the silicon oxide matrix. In this talk, we will be introduce some properties of SiOC(-H) thin films deposited with the dimethyldimethoxysilane (DMDMS: $C_4H_{12}O_2Si$) and oxygen as precursors by using plasma-enhanced chemical vapor deposition with and without ultraviolet (UV) irradiation.

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이차원 전기영동과 펩타이드 지문 검색법을 이용한 초파리의 프로테옴 분석 (Proteome Analysis of Drosophila melanogaster Used 2-DE and MALDI- TOF-MS)

  • 박정원;차재영;송재영;김희규;김범규;전병삼
    • 생명과학회지
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    • 제15권3호
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    • pp.427-433
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    • 2005
  • 초파리는 유전학, 발달 생물학, 행동 유전학, 노화 연구에 이르기까지 수많은 연구에 이용 되어져 왔다. 최근 초파리 전체 유전자의 염기서열이 보고되었으며, 유전자의 기능 분석과 발현 단백질에 대한 연구가 진행되고 있다. 본 연구에서는 야생형 초파리에서 추출한 단백질을 이차원 전기영동을 통해 400여개 이상의 단백질 스폿으로 분리하였으며, 각 스폿을 적출하여 트립신으로 처리하여 얻어진 펩타이드 단편을 MALDI-TOF-MS를 이용한 펩타이드 지문 검색으로 질량을 측정하였다. 측정된 질량을 초파리 데이터 베이스를 이용하여 분리한 단백질을 동정함으로써 59개의 유전자에서 발현되는 65개의 단백질 스폿을 동정하였다. 이러한 결과는 향후의 발생단계, 외부 자극, 노화 등에 관련되는 특이적 단백질 연구의 기초 자료로 활용될 수 있을 것이다.

수학적 모형화 기법이 GPS 기준점 측량 정확도 표현에 미치는 영향 (Impact of Mathematical Modeling Schemes into Accuracy Representation of GPS Control Surveying)

  • 이흥규;서완수
    • 한국측량학회지
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    • 제30권5호
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    • pp.445-458
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    • 2012
  • GPS 기준점 측량은 관측과 데이터 처리를 통해 측지계에 대한 물리적인 표지의 위치를 목표 정확도 범위 이내로 결정하기 위해 실시하며, 이러한 이유로 측량 정확도를 실제와 유사하게 표현하는 것이 매우 중요한 문제이다. 망조정을 통해 산정되는 기준점 성과의 정확도는 사용되는 수학적 모형에 민감한 영향을 받는 추정좌표의 분산-공분산 행렬에 의해 정량적으로 표현된다. 본 연구는 GPS 망조정에 사용되는 함수모형과 통계모형이 기준점 위치 추정과 정확도 표현에 미치는 영향을 연구하여 향후 정확도 표현의 표준화를 위한 기초자료 확보를 위해 실시하였다. 이를 위하여 단일기선해석 다중세션 망조정 이론과 절차와 방법을 실제 관측데이터 처리를 통한 수치적 분석을 병행한 연구를 수행 하였다. 그 결과 절대정확도와 상대정확도를 보다 현실적으로 반영하여 표현하기 위해서는 잔존하는 관측오차의 모형화가 가능한 경험적 통계모형을 사용하는 다점가중제약조정이 GPS 기준점 성과산정을 위한 수학적 모형으로 보다 타당한 것으로 분석되었다.

핵자기 뇌기능 영상에서 군집경계기법을 이용한 영상처리법 (The Clustering Threshold Image Processing Technique in fMRI)

  • 정순철;노용만;조장희
    • 대한의용생체공학회:의공학회지
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    • 제16권4호
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    • pp.425-430
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    • 1995
  • 핵자기 공명 뇌기능 영상에서 상관관계를 이용한 데이터 해석기법이 많이 사용되고 있다. 이 논문에서 새롭게 제안된 CLT 기법은 상관관계(CCT)를 이용한 기법을 변화시켜서, 이 CCT기법의 단점을 보완하고자 하였다. CLT기법은 다음의 두 단계로 이루어진다. 첫째, 잡음을 포함한 CCT기법의 상관계수결과로 부터 잡음은 제거하고 실제 자극반응 픽셀들은 추출한다. 둘째, 이산적인 분포를 가지는 반응 픽셀들을 두 가지의 선별법으로 군집을 이루도록 한다. 이 CLT기법을 이용해서 실제 자극에 반응하는 픽셀들은 서로 모이게 하였고, 잡음에 기인한 오류의 픽셀들은 제거 되어질 수 있었다. 본 논문에서 제안된 CLT기법은 기존의 다른 기법에 비해 여러 잇점이 있고, 특히 잡음에 강한 특성이 있다.

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빅벨리해마(Hippocampus abdominalis)에서의 Mitochondrial Heat Shock Protein 75 유전자의 특징과 발현 분석 (Characterization of Mitochondrial Heat Shock Protein 75 (mtHSP75) of the Big-belly Seahorse Hippocampus abdominalis)

  • 고지연;;이숙경;;오민영;이제희
    • 한국수산과학회지
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    • 제48권3호
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    • pp.354-361
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    • 2015
  • Mitochondrial heat shock protein 75 (mtHSP75) is a member of the HSP90 family and plays essential roles in refolding proteins of the mitochondrial matrix. Mitochondria provide energy in the form of ATP and generate reactive oxygen species (ROS). Heat shock proteins (HSPs) are activated in response to stress, and protect cells. In this study, we characterized the mtHSP75 of the big-belly seahorse Hippocampus abdominalis. The protein (BsmtHSP75) is encoded by an open reading frame (ORF) of 2,157 nucleotides, has 719 amino acids (aa), and is of molecular mass 82 kDa. BsmtHSP75 has two functional domains, a histidine kinase-like ATPase (HATPase_c) domain (123-276 aa) and an HSP90 family domain (302-718 aa). BsmtHSP75 was expressed in all tested tissues of healthy seahorses. The ovary contained the highest transcription level, followed (in order) by the blood, brain, and muscle. Pouch tissue showed the lowest expression level. The expression of BsmtHSP75 was significantly (P<0.05) up-regulated on viral or bacterial challenge, suggesting that BsmtHSP75 plays a role in the immune defense against bacterial and viral pathogens.

Hirschsprung's Disease: Etiology and Pathophysiology

  • 이명덕
    • Advances in pediatric surgery
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    • 제8권1호
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    • pp.41-47
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    • 2002
  • 장 운동은 장근 및 점막하 신경총으로 구성된 내인성 신경계와 외인성 신경계가 합세하여 균형을 이루면서 장관이 팽창하면 상부는 수축하고 하부는 이완되어 장 내용물이 하방으로 이 동하는 운동이 연속적으로 이어지는 것이다. 신경절 세포가 없으면 내인성 신경계 억제작용 매체인 NO의 결손으로 평활근이 이완되지 않을 뿐더러 외인성 신경계 작용이 장벽에 현저히 증가되어 평소의 2-3배가 되는데 특히 adrenergic 계가 더 작용이 강하여 장벽 긴장도가 증가된 것이 무신경절 장관에서 나타나는 장 운동장애 현상의 병태생리로 설명되고 있다. 이러한 신경총의 부재는 NCC의 이동, 정착 및 성숙에 관여하는 여러 인자들의 복합적인 병적 작용 발현으로 일어나는 발생학적인 현상이며, 이러한 각종 인자들의 결함은 이와 관련된 염색체 혹은 유전자들의 변이 현상에 의한 것으로 밝혀짐에 따라 유전적인 요인들이 깊이 내재되어 있는 것이 하나씩 증명되어가고 있는 단계라고 말 할 수 있다. 지금까지는 HD와 동반되어 나타나는 이러한 현상들을 밝혀 나가고 있는 단계에 불과하며, 이러한 분자생물학적인 지식을 기초로 한다고 하여도 아직은 발병 예방이나 유전적인 치료를 고려할 수 있는 수준에는 미치지 못하는 실정이다.

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IEEE 802.16e WiMAX용 부호율 1/2, 2304-비트 LDPC 복호기 (Code Rate 1/2, 2304-b LDPC Decoder for IEEE 802.16e WiMAX)

  • 김해주;신경욱
    • 한국통신학회논문지
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    • 제36권4A호
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    • pp.414-422
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    • 2011
  • 모바일 WiMAX 표준 IEEE 802.16e의 블록길이 2,304 비트, 부호율 1/2을 지원하는 LDPC(low-density parity-check) 복호기를 설계하였다. 설계된 LDPC 복호기는 최소-합(min-sum) 알고리듬과 layered 복호를 기반으로 $96{\times}96$ 크기의 부행렬을 병렬로 처리하는 부분병렬 구조를 갖는다. 최소-합 알고리듬의 특징을 이용하여 메모리 용량을 감소시킬 수 있는 새로운 방법을 고안하여 적용함으로써 검사노드 메모리 용량을 기존의 방법보다 46% 감소시켰다. Verilog HDL로 설계된 LDPC 복호기를 $0.18{\mu}m$ CMOS 셀 라이브러리로 합성한 결과 174,181개의 게이트와 52,992 비프의 메모리로 구현되었으며, Eb/No=2.1dB의 AWGN 채널에 대해 평균 비트 오율 (BER)는 $4.34{\times}10^{-5}$이고, 100 MHz@1.8-V로 동작하여 약 417 Mbps의 성능을 갖는다.

파인 세라믹의 분석을 위한 알칼리 용융법과 고압 산분해법의 비교 및 응용 (Comparison and Application of Alkali Fusion and High Pressure Acid Digestion Methods for the Analysis of Ultra Fine Powder Ceramics)

  • 임흥빈;한정란;이계호;이광우;유택아명
    • 대한화학회지
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    • 제38권6호
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    • pp.411-417
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    • 1994
  • 난용성 신소재 중의 하나인 파인 세라믹의 분석을 위하여, 알칼리 용융법과 고압 산분해법 등의 시료 전처리법을 유도결합원자발광분석기(ICP-AES)를 이용하여 연구하였다. Al2O3 분말을 분석하여 본 결과, 고압 산분해법이 알칼리 용융법보다 재현성 있는 측정치를 얻을 수 있었다. SiC분말의 경우에서는 고압산분해법으로 처리한 후 Si매트릭스를 Si-F형태로 증발시켜서 분석하여 본 결과 분말 중의 ppm 농도 범위의 불순물들이 매트릭스에 의한 간섭없이 분석되었다. 일본 인증기준물인 JCRM022, JCRM023 초미립 분말을 고압 산분해법으로 분석하여 본 결과, 좋은 재현성과 높은 정확성을 나타내었다.

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