• 생명과학회지
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• 제27권3호
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• pp.295-300
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• 2017

제주재래흑돼지와 듀록의 교배 $F_2$ 집단에서 경제형질과 isocitrate dehydrogenase 3, beta subunit (IDH3B) 유전자의 유전자형의 연관을 시험하였다. IDH3B 유전자형은 promoter 영역에서 304-bp 삽입/결실 절편의 유무를 기준으로 기초축군과 $F_1$, $F_2$에서 판독하였다. 세 가지 유전자형(AA, AB, BB)이 $F_1$과 $F_2$에서는 모두 발견되었으나, JBP에서는 AA 유전자형이, Duroc에서는 BB 유전자형이 발견되지 않았다. 연관 분석결과에서 도체중(CW), 등지방두께(BFT)와 등심단면적(EMA)의 수준이 유전자형에 따라 유의적인 차이를 보였으나(p<0.05), 각기 다른 성장시기별로 측정된 체중들과 일당증체량을 포함한 성장형질, 유두수를 포함한 번식형질, 등심 내 조지방함량(CFAT)의 수준은 유의적인 차이가 없었다(p>0.05). IDH3B AA 동형접합자인 $F_2$ 돼지들은 다른유전자형을 보유한 개체들에 비해 도체중이 더 무겁고($72.92{\pm}11.133kg$), 등지방두께는 더 두껍고($25.75{\pm}6.06mm$), 등심단면적은 더 넓은 수준($23.82{\pm}4.825cm^2$)을 보였다(p<0.05). 이상은 비육돈 생산 후기에 근내지방의 축적과 상관없이, 등심단면적, 등지방두께, 도체중의 증가가 IDH3B 유전자형과 연관된 생물학적 작용에 의한 결과라 하겠다. 돼지 IDH3B의 304-bp 삽입 대립 유전자는 제주재래흑돼지와 Duroc-관련 분자육종체계에서 돈육 생산성 향상을 위한 분자도움선발의 유전적 마커로 이용될 것으로 기대된다.

• 한국산학기술학회논문지
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• 제19권9호
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• pp.116-123
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• 2018

정액의 품질은 정자의 운동학적 특성 및 첨체의 온전성 등에 의해서 결정된다. 이전 연구들에서 정액 품질 검사는 현미경을 이용하여 사람이 직접적으로 수행하기 때문에 오차가 컸다. 최근에는 이러한 기법을 보완하고자 분자생물학적 방법을 통한 검사 방법이 새로이 대두되고 있다. ZAR1 유전자는 척추동물의 초기 배아 발달에 영향을 미치는 유전자로 알려져 있지만 정액과 연관성 연구는 진행되어 있지 않다. 본 연구는 ZAR1 유전자의 SNP을 탐색하고 정액의 운동학적 특성과의 연관성을 규명하였다. SNP을 탐색 및 연관성 분석을 하고자 두록 수퇘지 105두의 혈액으로부터 추출한 DNA로 부터 ZAR1 유전자의 전체 염기서열 분석을 실시하였고, 105두의 정액의 운동학적 특성을 분석하였다. 그 결과, ZAR1의 염색체 2540번째 T 서열이 C로 변환되는 것을 확인하였고, ZAR1 SNP의 유전자형을 분석한 결과 major allel은 T 서열이며 minor allele은 C로 확인되었다. ZAR1의 유전자형과 정액의 운동학적 특성과의 연관성 분석 결과 MOT (Motility) (p<0.01)와 VSL (Straight-line Velocity) (p<0.05)에서 유의적인 차이가 나타났다. 또한, 운동학적 특성과 ZAR1 SNP을 비교하였을 때, T allele을 가진 유전자형이 C allele에 비해 MOT와 VSL을 감소시키는 것으로 확인하였다. 따라서 C allele을 가진 돼지가 정액의 MOT와 VSL에서 더 좋은 것으로 판단된다. 이러한 결과들은 우수한 정액을 생산하는 돼지를 판별하는 유전자 진단 기법의 기초자료로 활용할 수 있을 것으로 사료된다.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제53권2호
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• pp.89-97
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• 2011

본 연구는 버크셔종의 육질에 대한 특성을 분석하여 국내 돈육시장에서의 적합성을 확인하고, MS marker를 이용한 육질 우수 개체 선발의 효율성에 대해서 분석하였다. 버크셔 323두를 동일 사양조건에서 사육하고 도축하여 육질형질을 분석하고, 혈액으로부터 genomic DNA를 분리하여 50개의 MS marker에 대한 유전자형을 분석하였다. 버크셔종은 국내에서 가장 많이 이용되고 있는 듀록, 요크셔, 랜드레이스 종보다도 육질에 있어서 더욱 우수한 특성을 나타내었다. 특히 도축 24시간 후 pH 값은 평균 $5.88{\pm}0.01$로 대단히 높게 나타났고, 지방함량의 경우에도 $2.878{\pm}0.06$로 확인되었다. MS marker와의 연관성을 확인한 결과, 14개 MS marker가 육질형질과 연관성을 있는 것으로 나타났다(p<0.05). 특히 pH24hr와 지방함량에서는 가장 높은 값을 가지는 대립유전자집단이 가장 낮은 집단에 비해 최고 0.55, 2.04%가 높은 것을 확인할 수 있었다. 이러한 특성을 버크셔종의 육질 우수 개체 선발에 이용한다면 육색, 지방함량, pH24hr, 가열감량, 드립감량, 그리고 보수성에서 육질 형질값의 높은 개량효과를 기대할 수 있을 것으로 판단된다.

• 농업과학연구
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• 제42권2호
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• pp.141-149
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• 2015

1.근교계수와 번식형질 본 연구의 집단은 전 세대에 걸쳐 약 3.5%의 평균 근교계수를 나타내고 있으며 총산자수는 9.6두, 생존산자수는 7두로 조사되었다. 선행연구에서 총산자수 9~10두, 생존산자수 7~9두로 보고한 바 있어(Jung et al., 1998; Lee, 2002; Jo, 1996), 본 실험의 결과와 유사하였다. 번식형질에 영향을 미치는 요인을 확인하기 위해 분산분석을 실시하였으며 제시된 번식형질(총산자수, 사고율, 생존산자수, 복당생시체중, 21일 생존두수, 21일 체중)은 세대 및 산차 효과에 유의적인 영향을 받았다(P<0.01). 따라서 세대와 산차 효과를 배제한 후 근교계수가 번식형질에 미치는 영향을 조사하였다. 총산자수와 생존산자수, 복당생시체중이 근교계수와 유의적으로 부의 상관관계를 나타내었지만, 상관수준은 낮게 관찰되었다. 또한 근친수준이 높은 수퇘지는 성욕 저하, 성성숙을 지연 문제를 야기한다고 보고하였다(Hauser et al., 1952). 본 실험의 집단은 폐쇄집단 유지를 위한 계획적 교배로 근교계수가 높은 개체의 비율이 낮아 선행연구 같이 근친수준에 따른 비교는 어려웠지만 근친수준과 번식형질간의 상관관계는 확인할 수 있었다. 근친수준이 번식형질과 부의 상관을 나타낸다는 것은 선행연구와 유사하였지만, 상관계수는 0.09이하로 매우 낮은 상관으로 조사되었다. 1세대 근교계수 평균은 1.9%, 마지막 세대는 6.5%로 모든 세대의 근교계수 평균은 10%를 넘지 않았기 때문에 상대적으로 근친수준에 대한 상관효과는 낮게 관찰된 것으로 사료된다. 2. 근교계수와 산육형질 마지막 세대의 90 kg 도달일령, 일당증체량, 등지방두께의 평균은 각각 979 g/d, 12 mm, 139일로 관찰되었다. 산육형질에 영향을 미치는 요인을 확인하기 위해 분산분석을 실시하였으며 제시된 산육형질(90 kg도달일령, 일당증체량, 등지방두께)은 세대 효과에 유의적인 영향을 받았다(P<0.01). 따라서 세대 효과를 배제한 후 근교계수가 산육형질에 미치는 영향을 조사하였다. 90 kg도달일령 및 등 지방두께는 근교계수와 유의적인 상관이 관찰되지 않았지만, 일당증체량은 양의 상관으로 관찰되었다(P<0.01). 본 실험의 결과에서 일당증체량이 선행연구와 달리 양의 상관으로 관찰되었다. 국내의 경우 일당증체량은 검정개시체중, 종료체중에 의한 보정이 되지 않은 수치이기 때문에 검정종료체중에 의해 보정된 90 kg도달일령을 주로 활용한다. 비록 일당증체량은 근교계수와 유의적인 양의 상관이 나왔지만, 보다 정확한 90 kg도달일령에서 유의적인 상관이 없었기 때문에 이 집단의 경우 성장능력에 대한 근친퇴화 효과는 관찰되지 않은 것으로 판단할 수 있다. 그 이유는 번식형질과 마찬가지로 전 세대에 걸쳐 근교계수 평균이 NSIF(1987)에서 권장한 10% 이하로 조사되었기 때문에 근친퇴화 효과가 명확하게 관찰되지 않은 것으로 사료된다. 위의 결과를 종합해보면, 근친수준이 번식형질 개선에 부정적인 효과를 주었지만, 그 수준으로 매우 미비한 것으로 관찰되었다. 이는 집단의 세대별 근교계수 평균이 모두 10% 이내로 유지되었기 때문에 근친퇴화 효과가 명확하게 관찰되지 않았다. 본 실험 집단의 모돈 규모는 약 150두 정도로 선진 종돈국가에 비해 매우 작다. 하지만 육종 집단의 존속차원에서 적절한 교배조합으로 집단의 근친수준으로 10% 이하로 유지하면 집단은 작지만 근친 퇴화의 영향을 최소화시킬 수 있을 것으로 사료된다. 향후 이를 활용한 선발 시험이 지속적으로 필요할 것으로 사료된다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제27권7호
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• pp.926-931
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• 2014

Pork from Jeju black pig (population J) and Berkshire (population B) has a unique market share in Korea because of their high meat quality. Due to the high demand of this pork, traceability of the pork to its origin is becoming an important part of the consumer demand. To examine the feasibility of such a system, we aim to provide basic genetic information of the two black pig populations and assess the possibility of genetically distinguishing between the two breeds. Muscle samples were collected from slaughter houses in Jeju Island and Namwon, Chonbuk province, Korea, for populations J and B, respectively. In total 800 Jeju black pigs and 351 Berkshires were genotyped at thirteen microsatellite (MS) markers. Analyses on the genetic diversity of the two populations were carried out in the programs MS toolkit and FSTAT. The population structure of the two breeds was determined by a Bayesian clustering method implemented in structure and by a phylogenetic analysis in Phylip. Population J exhibited higher mean number of alleles, expected heterozygosity and observed heterozygosity value, and polymorphism information content, compared to population B. The $F_{IS}$ values of population J and population B were 0.03 and -0.005, respectively, indicating that little or no inbreeding has occurred. In addition, genetic structure analysis revealed the possibility of gene flow from population B to population J. The expected probability of identify value of the 13 MS markers was $9.87{\times}10^{-14}$ in population J, $3.17{\times}10^{-9}$ in population B, and $1.03{\times}10^{-12}$ in the two populations. The results of this study are useful in distinguishing between the two black pig breeds and can be used as a foundation for further development of DNA markers.

• 한국발생생물학회:학술대회논문집
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• 한국발생생물학회 2001년도 발생공학 국제심포지움 및 학술대회 발표자료집
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• pp.37-43
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• 2001

1. About fifty thousand of cattle embryos were transferred and 16000 ET-calves were born in 1999. Eighty percents of embryos were collected from Japanese Black beef donors and transferred to dairy Holstein heifers and cows. Since 1985, we have achieved in bovine in vitro fertilization using immature oocytes collected from ovaries of slaughterhouse. Now over 8000 embryos fertilized by Japanese Black bull, as Kitaguni 7~8 or Mitsufuku, famousbulls as high marbling score of progeny tests were sold to dairy farmers and transferred to their dairy cattle every year. 2. Embryo splitting for identical twins is demonstrated an useful tool to supply a bull for semen collection and a steer for beef performance test. According to the data of Dr. Hashiyada(2001), 296 pairs of split-half embryos were transferred to recipients and 98 gave births of 112 calves (23 pairs of identical twins and 66 singletons). 3. A blastomere-nuclear-transferred cloned calf was born in 1990 by a joint research with Drs. Tsunoda, National Institute of Animal Industry (NIAI) and Ushijima, Chiba Prefectural Farm Animal Center. The fruits of this technology were applied to the production of a calf from a cell of long-term-cultured inner cell mass (1988, Itoh et al, ZEN-NOH Central Research Institute for Feed and Livestock) and a cloned calf from three-successive-cloning (1997, Tsunoda et al.). According to the survey of MAFF of Japan, over 500 calves were born until this year and a glaf of them were already brought to the market for beef. 4. After the report of "Dolly", in February 1997, the first somatic cell clone female calves were born in July 1998 as the fruits of the joint research organized by Dr. Tsunoda in Kinki University (Kato et al, 2000). The male calves were born in August and September 1998 by the collaboration with NIAI and Kagoshima Prefecture. Then 244 calves, four pigs and a kid of goat were now born in 36 institutes of Japan. 5. Somatic cell cloning in farm animal production will bring us as effective reproductive method of elite-dairy- cows, super-cows and excellent bulls. The effect of making copy farm animal is also related to the reservation of genetic resources and re-creation of a male bull from a castrated steer of excellent marbling beef. Cloning of genetically modified animals is most promising to making pig organs transplant to people and providing protein drugs in milk of pig, goat and cattle. 6. Farm animal cloning is one of the most dreamful technologies of 21th century. It is necessary to develop this technology more efficient and stable as realistic technology of the farm animal production. We are making researches related to the best condition of donor cells for high productivity of cloning, genetic analysis of cloned animals, growth and performance abilities of clone cattle and pathological and genetical analysis of high rates of abortion and stillbirth of clone calves (about 30% of periparutum mortality). 7. It is requested in the report of Ministry of Health, labor and Welfare to make clear that carbon-copy cattle(somatic cell clone cattle) are safe and heathy for a commercial market since the somatic cell cloning is a completely new technology. Fattened beef steers (well-proved normal growth) and milking cows(shown a good fertility) are now provided for the assessment of food safety.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제28권11호
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• pp.1537-1544
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• 2015

Meat and carcass quality attributes are of crucial importance influencing consumer preference and profitability in the pork industry. A set of 400 Berkshire pigs were collected from Dasan breeding farm, Namwon, Chonbuk province, Korea that were born between 2012 and 2013. To perform genome wide association studies (GWAS), eleven meat and carcass quality traits were considered, including carcass weight, backfat thickness, pH value after 24 hours (pH24), Commission Internationale de l'Eclairage lightness in meat color (CIE L), redness in meat color (CIE a), yellowness in meat color (CIE b), filtering, drip loss, heat loss, shear force and marbling score. All of the 400 animals were genotyped with the Porcine 62K SNP BeadChips (Illumina Inc., USA). A SAS general linear model procedure (SAS version 9.2) was used to pre-adjust the animal phenotypes before GWAS with sire and sex effects as fixed effects and slaughter age as a covariate. After fitting the fixed and covariate factors in the model, the residuals of the phenotype regressed on additive effects of each single nucleotide polymorphism (SNP) under a linear regression model (PLINK version 1.07). The significant SNPs after permutation testing at a chromosome-wise level were subjected to stepwise regression analysis to determine the best set of SNP markers. A total of 55 significant (p<0.05) SNPs or quantitative trait loci (QTL) were detected on various chromosomes. The QTLs explained from 5.06% to 8.28% of the total phenotypic variation of the traits. Some QTLs with pleiotropic effect were also identified. A pair of significant QTL for pH24 was also found to affect both CIE L and drip loss percentage. The significant QTL after characterization of the functional candidate genes on the QTL or around the QTL region may be effectively and efficiently used in marker assisted selection to achieve enhanced genetic improvement of the trait considered.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제54권5호
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• pp.337-340
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• 2012

돼지에서 농장간 유전적 연결성은 다른 농장간 추정 육종가의 비교를 위해 매우 중요한 지표이다. 본 연구에서는 유전적 연결고리가 존재하는 6개의 두록 농장에서 수집된 24,971두의 90 kg 도달 일령에 대한 검정자료 및 456,697두의 혈통정보를 이용하였으며, 농장간 연결성은 연결율 수식에 의해 계산하였다. 분석 결과, 두록 농장간 교류를 위하여 총 8두에서 생산된 정액이 사용된 것으로 나타났다. A 농장은 8두의 종돈을 통하여 나머지 5개 농장과 모두 종돈 교류가 이루어졌으며, B-E 농장의 경우 F 농장을 제외한 나머지 4개 농장과의 종돈 교류가 있었으며, F 농장은 오직 A농장과 혈연적인 연결이 존재하는 것으로 나타났다. 그러나 F 농장은 A농장과의 연결을 통하여 나머지 다른 농장과 연결성을 갖게 되어 두록 6개 농장간 연결성이 존재하는 것으로 나타났다. 또한 농장간 연결율이 가장 높은 값은 A농장과 C 농장간의 91.7%로 6개의 두록 농장 중 농장간 연결율이 가장 높았으며, 반대로 D농장과 F 농장에서 65.1%로 가장 낮은 연결율을 나타냈다. 국내 6개 두록 종돈장간 연결율은 65% 이상으로 고도의 유전적 연결성이 존재하는 것으로 나타나 단일 집단의 개념에서 유전평가가 가능하며, 이를 이용하여 농장내외 개체간 상대적 비교를 통해 우수 종축을 선발할 수 있을 것으로 사료된다.

• 한국동물위생학회지
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• 제32권3호
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• pp.201-207
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• 2009

Porcine transmissible gastroenteritis virus (TGEV), porcine epidemic diarrhea virus (PEDV) and rotaviruses are considered as the most important causative agents of diarrhea in piglets. The study established 3 method vaccination programs to prevent PEDV. A (LL)group inoculated twice vaccinations on 2-weeks-interval during the late term of pregnant sows with PEDV live vaccine. The B (LKK) group was applied that one time single PEDV live vaccine at the pre-mate followed by the TGEV PEDV combined inactivated vaccine (twice vaccination on 2-weeks interval at the third-trimester). C (KK) group was applied to sow which inoculated twice vaccination on 2-weeks-interval during the late term of pregnant sows with by the TGEV, PEDV combined inactivated vaccine. As the result of SN test on sows in the pig farm before vaccination, antibody titers was showed 9/45 (20.0%). By comparison with the serum neutralizing antibody titers against PEDV of the vaccination programs after PEDV of the vaccination, A group and B group vaccination method was higher than those of C group in sows. In the piglets up to 2 weeks of age, A group was showed antibody titers of 17/22 (81.8%) that showed 2-128, and B group was showed antibody titers of 30/37 (81.1%) that showed 2-512, and C group was showed antibody titers of 14/28 (50.0%) that showed 2-32. On the other hand, PEDV antibody titers were tested for the survey. As the results of SN test, Aujeszky's disease survey in 54 pig farms from november 2005 to august 2006, antibody titers of 47/286 (16.4%) showed above 2. Five breeding farms were antibody titers of 38/77 (49.4%), Wanggung zone farms antibody titers of 59/85 (69.4%). In pigs farms vaccinated the first of twice PEDV live vaccine, and after 6 month, the second of twice TGEV PEDV combined inactivated vaccine (LLKK, 256-1024 titer) method was higher than those of vaccinated twice the early term of pregnant, and twice the late term of pregnant sows of PEDV live vaccine (LLLL, 32 titer).

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제31권10호
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• pp.1581-1590
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• 2018

Objective: The aim of this study was to clone alternative splicing isoforms of pig myoneurin (MYNN), predict the structure and function of coding protein, and study temporal and spatial expression characteristics of each transcript. Methods: Alternative splice isoforms of MYNN were identified using RNA sequencing (RNA-seq) and cloning techniques. Quantitative real-time polymerase chain reaction (qPCR) was employed to detect expression patterns in 11 tissues of Large White (LW) and Mashen (MS) pigs, and to study developmental expression patterns in cerebellum (CE), stomach (ST), and longissimus dorsi (LD). Results: The results showed that MYNN had two alternatively spliced isoforms, MYNN-1 (GenBank accession number: KY470829) and MYNN-2 (GenBank accession number: KY670835). MYNN-1 coding sequence (CDS) is composed of 1,830 bp encoding 609 AA, whereas MYNN-2 CDS is composed of 1,746 bp encoding 581 AA. MYNN-2 was 84 bp less than MYNN-1 and lacked the sixth exon. MYNN-2 was found to have one $C_2H_2$ type zinc finger protein domain less than MYNN-1. Two variants were ubiquitously expressed in all pig tissues, and there were significant differences in expression of different tissues (p<0.05; p<0.01). The expression of MYNN-1 was significantly higher than that of MYNN-2 in almost tissues (p<0.05; p<0.01), which testified that MYNN-1 is the main variant. The expression of two isoforms decreased gradually with increase of age in ST and CE of MS pig, whereas increased gradually in LW pig. In LD, the expression of two isoforms increased first and then decreased with increase of age in MS pig, and decreased gradually in LW pig. Conclusion: Two transcripts of pig MYNN were successfully cloned and MYNN-1 was main variant. MYNN was highly expressed in ST, CE, and LD, and their expression was regular. We speculated that MYNN plays important roles in digestion/absorption and skeletal muscle growth, whereas the specific mechanisms require further elucidation.