• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제31권8호
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• pp.1134-1140
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• 2018

Objective: Fatty acid composition is one of the most important meat quality traits because it can contribute to functional, sensorial, and nutritional factors. In this study, quantitative trait locus (QTL) analyses for fatty acid composition traits were investigated in thigh and breast meat of Korean native chicken (KNC). Methods: In total, 18 fatty acid composition traits were investigated from each meat sample using 83 parents, and 595 $F_1$ chicks of 20 week old. Genotype assessment was performed using 171 informative DNA markers on 26 autosomes. The KNC linkage map was constructed by CRI-MAP software, which calculated genetic distances, with map orders between markers. The half-sib and full-sib QTL analyses were performed using GridQTL and SOLAR programs, respectively. Results: In total, 30 QTLs (12 in the thigh and 18 in the breast meat) were detected by the half-sib analysis and 7 QTLs (3 in the thigh and 4 in the breast meat) were identified by the full-sib analysis. Conclusion: With further verification of the QTL regions using additional markers and positional candidate gene studies, these results can provide valuable information for determining causative mutations affecting the fatty acid composition of KNC meat. Moreover, these findings may aid in the selection of birds with favorable fatty acid composition traits.

• 한국산림과학회지
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• 제94권3호통권160호
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• pp.178-182
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• 2005

소나무의 2년생 인공교배(人工交配) 전형매차대목(全兄妹次代木) 114개체를 대상으로 화분친(花粉親)이 아닌 개체의 화분에 의해 생성된 차대목(次代木)을 식별하기 위하여 부계유전(父系遺傳)되는 반수체(半數體) 표지자인 cpSSR 표지자 분석을 실시하였다. 3개의 cpSSR primer를 이용한 PCR 분석을 통하여 화분친(花粉親)과 3개 모수(母樹)의 haplotype 조합을 결정하고, 이에 의해 각 개체의 DNA 지문이 확인되었다. 동일한 cpSSR primer를 사용하여 전형매차대(全兄妹次代) 114개 개체목의 haplotype을 확인하고 이를 화분친(花粉親) 및 3개 모수(母樹)에서 확인된 haplotype 조합과 비교한 결과, 이들 중 14개체에서 인공교배(人工交配) 화분친(花粉親)과 다른 cpDNA haplotype이 확인되어 이들이 교배에 사용된 화분친(花粉親)이 아닌 타개체로부터 유입된 화분에 의해서 생성된 개체로 동정되었다. 특히, 강원30으로부터 생산된 차대(次代) 중 한 개체목은 불완전한 제웅(除雄)이나 인공교배(人工交配)시 모수(母樹)에서 생산된 화분의 유입으로 인해서 야기된 자가교배(自家交配)에 의해서 생성되었을 가능성이 매우 높은 것으로 나타났다. 본 연구에서 분석된 cpSSR 지문분석은 향후 자연림내 친계차대목(親系次代木) 감별과 삽목, 접목 및 조직배양에 의한 무성번식묘(無性繁殖苗)의 동정, 순수(純粹) 전형매차대(全兄妹次代)의 확인 등 식물법의학적(植物法醫學的) 분석법(分析法)에 유용하게 활용될 수 있을 것으로 기대된다.

• 한국수산과학회지
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• 제32권4호
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• pp.404-408
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• 1999

본 연구에서는 나일틸라피아의 초기성장에 대한 유전적 개량의 가능성을 알아보기 위해 60일령 나일틸라피아를 대상으로 체고(BH1, BH2)를 비롯한 8 가지의 계측형질에 대해 형매분석 (sib analysis)에 의하여 유전모수를 추정하였다. 각 계측형질에서의 sire 유전율 ($h^2_s$)은 0.08$\~$0.70, dam 유전율 ($h^2_d$)은 0.22$\~$0.41, 전형매 유전율 ($h^2_{s+d}$)은 0.18$\~$0.55의 범위였다. SL의 경우 각각 0.13, 0.22 및 0.18로 추정되었다. 한편, 본 연구에서 계측형질로 채택한 BH2의 "$h^2_s$, $h^2_d$ 및 $h^2_{s+d}$은 각각 0.08, 0.38 및 0.23으로서 새로운 선발 대상 형질로의 활용 가능성을 보였다. 또한 이들 8 개 계측형질간의 표현형상관 및 유전상관을 추정하였는데, 표현형상 관계수는 0.86$\~$0.97의 범위였고, 유전상관계수는 0.90$\~$0.99로 나타났다. 앞으로 더욱 정확한 유전모수의 추정을 위한 지속적인 연구가 필요하나, 본 연구 결과 개체선발에 의해서 나일틸라피아의 초기성장에 대한 유전적 개량의 가능성을 확인할 수 있었다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제10권6호
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• pp.614-620
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• 1997

Pedigree data were used to predict the performance of 1,166 imported Americas Brahman breeder cattle, composed of 104 bulls and 1,062 heifers with an average age of 24.4 months (range of 17 to 40 months). A total of 13 full sib, 10 maternal half sib, and 228 paternal half sib groups were identified, each with average group size of 2.08, 2.00, and 4.49, respectively. Only 758 (64.9% of total) imported cattle were found to have at least one ancestor with expected progeny differences (EPDs) reported in the Spring 1995 Brahman Sire Summary. Moderate average accuracy values of .71, .69, .52, and .52 for birth weight, weaning weight, yearling weight, and maternal milk, respectively, were noted for EPDs of the ancestors. Prediction equations were derived by multiple regression analysis of available EPDs of sire, paternal grand sire, and maternal grand sire. Based on pedigree indexes that involve various combinations of available ancestral information, the average predicted EPDs (lbs) for imported cattle were $1.76{\pm}0.54$, $14.93{\pm}4.86$, $25.10{\pm}9.50$, and $5.86{\pm}2.08$ for birth weight, weaning weight, yearling weight, and maternal milk, respectively. Significant correlations (p < .05) were also found between sire and son EPDs (+.27) for yearling weight; and between sire and paternal grand sire EPDs for birth weight (+.34), weaning weight (+.51), yearling weight (+.49), and maternal milk (+.55).

• Animal Bioscience
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• 제36권9호
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• pp.1327-1335
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• 2023

Objective: When evaluating individuals with the same parent and no phenotype by pedigree best linear unbiased prediction (BLUP), it is difficult to explain carcass grade difference and select individuals because they have the same value in pedigree BLUP (PBLUP). However, single step GBLUP (ssGBLUP), which can estimate the breeding value suitable for the individual by adding genotype, is more accurate than the existing method. Methods: The breeding value and accuracy were estimated with pedigree BLUP and ssGBLUP using pedigree and genotype of 408 Hanwoo cattle from 16 families with the same parent among siblings produced by fertilized egg transplantation. A total of 14,225 Hanwoo cattle with pedigree, genotype and phenotype were used as the reference population. PBLUP obtained estimated breeding value (EBV) using the pedigree of the test and reference populations, and ssGBLUP obtained genomic EBV (GEBV) after constructing and H-matrix by integrating the pedigree and genotype of the test and reference populations. Results: For all traits, the accuracy of GEBV using ssGBLUP is 0.18 to 0.20 higher than the accuracy of EBV obtained with PBLUP. Comparison of EBV and GEBV of individuals without phenotype, since the value of EBV is estimated based on expected values of alleles passed down from common ancestors. It does not take Mendelian sampling into consideration, so the EBV of all individuals within the same family is estimated to be the same value. However, GEBV makes estimating true kinship coefficient based on different genotypes of individuals possible, so GEBV that corresponds to each individual is estimated rather than a uniform GEBV for each individual. Conclusion: Since Hanwoo cows bred through embryo transfer have a high possibility of having the same parent, if ssGBLUP after adding genotype is used, estimating true kinship coefficient corresponding to each individual becomes possible, allowing for more accurate estimation of breeding value.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제52권2호
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• pp.91-96
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• 2010

본 연구는 돼지고기 원산지 식별에 활용될 수 있는 최적의 SNP marker set을 개발 및 확립하기 위해 수행되었다. 선발된 51개의 SNP marker들의 효율성, 다형성 및 독립성 검증을 실시하였으며 51개의 SNP marker set은 MassARRAY method에 의해서 Multiplex-PCR panel 4개로 디자인 되었으며, 농장별, 생산조합별, 모돈별, 웅돈별로 효과적으로 고유 유전자형 지문분석이 가능하게 제작되었고, 다른형태의 SNP 유전자형 분석 플랫폼에 적용될 수 있는 적절한 마커 갯수이다. 또한 51개의 SNP marker set을 적용하여 모의 실험 및 친자감별확율을 계산하였을 때 무작위 교배 집단(PI), 반형매 교배집단($PI_{half-sib}$)과 전형매 교배집단($PI_{sibs}$)을 통해 모의 실험을 한 결과 $5.63{\times}10^{-33}$, $4.35{\times}10^{-15}$ 그리고 $1.32{\times}10^{-15}$로 분석되었으며 친자확인률에서도 모두 100%에 가까운 확률값을 나타내었다. 따라서 본 연구에서 개발된 SNP marker set을 이용하여 돈육제품의 원산지를 추적에 이용한다면 개별돼지의 고유한 DNA 지문 정보를 생성할 뿐만 아니라, 이를 통하여 모돈과 웅돈을 식별하여 농장원산지를 확인이 가능 할 수 있을 것으로 사료된다. 따라서 국내산 돼지의 생산에서부터 돈육제품으로의 소비까지 이력추적이 가능한 도구로 제공 될 것이다.

• 대한치매학회지
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• 제22권3호
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• pp.100-108
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• 2023

Background and Purpose: The efficacy and safety of GV1001 have been demonstrated in patients with moderate-to-severe Alzheimer's disease (AD). In this study, we aimed to further demonstrate the effectiveness of GV1001 using subscales of the Severe Impairment Battery (SIB), which is a validated measure to assess cognitive function in patients with moderate-to-severe AD. Methods: We performed a post hoc analysis of data from a 6 month, multicenter, phase 2, randomized, double-blind, placebo-controlled trial with GV1001 (ClinicalTrials.gov, NCT03184467). Patients were randomized to receive either GV1001 or a placebo for 24 weeks. In the current study, nine subscales of SIB-social interaction, memory, orientation, language, attention, praxis, visuospatial ability, construction, and orientation to name-were compared between the treatment (GV1001 1.12 mg) and placebo groups at weeks 12 and 24. The safety endpoints for these patients were also determined based on adverse events. Results: In addition to the considerable beneficial effect of GV1001 on the SIB total score, GV1001 1.12 mg showed the most significant effect on language function at 24 weeks compared to placebo in both the full analysis set (FAS) and per-protocol set (PPS) (p=0.017 and p=0.011, respectively). The rate of adverse events did not differ significantly between the 2 groups. Conclusions: Patients with moderate-to-severe AD receiving GV1001 had greater language benefits than those receiving placebo, as measured using the SIB language subscale.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제51권5호
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• pp.353-360
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• 2009

14개의 microsatellite (MS) marker를 사용 할 경우 무작위 교배 집단(PI) 가정 하에 $3.43{\times}10^{-27}$의 판별율을 보여 60 개의 single nucleotide polymorphism (SNP) marker에 비해 약 1,000배의 높은 판별 효과를 나타내는 것으로 파악되었다. 그러나, 60개의 SNP marker의 경우 반형매 교배 집단($PI_{half-sibs}$)으로 가정할 경우 $4.69{\times}10^{-20}$과 전형매 교배 집단($PI_{sibs}$)으로 가정 할 경우 $8.02{\times}10^{-12}$으로 14개의 MS marker에 비해 약 10배와 10,000배의 높은 판별 효과를 나타내는 것으로 추정되었다. 이러한 결과는 무작위 교배집단에서는 사용된 marker의 전체 대립유전자수(MS : SNP = 146 : 120)에 의하여 판별효율이 결정되는 반면, 혈연관계가 높은 반형매와 전형매 집단에서는 비슷한 총 대립유전자수일 경우 marker의 수(MS : SNP = 14 : 60)가 많은 경우가 더 높은 판별율을 보이는 것으로 나타났다. 한육우의 경우 소수의 보증 종모우를 이용해 인공수정을 통해 형성 된 거대한 반형매 집단으로 가정하였을 경우 MS와 SNP marker의 판별율은 10배 정도의 차이로 큰 차이를 보이지 않을 것으로 예견되나, likelihood rato를 이용 하는 inclusion 방법에 의하여 부모를 동시에 찾을 확률은 MS marker가 1,000 배 정도 더 효율적인 것으로 나타났다. SNP marker의 장점인 변이의 안정성, 유전자형 분석의 자동화 및 대용량화 등을 한육우의 동일성 검사에 활용하기 위해서는 분석비용 절감 방안과 분석방법 및 장비의 국산화 등 실용 및 상용화적 측면에서의 연구개발이 필요하다고 사료된다.

• 한국산림과학회지
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• 제95권4호
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• pp.483-494
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• 2006

테다소나무 7-1037 클론에서 얻은 반형매 풍매 차대의 반수체 DNA에 대해 AFLP 표지자 분석을 수행하여 유전연관지도를 작성하고, 6년생 때의 수고 및 흉고직경 생장에 대한 QTL mapping을 수행하였다. 121개 AFLP 표지자로 전체 연관거리 1,869 cM, marker간 평균거리 18.5 cM의 20개 framework map을 작성하였다. Composite interval mapping 방법에 의해 수고 생장의 전체 표현형 변이의 5.9%를 설명할 수 있는 l개의 QTL과 흉고직경 생장 변이의 3.9~5.6%를 설명할 수 있는 3개의 QTL을 동정하였으며, QTL 간의 상호작용 효과는 없었다. 수고 생장에 대한 QTL의 유전적 효과는 39.6cm이었고, 흉고직경 생장에서는 7.20~9.41 mm인 것으로 추정되었다. 상기 QTL들과 가장 가깝게 연관되어 있는 표지자를 이용하여 대립유전자 치환의 평균효과(average effect of gene substitution)를 산출한 결과, 수고생장에서는 44.3 cm, 흉고직경 생장에서는 8.38~11.81 mm이었다. 테다소나무의 생장에 대한 가계내 개체유전력을 0.2 이하로 가정한다면, 본 연구에서 확인된 QTL은 7-1037 클론의 반형매 풍매 차대가 보유한 상가적 유전분산의 26.8%를 설명할 수 있어 표현형에 의한 개체선발보다 선발효율에서 5배나 높은 것으로 추정되었다. 본 연구에서 제시된 반형매 풍매 차대를 이용한 QTL mapping 분석은 채종원을 기반으로 하는 선발육종 사업에서 필요한 breeding value 등의 정보를 제공한다는 측면에서 인공교배 가계를 이용한 기타의 QTL 분석에 비해 보다 현실적이고 적용성이 높은 방법론이라 생각된다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제22권10호
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• pp.1351-1358
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• 2009

Parentage tests using polymorphic DNA marker are commonly performed to avoid incorrect recording of the parental information of livestock animals, and single-nucleotide polymorphisms (SNPs) are becoming the method of choice. In Japanese Black cattle, parentage tests based on the exclusion method using microsatellite markers are currently conducted; however, an alternative SNP system aimed at parentage tests has recently been developed. In the present study, two types of simulations were conducted using the pedigree data of two subpopulations in the breed (subpopulations of Hyogo and Shimane prefectures) in order to examine the effect of actual genetic and breeding structures. The first simulation (simulation 1) investigated the usefulness of SNPs for excluding a close relative of the true sire; the second one (simulation 2) investigated the accuracy of sire identification tests for multiple full-sib putative sires by a combined method of exclusion and paternity assignment based on the LOD score. The success rates of excluding a single fullsib and sire of the true sires were, respectively, 0.9915 and 0.9852 in Hyogo and 0.9848 and 0.9852 in Shimane, when 50 SNPs with minor allele frequency (MAF: q) of 0.25${\leq}$q${\leq}$0.35 were used in simulation 1. The success rates of sire identification tests based solely on the exclusion method were relatively low in simulation 2. However, assuming that 50 SNPs with MAF of 0.25${\leq}$q${\leq}$0.35 or 0.45${\leq}$q${\leq}$0.5 were available, the total success rates including achievements due to paternity assignment were, respectively, 0.9430 and 0.9681 in Hyogo and 0.8999 and 0.9399 for Shimane, even when each true sire was assumed to compete with 50 full-sibs.