• International Journal of Advanced Culture Technology
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• 제5권2호
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• pp.9-18
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• 2017

The purpose of this study is to find out how to use emotional activity rate in sentence. The aim is to estimate the Emotion-Codon status of emotion-DNA wiggling as well as the sequence of codons in which amino acids of human body are spread. It is as if the amino acids are translated from the DNA of the human body, and the emotions that cooperate with each other are diversified and refined. Through these attempts, we anticipate the change of emotions by literary works and present the direction of the synapse working and the direction of the encoding. Therefore, this study analyzed the emotional activity of Rated Emotion-Codon, which works as Rated Sijo. At this time, the emotional change in the human body, in which the sentence is more clearly pronounced, is predicted and detected. This result shows how emotions can activate the human body. This state of activation is an indicator of how much the sentence pushes the physiological action of the human body. It is judged that Codon is constructed precisely for the activation of the rated Sijo additive definition by this index. Our result is evidenced by the fact that three sentences of Rated Sijo show an array with the same rating as the Rated Codon's, The first sentence fuses with the sentiment between the second sentence and the third sentence of Rated Sijo. The emotional symbols between the sentence symbols "A, U, J, L" in the first base of the Codon table and the sentences fusing between the sentences of the first sentence and the third sentence are "A, U, J, L". The emotional symbols between the sentences flowing in the second base of the Codon table and between the sentences of the first sentence and the second sentence are structured in the third base of the Codon table as "A, U, J, L". The Rated Sijo, which is resiliently and precisely assigned to the human body's Rated Emotion-Codon, will require a rich experience in our Rated Life.

• 한국인터넷방송통신학회논문지
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• 제17권2호
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• pp.95-104
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• 2017

제주지역에 산재된 정목(錠木)올레와 드러누워 있는 세계 최대 피라미드인 묘(墓)의 신문(神門)올레를 조사하고 제주인의 풍속 Protocol을 현대 과학과 접목시키는 Link를 구성했다. 3개의 이승 정낭과 2개의 묘(墓)의 저승 신문(神門)은 올레길 공간체로 연결되어 있다. 그 공간체에는 삶과 죽음사이의 상생(相生)과 상극(相剋)이 공존하는 상보성(相補性)(complementarity) 원리가 제주 문화(文化)에 숨어있다. 대(對)와 대(待)이다. 즉 반대되는 것은 서로 보완적이다. (Contraria Sunt Complementa 라틴어) 서로 대립하면서도 서로 의존하는 관계로 서로가 서로를 품은 관계를 뜻한다. 정낭은 통신 원리를 사용될 뿐 아니라 인체의 DNA Codon에 기본 원리으로 사용된다.

• 전자공학회논문지CI
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• 제49권2호
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• pp.123-133
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• 2012

본 논문에서는 DNA 시퀀스의 불법 복제 및 변이 방지와 개인 정보 침해 방지, 또는 인증을 위한 DNA 워터마킹에 대하여 논의하며, 변이에 강인하고 아미노산 보존성을 가지는 부호영역 DNA 시퀀스 기반 DNA 워터마킹 기법을 제안한다. 제안한 DNA 워터마킹은 부호 영역의 코돈 서열에서 정규 특이점에 해당되는 코돈들을 삽입 대상으로 선택되며, 워터마크된 코돈이 원본 코돈과 동일한 아미노산으로 번역되도록 워터마크가 삽입된다. DNA 염기 서열은 4개의 문자 {A,G,C,T}로 (RNA은 {A,C,G,U}) 구성된 문자열이다. 제안한 방법에서는 워터마킹 신호처리에 적합한 코돈 부호 테이블을 설계하였으며, 이 테이블에 따라 코돈 서열들을 정수열로 변환한 다음 원형 각도 형태의 실수열로 재변환한다. 여기서 코돈은 3개의 염기들로 구성되며, 64개의 코돈들은 20개의 아미노산으로 번역된다. 선택된 코돈들은 아미노산 보존성을 가지는 원형 각도 실수 범위 내에서 인접 코돈과의 원형 거리차 기준으로 워터마크에 따라 변경된다. HEXA와 ANG 시퀀스를 이용한 $in$ $silico$ 실험을 통하여 제안한 방법이 기존 방법에 비하여 아미노산 보존성을 가지면서 침묵 변이와 미스센스 변이에 보다 강인함을 확인하였다.

• 한국멀티미디어학회논문지
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• 제20권2호
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• pp.244-253
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• 2017

Reversible DNA watermarking is capable of continuous DNA storage and forgery prevention, and has the advantage of being able to analyze biological mutation processes by external watermarking by iterative process of concealment and restoration. In this paper, we propose a reversible DNA watermarking method based on histogram multiple shifting of noncoding DNA sequence that can prevent false start codon, maintain original sequence length, maintain high watermark capacity without biologic mutation. The proposed method transforms the non-coding region DNA sequence to the n-th code coefficients and embeds the multiple bits of the n-th code coefficients by the non-recursive histogram multiple shifting method. The multi-bit embedding process prevents the false start codon generation through comparison search between adjacent concealed nucleotide sequences. From the experimental results, it was confirmed that the proposed method has higher watermark capacity of 0.004-0.382 bpn than the conventional method and has higher watermark capacity than the additional data. Also, it was confirmed that false start codon was not generated unlike the conventional method.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제46권6호
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• pp.903-908
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• 2004

다양한 포유동물의 미토콘드리아 유전자들에서 선택적 개시코돈(AIC)들이 보고되었다. 본 연구는 돼지 5 품종에서 mtDNA ND2 유전자의 AIC 양상을 분석하였다. 두 종류의 AIC 서열들이 발견되었고, 품종 집단간에서 각기 다른 출현빈도를 보였다. ND2의 methionine codon으로 Large White와 Landrace는 각각 전 개체에서 ATA와 ATT 서열로 확인되었다. 다른 3 품종(Berkshire, Duroc, Hampshire)의 경우는 두 서열이 모두 발생하였으며, 91.9, 21.3, 60.0%의 빈도로 ATA를 보였다. 기존의 연구들에 의하면 중국재래돼지들이 모두 개시코돈 ATA를 갖는다고 보고되어 있다. 미토콘드리아 ND2 단백질의 합성과정에서 AIC가 어떤 영향을 미치는지는 설명할 수 없으나, 본 연구에서 나타난 AIC 다형성과 품종특이적인 분포양상은 돼지의 육종에 있어 모계추적을 위한 분자적 표지인자로서 이용될 수 있을 것을 사료된다.

• 대한임상검사과학회지
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• 제38권3호
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• pp.196-202
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• 2006

최근 만성 B형간염의 치료에 B형간염 바이러스 복제를 저해하여 감염력을 약화시키는 lamivudine이 많이 사용되고 있다. 그러나 이 약제를 장기간 복용할 경우 B형간염 바이러스 DNA polymerase 유전자의 YMDD motif에 아미노산 치환을 일으켜 lamivudine 저항성 B형간염 바이러스가 나타나는 점이 문제시 되고 있다. 본 연구의 목적은 lamivudine 치료를 받은 만성 B형간염 환자에서 PCR-direct sequencing 법을 이용하여 B형간염 바이러스 DNA 중합효소 유전자의 YMDD motif(codon 552)와 codon 528에서 돌연변이 출현빈도를 구하고, HBeAg과의 관련성을 보고자 하였다. 방법은 만성 B형간염 환자의 혈청에서 DNA를 추출하고 DNA 중합효소 유전자의 codon 552와 528을 포함하는 부위에서 선택한 두 쌍의 primer를 이용하여 nested PCR을 실시하였다. 증폭된 PCR 산물은 2% agarose gel에서 전기영동을 한 후, 자동염기서열분석기를 이용하여 sequencing을 실시하였다. 총 207명 중에서 돌연변이는 124명(60%)에서 발견되었으며, 남, 녀에서 차이는 발견되지 않았고, 돌연변이군에서 비돌연변이군에 비해 평균나이가 약간 높게 나타났으나 유의성은 없었다. Codon 552에서 단일돌연변이로는 M552I(50.8%)가 가장 높게 나타났고, 다음으로 M552V(43.5%), M552I/V(5.7%)의 순서로 나타났다. Codon 528에서는 67.0%의 L528M 돌연변이가 발견되었다. Codon 552와 codon 528에서 동시에 발생한 중복돌연변이로는 M552V/L528M(43.6%)이 가장 높게 나타났고, 다음으로 M552I/L528(33.1%) 그리고 M552I/L528M(17.7%)의 순으로 나타났다. Codon 552에서 serine 돌연변이(M528S)는 발견되지 않았으며, L528M은 M552V 돌연변이와 거의 동시에 검출되었다. 본 연구에서 만성 B형간염환자에서 HBeAg의 유무와 lamivudine 돌연변이율과의 상관성은 발견되지 않았으며, PCR-direct sequencing법은 고가의 자동염기서열분석 장비와 숙련된 기술자가 필요하다는 문제점은 있으나, 검체 수가 많은 큰 임상검사실에서는 활용성이 클 것으로 판단된다. 향 후 lamivudine으로 인한 HBV 돌연변이형과 환자의 임상결과의 관련성에 대한 연구가 추가적으로 실시되면, lamivudine을 복용하는 만성 HBV 환자의 치료와 예후에 유용할 것으로 사료된다.

• BMB Reports
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• 제35권3호
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• pp.273-282
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• 2002

Sp3 is a bifunctional transcription factor that has been reported to stimulate or repress the transcription of numerous genes. Although the size of Sp3 mRNA is 4.0kb, the size of the known Sp3 cDNA sequence is 3.6kb. Thus, Sp3 functional studies have been performed with an artificially introduced start codon, and thus an amino-terminus that differs from the wild-type. Ideally, full-length cDNA expression vectors with the appropriate start codon should be utilized for these studies. Using 5'rapid amplification of cDNA ends, a full-length Sp3 cDNA clone was generated and the sequence verified in nine cell lines. No AUG initiation codon was present. However, stop codons were present in all three frames 5' to the known coding sequence. In vitro translation of this full-length cDNA clone produced the expected three isoforms-one at 100 kDa and two in the mid 60 kDa range. Electrophoretic mobility shift assays showed that the protein products had the ability to bind to the Sp1/3 consensus sequence. In vitro studies, using our Sp3 clone and site directed mutagenesis, identified the translation initiation site for the larger isoform as AUA. AUA has not been previously described as an endogenous initiation codon in eukaryotes.

• 한국멀티미디어학회논문지
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• 제16권3호
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• pp.318-329
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• 2013

본 논문에서는 DNA 시퀀스의 불법 복제 및 변이 방지를 위한 DNA 워터마킹 기법을 제안한다. 제안한 DNA 워터마킹은 랜덤 맵핑 테이블에 의하여 코돈들을 랜덤 원형 각도로 수치화한 다음, 웨이블릿 국부계수 최대치의 Lipscihtz regularity 상수에 의하여 삽입 대상 코돈들을 탐색한다. 워터마크 삽입과정에서 DNA의 아미노산 코드가 변경되지 않도록 하기위하여 삼중 코돈들의 랜덤 코돈 원형 각도에 워크마크를 삽입한다. 삽입 대상 코돈들의 길이와 위치는 랜덤 맵핑 테이블에 의존하므로, 이 테이블을 알지 못할 경우, 워터마크 추출이 어렵다. 그리고 제안한 방법은 다양한 길이의 DNA 서열에 64개 코돈(종료, 개시 코돈포함)들의 랜덤 맵핑 테이블을 적용함으로써 동일한 길이의 워터마크 키를 적용한다. 본 실험에서는 랜덤 맵핑 테이블과 삽입 위치의 높은 엔트로피를 통하여 워터마크의 보안성을 확인하였다. 또한 기존의 DNA-Crypt 워터마킹과의 유사한 용량 하에서 제안한 방법이 낮은 염기 변화율을 가지며, 포인트 변이, 삽입 및 삭제 변이에 대하여 낮은 에러률를 가지며, ROC 분석을 통하여 우수한 검출 능력을 가짐을 확인하였다.

• 한국인터넷방송통신학회논문지
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• 제16권6호
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• pp.135-140
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• 2016

본 논문에서는 유전정보 DNA 표준 코드인 [UC;AG]를 64괘로 분석했다. 인간의 유전정보를 담고 있는 DNA는 인산과 당에 A(아데닌) C(시토신) G(구아닌) T(티민) 등 네 종류의 염기가 30억쌍 이어 붙여진 형태이다. DNA 표준 코드를 64괘로 나타내고, 이 코드를 Kronecker product를 이용하여 $16{\times}4$행렬로 나타냈다. 이 $16{\times}4$ 행렬은 이중나선의 중복성을 가지고 있으며, 이 중복성을 제거하면 RNA코드 $4{\times}4$ 행렬을 얻는다. $16{\times}4$행렬은 Kronecker product를 이용하여 소 행렬로 분해되었다. DNA 이중나선을 행렬로 표시하고 유전정보 괘 배열 코드를 분석하였으며 그 예를 예 5, 6에 나타냈다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제14권6호
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• pp.1280-1285
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• 2004

Retron is a prokaryotic genetic element, producing a short single-stranded DNA covalently linked to RNA (msDNA-RNA) by a reverse transcriptase (RT). In retron EC83, msDNA is further processed at between the 4th and the $5^{th}$ nucleotides, leaving a 79 nucleotide-long single-stranded DNA as a final product. To investigate this site-specific cleavage in msDNA synthesis, we purified the RT protein of retron EC83. Initially, RT ORF was cloned under the tac promoter, but the expression was very poor largely because of poor translation. In order to facilitate translation, the nucleotide sequence for the first nine amino acids was randomized with synonymous codons. This change of downstream sequence of translational initiation codon greatly affected the efficiency of translation. We could isolate clones which greatly increased RT production, and their sequences were compared to those of the low producers. The overproduced protein was purified and was shown to have RT activity.