• 제목/요약/키워드: DNA profile

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국내.외 인체중재연구를 통해 살펴 본 양파의 심혈관계 질환 개선효과에 관한 고찰 (Effect of Onion Consumption on Cardiovascular Disease in Human Intervention Studies: A Literature Review)

  • 김정미;박은주
    • 한국식품영양과학회지
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    • 제39권10호
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    • pp.1565-1572
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    • 2010
  • 본 총설에서는 동물실험에 이어 인체중재연구에서 양파의 유효성을 검증하고 단편적인 효능 검색 외에 활성물질의 분리, 동정 및 작용기작에 대한 구명연구를 위해 양파의 심혈관계 질환 및 항산화 효과에 대한 기존 중재연구를 종합하여 제시하고자 하였다. 양파의 심혈관계 질환 개선 효과는 대부분의 인체중재연구에서 혈중 콜레스테롤과 중성지방 저하 또는 혈소판 응집 저해 및 혈전 용해 활성 촉진 작용을 통해 입증되었다. 특히 이러한 유효성은 이미 혈중 지질 농도가 높아 혈액 유동성이 낮아진 대상자에게 약 300 g의 양파를 최소 12주 이상 제공할 때 효과적인 것으로 사료된다. 또한 공급되는 양파의 산지, 시료 제조 방법, 공급되는 시료양 및 기간과 중재 기간 동안 개인의 식사 조정과 같은 다양한 실험 조건의 차이가 결과에 영향을 준 것으로 사료되므로 이에 대한 엄격한 기준 및 관리가 필요할 것으로 보인다. 한편 양파는 LDL 산화 억제에는 직접적으로 작용하지 못하는 것으로 보이며 이는 쿼세틴이 단백질과 친화성이 높은 특성에서 기인된 것으로 사료된다. 그러나 양파의 항산화 효과를 전적으로 부인하기보다는 항산화 효과를 반영할 수 있는 보다 효과적인 분석 지표 선정 혹은 항산화 관련 유전자의 발현을 확인하는 등 새로운 분석 기술의 적용이 고려되어야 할 것으로 사료된다.

소와 돼지유래 다제내성 Salmonella속 균의 분자유전학적 특성 (Molecular genetic characterization of multiple antimicrobial resistant Salmonella spp. isolated from pigs and cattle)

  • 이우원;정병열;이강록;이동수;김용환
    • 한국동물위생학회지
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    • 제32권1호
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    • pp.61-76
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    • 2009
  • At the present study, it was aimed to explore the molecular genetic characterization of multiple antimicrobial resistant Salmonella spp. isolates from pigs and cattle. A total of 138 Salmonella Typhimurium (S. Typhimurium) isolates were typed with phage, among them, 83.3% of S. Typhimurium tested could divide into a 10 phage types. Definitive type 193 (DT193) (25.4%) and DT195 (24.6%) were exhibited as the dominant types. DT104 and U302 were found from pigs and cattle. On the other hand, S. Enteritidis had 6 phage types, of them, phage type 21 (PT21) and PT11b were the popular types. In the plasmid profiles, 135 of S. Typhimurium isolates were exhibited 1 to 6 plasmid bands which molecular weight ranged from 90 to 2kb. 35 isolates (25.4%) harbored a 90kb plasmid which is thought to be the serotype specific virulence plasmid. Two of twenty five S. Enteritidis had common plasmids at 2 and 1.5kb. With multiplex polymerase chain reaction, virulence genes (invA and spvC) were detected from all Salmonella spp. from 167 of S. Typhimurium, S. Enteritidis and chloramphenicol resistant S. Schwarzengrund, but some drug resistant genes, such as PSE-1, cml/tetR and flo were not determined but other drug resistant genes, for example TEM and int were found. The detection rates of spvC, TEM and int gene was 35.3%, 29.3% and 72.5%, respectively. The TEM gene was highly popular in S. Typhimurium, which was detected from ampicillin and amoxicillin resistant strains as 95.9%. int gene was able to detect from all the isolates identified as multidrug resistsnt (MDR), particularly DT193 was thought as the most prevalent virulence and multidrug resistance isolate. The major plasmid profile and drug resistance pattern of DT193 were 90, 40, 10.5, 6.3, 3.0kb and ACCbDNaPSSuT, respectively. MDR was commonly found in other phage types, particularly DT104, U302 and DT203.

Enterobacter intermedium 60- 2G의 유기산 생성과 불용성인의 가용화 (Organic acid production and phosphate solubilization by Enterobacter intermedium 60-2G)

  • 김길용;황보훈;김용웅;김효정;박근형;김영철;성기영
    • 한국토양비료학회지
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    • 제35권1호
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    • pp.59-67
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    • 2002
  • 강한 인산 가용력을 가진 인산 용해 세균인 균주 60-2G를 잔디의 근권에서 분리하였다. GC-FAME구조와 탄소이용형태 및 16S rRNA의 부분 염기서열 분석을 통해 균주 60-2G는 Enterobacter intermedium으로 동정되었다. Hydroxyapatite를 첨가한 배지와 생장 시킨 균주 60-2G는 gluconic acid 와 2-ketogluconic acid 및 소량의 lactic acid를 생성하였다. 균주 60-2G의 생장 기간동안 배지의 pH는 3.8 까지 낮아지는 반면에 배지의 유효 인산 농도는 증가하였다. 배지의 낮은 pH와 유효인산농도의 증가는 역 상관관계이며, 이는 균주 60-2G가 생성하는 유기산에 의한 영향이다. E. intermedium 60-2G 균주는 유기산 생성에 관여하는 glucose dehydrogenase의 co-factor인 PQQ를 생성하였으며, pqq의 부분 염기서열 분석 결과 기존에 보고된 서열과 85% 이상의 상동성을 가지고 있었다.

Acanthamoeba in Southeast Asia - Overview and Challenges

  • Bunsuwansakul, Chooseel;Mahboob, Tooba;Hounkong, Kruawan;Laohaprapanon, Sawanya;Chitapornpan, Sukhuma;Jawjit, Siriuma;Yasiri, Atipat;Barusrux, Sahapat;Bunluepuech, Kingkan;Sawangjaroen, Nongyao;Salibay, Cristina C.;Kaewjai, Chalermpon;Pereira, Maria de Lourdes;Nissapatorn, Veeranoot
    • Parasites, Hosts and Diseases
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    • 제57권4호
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    • pp.341-357
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    • 2019
  • Acanthamoeba, one of free-living amoebae (FLA), remains a high risk of direct contact with this protozoan parasite which is ubiquitous in nature and man-made environment. This pathogenic FLA can cause sight-threatening amoebic keratitis (AK) and fatal granulomatous amoebic encephalitis (GAE) though these cases may not commonly be reported in our clinical settings. Acanthamoeba has been detected from different environmental sources namely; soil, water, hotspring, swimming pool, air-conditioner, or contact lens storage cases. The identification of Acanthamoeba is based on morphological appearance and molecular techniques using PCR and DNA sequencing for clinico-epidemiological purposes. Recent treatments have long been ineffective against Acanthamoeba cyst, novel anti-Acanthamoeba agents have therefore been extensively investigated. There are efforts to utilize synthetic chemicals, lead compounds from medicinal plant extracts, and animal products to combat Acanthamoeba infection. Applied nanotechnology, an advanced technology, has shown to enhance the anti-Acanthamoeba activity in the encapsulated nanoparticles leading to new therapeutic options. This review attempts to provide an overview of the available data and studies on the occurrence of pathogenic Acanthamoeba among the Association of Southeast Asian Nations (ASEAN) members with the aim of identifying some potential contributing factors such as distribution, demographic profile of the patients, possible source of the parasite, mode of transmission and treatment. Further, this review attempts to provide future direction for prevention and control of the Acanthamoeba infection.

갯장어(Muraenesox cinereus) 장으로부터 호기적 조건에서 분리된 미생물의 다양성 및 세포외 효소 생산능 분석에 관한 연구 (A Study of the Diversity and Profile for Extracellular Enzyme Production of Aerobically Cultured Bacteria in the Gut of Muraenesox cinereus)

  • 이용직;오도경;김혜원;남개원;손재학;이한승;신기선;이상재
    • 생명과학회지
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    • 제29권2호
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    • pp.248-255
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    • 2019
  • 국내 삼천포 및 서천에서 채집한 갯장어(Muraenesox cinereus)의 장내기관으로부터 분리된 미생물들의 다양성 및 특성에 관하여 조사하였다. 장내 미생물의 순수 분리를 위하여 marine agar 배지를 사용하였으며 $37^{\circ}C$에서 호기적으로 배양하였다. 순수 분리 후, 49 균주를 분리하였으며 16S rRNA 염기서열 분석 결과를 바탕으로 계통학적 분석을 실시한 결과, 3문, 13과, 14속, 34종으로 구성되어 있는 것을 확인하였다. 특히, Proteobacteria 문은 83.7%의 분포를 나타내었으며 8과, 8속, 26종으로 Aeromonadaceae, Pseudoalteromonadaceae, Shewanellaceae, Enterobacteriaceae, Morganellaceae, Moraxellaceae, Pseudomonadaceae와 Vibrionaceae로 분포하는 것을 확인하였다. 그리고 분리한 균주들이 amylase, lipase, protease와 같은 산업적으로 유용한 효소를 생산하는지 확인하기 위하여 효소 활성 평가를 실시하였으며, 39 균주가 최소 한 종류 이상의 효소 활성을 가지고 있는 것을 확인하였다. 특히 Aeromonas 속의 균주들은 테스트한 모든 효소의 활성을 나타내는 것을 확인하였다. 이러한 결과는 본 연구를 통하여 분리한 미생물들의 산업적 활용 가능성을 나타내었다. 그러므로 이번 연구는 국내 유전자원 확보 및 갯장어의 장내마이크로비옴의 과학적 지식 확장에 도움이 될 것으로 생각된다.

인간 중간엽 줄기세포로부터 골아세포로의 분화시 관찰되는 유전자 발현 분석 (Gene Expression Profile Associated with the Differentiation of Osteoblasts from Human Mesenchymal Stem Cells)

  • 김여경;김희남;이일권;박경수;양덕환;조상희;이제중;정익주;김순학;김형준
    • 생명과학회지
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    • 제16권2호
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    • pp.231-239
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    • 2006
  • 인체의 골수내에 존재하는 중간엽 줄기세포는 성장인자나 환경적 요인에 의해 지방세포, 골아세포, 연골모세포 및 연골세포 등으로 분화됨이 알려져 있다. 본 연구에서는 정상 인체의 골수으로 얻어진 중간엽 줄기세포로부터 골아세포의 분화 가능성을 알아보고 이에 관여하는 유전자의 발현을 조사하였다. 정상 골수의 중간엽 줄기세포를 골유도성 자극보조제로서 $\beta$-glycerol phosphate, L-ascorbic acid 및 dexamethasone을 첨가하여 골아세포로의 분화를 유도한 세포와 골유도성 자극보조제를 첨가하지 않은 세포를 배양하여 일정 간격으로 cDNA microarray를 이용하여 각각의 단계에서 발현되는 유전자를 검사하고 이로 인해 얻어진 유전자의 발현량을 분석하기 위해 real time quantitative RT-PCR 을 시행하였다. 골유도성 자극보조제를 첨가한 군에서 첨가하지 않은 군에 비하여 정상적인 골아세포로의 성장이 유도되었고, 분화과정에서 36개의 유전자의 발현이 증가되었고, 59개의 유전자의 발현이 억제되었다. 주로 골 생성 과정과 연관이 있다고 알려진 osteoprotegerin, LRP5 및 metallothionein 2A 등의 유전자들이 분화과정에서 발현 증가되어 나타났고, 줄기세포로부터 분화될 수 있는 조직들 중 근육, 지방, 연골, 혈관 및 신경 조직과 연관된 유전자들은 분화 후기에 감소하거나 혹은 전분화 과정 동안 발현이 억제되었다. 본 연구에서는 골아세포의 분화와 연관된 유전자 발현을 확인함으로써 특정 조건하에서 중간엽 줄기세포로부터 골아세포로의 분화가 가능함을 확인할 수 있었고, 이 과정에 관련된 특정 유전자의 발현 양상을 밝힐 수 있었다.

Salmonella 균속의 항균제 내성 및 R-plasmid (Antimicrobial Drug Resistance and R-plasmid of Salmonella species)

  • 이명원;정태화;이연태;강정복
    • 환경위생공학
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    • 제3권2호
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    • pp.23-41
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    • 1988
  • 1986년 1월부터 12월 사이에 전국 시$\cdot$도 보건연구소 및 주요종합 병원으로부터 일차분리 수집된 Salmonelle균속 286주를 실험균주로 하여 확인동정 실험, 항균제 감수성검사, plasmid DNA분리 및 접합에 의한 내성전달 실험을 실시하여 다음과 같은 결과를 얻었다. 1. 분리된 균주를 sero-group별로 보면 B group이 158주 $(55.2\%)$로 가장 많이 분리되었고, A group이 45주 $(15.7\%)$, D1 group이 43주 $(15\%)$, Cl, C2 group이 22주 $(7.7\%)$등의 순으로 분리되었다. serovar별 분리수는 Salmonella typhimurium이 92주$(32.2\%)$로 가장 많이 분리되었고, S. paratyphi-A 45주 $(15.7\%)$, S. enteritidis 41주$(14.3\%)$, S. paratyphi-B 27주 $(9.4\%)$ 등의 순으로 분리되었다. 분리균주의 월별 분포를 보면 9월 $(17.5\%)$, 5월$(16\%)$, 6월 $(14.7\%)$, 7월 $(10.5\%)$, 8월과 10월$(7.3\%)$등의 순으로 분리되었으며 5월에서 10월 사이에 $73.4\%$인 210주가 분리되었다. 분리균주의 지역별 분포는 강원$(29.7\%)$, 서울 $(27.6\%)$, 충남 $(14.3\%)$등으로 분리되었고, 성별 분포에서는 남성이 $41.6\%$로 여성$(28.6\%)$에서 보다 많이 분리되었으며, 연령별 분리분포는 1세에서 60세까지 고르게 나타났다. 2. 항균제 감수성 검사에서는 제1 이상의 항균제에 내성을 나타내는 균주가 85주$(29.7\%)$로 나타났다. 각 항균제별 내성균주는 tetracycline에서 80주 $(28\%)$가 내성을 보여 가장 많은 내성을 나타냈으며, streptomycin 65주 $(22.7\%)$, ampilcillin, carbenicillin 54주 $(18.8\%)$, chloramphenicol 51주$(17.8\%)$ kanamycin 7주 $(2.4\%)$, co-trimoxazole 2주$(0.7\%)$, tobramycin 1주$(0.3\%)$로 나타났다. 또한 1제내성균이 $8\%$, 2제 내성균이 $2.4\%$, 4제 내성균이 $1.8\%$, 5제 내성균이 $15.4\%$, 6제 내성균이 $1.8\%$, 7제 내성균이 $0.3\%$로 나타났으며, 그 중에서도 AmCbCmSmTc에 동시 내성인 균주가 $15\%$로 가장 많이 나타났다. Sero-group별 내성 양상은 B group에서 $26.2\%$로 가장 많았고, C2 group $(2.4\%)$, D1, E4 group$(0.3\%)$로 나타났다. 3. 접합에 의한 내성전달 결과 1제에서 7제까지 다양한 내성패턴에서 내성전달이 일어났으며, 내성전달은 전달성 R-plasmid에 의한 것이었다. 4. plasmid DNA분리 결과 내성균주 전체에서 한 개에서 네 개의 plasmid를 가지고 있었으며, 그 분자량은 1.6에서 70 megadalton 사이에 있었다. 같은 도에서 분리된 균주들중 내성패턴이 같은 균주들의 plasmid 패턴은 유사하였다. 접합에 의해 전달된 plasmid의 분자량은 42-57 megadalton이었다.

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배추의 조직 특이적 발현유전자 데이터베이스 (The Brassica rapa Tissue-specific EST Database)

  • 유희주;박신기;오미진;황현주;김남신;정희;손성한;박범석;문정환
    • 원예과학기술지
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    • 제29권6호
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    • pp.633-640
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    • 2011
  • 배추는 배추속 식물의 A genome을 대표하는 모델로서 다양한 배추과 작물의 유전학 및 유전체학과 육종연구의 기반이 되는 중요한 작물이다. 최근 들어 배추 유전체 해독이 완료됨에 따라 유전체의 기능 연구가 보다 활발히 진행될 것으로 기대된다. 유전체 정보로부터 유전자의 구조를 예측하고, 기능을 분석하여 프로모터를 포함한 유용 유전자를 개발하기 위한 필수 재료로 이용되는 것이 다양한 조직 또는 실험 처리로부터 생성된 발현 유전자 데이터이다. 2011년 7월 현재 공공 데이터베이스에는 39개의 cDNA library로부터 분석된 147,217개의 배추 발현유전자가 보고되어 있다. 그러나 이들 발현 유전자들은 체계적으로 분석되거나 데이터베이스 형태로 정리되어 있지 않기 때문에 연구자들이 유전자 서열로부터 유용한 정보를 추출하여 사용하기 어려운 문제점이 있다. 따라서 해독 완료된 배추 유전체와 함께 발현 유전자 정보를 보다 잘 활용하기 위하여 배추의 조직 특이적 발현유전자 데이터베이스인 BrTED를 개발하였다. 데이터베이스는 EST 서열 처리-정보 검색 단위와 조직특이성 발현 특성 분석 단위로 이루어져 있으며, 각 정보들은 상호 연결되어 유기적인 검색 환경을 제공하게 하였다. BrTED는 23,962개의 단일 조합 유전자서열을 포함하고 있으며, 각 서열들의 유전자 주석과 암호화하고 있는 단백질의 기능을 동시에 제공한다. 또한 각 단일 조합 유전자서열들의 조직별 발현 특이성을 통계 분석을 통해 조사하여 연구자의 검색 기준에 따라 제공한다. BrTED의 실효성을 검증하기 위하여 데이터베이스를 통해 조직 특이적 발현 유전자 29개를 선발하고, 이들의 발현 특성을 RT-PCR로 확인한 결과, 선발한 유전자 모두 목표한 조직에서 특이적이거나 강한 발현을 보였다. BrTED는 조직 특이적 발현유전자를 신속하게 선발할 수 있는 공공 데이터베이스로서 배추의 기능 유전체 연구뿐만 아니라 근연 배추속 작물의 유전학과 유전체학 연구에 유용한 공공 연구 자원으로 이용될 수 있을 것이다.

큰느타리버섯 신품종 '송아'의 육성 및 그 특성 (Characteristics and breeding of a new cultivar Pleurotus eryngii, Song-A)

  • 신평균;유영복;박윤정;공원식;장갑열;정종천;오세종;이금희
    • 한국버섯학회지
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    • 제9권2호
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    • pp.59-62
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    • 2011
  • 큰느타리(Pleurotus eryngii)의 품종 육성을 위하여 ASI 2824(큰느타리2호)와 ASI 2887(애린이3호)를 교잡하여 G09-21를 계통 선발하였다. 계통선발된 G09-21과 다수성을 보여주는 ASI 2844와 교잡하여 5계통을 우량계통으로 선발하였다. 선발된 우량계통 중에서 품질이 가장 우수한 Pe21-51를 농작물직무육성 신품종 선정심의회에서 '송아'로 명명되었다. 주요특성은 균사생장 적온은 $25{\sim}30^{\circ}C$이며 pH의 범위가 pH5~8까지 넓게 형성되었고, 자실체 발생 최적온도는 1$16^{\circ}C$였다. 균사체 배양에서 대선형성유무는 모균주 큰느타리2호, 애린이3호 및 ASI 2844와는 뚜렸한 대선을 형성하였다. 자실체 수량은 병당 $94.7{\pm}29.5$로 큰느타리2호의 수량지수를 100으로 보았을 때 106이었다. 또한 대길이는 큰느타리2호보다 길고 굵으면서 유효경수가 적었다. 2종류의 primer를 이용하여 새로운 품종 '송아'와 모균주에 대한 RAPD pattern를 분석한 결과 모균주와는 같은 pattern를 가지면서 다른 밴드도 존재하였다. 신품종 '송아'는 유효경 수가 적은 소발생형으로 대가 길고 굵어 솎음작업이 필요치 않은 적정 재배조건 확립으로 노동력 및 인건비 절감으로 농가 소득증대에 기여할 것으로 기대된다.

내수면 양식 어류에서 분리된 Edwardsiella 속 균주들의 유전학적 동정 및 생화학적 특성 (Genetic Identification and Biochemical Characteristics of Edwardsiella Strains Isolated from Freshwater Fishes Cultured in Korea)

  • 장문희;김근용;이유희;오윤경;이정호;송준영
    • 한국어병학회지
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    • 제33권2호
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    • pp.111-118
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    • 2020
  • 우리나라 내수면 양식 어류로부터 Edwardsiella 속 세균 7개 균주를 분리하여 이들의 생화학적 특성 및 유전학적 특성을 조사하였다. 그 결과, 기존의 어류 병원성 세균으로 알려진 E. tarda 와 E. ictaluri 뿐 아니라, 최근 새로운 종으로 보고된 E. anguillarum과 E. piscicida를 성공적으로 분리 및 동정하여 우리나라 내수면 양식 어류에서 Edwardsiella 속의 다양한 종이 분리되는 것을 확인하였다. 뱀장어류에서 분리된 4개 균주는 E. anguillarum, E. piscicida 및 E. tarda로, 메기와 동자개로부터 분리된 2개 균주는 E. ictaluri로, 버들치로부터 분리된 1개 균주는 E. piscicida로 동정되었다. 또한, 이들의 생화학적 특성의 조사 결과, 이들은 대부분 E. anguillarum, E. ictaluri, E. piscicida 및 E. tarda의 각 종에 해당하는 전형적인 생화학적 특성을 나타내었으며, 유전자를 이용한 분자계통발생학적 분석 결과와도 일치하였다. 특히, 16S rRNA 및 gyrB 유전자를 이용하여 Edwardsiella 속 종의 명확한 분류가 가능함을 확인함으로써, Edwardsiella 속 세균의 분류학적 동정을 위한 마커로써의 가능성을 제시하였다. 본 연구의 결과, 우리나라 내수면 양식 어류로부터 다양한 Edwardsiella 속 종들이 분리되는 것을 확인하였으며, 이들 종들에 대한 체계적인 모니터링 및 숙주에 따른 병원성의 차이에 관한 연구가 필요함을 제안한다.