• 한국식품과학회지
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• 제37권6호
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• pp.1005-1011
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• 2005

본 연구에서는 높은 분리능을 가지고 있을 뿐만 아니라 실험의 재현성과 경제성의 측면에서도 많은 장점을 갖고 있는 ERIC DNA sequence를 응용한 ERIC-PCR을 이용하여 Salmonella, E. coli, Shigella, Vibrio 등 4속의 주요 그람 음성 식중독유발 세균들의 분리 동정 방법을 확립하고자 하였다. ERIC-PCR 결과, E. coli의 경우 0.3kb, 0.42kb 및 1.2kb의 band가 모든 균주에서 공통적으로 확인되었고, Salmonella속으로부터는 0.22kb, 0.4kb 및 0.7kb의 band가 증폭되었다. Shigella속은 모든 표준균주와 분리균주로부터 0.33kb와 1.25kb의 band가 증폭되었으며, S. sonnei의 경우 위의 주요 2개 band 이외에도 대부분의 균주에서 0.44kb, 2.0kb 및 3.05kb의 band가 증폭되어 다른 종의 Shigella와 구별되는 fingerprinting pattern을 나타내었다. 그리고 V. parahaemolyticus의 경우 표준균주와 분리균주 모두 0.51kb와 1.5kb의 band가 증폭되어 V. cholerae, V. mimicus 등과 같은 다른 종의 Vibrio와 구별되는 fingerprinting pattern을 나타내었다. 이와 같이 4속의 모든 식중독 균주마다 ERIC-PCR후 생성되는 fingerprinting pattern에서 3-5개의 공통적인 band가 증폭되는 것이 확인되어 이를 이용한 속 수준의 분리 동정과 이러한 주요 band들 이외의 부수적인 band들을 고려하여 종 수준까지의 분리도 가능함을 확인하였다. 따라서 본 연구의 결과는 ERIC 반복적 DNA 염기서열을 이용한 ERIC-PCR이 식중독균의 분리 동정 방법으로 사용될 수 있음을 확인하였으며, 나아가 더 많은 속(genus)의 식중독세균을 대상으로 한 새로운 분리 동정 방법을 확립하는데도 응용이 될 수 있을 것이다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제11권5호
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• pp.788-797
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• 2001

The usefulness of three PCR methods were evaluated for the epidemiological typing of Staphylococcus aureus: an enterobacterial repetitive intergenic consensus sequence PCR (ERIC-PCR), repetitive extragenic palindromic element PCR (REP-PCR), and 16S-23S intergenic spacer PCR (ITS-PCR). The analysis was performed using a collection of S. aureus strains comprised of 6 reference and 79 isolates from patients with various diseases. Among the 85 S. aureus strains tested, 6 references and 6 isolates were found to be susceptible to methicillin, whereas the remaining 73 isolates were resistant to it. PCR methods are of special concern, as conventional phenotypic methods are unable to clearly distinguish among methicillin-resistant S. aureus (MRSA) strains. The ability of the techniques to detect different unrelated types was found to be as follows: ERIC-PCR, 19 types; REP-PCR, 36 types; and ITS-PCR, 14 types. On the basis of combining the ERIC, REP, and ITS fingerprints, the 85 S. aureus strains were grouped into 56 genetic types (designated G1 to G56). The diversities for the 85 S. aureus strains, calculated according to Simpson\`s index, were 0.88 for an ERIC-PCR, 0.93 for a REP-PCR, and 0.48 for an ITS-PCR, and the diversity increased up to 0.97 when an ERIC-PCR and REP-PCR were combined. The above discrimination indices imply that the genetic heterogeneity of S. aureus strains is high. Accordingly, this study demonstrates that DNA sequences from highly conserved repeats of a genome, particularly a combination of ERIC sequences and REP elements, are a convenient and accurate tool for the subspecies-specific discrimination and epidemiologic tracking of S. aureus.

• 대한임상검사과학회지
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• 제36권1호
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• pp.1-6
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• 2004

The enterobacterial repetitive intergenic consensus (ERIC)-PCR is a recently described DNA fingerprinting technique based on amplification of repetitive element distributed in bacteria. We applied of ERIC-PCR to clinical isolates of Vibrio parahaemolyticus and other bacteria associated diarrhea. Twenty isolates of V. parahaemolyticus were used for intragenic genotyping, which were isolated from 2001 to 2002 in Chungbuk National University hospital. For interspecies genotyping, V. vulnificus, V. alginolyticus, V. parahaemolyticus, Escherichia coli, Salmonella and Shigella spp. were used. The genotyping were analyzed by ERIC-PCR. The genotyping of V. parahaemolyticus were grouped two major pattern (A, B) and were subdivided into 10 subtypes (A1, A2, B1-B8) by ERIC-PCR. These method distinctly differentiated bacterial species associated diarrhea. Those results show that ERIC-PCR can be reliable and efficient method for genotyping of V. parahaemolyticus and bacteria associated diarrhea.

• 생명과학회지
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• 제13권5호
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• pp.699-704
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• 2003

리스테리아를 보다 효과적으로 typing할 수 있는 방법을 찾기 위해 표준균주 13종을 대상으로 하여 RAPD, ERIC (Enterobacterial repetitive intergenic consensus) fingerprinting, ribotyping-PCR의 분리력을 비교해 보았다. DG107 (primer 6) 또는 DG122 (Lis 11) primer를 이용한 RAPD의 경우 11가지의 유형으로 분류되는 반면, ERIC fingerprinting은 9가지, ribotyping-PCR은 7가지씩의 유형을 보였다. 그러나 2가지 primer를 이용하여 각각 행한 RAPD 결과를 종합하거나, DG122를 이용한 RAPD와 ribotyping-PCR의 결과를 종합할 경우 13가지의 유형으로 모두 분리할 수 있었다.

• 한국균학회지
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• 제27권2호통권89호
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• pp.119-123
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• 1999

Pseudomonas tolaasii와 WLRO(White line reacting organism)의 국내 수집 균주들에 대하여 REP, ERIC, BOX-PCR분석을 이용하여 유전적 다양성을 측정하였다. p. tolaasii 균주들은 매우 유사하였으나 WLRO 균주들을 상호간의 큰 차이를 보였다. 유전적 근연관계 분석 결과 WLRO 균주들은 유전적으로 변이가 높은 복합 집단 양상을 나타내었다. p. tolaasii 균주들과 WLRO 균주들 사이의 repetitive DNA 부위의 유전적 근연 관계는 적은 것으로 나타났다.

• Environmental Analysis Health and Toxicology
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• 제23권1호
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• pp.1-9
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• 2008

유산균인 비피도박테리아는 사람과 동물에서 유익한 프로바이오틱 미생물로 알려져 있다. 본 연구에서는 이러한 비피도박테리아 균주의 분류를 위한 repetitive DNA element PCR fingerprinting (ERIC-또는 TAP-PCR)의 사용을 평가하였다. 사람분변으로부터 분리한 알려지지 않은 비피도박테리움 균주와 한국생명공학연구원 생물자원센터로부터 분양받은 표준균주를 가지고 분류 및 동정에 ERIC-PCR과 TAP-PCR을 이용한 RAPD-fingerprinting을 수행하였다. 그 결과 비피도박테리움 균주에 대한 속과 종단위의 분류가 가능하였으며, 실험에 사용된 모든 비피도박테리움 균주는 RAPD-fingerprinting 분석을 통해 유전적 다양성을 확인하였다. 또한 ERIC2와 TAP1 프라이머를 이용한 실험에서는 Bifidobacterium adolescenits 특이 유전자 단편을 확인하였으며 이는 B. adolescenits 균주의 동정에 유용할 것으로 사료된다.

• 미생물학회지
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• 제50권2호
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• pp.114-118
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• 2014

충청지역병원에서 ESBL생성 장내세균 122균주를 분리하여 Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) 방법에 따라 cefotaxime과 cefotaxime/clavulanate를 이용한 combination disk test (CDT)에 의하여 항균제 감수성을 조사하고, 특이 유전자를 대상으로 multiplex PCR을 실시하여 유전형을 검출하였으며 enterobacterial repetitive intergenic consensus (ERIC)-PCR에 의해 분자 역학조사를 실시하였다. ESBL 생성 Escherichia coli 76균주와 Klebsiella pneumoniae 46균주를 CDT로 확인한 결과, ESBL 생성 E. coli의 경우 96.1%가 양성을 나타내었으며 K. pneumoniae의 경우 93.4%가 양성을 나타냈다. Multiplex PCR 결과, E. coli의 경우 CTX-M-2형이 60.5% 양성으로 나타났으며 K. pneumoniae의 경우 VEB-1형이 56.5%가 양성으로 나타났다. ERIC-PCR을 실시한 결과 E coli는 분리지역에 따라 5개의 cluster을 형성하였고 K. pneumoniae는 4개의 cluster을 형성하였다. ESBL생성 장내세균의 유전형은 임상에서 분리한 균주의 감별과 검출에 유용하였으며 ERIC-PCR의 결과는 분리지역에 따라 cluster을 형성하여 지역 간 감염 감시체계 확립에 도움이 될 것으로 사료된다.

• 한국식품위생안전성학회지
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• 제18권4호
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• pp.229-236
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• 2003

본 연구는 식품을 오염시켜 식중독을 유발하는 주요 식중독 세균인 Escherichi, Salmonella, Shigella, Vibrio, Listeria등 5속의 병원성 세균들을 반복성 염기서열을 이용한 ERIC-PCR을 이용하여 동시에 동정할 때 이용되는 주요 PCR 반응성분인 $MgCl_2$, dNTPs, primers, template DNA의 최적 농도를 결정하였다. ,$MgCl_2$ 반응성분은 2 mM을 적용하였을 때부터 일정한 fingerprinting pattern을 얻을 수 있었으므로 2 mM을 $MgCl_2$의 최적농도로 결정하였다. dNTPs의 농도는 250 ${\mu}M$까지 증가함에 따라 6균주 모두 200 ${\mu}M$까지는 농도 증가와 비례하여 단편의 수와 강도가 점증하였으나 그 이상의 농도에서는 단편의 수와 강도가 일정하였다. 그러므로 일정한 ,fingerprinting pattern 을 얻기 위하여 200 ${\mu}M$의 dNTPs만으로도 충분하였다. ERIC primer들은 2 ${\mu}M$의 농도를 적용했을 때부터 일정한 fingerprinting pattern을 나타낼 수 있었으며, 그 이상의 농도를 적용했을 때 단지 단편들의 강도만이 증가하였다. Template DNA도 다른 PCR 반응성분에 대한 실험과 마찬가지로 적용한 DNA 양의 증가에 따라 단편의 간도가 증가하였다. 그러나 대부분의 적용 균주들에 대하여 DNA의 양이 최고일 때와 최대일 때 각각의 얻어지 fingerprinting pattern들을 비교할 때 단편의 수는 별 차이가 없었다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제27권10호
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• pp.1778-1782
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• 2017

To identify and discriminate the bacterial species at the subspecific level, rep-PCR is a reliable genomic fingerprinting tool. Fourteen strains of bacteria were isolated from different food sources, identified as Leuconostoc citreum using 16S rRNA gene sequencing, and amplified using rep-primers (REP, ERIC, and $(GTG)_5$). Fingerprinting patterns generated bands in the range of 300-6,000 bp with REP, 150-6,000 bp with ERIC, and 200-1,700 bp with $(GTG)_5$ primers. In UPGMA dendrogram analysis, 14 strains were clustered into three clades (I, II, and III) with all the primers, thus differentiating them at the molecular level. The present study revealed the differentiation of L. citreum strains using rep-PCR.

• 농업생명과학연구
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• 제50권2호
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• pp.53-59
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• 2016

Bacterial fruit blotch(BFB) of cucurbits caused by Acidovorax citrulli(Acc) continues to diminish fruit yields. The aim of this study was to address whether two genetically distinct populations of Acc are present in watermelon-growing fields in Korea. For this purpose, we used the enterobacterial repetitive intergenic consensus polymerase chain reaction(ERIC-PCR) profiling and substrate-utilization profiles. According to the results of ERIC-PCR, group I and II strains showed clearly differentiated PCR-based fingerprinting profiles. Differences between group I and II strains included amplification of unique, group-specific DNA fragments such as the 1.3-, 0.28-, and 0.25-kb fragments in ERIC-PCR. Acc stains belonging to group I did not use L-leucine, whereas group II strains did use the substrate. Our results support the genetic differentiation of Acc strains into two groups and demonstrate that Acc strains from both groups are previously existed in watermelon-growing fields in Korea. Information about the genetic diversity of Acc under the present study will help scientists and managers form strategies to control BFB.