• Archives of Pharmacal Research
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• 제21권4호
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• pp.385-390
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• 1998

Adozelesin and carzelesin are synthetic analogues of the extremely potent antitumor antibiotic CC-1065, which alkylates N3 of adenine in a consensus sequence $5^1$-(A/T)(A/T)$A^*$ ($A^*$ is the site of alkylation). We have investigated the DNA sequence selectivity of adozelesin and carzelesin by thermally ind ced DNA strand cleavage assay using radiolabeled restriction DNA fragments. An analysis of alkylation patterns shows that the consensus sequences for carzelesin and adozelesin have been found to be $5^1$-(A/T)(A/T)$A^*$ and $5^1$-(A/F)(G/C)(A/T)$A^*$. A new consensus sequence, $5^1$-(A/T)(A/T)$CA^*$, has been observed to display an additional alkylation site for adozelesin but not for carzelesin. These results indicate that the pattern of sequence selectivity induced by carzelesin is similar but not identical to those induced by adozelosin.

• 한국자기공명학회논문지
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• 제17권2호
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• pp.76-80
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• 2013

The TCP domain is a DNA-binding domain present in plant transcription factors and has a similar structural feature to the bHTH motif of eukaryotic transcription factors. The imino proton exchange study has been performed for the DNA duplex containing the consensus DNA-binding site for the AtTCP11 transcription factor. The first two base pairs in the consensus 5'-GTGGG-3' sequence are relatively very unstable but lead to greater stabilization of the neighboring two G C base pairs. These unique dynamic features of the five base pairs in the consensus DNA sequence might play crucial roles in the effective DNA binding of the AtTCP11 protein.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제31권2호
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• pp.111-116
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• 2003

Xylan 분해 균주인 Bacillus stearothermophilus No. 236 분리균의 $\beta$-xylosidase 생산 유전자(xylA)의 염기 서열 및 transcription start site를 결정한 이전 연구 결과에 의하면 xylA 유전자는 매우 특이하게 UUG codon에서 translation이 시작되며 initiation codon 15dp 윗쪽에는 promoter로 추정되는 염기 서열을 가지고 있는 것으로 분석되었다. 이와 같은 xylA 유전자 promoter region의 구조는 E. coli에 클로닝된 xalA 유전자를 이용한 실험 결과로도 확인되었다. xalA promoter의 -10 element는 CATAAT로서 6개의 염기 중 5개가 그리고 -35 element의 경우는 TTGTTA로서 6개의 염기 중 4개가 consensus sequence와 일치되었으나 두 hexamer 사이의 거리가 최적 거리에서 크게 벗어난 12 bp인 것으로 분석되었다. 본 연구에서는 $\beta$-xylosidase의 대량 생산을 위한 연구의 일환으로 xalA promoter sequence의 체계적 구조 변화에 의한 promoter strength에 미치는 효과를 E. coli와 B. subtilis두 숙주 세포에서 조사 분석해 본 결과, 첫째로 두 promoter elements사이의 거리를 최적거리인 17 bp로 바꾸었을 때 xalA의 발현율은 E. coli에서는 1.6배, B. subtilis에서는 2.5배 정도 증가함을 보여주었다. 그리고 -35 element는 consensus sequence와 같이 5'쪽에서 네번째 위치에 있는 T$\longrightarrow$A로 변이 시켰을 때 E. coli경우 2.3배, 특히 B. subtilis에서는 35배나 되는 가장 높은 promoter 활성의 증가를 보였다. 그러나 -10 sequence의 경우 consensus sequence와 같이 5' 쪽에서 첫번째 위치에 있는 C$\longrightarrow$T로 transition시켰을 때 예상외로 오히려 발현율이 5~15배까지 낮아지는 특이한 결과를 얻었다. 따라서 본 연구 결과 xalA promoter의 경우 -10 sequence인 CATAAT의 C와 -35 element의 두 염기가 promoter활성에 있어 가장 중요한 염기임을 알 수 있었다.

• 한국산학기술학회논문지
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• 제9권5호
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• pp.1218-1224
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• 2008

유전자의 상위부분에 위치하면서 해당 유전자의 발현을 제어하는 신호부위 역할을 하는 프로모터 영역은 다양한 전사인자들이 결합하는 특정 신호부위들을 갖고 있다. 이러한 전사인자 결합부위들은 프로모터 영역 내의 매우 다양한 위치에 자리잡고 있으며, 진화론적으로 잘 보존된 Consensus 형태의 염기서열 패턴을 띠고 있다. 본 논문은 이러한 Consensus 패턴 탐색에 사용되는 Wataru 방법, EM 알고리즘, MEME 알고리즘, 유전자 알고리즘 및 Phylogenetic Footprinting 기법 등에 대해 소개하고, 향후 연구방향에 대한 전망을 제시하고자 한다.

• 한국정보과학회논문지:소프트웨어및응용
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• 제30권5_6호
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• pp.487-496
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• 2003

유전자 발현에 매우 중요한 신호역할을 하는 프로모터 영역은 여러 전사인자들이 결합하는 특정 부위들을 갖고 있다. 전사인자의 결합부위는 프로모터의 다양한 부위에 위치하며, 진화론적으로 잘 보존된 Consensus 형태의 염기서열 패턴을 띠고 있다. 본 논문은 이러한 최적의 패턴들을 탐색하기 위해 유전자 알고리즘을 기반으로 하면서, 동시에 MEME 알고리즘의 N-occurrence-per-dataset 모델의 가정과 패턴의 길이를 결정할 수 있는 Wataru 방법의 장점을 따르는 새로운 방법을 제시하고 있다. 이러한 탐색 방법은 유전체 연구자들이 임의의 DNA 염기서열 상에서 프로모터 영역을 예측하거나 특정 전사인자의 결합부위를 탐색하는데 적극 활용할 수 있다.

• 한국양식학회지
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• 제9권1호
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• pp.93-100
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• 1996

물고기에서 효과적인 발현 vector의 구성을 위해, 미꾸라지 MAR로부터 ARS를 cloning하여, 그 염기서열을 분석하였다. 총 443 염기들로 구성된 미꾸라지의 ARS는 다른 여러종들의 DNA 복제원점에서 나타나는 것 처럼, AT가 풍부하고, ARS consensus sequences, topoi-somerase II consensus sequences, 그리고 A 흑은 T-box등을 포함하고 있다. 그리고 그 DNA 단편은 복제원점에서 일반적인 양상으로 나타나는 반복적인 inverted sequence들을 가지고 있고, 5개의 가능한 hairpin loop 구조들을 내포하고 있다. 이들 구조는 DNA 복제개시에 관여하는 단백질들의 인지부위로 작용할 것으로 생각된다.

• BMB Reports
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• 제30권3호
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• pp.205-210
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• 1997

p53 tumor suppressor plays an important role in the regulation of cellular proliferation. To identify proteins regulating the expression of p53 in rat liver, we analyzed p53 promoter by electrophoretic mobility shift assay (EMSA) and DNase I footprinting assay. We found that a protein binds the sequence CACGTG, bHLH consensus sequence in rat p53 promoter. Southwestern blotting analysis with oligonucleotides containing this sequence shows that the molecular weight of the protein is 100 kDa. This size is not compatible with the bHLH family such as USF or c-Myc/Max which is known to regulate the expression of the human and mouse p53 gene. Therefore this 100 kDa protein may be a new protein regulating basal transcription of rat p53. We purified this 100 kDa protein through sequence-specific DNA affinity chromatogaphy.

• BMB Reports
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• 제33권1호
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• pp.89-91
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• 2000

In this investigation we report our search for the presence of Leucine Rich Repeats (LRRs) in various Bacillus thuringiensis (Bt) sub species. Leucine rich repeats are short sequence motifs present in some proteins. The consensus sequence corresponding to the LRR was present in Crystal proteins of Bacillus thuringiensis sub species. This LRR sequence has been predicted to be involved in proteinprotein interactions or receptor binding functions, hence the importance of this study.

• 한국독성학회:학술대회논문집
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• 한국독성학회 2002년도 Current Trends in Toxicological Sciences
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• pp.24-42
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• 2002

Antioxidant responsive element (ARE) mediates the transcriptional activation of the genes encoding phase II drug metabolizing enzymes and antioxidative stress genes. The ARE consensus sequence shows high similarity to NF-E2 binding sequence, a cisacting erythroid gene regulatory element.(omitted)

• 미생물학회지
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• 제42권1호
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• pp.67-72
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• 2006

클로닝된 Bacillus circulans ATCC21367 유래 cellulolytic xylanase 유전자(bglBC2)의 염기서열을 결정 분석하였다. 본 유전자는 1,224 bp의 407개 아미노산을 암호하는 open reading frame (ORF)으로 구성되어 있었으며 염기서열로부터 산출된 유전자의 분자량은 45 kDa으로 효소의 SDS-PAGE로부터 측정된 분자량과 일치하였다. ATG 개시 코돈의 9bp 위쪽에 Shine-Dalgarno (SD) 서열로 추정되는 5'-AAAGGAG-3' 서열이 확인되었고 그 상단에 promoter로 추정되는 -35 서열(TTTACA)과 -10 서열(TATACT)이 위치하고 있었으며, 이는 B. subtilis promoter consensus sequence와 유사하였다. 한편, 이 효소의 아미노산 서열은 이미 보고된 B. circulans KSM-N257의 alkaline $endo-\beta-1,4-glucanase$와는 97%, B. circulans WL-12의 $endo-\beta-1,3-1,4-glucanase$와는 75%, Bacillus sp. KSM-330의 $endo-\beta-1,4-glucanase$ (cellulase)와는 45%의 유사성을 나타내었다. 또한 bglBCS 염기서 열의 정보를 GenBank에 등록하였으며 등록번호는 Ar269256이다.