• 제목/요약/키워드: Bio-analysis

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Exploring the feasibility of Salmonella Typhimurium-specific phage as a novel bio-receptor

  • Choi, In Young;Park, Do Hyeon;Chin, Brayan A.;Lee, Cheonghoon;Lee, Jinyoung;Park, Mi-Kyung
    • Journal of Animal Science and Technology
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    • 제62권5호
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    • pp.668-681
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    • 2020
  • The purpose of this study was aimed to isolate a Salmonella Typhimurium-specific phage (KFS-ST) from washing water in a poultry processing facility and to investigate the feasibility of the KFS-ST as a novel bio-receptor for the magnetoelastic (ME) biosensor method. KFS-ST against S. Typhimurium was isolated, propagated, and purified using a CsCl-gradient ultracentrifugation. Morphological characteristics of KFS-ST were analyzed using transmission electron microscopy (TEM). Its specificity and efficiency of plating analysis were conducted against 39 foodborne pathogens. The temperature and pH stabilities of KFS-ST were investigated by the exposure of the phage to various temperatures (-70℃-70℃) and pHs (1-12) for 1 h. A one-step growth curve analysis was performed to determine the eclipse time, latent time and burst size of phage. The storage stability of KFS-ST was studied by exposing KFS-ST to various storage temperatures (-70℃, -20℃, 4℃, and 22℃) for 12 weeks. KFS-ST was isolated and purified with a high concentration of (11.47 ± 0.25) Log PFU/mL. It had an icosahedral head (56.91 ± 2.90 nm) and a non-contractile tail (225.49 ± 2.67 nm), which was classified into the family of Siphoviridae in the order of Caudovirales. KFS-ST exhibited an excellent specificity against only S. Typhimurium and S. Enteritidis, which are considered two of the most problematic Salmonella strains in the meat and poultry. However, KFS-ST did not exhibit any specificity against six other Salmonella and 27 non-Salmonella strains. KFS-ST was stable at temperature of 4℃ to 50℃ and at pH of 4 to 12. The eclipse time, latent time, and burst size of KFS-ST were determined to be 10 min, 25 min and 26 PFU/ infected cell, respectively. KFS-ST was relatively stable during the 12-week storage period at all tested temperatures. Therefore, this study demonstrated the feasibility of KFS-ST as a novel bio-receptor for the detection of S. Typhimurium and S. Enteritidis in meat and poultry products using the ME biosensor method.

디지털바이오헬스케어(Digital Bio-Healthcare)산업의 파급효과 및 투자효과 분석 : 2019년 산업연관표를 중심으로 (Analysis on the Ripple and Investment Effect of Digital Bio-Healthcare Industry : Using Input-Output Tables 2019)

  • 장필호;김용환;이창운;전성규;정명진
    • 인터넷정보학회논문지
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    • 제21권3호
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    • pp.71-81
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    • 2020
  • 디지털바이오헬스케어 산업은 문재인 정부의 3대 중점육성산업의 하나이다. 본 연구의 목적은 디지털바이오헬스케어산업의 연관 산업에 대한 파급효과와 투자효과를 비교분석하는 것이다. 디지털바이오헬스케어산업의 연관산업에 대한 파급효과를 분석하는 것은 산업 및 기술개발 정책의 수립에 매우 중요하다. 연구방법은 첫째, 표준산업분류 상의 33개 산업을 재분류하여 35개 산업대분류표로 재작성하였다. 둘째, 산업연관표의 분석틀을 활용하여 각종 유발계수와 파급효과계수들을 재작성하였다. 셋째, 디지털바이오헬스케어산업의 생산, 투자, 부가가치, 일자리부문에서 연관산업에 대한 파급효과를 비교하였다. 넷째, 투자효과측면에서 자체산업과 연관 산업과의 효과를 비교하였다. 이 연구의 결과가 산업정책 및 기술개발정책 수립에 용이하게 활용되기를 기대한다.

태아 생체지표 국가별 차이분석 및 임신주수 예측의 2차 회귀모형 설계 (Fetal Bio Index Difference Analysis by Country and Quadratic Regression Model Design for The Gestational Age Prediction)

  • 김창수;양성희
    • 한국콘텐츠학회논문지
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    • 제20권8호
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    • pp.685-691
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    • 2020
  • 태아 생체지수 계측의 표준 값은 과거와 현재, 대상 인구의 일반적 특성에 따라 다르게 적용되어야 한다. 이에 본 연구에서는 한국인 태아 신체 계측 값을 바탕으로 임신주수를 예측하고 나라별 차이를 분석하여 태아 성장평가의 기초자료로 활용하고자 하였다. 초음파를 이용하여 계측된 임신주수 15~38주 사이 총 480명의 태아 신체 지표 값을 일본, 미국 자료와 비교하여 후향적으로 연구하였다. 국가별 차이분석은 일원배치 분산분석을 이용하였으며 한국인 태아의 표준 값을 정의하기 위해 태아 신체 지표들의 임신주수 예측 2차 회귀모형을 설계하였다(p<0.005). 95% 신뢰구간 내 평균차이에서 양쪽마루뼈지름(BPD)은 한국과 미국 0.17, 한국과 일본 0.11, 복부둘레(AC)는 한국과 미국 -0.35, 한국과 일본 0.42, 대퇴골길이(FL)는 한국과 미국 -0.18, 한국과 일본 0.14로 나타났다. 결과적으로 임신주수 예측의 태아 신체 계측 지표는 서양인과 아시아인과의 인종간의 차이를 고려하여 국가별 정확한 기준을 태아 성장 평가의 표준 값으로 적용해야 할 것으로 판단된다.

Enhanced fungal resistance in Arabidopsis expressing wild rice PR-3 (OgChitIVa) encoding chitinase class IV

  • Pak, Jung-Hun;Chung, Eun-Sook;Shin, Sang-Hyun;Jeon, Eun-Hee;Kim, Mi-Jin;Lee, Hye-Young;Jeung, Ji-Ung;Hyung, Nam-In;Lee, Jai-Heon;Chung, Young-Soo
    • Plant Biotechnology Reports
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    • 제3권2호
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    • pp.147-155
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    • 2009
  • Oryza grandiglumis Chitinase IVa (OgChitIVa) cDNA encoding a class IV chitinase was cloned from wild rice (Oryza grandiglumis). OgChitIVa cDNA contains an open reading frame of 867 nucleotides encoding 288 amino acid residues with a predicted molecular weight of 30.4 kDa and isoelectric point of 8.48. Deduced amino acid sequences of OgChitIVa include the signal peptide and chitin-binding domain in the N-terminal domain and conserved catalytic domain. OgChitIVa showed significant similarity at the amino acid level with related monocotyledonous rice and maize chitinase, but low similarity with dicotyledoneous chitinase. Southern blot analysis showed that OgChitIVa genes are present as two copies in the wild rice genome. It was shown that RNA expression of OgChitIVa was induced by defense/stress signaling chemicals, such as jasmonic acid, salicylic acid, and ethephon or cantharidin and endothall or wounding, and yeast extract. It was demonstrated that overexpression of OgChitIVa in Arabidopsis resulted in mild resistance against the fungal pathogen, Botrytis cinerea, by lowering disease rate and necrosis size. RT-PCR analysis showed that PR-1 and PR-2 RNA expression was induced in the transgenic lines. Here, we suggest that a novel OgChitIVa gene may play a role in signal transduction process in defense response against B. cinerea in plants.

포장 조건에서 CMVP0-CP 형질전환 고추 도입유전자의 지속성 조사 (Assessment of the Persistence of DNA in Decomposing Leaves of CMVP0-CP Transgenic Chili Pepper in the Field Conditions)

  • 이범규;김창기;박지영;박기웅;이훈복;한지학;김환묵
    • 한국환경농학회지
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    • 제26권4호
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    • pp.319-324
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    • 2007
  • 오이모자이크바이러스(cucumber mosaic virus, CMV)에 저항성을 가지도록 개발된 형질전환 CMVP0-CP 고추를 이용하여 포장 조건에서 CMVP0-CP 고추 도입유전자의 지속성을 조사하였다. CMVP0-CP 고추의 잎을 토양 표면에 올려놓거나 토양 내에 묻은 뒤 일정 시간 간격으로 PCR 및 실시간 PCR법을 이용하여 도입유전자를 정성, 정량 분석하였다. CMVP0-CP 고추에 도입된 유전자의 양은 10 cm 깊이의 토양 속 및 토양 표면에서 1개월 후 28.3-42.7%, 2개월 후 0.9-3.3%로 감소하였으며, 3-4개월 후에는 검출되지 않았다. 또한 이러한 유전자는 지중보다 지표에서 약8% 더 오래 지속되었다. CMVP0-CP 고추의 잎이 토양 내에서 분해되는 과정에서 유출된 DNA가 주변 토양으로 전이되었는지를 조사하기 위해 낙엽주머니에 부착된 토양으로부터 DNA를 추출하여 PCR분석을 수행하였다. PCR 분석 결과 CMVP0-CP 고추에 도입된 유전자가 검출되지 않았다.

Predicting Common Patterns of Livestock-Vehicle Movement Using GPS and GIS: A Case Study on Jeju Island, South Korea

  • Qasim, Waqas;Cho, Jea Min;Moon, Byeong Eun;Basak, Jayanta Kumar;Kahn, Fawad;Okyere, Frank Gyan;Yoon, Yong Cheol;Kim, Hyeon Tae
    • Journal of Biosystems Engineering
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    • 제43권3호
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    • pp.247-254
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    • 2018
  • Purpose: Although previous studies have performed on-farm evaluations for the control of airborne diseases such as foot-and-mouth disease (FMD) and influenza, disease control during the process of livestock and manure transportation has not been investigated thoroughly. The objective of this study is to predict common patterns of livestock-vehicle movement. Methods: Global positioning system (GPS) data collected during 2012 and 2013 from livestock vehicles on Jeju Island, South Korea, were analyzed. The GPS data included the coordinates of moving vehicles according to the time and date as well as the locations of livestock farms and manure-keeping sites. Data from 2012 were added to Esri software ArcGIS 10.1 and two approaches were adopted for predicting common vehicle-movement patterns, i.e., point-density and Euclidean-distance tools. To compare the predicted patterns with actual patterns for 2013, the same analysis was performed on the actual data. Results: When the manure-keeping sites and livestock farms were the same in both years, the common patterns of 2012 and 2013 were similar; however, differences arose in the patterns when these sites were changed. By using the point-density tool and Euclidean-distance tool, the average similarity between the predicted and actual common patterns for the three vehicles was 80% and 72%, respectively. Conclusions: From this analysis, we can determine common patterns of livestock vehicles using previous year's data. In the future, to obtain more accurate results and to devise a model for predicting patterns of vehicle movement, more dependent and independent variables will be considered.

바이오센싱 융합 빅데이터 컴퓨팅 아키텍처 (Bio-Sensing Convergence Big Data Computing Architecture)

  • 고명숙;이태규
    • 정보처리학회논문지:소프트웨어 및 데이터공학
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    • 제7권2호
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    • pp.43-50
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    • 2018
  • 생체정보 컴퓨팅은 생체신호 센서와 컴퓨터 정보처리를 융합한 정보시스템에 기초하여 컴퓨팅시스템 뿐만 아니라 빅데이터 시스템에 크게 영향을 미치고 있다. 이러한 생체정보는 지금까지의 텍스트, 이미지, 동영상 등의 전통적인 데이터 형식과는 달리 생체신호의 의미를 부여하는 값은 텍스트 기반으로 표현되고, 중요한 이벤트 순간은 이미지 형식으로 저장하며, 시계열 분석을 통한 데이터 변화 예측 및 분석을 위해서는 동영상 형식 등 비정형데이터를 포함하는 복합적인 데이터 형식을 구성한다. 이러한 복합적인 데이터 구성은 개별 생체정보 응용서비스에서 요구하는 데이터의 특징에 따라 텍스트, 이미지, 영상 형식 등으로 각각 분리되어 요청되거나, 상황에 따라 복잡 데이터 형식을 동시에 요구할 수 있다. 기존 생체정보 컴퓨팅 시스템들은 전통적인 컴퓨팅 구성요소, 컴퓨팅 구조, 데이터 처리 방법 등에 의존하므로 데이터 처리성능, 전송능력, 저장효율성, 시스템안전성 등의 측면에서 많은 비효율성을 내포하고 있다. 본 연구에서는 생체정보 처리 컴퓨팅을 효과적으로 지원하는 생체정보 빅데이터 플랫폼을 구축하기 위해 개선된 바이오센싱 융합 빅데이터 컴퓨팅 아키텍처를 제안한다. 제안 아키텍처는 생체신호관련 데이터의 저장 및 전송 효율성, 컴퓨팅 성능, 시스템 안정성 등을 효과적으로 지원하며, 향후 생체정보 컴퓨팅에 최적화된 시스템 구현 및 생체정보 서비스 구축을 위한 기반을 제공할 수 있다.

전사인자 OsNAC69-과발현을 통한 흰잎마름병 저항성 벼 제작 (Generation of Bacterial Blight Resistance Rice with Transcription Factor OsNAC69-overexpressing)

  • 박상렬;차은미;문석준;신동진;황덕주;안일평;배신철
    • 한국육종학회지
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    • 제43권5호
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    • pp.457-463
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    • 2011
  • 식물 특이 NAC (NAM, ATAF, and CUC) 전사인자는 식물 성장, 발달과 스트레스에 대한 저항성에 관여한다고 알려져 있다. 본 연구에서는 벼의 NAC 전사인자 중의 하나인 OsNAC69 유전자를 분리하였으며 유추된 아미노산 서열을 바탕으로 조사해본 결과 이 유전자는 NAC 전사인자의 5개 group 중에서 group II에 속하였다. 흰잎마름병균인 X. oryzae pv. oryzae (Xoo)를 처리하여 발현을 분석한 결과 접종 1시간 이후부터 발현이 현저하게 증가하였다. 따라서 OsNAC69 유전자의 생물학적인 기능을 분석하고자 이 유전자를 과발현시킨 형질전환벼를 만들었으며 형질전환벼의 분석 결과 대조구인 동진벼에 비해 발현이 높은 9개의 계통을 선발하였다. 높은 발현을 보인 이 9개의 계통에 벼흰잎마름병균을 접종한 결과 동진벼에 비해 흰잎마름병에 대한 저항성이 훨씬 더 증대하였음을 보여 주었다. 이것은 OsNAC69 유전자가 흰잎마름병균 침입시 벼의 병저항성 기작을 조절하여 나타난 결과로 추정되며 정확한 기작에 대한 연구를 앞으로 더 해야 할 것이다.

Design and Dynamic Analysis of Fish-like Robot;PoTuna

  • Kim, Eun-Jung;Youm, Young-Il
    • 제어로봇시스템학회:학술대회논문집
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    • 제어로봇시스템학회 2003년도 ICCAS
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    • pp.1580-1586
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    • 2003
  • This paper presents the design and the analysis of a "fish-like underwater robot". In order to develop swimming robot like a real fish, extensive hydrodynamic analysis were made followed by the study of biology of the fishes especially its maneuverability and propel styles. Swimming mode is achieved by mimicking fish-swimming of carangiform. This is the swimming mode of the fast motion using its tail and peduncle for propulsion. In order to generate configurations of vortices that gives efficient propulsion yawing and surging with a caudal fin has applied and in order to submerge and maintain the body balance pitching and heaving motion with a pair of pectoral fin is used. We have derived the equation of motion of PoTuna by two methods. In first method, we use the equation of motion of underwater vehicle with the potential flow theory for the power of propulsion. In second method, we apply the method of the equation of motion of UVM(Underwater Vehicle-Manipulator). Then, we compare these results.

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자동 착유시스템을 위한 다관절 로봇 머니퓰레이터의 기구학적 분석 (Kinematics Analysis of the Milti-joint Robot Manipulator for an Automatic Milking System)

  • 김웅;이대원
    • 한국축산시설환경학회지
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    • 제13권3호
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    • pp.179-186
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    • 2007
  • The purpose of this study was kinematics analysis of the multi-joint robot manipulator for an automatic milking system. The multi-joint robot manipulator was consisted of one perpendicular link and four revolution links to attach simultaneously four teat cups to four teats of a milking cow. The local coordinates of each joints on the robot manipulator was given for kinematics analysis. The transformation of manipulator was able to be given by kinematics using Denavit-Hatenberg parameters. The value of inverse kinematics which was solved by two geometric solution methods. The kinematics solutions was verified by AutoCAD, MATLAB, simulation program was developed using Visual C++.

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