• 한국육종학회지
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• 제41권4호
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• pp.429-436
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• 2009

We conducted a QTL analysis of grain quality traits using 117 $BC_3F_4$ and $BC_3F_5$ lines developed from a cross between Ilpumbyeo and Moroberekan. Genotypes of 117 $BC_3F_5$ lines were determined using 134 simple sequence repeat (SSR) markers. A linkage map constructed using 134 SSR markers was employed to characterize quantitative trait loci (QTL). The 117 $BC_3F_4$ and $BC_3F_5$ lines were evaluated for eleven grain quality traits in 2005 and 2006. A total of 18 QTLs were identified for eleven traits, and the phenotypic variance explained by each QTL ranged from 9.9% to 35.2%. Moroberekan alleles contributed positive effects in the Ilpumbyeo background at two QTL loci for 1,000 grain weight. Four QTLs, two for chalky rice and one each for 1,000 grain weight and head rice were consistently detected in two consecutive years indicating that these QTLs are stable. Clusters of QTLs were observed in three chromosome regions. One cluster harboring five QTLs including head rice and brown rice ratio near SSR markers RM190 and RM314 was detected on chromosome 6. Another cluster harboring grain weight and white belly was detected on chromosome 2. Increase in white belly at this locus might be due to the increase in grain weight due to the presence of the Moroberekan allele. The Moroberekan alleles at two QTL loci, gw3 and gw4 associated with increased grain weight might be useful in breeding programs to develop high-yielding cultivars.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제20권11호
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• pp.1636-1650
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• 2007

As an initial step toward a better understanding of the genome structure of Korean cattle (Hanwoo breed) and initiation of the framework for genomic research in this bovine, the bacterial artificial chromosome (BAC) end sequencing of 21,024 clones was recently completed. Among these clones, BAC End Sequences (BESs) of 20,158 clones with high quality sequences (Phred score ${\geq}20$, average BES equaled 620 bp and totaled 23,585,814 bp), after editing sequencing results by eliminating vector sequences, were used initially to compare sequence homology with the known bovine chromosomal DNA sequence by using BLASTN analysis. Blast analysis of the BESs against the NCBI Genome database for Bos taurus (Build 2.1) indicated that the BESs from 13,201 clones matched bovine contig sequences with significant blast hits (E<$e^{-40}$), including 7,075 single-end hits and 6,126 paired-end hits. Finally, a total of 5,105 clones of the Korean cattle BAC clones with paired-end hits, including 4,053 clones from the primary analysis and 1,052 clones from the secondary analysis, were mapped to the bovine chromosome with very high accuracy.

• Genomics & Informatics
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• 제7권3호
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• pp.152-158
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• 2009

Although the genetic basis for bone mineral density (BMD) has been studied by many groups so far, genes responsible for this complex trait has not been completely revealed. In order to localize quantitative trait loci (QTLs) for BMD variation in Asian population, the study was designed using a group of Mongolian population, a genetically closed population with a homogeneous lifestyle. BMD was measured at the left and right wrists and ankles using DEXA in 1,082 participants from 142 families. Genotyping of 13 polymorphic microsatellite markers on chromosome 13 (average spacing 8-9 cM) and two-point and multipoint linkage analysis were performed. In two-point linkage analysis, we identified two markers, D13S175 (6.03 cM) and D13S265 (68.73 cM) that had LOD scores greater than 1 for left ankle (LOD=2.09, LOD=1.49, respectively). We also found a marker D13S175 (6.03 cM) with a high LOD for left wrist (LOD=1.49) and the markers D13S265 (68.73 cM) and D13S217 (17.21 cM) for the right wrist (LOD= 1.82, LOD= 1.62, respectively). Among these significant marker regions, only two regions at 17 cM (13p11) and 65 cM (13q21) for the right wrist overlapped with major QTLs reported in following multipoint linkage analysis (LOD= 1.7549, LOD=1.4462, respectively). This study provides the possible evidence of the presence of QTLs affecting right wrist BMD in Mongolian populations on 13p11 and 13q21. Modest evidence was also found for genes affecting left ankle and left wrist BMD on 13p13.

• Genomics & Informatics
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• 제2권1호
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• pp.30-35
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• 2004

To investigate the XIST gene expression and its effect in a Klinefelter's patient, we used Klinefelter's syndrome (XXY) patient with azoospermia and also used a normal male (XY) and a normal female (XX) as the control, We were performed cytogenetic analysis, Y chromosomal microdeletion assay (Yq), semi-quantitative RT-PCR, and the Northern blot for Klinefelter's syndrome (KS) patient, a female and a male control, We extracted total RNA from the KS patient, and from the normal cells of the female and male control subjects using the RNA prep kit (Qiagen), cDNA microarray contained 218 human X chromosome-specific genes was fabricated. Each total RNA was reverse transcribed to the first strand cDNA and was labeled with Cy-3 and Cy-5 fluorescein, The microarray was scanned by ScanArray 4000XL system. XIST transcripts were detected from the Klinefelters patient and the female by RT-PCR and Northern blot analysis, but not from the normal male, In the cDNA microarray experiment, we found 24 genes and 14 genes are highly expressed in KS more than the normal male and females, respectively. We concluded that highly expressed genes in KS may be a resulted of the abnormal X inactivation mechanism.

• 한국산림과학회지
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• 제77권3호
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• pp.338-350
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• 1988

남한(南韓)에 자생(自生) 또는 도입재배(導入栽培)되고 있는 향나무속(屬) 종류(種類)들의 분류학적(分類學的) 문제(問題)들을 해결(解決)하고 재정비(再整備)할 목적(目的)으로 자생종(自生種) 7종류(種類)와 조입종중(導入種中)에서 많이 재배(栽培)되고 유용(有用)하게 이용(利用)되고 있는 원예종(園藝種) 4종류(種類)를 재료(材料)로 하여 각종류(各種類)의 꽃의 구조(構造), 구과(毬果), 종자(種子), 가지습성(習性), 기본수형(基本樹形) 및 잎의 형태적(形態的) 특징(特徵)을 조사(調査)해서 속(屬)과 종(種)의 검사표(檢査表)를 작성(作成)했으며 외부형태적(外部形態的) 특징(特徵)으로는 종간(種間)의 식별(識別)이 모호(模糊)한 것을 명확(明確)히 구명(究明)하기 위(爲)해서 근단(根端)을 재료(材料)로 하여 염색체(染色體)의 기본수(基本數)와 핵형분석(核型分析)을 하고 그 결과(結果)로 각(各) 종간(種間)의 차이점(差異點)을 비교분석(比較分析)하였던바 전종(全種)의 염색체장(染色體長)은 $9.0{\sim}15{\mu}m$, 향나무, 심향나무, 가이즈가향나무, 섬향나무(일본산(日本産))은 4배체(倍體)(4n=44), 옥향나무, 눈향나무, 뚝향나무, 연필향나무, 노간주나무, 좀노간주나무, 해변노간주나무는 2배체(倍體)(2n=22)이고 향나무절(節)의 종(種)들은 염색체(染色體)길이 및 동원체(動原體)의 위치(位置)의 변이(變異)가 대단(大端)히 심(甚)하였다. 노간주나무절절(節)의 종(種)들은 11번 염색체(染色體)가 t형(型)이고, m형(型) 염색체(染色體)가 많은 비교적(比較的) 균일(均一)하고 단순(單純)한 염색체(染色體) set를 이루는 것이 향나무절(節)과 뚜렷이 다른 세포학적(細胞學的)인 특징(特徵)이다. 향나무절(節)에서는 대도시(大都市)에 여러 종류(種類)들이 혼식(混植)되어 잇는 곳에서는 동종(同種)의 지역품종(地域品種) ecotype간(間), 때로는 기본종(基本種)과 변종간(變種間)에 교배(交配)가 일어나고 있기 때문에 향나무 종내개체(種內個體)들 간(間)에는 형태적(形態的)으로 차이(差異)가 다양(多樣)하다. 상기(上記) 결과(結果)들을 종합(綜合)하여 향나무속(屬)의 특성(特性)을 세포학적(細胞學的)으로 명확(明確)히 식별(識別)하고 종간(種間)의 고유특성(固有特性)을 밝히고 종(種)의 특징(特徵)을 기재(記載)하였다.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제49권1호
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• pp.49-59
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• 2000

연구배경 : 암 발생 및 진행 과정 중 암유전자의 활성화, 종양억제유전자의 불활성화 등이 중요한 역할을 한다고 알려져 있으며, 종양억제유전자의 불활성화는 많은 경우에서 하나의 대립형질의 돌연변이와 다른 대립 형질의 결손에 의한다고 한다. 따라서 암 발생 및 진행에 관여하는 특이 종양 억제유전자를 찾고자 종양 억제유전자 불활성의 특성인 LOH를 분석하는 다양한 연구를 시행하여 왔다. 아직까지 소세포폐암과 관련된 특이 유전자가 확인되지 않았기 때문에 원발성 소세포폐암의 발생과 진행에 병인적 중요성을 갖는 종양억제 유전자를 찾고자 시행하였다. 대상 및 방법 : 연세대학교 의과대학 세브란스병원에서 원발성 소세포폐암으로 진단된 15명의 남자 환자를 대상으로 하였다. 암 조직과 이에 대응하는 정상 조직의 파라핀포매 블록으로부터 DNA를 추출하였으며, 염색체 5번 장완에 위치하는 19개의 현미부수체 표지자들을 이용하여 PCR-LOH 분석을 시행하였다. 결과 : 1) 15예 중에서 LOH가 1개라도 관찰된 경우는 10예로 66.7%이었다 (Fig. 1). 2) LOH가 있는 10예 중 검사를 시행한 모든 표지자들의 결혼이 있는 경우는 2예(SCLC1, SCLC3)로써 13%이었다 (Fig. 1). 3) 경사를 시행한 19개의 표지자들중 5개에서 50% 이상의 LOH 빈도를 확인할 수 있었는데 5q14-15에 위치하는 D5S409와 5q23-31에 위치하는 D5S404와 사이인 18.3 cM 간격에서 57.1%, 5q31.l에 위치한 IRF-1에서 63.6%, 5q31.3-33.3에 위치하는 D5S209에서 54.5%, 5q34-35에 위치하는 D5S400에서 54.5%, 그리고 5q34-qter에 위치하는 D5S429와 5q35.2-35.3에 위치하는 D5S498사이인 5.5cM 간격에서 75%의 빈도로 관찰되었다(Table 1, Fig. 1, Fig. 2). 4) Shifted bands는 15예 중 3예에서 관찰되었는데 SCLC8에서 26.3%, SCLC 6 에서 5.3%, SCLC14 에서 5.3%의 altered loci가 관찰되었다 (Fig. 1, Fig. 2). 5) Shifted bands는 검사한 총 285 loci 중 2.5%인 7 loci에서 관찰되었다 (Fig. 1). 결론 : 염색체 5번의 장완에는 원발성 소세포폐암 일부에서 발생 및 진행에 관여하는 최소 5개의 종양억제유전자좌가 존재할 것으로 생각되며, 향후 특이 유전자를 찾기 위한 추가적인 노력이 있어야 할 것으로 생각된다.

• 한국산림과학회지
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• 제62권1호
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• pp.60-67
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• 1983

Abies 속(屬)에 있어서 한국자생종(韓國自生種)인 3종(種)과 일본(日本)에서 도입(導入)된 A. firma 등 4종(種)에 대한 유연관계(類緣關係)를 연구(硏究)하기 위하여 체염색체(體染色體)에 대한 핵형분석(核型分析)을 행(行)한 결과(結果)를 요약(要約)하면 1) 체세포(體細胞)의 염색체수(染色體數)는 4개종(個種) 공(共)히 2n=24 이고 2) 단완(短腕)의 길이의 순(順)으로 염색체(染色體)를 배치(配置)했을 때 (1), 9번(番) 염색체(染色體)의 long arm이 A. holophylla가 다른 3종(種)에 비(比)해 길어서 종식별(種識別)의 특징(特徵)이 될 수 있으며 (2), 장완(長腕) : 단완비(短腕比)(b/a)치(値)도 종(種) 식별(識別)에 유효(有效)했으며 특(特)히 그 평균치(平均値)가 A. koreana와 A. nephrolepis가 유사(類似)하고, A. holophylla와 A. firma가 유사(類似)했다. 3) Short arm 의 길이의 순(順)으로 배치(配置)했을 때 b/a치(値)의 순위(順位)는 8개(個)의 염색체(染色體)가 A. koreana와 A. nephrolepis가 같은 순위(順位)에 있고 A. holophylla와 A. firma는 2개염색체(個染色體)가 각각(各各) 유사성(類似性)이 있었다. 4) Total length의 크기의 순(順)으로 염색체(染色體)를 배치(配置)했을 때 7번(番) 및 8번(番)의 염색체(染色體)가 A. koreana와 A. nephrolepis에서 서로 유사(類似)한 특징적(特徵的)인 염색체(染色體)였다. 5) Total length의 길이 순(順)으로 배치(配置)했을 때 b/a치(値)의 순위(順位)는 A. koreana, A. nephrolepis에서 6개(個)의 염색체(染色體)가 같은 순위(順位)이고 A. holophylla와 A. firma에서는 2개(個)의 염색체(染色體)가 같은 순위(順位)에 있다. 6) Long arm의 길이의 순(順)으로 염색체(染色體)를 배치(配置)했을 때 1번(番) 염색체(染色體)가 A. koreana와 A. nephrolepis에 있어서 b/a치(値)가 큰데 비(比)하여 A. holophylla와 A. firma의 b/a치(値)는 공(共)히 작았다. 이상의 결과(結果)를 종합(綜合)하면 핵형분석결과(核型分析結果) 염색체(染色體)의 크기, Centromere를 중심(中心)으로 한 단(短), 장완(長腕)의 크기나 그 비치(比値), 또는 단완(短腕), 장완(長腕), 전장(全長)을 각각(各各) 기준(基準)으로 하여 크기 순(順)으로 배치(配置)했을 때의 특이성(特異性) 등이 종(種)의 특징(特徵)과 수종간(樹種間)의 유연성(類緣性)을 나타내는 좋은 기준(基準)이 될 수 있었다.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제55권6호
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• pp.597-611
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• 2003

연구배경 : 다양한 암종들에서 빈번히 발견되는 염색체 16번 단완의 돌연변이가 소세포폐암의 발생 및 진행과 관련하여 어떤 양상을 보이는지 알아보기 위해 우리나라 소세포폐암 환자들을 대상으로 종양억제유 전자좌를 찾고자 하였다. 대상 및 방법 : 연세대학교 의과대학 세브란스병원에서 원발성 소세포폐암으로 진단된 23명의 남자 환자를 대상으로 하였다. 암 조직과 이에 대응하는 정상 조직의 파라핀 포매 블록으로부터 DNA를 추출하였으며, 염색체 16번 단완에 위치하는 20개의 현미부수체 표지자들을 이용하여 PCR-LOH 분석을 시행하였다. 결 과 : 1) 23예 중에서 LOH가 1개라도 관찰된 경우는 6예로 26.1%이었다(Fig. 1) 2) LOH가 있는 6예 중에서 비교적 넓은 부위의 결손이 관찰된 경우는 2예(SCLC1, SCLC2)로써 전체의 8.7%이었다(Fig. 1). 3) 검사를 시행한 20개의 표지자들중 50% 이상의 LOH 빈도를 보인 경우는 없었으나 다른 부위와 비교하여 우월하게 빈번한 빈도를 보인 부위는 D16S3024와 D16S748 사이에서 18.2%, D16S405에서 143%, D16S668과 D16S749 사이에서 21.1%, 그리고 D16S420과 D16S753에서 각각 8.3%의 빈도로 관찰되었다(Table 1, Fig. 1, Fig. 2) 4) Shifted bands는 23예 중 6예에서 관찰되었는데 a1tered loci의 빈도는 5~35% 이었다(Fig. 1, Fig. 2). 5) Shifted bands는 검사한 총 460개 loci중 3.3% 인 15 loci에서 관찰되었다(Fig. 1). 결 론 : 본 연구 결과 LOH 빈도가 낮은 문제점이 있으나 염색체 16번의 단완에는 원발성 소세포폐암 일부에서 종양의 발생 및 진행에 관여하는 최소 5개의 종양억제유전자좌가 존재할 가능성이 있는 것으로 추정되며, 향후 특이 유전자를 찾기 위한 추가적인 노력이 있어야 할 것으로 생각된다.

• 한국육종학회지
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• 제42권1호
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• pp.100-108
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• 2010

본 연구는 체세포 배수화를 통해 생산한 4배체 OA hybrid 와 다양한 교배조합간 후대를 대상으로 염색체 구성 및 조환여부를 알아보기 위하여 수행되었다. 4배체 OA hybrid의 여교잡 후대를 분석한 결과, 2배체 아시아틱 품종을 부 또는 모본으로 정역교배한 조합에서는 3배체가, 4배체 아시아틱과 4배체 OA 품종을 부 또는 모본으로 한 교배조합에서는 4배체가 생산되었다. 그러나, 2배체 Oriental 품종을 모본으로 교배한 경우, 3배체 또는 2배체를 얻을 수 있었다. OA hybrid를 대상으로 GISH방법으로 이종염색체의 조환여부를 확인한 결과, OA hybrid의 염색체수는 24개, 그 중 12개는 모본인 Oriental hybrid, 12개는 부본인 Asiatic hybrid에서 유래한 것을 알 수 있었다. 체세포 염색체간 배수화된 OA hybrid의 여교잡 후대의 경우, $A{\times}OA$, $OA{\times}A$ 교배에서는 Oriental hybrid 염색체가 12개, Asiatic hybrid 24개, $OA{\times}OA$간 교배에서는 Oriental hybrid 염색체 24개와 Asiatic hybrid 24개로 진정한 4배체 잡종임을 확인 할 수 있었으며, 이들 후대는 어떠한 조합에서도 부분적인 이종염색체간 조환이 일어나지 않았다. 한편 $O{\times}OA$ 교배의 후대식물의 염색체 구성은 Oriental hybrid 유래 염색체만 2x=24개인 경우와 3배체(Oriental = 24, Asiatic = 12)로 판명되었다. 4배체 아시아틱계 품종을 모본으로 한 $AA{\times}OA$ 교배조합의 경우, Asiatic hybrid염색체만 48개로 나타났다.

• 화훼연구
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• 제26권4호
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• pp.195-201
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• 2018

농촌진흥청 국립원예특작과학원에서 육성된 formolongi-Asiatic (FA)종간잡종 나리 'Bonanza', 'Coral Candy', 'Purple Crystal'의 특성검정 및 FISH 분석을 통한 염색체 검경을 수행하였다. 'Bonanza', 'Coral Candy', 'Purple Crystal'의 개화시기는 6월 중하순, 중순, 상순으로 각각 중만생종, 중생종, 조생종에 해당한다. 개화방향은 3품종 모두 상향이며 약간의 향기를 가지고 있다. 절화장은 101.0cm('Purple Crystal')에서부터 142.3cm('Bonanza')로 초장 신장성이 우수하여 절화로서의 개발이 가능하다. 화폭은 'Bonanza'와 'Coral Candy'가 17,1cm, 16.9cm로 관찰되어 대형화로 분류되며 'Purple Crystal'은 12.3cm으로 좁으나 화폭이 4cm 이상으로 화폭이 안정적이다. 잎의 길이는 'Bonanza'는 15.7cm, 'Coral Candy'는 19.7cm, 'Purple Crystal'은 11.1cm로 관찰되었다. 염색체 분석 결과, 3품종 모두 3배체(2n=3x=36)로 관찰되었다. FISH 분석 결과, 'Bonanza', 'Coral Candy', 'Purple Crystal'의 5S/45S rDNA가 각각 4/11 loci, 4/12 loci, 4/11 loci로 관찰되었다. 3번 염색체를 제외하고 나머지 염색체에서 관찰되는 rDNA의 패턴이 달라 FISH 분석에 대한 결과는 품종을 구별하는 마커로 유용하게 이용 될 수 있을 것으로 기대할 수 있다.