• 한국융합학회논문지
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• 제4권3호
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• pp.35-41
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• 2013

Grouping problem with similarities between DNA sequences are studied. The similaritymeasure and the distance measure showed the complementary characteristics. Distance measure can be obtained by complementing similarity measure, and vice versa. Similarity measure is derived and proved. Usefulness of the proposed similarity measure is applied to grouping problem of 25 cockroach DNA sequences. By calculation of DNA similarity, 25 cockroaches are clustered by four groups, and the results are compared with the previous neighbor-joining method.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제17권6호
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• pp.945-951
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• 2007

DNA-DNA hybridization has been established as an important technology in bacterial species taxonomy and phylogenetic analysis. In this study, we analyzed how the efficiency with which the genomic DNA from one species hybridizes to the genomic DNA of another species (DNA-DNA hybridization) in microarray analysis relates to the similarity between two genomes. We found that the predicted DNA-DNA hybridization based on genome sequence similarity correlated well with the experimentally determined microarray hybridization. Between closely related strains, significant numbers of highly divergent genes (>55% identity) and/or the accumulation of mismatches between conserved genes lowered the DNA-DNA hybridization signal, and this reduced the hybridization signals to below 70% for even bacterial strains with over 97% 16S rRNA gene identity. In addition, our results also suggest that a DNA-DNA hybridization signal intensity of over 40% indicates that two genomes at least shared 30% conserved genes (>60% gene identity). This study may expand our knowledge of DNA-DNA hybridization based on genomic sequence similarity comparison and further provide insights for bacterial phylogeny analyses.

• 한국초지조사료학회지
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• 제18권2호
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• pp.143-150
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• 1998

Six field bean (GI-vcine soza S and Z ) plants were examined for their genetic polymorphisms and intraspecific variations using randomly amplified polymorphic DNA(RAPD) markers. In RAPD analysis of 5 random primers (Rp-1, Rp2, Rp-3, Rp-4, Rp-5), 30 of total 155 bands obtained kom 5 primers were polymorphic and sizes of polymirphic band ranged between 0.5 and 3.0 kb. Number of bands amplyfied per primer was varied from 2 to 11 and average number was 6.0. Genetic variation of intraspecies in the samples of six region was ranged behveen 11 to 25 percent, and genetic similarity among intraspecies was ranged from 0.69 to 0.78. In pairwise genetic similarity test of six field bean plants, Mun and Hoj showed highest coefficient of genetic similarity as 0.67, whereas Sin and Hoj was lowest as 0.45. According to the genetic similarity, the level of intraspecific variation is higher than that of regional distance in GI-vcine soza.

• 한국가금학회지
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• 제23권4호
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• pp.177-183
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• 1996

This study was conducted to analyze genetic characteristics of Korean Native Chicken three lines classified on the basis of the feather color and appearance (Red, Yellow, and Black) using DNA fingerprinting method. To estimate the genetic relatedness among breeds and similarities within breeds, we collected blood samples from Korean Native Chicken (KNC), Rhode Island Red (RIR), White Leghorn (WL), and Cornish(CN) and obtained genomic DNA from the blood of 10 individuals randomly selected within the breeds and lines. The genomic DNA samples were digested with restriction enzymes (Hinf J, Hae Ill) and hybridized with various probes (Jeffreys' probes 33.15, 33.6 and M13) after Southern transfer. Genetic similarities within breeds were characterized by band sharing (BS) value, estimated by the DFP band pattern between the pair of lanes. BS values within WL, RIR, and KNC were 0.82, 0.70 and 0.56, respectively. Relative genetic diversity (BS value) of KNC was higher than those two breeds (WL, RIR). Estimation of genetic similarity between KNC lines and control breed (RIR) was 0.32, whereas similarity within KNC lines (6 groups) was 0.50. In this analysis, KNC was showed to have a highly genetic diver-sity at the DNA level, and to be closer in genetic distance to RIR (0.67) than any other breeds.

• 한국어업기술학회:학술대회논문집
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• 한국어업기술학회 2001년도 춘계 수산관련학회 공동학술대회발표요지집
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• pp.332-333
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• 2001

Genomic DNA was extracted from the blood of the freshwater crucian carp(Carassius carassius) from Kunsan in Korea, representing genetic similarity by polymerase chain reaction amplification of DNA as twelve of arbitrary primers. The electrophoretic analysis of polymerase chain reaction-random amplified polymorphic DNAs(PCR-RADP) products showed the high levels of similarity between different individuals in crucian carp.

• 한국정보과학회논문지:시스템및이론
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• 제34권5_6호
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• pp.187-194
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• 2007

Local alignment 알고리즘은 두 문자열을 비교하여 크기가 l, 유사도 점수가 s인 부분 문자열쌍을 찾는다. 크기가 충분히 크고 유사도 점수도 높은 부분 문자열 쌍을 찾기 위해 단위 길이당 유사도 점수 s/l을 최대화하는 정규화 방법이 제안되어있다. 본 논문에서는 증가함수 f, g를 도입하여 f(s)/g(l)을 최대화하는, 함수에 의한 정규화 방법을 제시한다. 여기서 함수 f, g는 DNA 서열을 비교하는 실험을 통해 정한다. 이러한 실험에서 함수에 의한 정규화 방법이 좋은 local alignment를 찾는다. 또한 유사도 점수의 기준으로 longest common subsequence를 채택한 경우, 기존의 정규화 알고리즘을 이용하면 별다른 시간 손실 없이 함수에 의해 정규화된 점수 f(s)/g(l)을 최대화 할 수 있음을 보인다.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제33권4호
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• pp.341-348
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• 1995

가시아메바 속(Accnthamoeba spp.)의 DNA 염기 구성 정보와 관계없이 임의의 10개의 엽기로 구성된 프라이머를 사용하여 random amplified polymorphic DNA-polymerase chain reaction(RAPD-PCR)에 의해 게놈 상의 DNA를 무작위로 증폭하여 확인된 표지자로써 한국 분리주 및 외국 분리주와 기존의 알려진 4개 가시아메바 종간의 유전적 근연관계 분석을 통해서 4개 한국 분리주의 분류상의 성상을 규명하였다. 본 연구에서 A. culbertsoni, A. hokchetti, A. triangularis, A. pokphrwc와 한국 분리주인 YM-2 YM-3, YM-4 YM-5 그리고 외국 분리주인 HOV의 게놈 DNA는 18 종류의 프라이머에 의하여 다양한 양상의 증폭산물을 보였으며 그 중 9개 프라이머는 한국 분리쿠간에도 특이성을 보이는 RAPD 표지자를 제공하였다. 총 18개의 프라이머에 대한 증폭 산물을 대상으로 각 시료의 유사도를 조사한 결과, A. culbertsoni는 A. hakhetti, A. triangularis, A. polyphuga와 유사도가 각각 0.300, 0.308, 0.313이었고, A hqkchetti와 A. triangularis간의 유사도는 0.838이었다. 한국 분리주 YM-2, -3, -4 간의 평균 유사도는 0.959이었고, YM-2, -3, -4 와 A. hotchetti, A. triangularis 간의 평균 유사도는 0.832이었다. 한국 분리주 YM-5는 YM-2, -3 -4 간의 비교에서 평균 0.237의 유사도를 보인 반면, A. culbersoni와 유사도 0.857을 보여, 다른 한국 분리주보다 A. culbertsoni와 유전적으로 유사함을 알 수 있었다. UPGMA법에 의한 유전적 근 연관계 분석 결과 phonogram 강에 두개의 분지군이 존재하는데, A. hakchetti, A. triangularis 및 3개 한국 분리주(YM-2, -3 -4)가 하나의 분지군을, A. cuzburtsoni, A. polyphaga HOV주, 및 YM-5가 따른 분지군을 형성하는 것으로 나타났다 게놈 DNA 상의 변이에 근거하여 볼 때, YM-5 주늘 유전적으로 A. culbertsoni와 거의 유사한 분리주이며 한국 분리주는 최소 2종 이상의 가시아메바로 분류할 수 있다고 사료된다.

• 한국컴퓨터정보학회논문지
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• 제19권1호
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• pp.85-94
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• 2014

본 논문에서는 사용자 시스템이 악성 프로그램에 의해 피해를 입은 후 시그니처나 보안 패치가 나오기 전에 피해를 최소화하기 위한 방법으로 파일 DNA 기반의 행위 패턴 분석을 통한 탐지 기법을 연구하였다. 기존의 네트워크 기반의 패킷 탐지기법과 프로세스 기반 탐지 기법의 단점을 보완하여 제로데이 공격을 방어하고 오탐지를 최소화하기 위해 파일 DNA 기반 탐지기법을 적용하였다. 파일 DNA 기반 탐지기법은 악성코드의 비정상 행위를 네트워크 관련 행위와 프로세스 관련 행위로 나누어 정의하였다. 사용자 시스템에서 작동되는 프로세스의 중요한 행위와 네트워크 행위를 정해진 조건에 의해 검사 및 차단하며, 프로세스 행위, 네트워크 행위들이 조합된 파일 DNA를 기반하여 악성코드의 행위 패턴의 유사도를 분석하여 위험경고 및 차단을 통한 대응 기법을 연구하였다.

• 환경생물
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• 제17권3호
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• pp.279-284
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• 1999

토양으로부터 직접 추출한 DNA를 cross hybridization하는 방법을 통해서 서로 다른 토양 환경 간에 미생물 군집의 유전형적 유사성과 상대적 다양성을 비교하였다. 그 결과 소나무삼림토양이 다른 토양에 비해 상대적 다양성이 높은 것으로 밝혀졌으며, 경작지, 나지, 초지, 신갈삼림 순으로 다양성 정도를 나타내었다. 또한 유전형적 유사성의 정도에 따른 집괴 분석 결과 소나무삼림과 경작지 토양, 신갈나무삼림과 초지 토양 그리고 나지 등 세 부류로 구분되었다.

• 정보보호학회논문지
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• 제29권2호
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• pp.347-363
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• 2019

사람의 DNA가 변하지 않는 것과 같이 사이버상의 악성코드도 변하지 않는 고유의 행위 특징을 갖고 있다. APT(Advanced Persistent Threat) 공격에 대한 방어수단을 사전에 확보하기 위해서는 악성코드의 악성 행위 특징을 추출해야 한다. 이를 위해서는 먼저 악성코드 간의 유사도를 계산하여 유사한 악성코드끼리 분류할 수 있어야 한다. 본 논문에서는 Windows OS 상에서 동작하는 악성코드 간의 유사도 계산 방법으로 'TF-IDF 코사인 유사도', 'Nilsimsa 유사도', '악성코드 기능 유사도', 'Jaccard 유사도'를 사용해 악성코드의 유형을 예측해보고, 그 결과를 보인다. 실험결과, 유사도 계산 방식마다 악성코드 유형에 따라 예측률의 차이가 매우 컸음을 발견할 수 있었다. 모든 결과에 월등한 정확도를 보인 유사도는 존재하지 않았으나, 본 실험결과를 이용하여 특정 패밀리의 악성코드를 분류할 때 어떤 유사도 계산 방식을 활용하는 것이 상대적으로 유리할지를 결정할 때 도움이 될 것으로 판단된다.