• 제목/요약/키워드: Crystal and molecular structure

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곤충세포에서 새로운 퓨전 단백질인 초파리 유래 PGRP-LB를 이용한 인간 PTK6의 과발현 및 생산 (High Level Production of human Protein Tyrosine Kinase-6 in Insect Cells Using Drosophila Peptidoglycan Recognition Protein-LB as a fusion protein)

  • 김슬기;김한이;우재성;조현수;정연진;이승택;하남출
    • 생명과학회지
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    • 제17권2호통권82호
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    • pp.179-184
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    • 2007
  • 단백질 티로신 kinase인 PTK6는 대부분의 유방암에서 과발현되며, 암세포의 증식만을 촉진하는데 역할을 한다. 이 연구에서 PTK6의 활성도메인을 초파리의 peptidoglycan recognition protein (PGRP) -LB 단백질을 퓨전파트너로 사용하여 바큘로바이러스 시스템을에서 과발현하는데 성공하였다. 우리는 PGRP-LB가 바큘로바이러스 시스템에서 잠재적으로 퓨전 단백질로 사용될 수 있는 가능성을 처음으로 발견하였다. 정제된 PTK6단백질은 기존의 박테리아에서 발현된 단백질보다 1.5배 높은 활성을 지녔다. 이 단백질은 PTK6의 분자기전 및 그것의 저해제 개발에 필수적인 결정 구조를 규명하는데 사용될 것이다.

합성, 2,4-Diaryl-1,3-selenazoles의 항바이러스 활성도와 반응 (Synthesis, Reaction and Antiviral Activity of 2,4-Diaryl-1,3-selenazoles)

  • Al-Rubaie, Ali Z.;Al-Masoudi, Wasfi A.;Hameed, Ali Jameel;Yousif, Lina Z.;Graia, Mohsen
    • 대한화학회지
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    • 제52권1호
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    • pp.36-46
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    • 2008
  • 가진 1차 arylselenocarboxylic amide의 고리화는 여러가지 새로운 2,4-diaryl-1,3-selenazoles에 사용되었다. 염소, 브롬, 요오드를 사용한 2,4-diaryl-1,3-selenazoles의 할로겐화는 좋은 수율의 새로운 1,1-dihalo-2,4-diaryl-1,3-selenazoles를 준다. AIDS virus(HIV-1 and HIV-2)에 대하여 몇몇의 1,1-dihalo-2,4-diaryl-1,3-selenazoles의 항바이러스 활성도를 검사하였다. 그것들은 HIV-1에 대한 약간의 대생물활성을 보였다. 모든 화합물은 원소분석, 1H NMR 그리고 질량 분광분석 정보로 구조분석 하였다. 2-(3,4-dimethoxyphenyl)-4-(4-bromophenyl)-1,3-selenazole의 결정구조도 보였다.

마이크로-소프트 포트란을 이용한 복합 산화물 결정의 분자 궤도함수 계산 (Crystal Molecular Orbital Calculation of the Lanthanum Nickel Oxide by Means of the Micro-Soft Fortran)

  • 구현주;이광순;안운선
    • 대한화학회지
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    • 제39권9호
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    • pp.685-691
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    • 1995
  • 결정 분자 궤도함수[EHTB]를 계산할 수 있는 VAX 컴퓨터용 EHMACC와 EHPC 프로그램을, 마이크로-소프트 포트란을 이용하는 PC로 계산할 수 있도록 변환하였다. 이 프로그램을 이용하여 perovskit 구조의 $LaNiO_3$ 단위세포와 ($2{\times}2{\times}1$)으로 확장된 구조에 대한 띠 구조를 계산한 결과, ${\Gamma}{\rightarrow}H,\;H{\rightarrow}N$$N{\rightarrow}{\Gamma}$ 방향(2차원)에서는 bend gap이 0.35eV인 반도체의 성질을 나타내고, ${\Gamma}{\rightarrow}P$$P{\rightarrow}N$ 방향(3차원)에서는 금속성의 성질을 나타내었다. 또 이들 결정에 관한 DOS와 COOP를 고찰한바, $LaNiO_3$에서 산소원자의 DOS는 니켈원자의 결함보다는 산소원자의 위치에 영향을 받아 서로 다른 종류의 산소원자로 존재할수 있음을 알았다.

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Zeolite의 특성 (Characteristics of Zeolites)

  • 임굉
    • 자연과학논문집
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    • 제6권1호
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    • pp.103-108
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    • 1993
  • Zeolite는 기공을 통한 흡착과 분리작용의 특징을 지닌 흡착제.분리제로서는 물론, 기체나 액체의 건조제 및 촉매로 그리고 화학공학적 공정기술에있어서 혼합물의 분리정제공정에 널리 이용되고 있고, 다른 silica gel, 활성제, 활성 alumina 및 산성백토등에 비하여 독특한 특성을 가지고 있으며, aluminosilicate 광물의 일종인 천연 zeolite가 광물학적 특성과 화학적 표면활성으로 인하여 다방면에 있어서 공업적 이용도가 날로 증가하고 있다. 광물학상 zeolite는 Na, Ca등 양이온을 함유하는 규산염물질로서 산소환의 공경이 $3~11\AA$ 정도인 입체망상구조로 되어있어 탈착이 자유스러운 수분을 함유하고 있으며 광물중에서 양이온 교환능(C.E.C가 대략 100~300)이 대단히 높기 때문에 기체에 대한 선택적 흡착력이 큰 광물로 알려져 있다. 더욱이 천연 zeolite는 토양계량제나 가축사료용, 혼합비료 및 농약등에도 사용되고 있으며 공업용으로 제지원료로서 백색도가 높고 경도가 낮다는 특성뿐만 아니라 단열.보온재 및 건재등 공업재료로서의 활용성, 그리고 흡착제, 흡습제, 건조제, 이온교환체, 증량제 및 molecular sieve로서의 이용은 괄목할 만 하다. 특히 높은 양이온 교환능을 이용한 중금속 발수처리제나 방수성 발수의 처리제, 경수의 연화제로서의 이용도가 높아지고 있어 앞으로 zeolite의 공업화에 따른 새로운 제조방법과 활용가능성을 모색해야 한다.

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Insight into Structural Aspects of Histidine 284 of Daphnia magna Arginine Kinase

  • Rao, Zhili;Kim, So Young;Li, Xiaotong;Kim, Da Som;Kim, Yong Ju;Park, Jung Hee
    • Molecules and Cells
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    • 제43권9호
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    • pp.784-792
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    • 2020
  • Arginine kinase (AK), a bioenergy-related enzyme, is distributed widely in invertebrates. The role of highly conserved histidines in AKs is still unascertained. In this study, the highly conserved histidine 284 (H284) in AK of Daphnia magna (DmAK) was replaced with alanine to elucidate the role of H284. We examined the alteration of catalytic activity and structural changes of H284A in DmAK. The catalytic activity of H284A was reduced dramatically compared to that in wild type (WT). Thus the crystal structure of H284A displayed several structural changes, including the alteration of D324, a hydrogen-bonding network around H284, and the disruption of π-stacking between the imidazole group of the H284 residue and the adenine ring of ATP. These findings suggest that such alterations might affect a conformational change of the specific loop consisting of G310-V322 at the antiparallel β-sheet region. Thus, we speculated that the H284 residue might play an important role in the conformational change of the specific loop when ATP binds to the substrate-binding site of DmAK.

Identification and confirmation of 14-3-3 ζ as a novel target of ginsenosides in brain tissues

  • Chen, Feiyan;Chen, Lin;Liang, Weifeng;Zhang, Zhengguang;Li, Jiao;Zheng, Wan;Zhu, Zhu;Zhu, Jiapeng;Zhao, Yunan
    • Journal of Ginseng Research
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    • 제45권4호
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    • pp.465-472
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    • 2021
  • Background: Ginseng can help regulate brain excitability, promote learning and memory, and resist cerebral ischemia in the central nervous system. Ginsenosides are the major effective compounds of Ginseng, but their protein targets in the brain have not been determined. Methods: We screened proteins that interact with the main components of ginseng (ginsenosides) by affinity chromatography and identified the 14-3-3 ζ protein as a potential target of ginsenosides in brain tissues. Results: Biolayer interferometry (BLI) analysis showed that 20(S)-protopanaxadiol (PPD), a ginseng saponin metabolite, exhibited the highest direct interaction to the 14-3-3 ζ protein. Subsequently, BLI kinetics analysis and isothermal titration calorimetry (ITC) assay showed that PPD specifically bound to the 14-3-3 ζ protein. The cocrystal structure of the 14-3-3 ζ protein-PPD complex showed that the main interactions occurred between the residues R56, R127, and Y128 of the 14-3-3 ζ protein and a portion of PPD. Moreover, mutating any of the above residues resulted in a significant decrease of affinity between PPD and the 14-3-3 ζ protein. Conclusion: Our results indicate the 14-3-3 ζ protein is the target of PPD, a ginsenoside metabolite. Crystallographic and mutagenesis studies suggest a direct interaction between PPD and the 14-3-3 ζ protein. This finding can help in the development of small-molecular compounds that bind to the 14-3-3 ζ protein on the basis of the structure of dammarane-type triterpenoid.

Cr(III)-Tetraaza Macrocyclic Complexes Containing Auxiliary Ligands (Part II); Synthesis and Characterization of Cr(III)-Citrato Macrocyclic Complex

  • Byun, Jong-Chul;Park, Yu-Chul;Youn, Jeung-Su;Han, Chung-Hun;Lee, Nam-Ho
    • Bulletin of the Korean Chemical Society
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    • 제26권4호
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    • pp.634-640
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    • 2005
  • The reaction of cis-[Cr([14]-decane)(OH$_2)_2]^+$ ([14]-decane = rac-5,5,7,12,12,14-hexamethyl-1,4,8,11-teraazacyclotetradecane) with auxiliary ligands {$L_a$ = citrate(cit)} leads to a new dimeric complex cis-[{Cr([14]-decane)($\mu$-cit)}$_2](ClO_4)_2$. This binuclear complex has been structurally characterized by a combination of elemental analysis, conductivity, IR and Vis spectroscopy, mass spectrometry, and X-ray crystallography. Analysis of the crystal structure of cis-[{Cr([14]-decane)($\mu$-cit)})($_2]^+$ reveals that each chromium has a distorted octahedral coordination environment and citrato ligands are monodentate to the two chromium atoms via the carboxyl groups. For dimeric complex the bridging geometry is as follows: Cr$\ldots$Cr = 7.361 $\AA$; Cr-O(average) = 1.958 (8) $\AA$; Cr-N range = 2.108 (9)-2.147(9) $\AA$; N(1)-Cr-N(3) (equatorial position) = 98.0(4)$^{\circ}$; N(2)-Cr-N(4) (axial position) = 166.4(4)$^{\circ}$; O(1)-Cr-N(2) = 98.1(4)$^{\circ}$; O(3)-Cr-N(4) = 96.6(3)$^{\circ}$; O(1)-Cr-O(3) = 90.4$^{\circ}$. The FAB mass spectrum of the dimeric complex displays peak due to the molecular ions cis-[{Cr([14]-decane)($\mu$-cit)})($_2]^+$ at m/z 1053.

Three Cyanide-Bridged One-Dimensional Single Chain CoIII-MnII Complexes: Rational Design, Synthesis, Crystal Structures and Magnetic Properties

  • Zhang, Daopeng;Zhao, Zengdian;Wang, Ping;Chen, Xia
    • Bulletin of the Korean Chemical Society
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    • 제33권5호
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    • pp.1581-1585
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    • 2012
  • Two pyridinecarboxamide dicyanidecobalt(III) building blocks and two mononuclear seven-coordinated macrocycle manganese(II) compounds have been rationally selected to assemble cyanide-bridged heterobimetallic complexes, resulting in three cyanide-bridged $Co^{III}-Mn^{II}$ complexes. Single X-ray diffraction analysis show that these complexes $\{[Mn(L^1)][Co(bpb)]\}ClO_4{\cdot}CH_3OH{\cdot}0.5H_2O$ ($\mathbf{1}$), $\{[Mn(L^2)][Co(bpb)]\}ClO_4{\cdot}0.5CH_3OH$ ($\mathbf{2}$) and ${[Mn(L^1)][Co(bpb)]\}ClO_4{\cdot}H_2O$ ($\mathbf{3}$) ($L^1$ = 3,6-diazaoctane-1,8-diamine, $L^2$ = 3,6-dioxaoctano-1,8-diamine; $bpb2^{2-}$ = 1,2-bis(pyridine-2-carboxamido)benzenate, $bpmb2^{2-}$ = 1,2-bis(pyridine-2-carboxamido)-4-methyl-benzenate) all present predictable one-dimensional single chain structures. The molecular structures of these one-dimensional complexes consists of alternating units of $[Mn(L)]^{2+}$ ($L=L^1$ or $L^2$) and $[Co(L^{\prime})(CN)2]^-$ ($L^{\prime}=bpb2^{2-}$, or $bpmb2^{2-}$), forming a cyanide-bridged cationic polymeric chain with free $ClO_4{^-}$ as the balance anion. The coordination geometry of manganese(II) ion in the three one-dimensional complexes is a slightly distorted pentagonal-bipyrimidal with two cyanide nitrogen atoms at the trans positions and $N_5$ or $N_3O_2$ coordinating mode at the equatorial plane from ligand $L^1$ or $L^2$. Investigation over magnetic properties of these complexes reveals that the very weak magnetic coupling between neighboring Mn(II) ions connected by the diamagnetic dicyanidecobalt(III) building block. A best-fit to the magnetic susceptibility of complex ${\mathbf}{1}$ leads to the magnetic coupling constants $J=-0.084(3)cm^{-1}$.

나일론66/유리섬유 복합체의 압출횟수에 따른 특성 연구 (Study on the physical properties of nylon66/glass fiber composites as a function of extrusion number)

  • 이봄이;김연철
    • 한국산학기술학회논문지
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    • 제15권6호
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    • pp.3990-3996
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    • 2014
  • 나일론66/유리섬유 복합체의 경우 $300^{\circ}C$ 이상의 고온에서 사출가공 될 때 물성 저하가 일어날 수 있어, 재이용시 열이력에 대한 체계적인 연구가 필요하다. $305/290/273/268/265/260^{\circ}C$ 온도조건의 이축압출기(twin screw extruder)를 이용하여 나일론66/유리섬유 복합체의 압출시료를 압출횟수에 따라 제조하였다. 압출횟수에 따른 화학구조, 열적특성, 용융지수, 결정구조, 아이조드 충격강도 및 유변학적 특성을 FT-IR, 용융지수 측정기, DSC, TGA, XRD, Izod 시험기, 그리고 유변물성 측정기를 이용하여 분석하였다. 적외선분광 스펙트럼을 이용하여 확인한 결과 압출횟수에 따른 압출시편에서의 화학구조 변화는 확인되지 않았다. 압출횟수에 따라 분자량이 감소하는 것을 용융지수와 복소점도를 이용하여 확인하였다. 나일론66/유리섬유 복합체의 용융온도는 큰 변화가 없으나, 압출횟수 증가에 따라 분해온도가 $20^{\circ}C$ 정도까지 감소하는 것을 DSC와 TGA를 이용하여 확인하였다. 압출시편의 아이조드 충격강도는 압출횟수가 증가함에 따라 감소하였다. 또한 나일론66/유리섬유 복합체 압출시편의 G'-G" 곡선의 기울기나 형태가 변하지 않는 것으로부터 압출시편에 가교와 같은 구조변화가 크게 나타나지 않음을 알 수 있었다.

졸-겔법을 이용한 γ-Al2O3 합성 시 PVA와 HNO3 첨가에 따른 입자크기 제어 (Particle Size Control by the Addition of PVA and HNO3 in γ-Al2O3 Synthesis Using by Sol-Gel Method)

  • 엄명헌;김나은;하범용
    • 한국산학기술학회논문지
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    • 제20권11호
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    • pp.537-543
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    • 2019
  • 세라믹 재료 중 알루미나(Al2O3)는 산업에서 널리 사용되는 세라믹 재료로서 최근의 기술발전에 따라 재료 크기가 작아지고 이에 따른 특성이 다양하여 그 중요성이 더해 가고 있다. 본 연구에서는 다양한 알루미늄 알콕사이드 중 Aluminum isopropoxide(AIP)를 출발 원료물질로 하여 졸-겔(Sol-Gel)법에 의해 가수분해 및 해교과정을 거쳐 boehmite 졸을 제조하고 이후 건조 및 하소시켜 γ-Al2O3를 제조하였다. 이러한 제조 과정 중 입자의 응집현상을 방지하기 위해 9,000 ~ 10,000, 31,000 ~ 50,000, 89,000 ~ 98,000, 130,000의 분자량을 갖는 4종류의 PVA(Polyvinyl alcohol)를 첨가하고 3종류 질산(0.1, 0.3, 0.5 몰비)을 첨가하여 입자에 미치는 영향을 확인하고자 하였다. 제조된 γ-Al2O3는 X선 회절분석기(XRD), X선 형광분석기(XRF), 입도분석기(PSA), 전계방사 주사전자현미경(FE-SEM) 등의 기기분석을 통하여 결정구조 및 조성, 입자크기, 그리고 입자형상을 확인하였다. 그 결과, 약 98.2 %의 순도를 갖는 γ-Al2O3가 합성되었으며 첨가되는 질산의 첨가비가 높을수록, 그리고 PVA 분자량이 클수록 입자크기가 감소하고 균일성이 높아지는 것을 확인할 수 있었다. 이러한 결과로부터, PVA와 질산의 첨가비 조절에 따라 γ-Al2O3의 제조공정 중 입자크기 제어가 가능할 것으로 사료된다.