• 생명과학회지
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• 제27권5호
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• pp.524-529
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• 2017

본 연구에서는 zebrafish에 인간의 KCNE1 유전자가 삽입된 형광단백질 vector를 microinjection하고, 그 발현 여부를 확인하고자 하였다. 먼저 양 말단에 제한효소(EcoRΙ, BamHΙ) site를 넣어 제작한 primer들로 genomic DNA에서 KCNE1 유전자를 분리하였다. 그 결과는 약 402 bp 크기의 DNA band였고 이 PCR 산물을 형광단백질 vector인 pPB-CMVp-EF1-GreenPuro 속에 클로닝하여 pPB-CMVp-hKCNE1-EF1-GreenPuro plasmid를 제작하였다. 이렇게 준비된 형광 vector를 zebrafish 수정란에 microinjection하였고, 부화된 치어에서 RT-PCR과 DNA sequencing을 통해 GFP 및 hKCNE1의 발현을 최종 확인하였다. 본 연구는 향후 QT 연장증후군(LQTs)에 대한 동물 모델로써 신경자극 전도, 유전자 치료, 유용 유전자 클로닝을 위한 기술 개발에 응용될 수 있을 것으로 기대된다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제17권11호
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• pp.1765-1771
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• 2007

A polymerase chain reaction (PCR)-based method was developed to detect the DNA of Ralstonia solanacearum, the causal agent of bacterial wilt in various crop plants. One pair of primers (RALSF and RALSR), designed using cytochrome c1 signal peptide sequences specific to R. solanacearum, produced a PCR product of 932 bp from 13 isolates of R. solanacearum from several countries. The primer specificity was then tested using DNA from 21 isolates of Ralstonia, Pseudomonas, Burkholderia, Xanthomonas, and Fusarium oxysporum f. sp. dianthi. The specificity of the cytochrome c1 signal peptide sequences in R. solanacearum was further confirmed by a DNA-dot blot analysis. Moreover, the primer pair was able to detect the pathogen in artificially inoculated soil and tomato plants. Therefore, the present results indicate that the primer pair can be effectively used for the detection of R. solanacearum in soil and host plants.

• 한국균학회지
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• 제40권2호
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• pp.78-85
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• 2012

20 mer의 URP primers 가 한국 재래적미의 반복배열 DNA 염기서열로부터 고안되어 다양한 곰팡이 종의 PCR 다형성검출에 적용 되어 왔다. URP-PCR 방법은 PCR반응중 $55^{\circ}C$이상의 고온에서 annealing반응을 함으로 하여 재생적인 PCR결과를 얻을 수 있으며 효모균류에서 담자균류의 고등 균류까지 33속, 142 종, 1,489 균주의 다양한 곰팡이 종의 유전체 DNA에 적용되어 그 유용성이 평가 되어 왔다. 본 논문은 URP-PCR의 특성과 지금까지 다양한 곰팡이 종 다양성 검정결과를 종합하여 보고 한다.

• The Plant Pathology Journal
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• 제15권5호
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• pp.287-294
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• 1999

A technique based on the polymerase chain reaction (PCR) for the specific detection of genus Phytophthora and Phytophthora cryptogea-P. drechsleri complex group was developed using nucleotide sequence information of ribosomal DNA (rDNA) regions. The internal transcribed spacers (ITS) including 5.8S were sequenced for P. cryptogea-P. drechsleri complex group and its related species. Two pairs of oligonucleotide primers were designed. Primer pair ITS1/Phy amplified ca. 240 bp fragment in 12 out of 13 specie of Phytophthora, but not in Pythium spp., Fusarium spp.and Rhizoctonia solani. Primer pair rPhy/Pcd amplified 549 bp fragment only in P. cryptogea-P. drechsleri complex group, but not in other Phytophthora spp.and other genera. Specific PCR amplification using the primers was successful in detecting Phytophthora and P. cryptogea-P. drechsleri complex group in diseased plants.

• International Journal of Oral Biology
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• 제46권4호
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• pp.155-159
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• 2021

This study aimed to develop strain-specific polymerase chain reaction (PCR) primers to detect Fusobacterium hwasookii KCOM 1249^T, F. hwasookii KCOM 1253, F. hwasookii KCOM 1256, F. hwasookii KCOM 1258, and F. hwasookii KCOM 1268 on the basis of nucleotide sequences of a gene specific to each strain. The unique genes for each F. hwasookii strain were determined on the basis of their genome sequences using Roary. The strain-specific PCR primers based on each strain-specific gene were designed using PrimerSelect. The specificity of each PCR primer was determined using the genomic DNA of the 5 F. hwasookii strains and 25 strains of oral bacterial species. The detection limit and sensitivity of each strain-specific PCR primer pair were determined using the genomic DNA of each target strain. The results showed that the strain-specific PCR primers correspond to F. hwasookii KCOM 1249^T, F. hwasookii KCOM 1253, F. hwasookii KCOM 1258, F. hwasookii KCOM 1256/F. nucleatum subsp. polymorphum KCOM 1260, or F. hwasookii KCOM 1268/Fusobacterium sp. oral taxon 203 were developed. The detection limits of these strain-specific PCR primers ranged from 0.2 to 2 ng of genomic DNA for each target strain. The results suggest that these strain-specific PCR primers are valuable in quality control for detecting specific F. hwasookii strains.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제51권1호
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• pp.99-108
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• 2023

대기 입자상물질(particulate matter, PM) 시료의 곰팡이 메타게놈 분석을 위해 DNA 추출 및 유전자 증폭 시 여러 문제가 발생한다. 본 연구에서는 PM 시료로부터 DNA를 추출하는 방법과 polymerase chain reaction (PCR)을 위한 프라이머 및 온도 조건의 최적화를 위하여 다양한 조건으로 실험하였다. 여러 조건에서 DNA 추출 여부를 비교 평가한 결과, bufffer와 proteinase K를 이용하여 20분 동안 화학적 세포 용해 처리와 bead beating 처리를 한 후 상용 DNA 추출 kit를 사용하면 DNA를 효율적으로 추출할 수 있었다. PCR 조건을 최적화하기 위해 ITS2 유전자 영역을 증폭할 수 있는 10개 조합의 프라이머를 이용하여 PCR을 수행한 결과, ITS3tagmix3/ITS4 조합의 프라이머로 annealing 온도 58℃로 하였을 때 증폭된 PCR 산물의 농도가 상대적으로 높았다. 이 조건에서도 PCR 산물의 농도가 낮은 경우에는 1차 PCR 산물을 주형 DNA로 사용하여 nested PCR을 수행하면 만족스러운 농도로 ITS2 유전자를 증폭할 수 있었다. 본 연구에서 도출한 조건으로 서울 대기 PM2.5를 포집한 필터 시료 15종을 대상으로 DNA 추출과 PCR을 수행한 결과 성공적으로 ITS2 유전자 증폭이 가능하였다. 본 연구에서 최적화한 방법은 대기 PM 시료의 곰팡이 메타게놈을 분석하고 해석하는 연구에 활용 가능하다.

• Journal of Applied Biological Chemistry
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• 제52권1호
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• pp.1-7
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• 2009

후대교배종 CM 벼의 정성 PCR 검정방법을 개발하기 위하여, 벼의 내재유전자로써 OsCs-J(rice cytochrome c gene)을 선발하여 OsCytC-5'/3'의 primer쌍을 제작하고, 벼를 포함한 서로 다른 8개 작물에 대하여 PCR을 수행한 결과 벼에 특이적으로 증폭되는 111 bp의 반응 산물을 확인하였다. 국내 개발된 LS28$\times$CryIAc1 GM 벼의 검정 분석으로 정성 PCR 반응을 수행하였다. 정성 PCR을 위하여 GM 벼에 도입된 T-DNA 및 게놈상의 도입유전자 삽입부위의 인접서열을 바탕으로 구조 및 계통 특이적인 검정 primer 쌍을 제작하였다. ActCk-5'/3' primer 쌍을 이용하여 LS28의 T-DNA 내의 actin 프로모터와 OsCK1 유전자 사이를 증폭시켜 306 bp의 PCR 반응 산물을 얻을 수 있었으며, 또한 계통특이 primer 쌍인 CryIAc1 GM 벼유래의 CrLB-5'/3' 및 LS28 GM 벼 유래의 CKRB-5'/3'를 이용한 PCR 반응으로 각각 142 bp와 91 bp의 도입유전자의 인접서열 부위의 특이적인 증폭 산물을 확인할 수 있었다. 계통 특이적 검정을 위한 이들 개발 primer 쌍들은 event 계통과 대조적으로 non-GM 벼와 다양한 작물에 대하여 어떠한 특이적인 PCR 증폭 산물을 형성하지 않았다. 따라서 본 연구에서 계통특이 primer를 이용하여 후대교배종 GM 벼 계통, L528$\times$CryIAc1을 특이적으로 검출할 수 있음을 확인하였고, 제시된 방법이 GM 벼의 실용화를 위한 위해성평가의 검정방법 자료로 제공될 수 있음을 확인하였다.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제47권3호
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• pp.293-297
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• 2009

Improved methods for detection of Cryptosporidium oocysts in environmental and clinical samples are urgently needed to improve detection of cryptosporidiosis. We compared the sensitivity of 7 PCR primer sets for detection of Cryptosporidium parvum. Each target gene was amplified by PCR or nested PCR with serially diluted DNA extracted from purified C. parvum oocysts. The target genes included Cryptosporidium oocyst wall protein (COWP), small subunit ribosomal RNA (SSU rRNA), and random amplified polymorphic DNA. The detection limit of the PCR method ranged from $10^3$ to $10^4$ oocysts, and the nested PCR method was able to detect $10^0$ to $10^2$ oocysts. A second-round amplification of target genes showed that the nested primer set specific for the COWP gene proved to be the most sensitive one compared to the other primer sets tested in this study and would therefore be useful for the detection of C. parvum.

• 한국자원식물학회지
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• 제16권1호
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• pp.55-60
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• 2003

암$.$수 개체 사이에 상이한 성염색체 조성을 지니는 자웅 이주 식물인 수영 (Rumex acetsa L.)에서 120개 의 10-mer random primer를 이용하여 RAPD 분석을 수행하였다. 적용한 primer들 중 24개의 primer 에서 34개의 암$.$수 특이 밴드가 관찰되었다 암 개체 특이 밴드는 16개였으며, 수 개체 특이 밴드는 18개로 나타났다. 특히 OPC-10 primer로부터 얻은 1,440 bp인 DNA 단편은 수 개체 특이적으로 나타났다. 본 연구에서 얻어진 성 특이적인 RAPD 마커들은 식물에서 성 결정 메커니즘 구명의 기본 자료로 활용될 수 있을 것이다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제25권10호
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• pp.1714-1727
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• 2015

This work describes a new strategy for optimal design of Multiplex-PCR primer sequences. The process is based on the Particle Swarm Optimization-Simplex algorithm (Mult-PSOS). Diverging from previous solutions centered on heuristic tools, the Mult-PSOS is selfconfigured because it does not require the definition of the algorithm's initial search parameters. The successful performance of this method was validated in vitro using Multiplex-PCR assays. For this validation, seven gene sequences of the most prevalent bacteria implicated in urinary tract infections were taken as DNA targets. The in vitro tests confirmed the good performance of the Mult-PSOS, with respect to infectious disease diagnosis, in the rapid and efficient selection of the optimal oligonucleotide sequences for Multiplex-PCRs. The predicted sequences allowed the adequate amplification of all amplicons in a single step (with the correct amount of DNA template and primers), reducing significantly the need for trial and error experiments. In addition, owing to its independence from the initial selection of the heuristic constants, the Mult-PSOS can be employed by non-expert users in computational techniques or in primer design problems.